还有一种传说，说在朱元璋还是婴儿时，经常闹病，家里人为了让孩子好养活，就依当地风俗将孩子舍入寺庙，等孩子长大了，就让他当和尚。等到朱元璋长大的时候，朱元璋的父亲允许儿子当和尚去，但是孩子的娘却不干了，事情因此拖延了下来，朱元璋因此没有早早进入佛门。天有不测风云，后来村子里闹起了瘟疫，无奈之下，朱元璋请求二哥同意在家乡的於皇寺拜僧人高彬为师，邻人汪文帮助他完成了出家的仪式。
这两条材料都出自《天潢玉牒》。
朱元璋进的这家寺庙当年叫做於皇寺，后来改名皇觉寺。朱元璋当了皇帝后，于洪武十六年（1383年）在离原址东北十五里处重建皇觉寺，并改名为大龙兴寺。
当灾荒同样威胁到寺庙时，和尚们也没饭吃了——“居未两月，寺主封仓。各为生计，云水飘游”。朱元璋在寺里不过待了五十天，做了不到两个月的“行童”，什么都还没弄明白，就为生计所迫而离开寺庙，四处云游了，其时是元至正四年（1344年），朱元璋17岁。
作为一个游方僧，朱元璋形同乞丐，可以说是历尽艰辛。朱元璋“南历金、斗，西抵光、息，北至颖州”，走遍了淮西、豫南的山山水水，就这样一下子过了三年多。这时，朱元璋已经20岁出头了。这三年中，他拓宽了视野，增加了人生经验，磨砺了在逆境中生存的本领。但朱元璋毕竟怀念家乡，于是又回到了皇觉寺。
尽管那时候的朱元璋不过是个普通的和尚，但他在寺中的生活也还是被神化了：他住在寺庙里的时候，他的房间在晚上远远看去，常常会发出红光，等到人走近了，那红光又没有了，大伙儿对此都感到很惊讶。这说的是他第一次入寺头两个月的事。等他从外地云游归寺，情况就更玄了。有一天，一个红衣道士出现在寺庙的西北方向，他说：“这寺中有好人。”就是说，这间寺庙将来要出大贵人。
又传说，有一天，朱元璋在扫地，扫到佛像脚下的时候，他嫌伸出的佛脚碍事，就随口说了句：“缩回去！”
不料，佛像的脚真的乖乖“缩”回去了。还有一次，老鼠把佛像前的香烛吃了，朱元璋很生气，心想你这个佛怎么什么事都不管啊？因此大笔一挥，在佛像背上批上五个大字：“发去三千里。”到了晚上，寺庙里的其他僧人都做了一个梦，梦见庙里的佛要走了，他们奇怪地问：
“您为什么走啊？”佛说：“当世主遣发三千里矣。”第二天早上，众僧人发现佛像背后有字，就追问是谁干的。
朱元璋说：“那是我开的玩笑，那我现在把他放了吧。”
果然，到晚上的时候，众僧人又梦见那个佛前来道谢。
佛早已知道朱元璋是“当世主”了。
朱元璋在寺中，一转眼又过了三年，如果没有意外发生，朱元璋这个和尚也许会继续做下去。以他的聪明勤奋，他可能会成为一个精通佛经的高僧，传经布道，终老一生。但是，到了至正十一年（1351年），他眼前展现了一片新的天地。鬼使神差，一个隐藏在草莽中的英雄，从此踏上了他的创业之路。朱元璋投军的目的原是为了活命，但当他驰骋在沙场上时，发现自己并不是弱者，自己不仅可以统领千军万马，也可以掌握自己乃至许多人的命运。
朱元璋墓葬之谜
明孝陵是明太祖朱元璋和马皇后的合葬陵寝，位于钟山独龙阜玩珠峰。
孝陵之名取意于谥法中的“孝”字，有“以孝治天下”之意。独龙阜北依钟山主峰，阜高约百米，直径约400米，像一座巨大的天然坟茔。周围远近群山环绕拱卫，泉壑幽深，云气山色朝夕多变，南朝沈约曾有“发地多奇岭，千云非一状”的描述。这里原为六朝蒋山寺址，朱元璋问鼎金陵后即看中了这块风水宝地，决定依天然地势迁寺建陵，并于洪武十四年（1381年）开始营建，由中军都督府佥事李斯主管。翌年马皇后病故，先葬于孝陵。第三年孝陵竣工。洪武三十一年闰五月乙酉朱元璋“崩于西官，年七十一”，“辛卯，葬孝陵”。
但是，从朱元璋下葬时开始，南京就流传着种种关于朱元璋葬地的其他说法，这些说法不尽一致，但都否定明孝陵就是朱元璋地下宫殿所在的官方记载：有的说为了迷惑外人，出殡当日从都城13个城门同时出棺，有的说朱元璋就葬在宫内奉先殿下，有的说葬在朝天宫内，还有的说朱元璋远葬在北京万岁山（即今景山）。
因此有人写诗云：“后来孝陵传夜哭，因缘马后备孤独。”
可喜的是，这个流传了六百年的不解之谜，破解已指日可待了。
