康熙在收复雅克萨之后，立即着手平定噶尔丹。噶尔丹在沙俄侵略者的支持下，四处吞并其他蒙古各部，于公元1688年向喀尔喀蒙古发动突然袭击，喀尔喀蒙古的宗教首领哲布尊丹巴毅然拒绝了沙俄的威逼利诱，率喀尔喀蒙古回归了祖国。噶尔丹便以追击喀尔喀为名，于公元1690年南攻到内蒙古地区，其前锋还曾打到离北京仅有900里的地方。
面对要不要平叛的问题，朝廷内部又发生了激烈的争论。反对康熙出征的人在朝廷内占大多数。康熙则认为噶尔丹一日不除，边陲便一日不宁，只有平定叛乱，才能巩固国家的统一。公元1690年，康熙亲自率军亲征，在离古北口400余里的乌兰布通与噶尔丹相遇。噶尔丹用万头骆驼俯伏于地，在驼背上搭上箱垛，盖上湿毡，布下“驼城”防线，进行顽抗。清军用火炮击破驼城，噶尔丹一败涂地，好不容易才突出重围。噶尔丹败逃后仍贼心不死，又与沙俄勾结再度叛乱。公元1696年，康熙决定再次亲征噶尔丹，在茫茫沙漠中，康熙写下了《瀚海》一诗，记述其行军过程：
“四月天山路，今朝瀚海行。
积沙流绝塞，落日度连营。
战伐因声罪，驰驱为息兵。
敢云黄屋重，辛苦事亲征。”
此次亲征，又在昭莫多取得了决定性的胜利，噶尔丹率几十名亲兵狼狈逃走。公元1697年，康熙第三次亲征，终于平定了为时10年的噶尔丹叛乱。粉碎了沙俄分裂中国的阴谋，巩固了西北边疆。
整顿吏治发展生产
康熙在进行统一大业的同时，为了国家的长治久安，他非常注意整顿吏治，广揽人才，并在此基础上发展经济，制订了一系列符合当时生产发展的措施。
康熙对贪官污吏勒索压榨百姓的行为是深恶痛绝，他十分注重对官僚队伍的整治，尤其是特别注意处理腐败的高级官僚。他曾经将贪污成性的山西巡抚穆尔赛、湖广总督蔡毓荣等人处以严刑，并将有包庇行为的大学士勒满洪等人处以降级的处罚。
在惩治贪官的同时，康熙也大力颂扬清官廉吏，非常信任被康熙自己誉为“天下廉吏第一”的于成龙等人，还赐给于成龙“高行清粹”四个大字。
为了争取民心，巩固清王朝的统治，康熙对汉族历史传统和儒家文化非常尊重，他南巡时就曾多次亲自拜祭明太祖的陵墓，并亲笔题写了“治隆唐宋”的匾额，挂在陵殿前。他还亲自到孔庙祭祀，对孔子后人大施行恩宠。除了进行正常的科举考试以外，康熙还特别设立了“博学鸿词科”，千方百计地吸引明朝遗老和各种人才参政。公元1679年所进行的体仁阁考试，康熙亲自阅卷，并对不愿意为官的汉族学者非常迁就，即便他们为不想被录取而故意写些不同文理的文章，康熙也加以录用，并封为翰林学士，负责编修明史。通过这些方法，确实让其中部分文人放弃了反清立场。
同时，康熙也对汉人十分猜疑，在他统治时期，就曾发生多起文字狱。
尽管如此，康熙还是召集了大批人才，共同为发展社会生产作出了贡献。康熙在经济发展方面所施行的一系列措施，也是非常切实可行的。
公元1669年，康熙就下令废止代表农奴制生产方式的圄地，但受到鳌拜等人的阻止，成效甚微。康熙又于公元1685年第二次下令禁止圈地，使大批土地回到农民手中。同时，康熙采取了奖励垦荒的措施，而且还规定新开土地不准圈占，还发布命令，承认部分中小地主和农民对明代废藩土地的所有权，即改为“更名田”，自己开垦的土地归自己所有。康熙还十分注意边远地区的开垦，鼓励人民前往云南、四川、贵州等地开荒。在康熙奖励垦荒政策的推动下，在他统治期间，全国耕地由527万顷增加到851万顷。与此同时，康熙又下令减轻赋税，对赋税制度进行重大改革，规定全国赋税以康熙五十年为准，以后所增人口不再多征，称为“盛世滋丁，永不加赋”。康熙末年，在四川、广东等省又实行“摊丁入亩”、“丁随地起”的办法，后来推广到全国。
康熙恢复和发展生产的另一项主要措施，就是兴修水利，治理黄河、淮河和运河。自明末以来，由于频繁的战争，黄河长年失修，到康熙初年造成严重水患。黄、淮二河泛滥后，洪水便倒灌运河，使得漕运受阻。为了根治黄河，变水害为水利，康熙任命水利专家靳辅等为河道总督，用疏通和筑堤相结合的办法治理黄河，恢复黄淮故道“好黄、淮一带在此后较长一段时间内，免除了水患的威胁，同时漕运也得以恢复。”康熙本人对水利和测量学也很有研究，三十年的治河过程中，他曾六次南巡，视察河工，逐渐成为一名治河专家。从第三次南巡后，治理黄河的工程基本上是由他亲自设计实施。