1998年12月至1999年1月中旬，由南京市文物局、南京市中山陵园管理局、南京市文物研究所共同主持，在江苏省地震研究院的合作和支持下，对明孝陵方圆2万多平方米的区域，进行了磁测仪探测分析。现已确认朱元璋地下玄宫就在玩珠峰下数十米的地下。探测显示，这座地下宫殿保存完好，过去流传玄宫被盗之说已被澄清。现场探测专家介绍说，玄宫规模宏大，有多条通道。与此同时，文物专家们还在现享殿基址以东地下发现了一座面积达700多平方米、保存基本完好的配殿遗址。该配殿面阔15间，进深3间，中有石构门道，四周有砖质道路，整个建筑坐落于一高大的人工夯筑的台基上，气势雄伟。勘探证实，殿基址上64个巨大柱础或磉墩、柱洞还埋于地下。有朝一日，如果能对陵墓进行发掘的话，朱元璋墓葬之谜将会彻底揭开。
明惠帝朱允炆
朱允炆：1399年-1402年在位。太祖朱元璋长孙，性格柔弱而仁孝。太祖病死即位，在位4年，撤销藩王，加强皇权。削藩事败，京城被叔父朱棣攻破后，不知所终。
建文帝登基之谜
当明王朝的开国皇帝朱元璋在1398年去世之后，第二位登上明朝皇帝宝座的是年仅21岁的建文帝朱允炆。然而奇怪的是，这位年轻的皇帝却不是朱元璋的儿子，而是朱元璋的孙子。更为奇怪的是这位新皇帝继位后不久，就爆发了一场长达四年的战争，朱允炆在这场战争中神秘消失，连一张画像也难以找到，关于他的下落成了一桩历史悬案。
明朝的第二个皇帝是恭闵惠皇帝朱允炆。他的父亲是太子朱标，他是皇太子朱标的第二个儿子，他上面还有哥哥叫朱雄英，6岁的时候死了。朱允炆就是朱元璋的孙子。
既然朱元璋立了太子，为什么太子没接班呢？洪武二十四年（1391年），朱元璋派太子出去办了一件大事，就是向北巡抚陕西，调查北方的民情。主要是为了建都的问题。朱元璋有迁都的想法，于是在洪武二十四年，派朱标北巡到了陕西，观察山川地理，了解风土民情，回来向朱元璋报告。但是朱标这一回来，一病不起。第二年，朱标去世了。
这时候，朱元璋已经65岁了，老年丧子，极为悲痛。如果朱元璋在自己的儿子当中找一个做皇帝的大概不难，因为朱元璋一共有26个儿子，现在朱标死了，其他二十几个儿子都成为皇帝候选人。历朝历代在争夺继承皇位的问题上，兄弟争杀屡见不鲜，选谁来做接班人成了问题。
中国传统的制度，按照宗法制度说，有一个叫做嫡长子继承制的制度。这时朱标的儿子朱允炆15岁，已经长成人，所以被立为皇太孙。
朱元璋设立了一个大本堂，作为这些皇子们读书的地方，学习儒家的礼法。所以朱标从小就接受了传统礼法的教育。
但是朱允炆跟朱标不一样。朱标生在元朝末年，当时朱元璋刚刚投入到郭子兴队伍当中不久，他曾经见过元末天下大乱，见过他父亲怎么样南征北战夺取政权。
但是朱允炆却生在洪武十年，这时候天下已经是朱家天下了，他完全是一个皇亲贵胄，他没有这些经验，他比朱标更加仁柔，没有生活的磨砺。
有一次朱元璋命儿孙们做对子，门前有仪仗，仪仗里有马匹，朱元璋给出一个上句让大家对，上句说：风吹马尾千条线。朱允炆马上对出来：雨打羊毛一片毡。
风对雨，吹对打，马尾对羊毛，非常工整。但是，软弱无力。
这时他的四叔朱棣在旁边，脱口而出：日照龙鳞万点金。这个气魄，这个光彩，帝王气象。这就令朱元璋未免有点担心。立了这个太孙，将来这个太孙能不能撑得住？叔叔们能不能服他？
还传说，有一天夜里，朱元璋做了一个梦。梦见一条黄龙，一条白龙，这两条龙斗着斗着在殿里头就打起来了。最后白龙一道烟跑了，这预兆什么事呢？这个预兆是什么意思？第二天早晨他上朝一看，朱允炆站在燕王朱棣的右边，按照明朝的规矩，左为上，朱棣显然是没有把他的侄子放在眼里。朱元璋因此对这个朱棣加了小心，让他搬出宫，甚至不给他供给。多亏了高皇后救了他的命，经常给他点吃的。
实际上这也是民间的附会。因为朱允炆在被立为皇太孙的时候高皇后已经死了十几年了。尽管这些诗、对子和这个梦都不一定是真的，但是反映出一种舆论和他们的表现，让别人得到一个认识，就是朱标、朱允炆他们的性格是柔弱的。而事实上，他们也没有政治经验。