康熙还很注意节俭。他本人生活简单朴素，成为清代诸帝的楷模。他要求政府机构压缩开支，并对开支制度实行严格的检查，命令户、工两部所用钱粮须每十天就奏报一次。但对于治河修桥诸事，即使开支数百万两巨资，也从不吝惜。
康熙既是一位雄才大略的政治家，还是一位博学多才的科学家。他是封建社会中历代君主中最注重科学、尊重科技人才的帝王。他本人在自然科学上的成就与贡献，与各代帝王相比，也可以说是前无古人，后无来者。
他认真地学习了代数学、几何学、地理学、地震学、天文学、医学、解剖学、农学、气象学等自然科学知识，并重视科技的推广与应用。
康熙在巡视丰泽园稻田时，发现了一株水稻高出众稻之上，而且已经结粒。于是他就把这株稻种收起来留作第二年试种，结果第二年这种稻子又于六月份早熟了。
康熙便开始命人在北京、承德试种，使承德这个从来没有种过稻谷的地区从此有了稻田。经过30多年的试验和培育，他又开始向江南推广。康熙还非常注重灭蝗，曾写过《捕蝗说》一书。
康熙还十分注重学习地理学和进行地理调查。曾组织测绘人员走遍全国各地，用十多年时间绘成了著名的《皇舆全览图》，成为中国地理学史上的一项重大成果，也是世界地理学史上的一件大事。
康熙还非常注重学习西方的先进科学，曾把养心殿改为学习自然科学的教室。除了自己向欧洲人学数学外，还十分注意培养自己的数学人才，他与著名数学家梅文鼎、梅谷成、陈原耀、何国宗、明安图等人经过十年努力，编纂了一部集当时乐律、天文、数学之大成的巨著《律历渊源》。
康熙还曾对天文学有过涉猎。为了解决新旧历法无休止的争论，他经过二十年的学习，成为一个天文学家。
还曾研究过园艺学和气象学，并曾下令在北京设立气象站，命令各省逐日逐月作气象记录，向他报告。他写的研究地震的文章，在科学史上具有重要的史料价值。
“满招损，谦受益”是康熙常说的名言，他为政讲求实效，反对浮夸。平定噶尔丹后，大臣们又要给他上尊号，这已经是第五次请上尊号了，但康熙还是坚决拒绝。他说：“天视天听，视于民生。后人自有公论。如果自己夸耀自己的功德，以取一时的虚名，大非朕意，不必敷陈。”康熙不仅是一个务实的皇帝，还是一个勤奋的君王，他一生勤于读书，勤于理政。每天凌晨三点就起床，开始忙于处理政务。他在出巡的时候，有很多官员为讨好皇上，敬献美女，他反对这种诱惑和腐蚀，就冷眼对待，并把这些官员予以惩办。他的这些做法，在封建社会的帝王中，确实是罕见的。
这个伟大的康熙，在做了61年的皇帝后。于公元1722年农历十一月七日病逝，成为历史上在位时间最长的皇帝。
世宗胤禛
（公元1678年～公元1735年）
在位时间：公元1722年～公元1735年
曾用年号：雍正
谥号：不详
庙号：世宗
安葬地：不详
关于雍正即位的野史传闻也有很多版本，其中最有说服力的版本说的是，康熙本来是把皇位传给十四于胤程的，但在临死前，雍正与负责收藏康熙传位遗诏的隆科多合谋，先趁机将病入膏肓的父亲康熙闷杀，然后将传位遗诏中的“传位十四子”改为“传位于四子”，因而得以继承皇位。几百年以来，雍正因这个弑父改诏得以即位的故事，遭到很多文人的口诛笔伐，雍正也被他们誉为清朝历史上最为残暴的皇帝。但这个故事本身的疑点就很多，最大的疑点便是改遗诏的事情。清朝的诏书一向是以满文书写，入关之后，随着汉族官吏的增多，才逐渐改为用满、汉两种文字书写诏书，而满、汉两种文字是根本不同的。如果按照故事里面改遗诏的方法，即使改得了汉字，也改不了满文，况且用汉字书写的遗诏中，按规定也应该在“十四子”之前加上“皇”字如果真按照这个传闻，且不就成了“传位皇于四子”，除非雍正手握重兵和众多的支持者，其他诸皇子不敢与之争夺皇位，众皇子和王公大臣才不可能看出来。但当时的情况是雍正并没有太多的支持者，也没有手握重兵，当时被封为大将军的十四子倒是拥有重兵和众多的支持者。