朱元璋为了延长自己的江山，他把那些曾经立过大功的功臣杀戮殆尽，为什么？防备他们造反。所以，朱元璋非常自豪，有一次就跟朱允炆说到这件事，他说：“我给你立了这么多保障，可以令边尘不动，这些叔叔们一个一个能征善战，北边蒙古势力虽然经常骚扰我们，可是没办法威胁你。”
可是朱允炆不这么想，明摆着人家的优势就在压迫着他，按照宫中制定的礼仪，朱允炆在殿上、在朝中要和这些诸王见面的时候，这些王都是他的臣下，应该给他行跪拜礼。可是一下了朝，到了后宫，朱允炆要给这些叔叔们行跪拜礼，叔叔实际上高他一头，朱允炆实实在在地感到了诸王对他的威胁。
他就给朱元璋说了一句话，说如果边疆上有事，我这些叔叔们都可以顶住；但如果这些叔叔们起来闹事，谁来帮我？朱元璋一时说不出话来，于是说你看怎么办呢？朱允炆说：“以德怀之，以礼制之，再不行就把他废了。”朱元璋说这个办法不错，这样我就比较放心了。
所以这样看来，朱允炆也是一个有心计的人。
洪武三十一年闰五月乙酉这一天，朱元璋去世，21岁的皇太孙朱允炆即位，开始担负起了执政兴国的重任。
明成祖朱棣
朱棣：1403年-1424年在位，明朝第三代皇帝，朱元璋第四子，洪武三年（1370年）被封为燕王，性格多疑好杀。攻败明惠帝之后夺位，在位22年，肃清旧党，巩固皇权；恢复生产，发展文化；交好邻国，加强交浇；五征大漠，促进民族融合。后设立东厂、锦农，埋下明亡祸根。第五次亲征漠北返师途中病死，终年65岁，死后葬于长陵（今北京昌平十三陵）。谥号启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝，庙号太宗，后改为威祖，史称永乐皇帝。
明成祖生母之谜
明成祖的生母是谁，一直存在着争议，至今学术界未有定论。朱棣出生之时，正值天下大乱、群雄并起之际。
朱棣夺位以后，关于他的生母是谁的问题突然敏感起来。
自永乐时期以来，各种官方史书和野史上都对成祖生母问题有所记载和猜测。成祖生母问题并不是一个无关紧要的问题，对于实行嫡长子皇位继承制的明朝来说，这关系到嫡庶问题，并进而关系到帝位的合法性问题。
总起来看，关于成祖生母问题的说法主要有三种：
马皇后说。明成祖朱棣自称是孝慈高皇后（即马皇后）所生。马皇后，凤阳宿县（今安徽宿县）人，濠州红巾军郭子兴养女。至正十：二年（1352年）郭子兴将其许配给部将朱元璋。当年朱元璋受到了郭子兴的猜忌，马氏多次从中调解周旋。明朝建立后，朱元璋册封她为皇后，对她十分信赖，多次听从她的意见宽免大臣过错，因此有人将她与历史上的贤后唐代长孙皇后相提并论。
《太祖实录》和《太宗实录》都说朱棣为马皇后所生，后来的史籍如《明史》等正史多因循这种说法。
但是除朱棣外，马皇后亲生皇子都有谁，又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，马上让人编了一部叫《奉天靖难记》的书，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子：“今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。”
还有一种说法认为马皇后只亲生燕王和周王，懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为成祖朱棣所修（成祖为了抹杀自己即位前的真实事实，曾两次改修《太祖实录》，删减篡改之处甚多），其中自然也有粉饰的成分。
另外还有人认为马皇后根本就没有皇子，这几个都不是她亲生的，只不过是抱过来抚养成人而已。
妃子说。成祖为马皇后所生的说法到了明中后期就受到了质疑，而妃子说浮出水面。有人认为这个妃是高丽人，也有人称她是元顺帝的妃子，抑或是高丽人而成了元顺帝妃子，不得而知。
这种说法的直接证据是《太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀礼乐的机构，皇家宗庙的祭祀就由其负责。
《太常寺志》对孝陵（即太祖朱元璋的陵寝）神位的记载如下：
左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王。
右一位妃，生成祖文皇帝。