看来雍正的皇位来历是很清楚的，并非所谓的弑父篡位，但为什么雍正会在历史上留下这么个印象呢？这只有用雍正即位后所施行的一些措施才能说明。
其实在康熙末年，由于康熙对臣下过于宽仁，使得吏治逐渐腐败，官僚贪污问题也越来越严重，加上康熙对边疆的多次用兵，造成了国库空虚，钱粮短缺。雍正即位后，为解决这些问题以富民富国，采取了一系列相应的措施。
首先便是整顿吏治，雍正即位之时，便下令户部全面清查官员积欠国库钱粮的命令。这个命令看起来是非常苛刻的，要求所有拖欠钱粮的官吏必须在三年内还清补齐，清查中即使涉及高级官员也决不容情，当时就曾出现很多郡王、贝子不得不将家产变卖以赔补亏空的事情。如果官员不能按时还清补齐，雍正就抄他的家，以家产赔补亏空。对地方的清查更是彻底，许多地方官员因亏空被抄家的抄家，革职的革职。当时被革职罢官的地方官员竟多达三分之一，有的还达到一半以上。三年之内，雍正基本上清查了康熙以来的所有积欠，充实了国库，打击了贪官。但因此举而得到雍正“好抄家”的名声，并得罪了很多官吏。
雍正得罪官吏的第二项措施便是“火耗归公”。“火耗”是指在征收赋税时收上来的是散银，上交国库时要熔铸成银锭，因此要有损耗。这就是“火耗”的来历。
为了填补损耗，在征收赋税时便要多征一些。由于当时清朝的俸禄大低，一品官员的俸禄每年才180两银子，七品才45两。这点银子，别说应酬，就连养家糊口都不够。因此地方官便靠征收赋税银两时加收“火耗”，以贴补俸禄，这在雍正以前的清朝已经成了一个惯例。
但后来这“火耗”征收得越来越重，有的地方甚至达到1两加征4、5钱，这就增加了人民的负担，给清朝的统治酿成了隐患。雍正帝在权衡利弊后，毅然决定实行“火耗口，公”，规定各地“火耗”必须全部提解到省，再拨出一部分作为养廉银分给官吏，其他则用于地方公费。养廉银的数额很多，如一品官的养廉银就达到每年2万两，七品官的养廉银也达到2000两左右。
其实此单只是将“火耗”填补官吏俸禄公开化，并增加了地方公费，可谓是一石二鸟。虽得到部分清廉官吏的响应，但大多数官员还是因此举减少了很多收入。雍正又一次得罪了官吏。
雍正第三个措施的实行，也得罪了人，这次得罪的范围也扩大了，基本上所有的地主官僚都得罪得一干二净。雍正为了增加国家收入，避免地主官僚逃避赋役，将负担转到农民身上的情况，于公元1725年决定实行“摊丁入亩”制度。规定将丁役摊到土地上，谁的田地多，谁出的力役就多，没有田的就少出役或不出役。这个办法当然是对小农有利的，此后便没有了丁役，小农负担得以减轻，富户遭到压抑，彻底解决了丁役不均，放富差贫的弊端。同时由于丁粮合收，使清政府的丁银收入有了保证，对国家非常有利。所以这次赋税改革是一个有重大意义的历史事件。但那些养尊处优的地主老爷们根本不会考虑国家有不有利的问题，自然对这项改革非常抵制，对雍正也恨之入骨。
雍正第四个得罪人的措施便是完善密折制度。清朝官员上呈皇帝的公文主要是由通政司负责送皇帝的，但在送到皇帝之前便已经由内阁看过了，因而公文都是公开的，使得官员不敢公开讲有些事情，皇帝便无从知道。
康熙在位期间，为了解下情，便采取了秘密奏折的补救办法。康熙将上秘折的权力只是交给了最信任的心腹大臣，其所奏内容，包括风俗民情、地方治安、官员情况、以及气候、粮价、民间琐事等等。这种奏折直接送皇帝，别人不得开启。皇帝看完，批示后发回本人保管。但是康熙时期，能用密折奏事者不多，还没有形成严格的密折制度。
雍正即位后，认为密折是了解下情的最好办法，于是扩大了可写密折的人的范围，使各省督抚都有权力上密折。后来又扩大到包括提督，总兵官、布政使，按察使和学政官员，就是一些中下级官员，在得到雍正特许后，也有权力上密折。密折制度的建立，使雍正更能对全国上上下下了如指掌，处理各类事情都能洞察秋毫，加强了行政效率。同时又起到了控制官员的作用，使官僚人人自危，密折就像一根无形的鞭子，驱使他们兢兢业业地一心为公。当然在他们兢兢业业一心为公的同时，心里难免对这个苛刻的雍正皇帝心怀怨恨。