站在雅虎的角度，自然是希望支付宝继续留在阿里巴巴集团体内，一来可以支撑雅虎日益缩水的股价，二来也有利于马云回购阿里巴巴集团股权时有一个好的价钱。而站在马云的角度，自然会倾向于将支付宝剥离出去，一来可以完全自主控制一块资产，二来也能为回购阿里巴巴集团的股权增加筹码。
最终，马云以“协议控制非法”为由，终止了控制协议，彻底实现了支付宝脱离阿里巴巴集团。双方博弈到这个程度，雅虎似乎也只能默认这个局面，剩下的就是双方谈判如何补偿雅虎的问题了。现在生米已经做成熟饭，形势显然有利于马云，该补偿多少给雅虎变成马云说了算，况且马云还有可能将支付宝的补偿问题与阿里巴巴集团的股权回购问题捆绑起来谈。
那么，雅虎怎样才能扭转自己的不利局面呢？
如前文所述，雅虎抢先发起了舆论战。但是雅虎不能说“我要马云按照协议控制模式绕开中国法律他不干”，这样将陷自身于极其被动之中，因而只能通过强调“马云违背契约精神”来回避“协议控制非法”的实情。
派代网电子商务分析师李成东分析认为：“雅虎的策略是，以‘马云违背契约精神’的说法来激怒华尔街及美国媒体，给人造成‘马云偷了雅虎资产’的感觉，进而通过华尔街及美国媒体向美国政府施压，再由美国政府向中国政府提出交涉，这样中美两家公司之间的事情，就上升到了两国政府之间的事情（2011年5月举办的中美战略对话，美方提及‘支付宝事件’），以此来向马云施加压力。”
总之，雅虎通过刺激华尔街、鼓动媒体、施压美国政府，在不同层面强化自己的筹码，以便在与马云谈判时占据有利地位。
对于单方面终止VIE的行为，是否夹带了“增加与雅虎谈判股权回购的筹码”的私人目的，马云始终予以否认。当然，他内心是如何想的，只有他自己清楚。
上海泛洋律师事务所合伙人刘春泉分析：“要说马云没有一点利用央行要求内资控股的私心而实现排斥雅虎和孙正义，那是很难让人相信的。但只要马云所说央行不接受协议控制的说法属实，那就是在商言商，合理利用对自己有利的规则，不必上升到丧失诚信的高度。”他的观点代表了大多数人对支付宝事件的看法。
2011年7月29日，阿里巴巴集团与雅虎及软银就支付宝单飞达成补偿协议，支付宝公司每年向阿里巴巴集团支付知识产权许可费与技术服务费，金额为当年税前净利的49.9%，该项费用的支付直到支付宝上市时终止；三方还同时约定，支付宝上市之时，支付宝的控股股东（即马云）必须支付IPO总市值的37.5%（20亿~60亿美元）给阿里巴巴集团。
至此，“支付宝事件”画上了一个句号。
马云最终成功将支付宝脱离了阿里巴巴集团，这意味着支付宝这个阿里巴巴集团最具价值的资产，最终脱离了雅虎及软银的股东控制。但是，除支付宝之外的阿里巴巴集团的股东格局依然如故，这意味着阿里巴巴集团的未来仍然充满变数。
现在回过头去审视2005年的那场雅虎入股交易，如果不是那场交易，马云决不可能失去第一大股东地位，更不可能有控制权旁落的风险。但是历史没有假设，在当时的情形之下，也没有太多可供马云选择的余地，假如阿里巴巴集团股权落入eBay之手，情况只会比现在更糟。
而对于孙正义，虽然他一直以马云的“伯乐”与“坚定支持者”的形象出现，但在利益问题上，同样与马云屡爆冲突。当年eBay提出收购淘宝网时，孙正义面对高价诱惑即动心了，此其一。其二，孙正义反对给员工期权，而马云坚持共享企业的收益，“你看阿里巴巴从成立到今天为止，我的股份就越来越少，基本上就是把自己稀释出去了。他到今天为止，从第一天30%到今天，30%已经过了，一点都没有稀释，你看看他给不给员工东西”。所以马云给孙正义的画像是，“第一是谈判天下第一，第二是铁公鸡天下第一”。一旦双方产生利益分歧，孙正义只会顾及软银利益，而不可能考虑阿里巴巴的整体利益。
站在企业的角度来说，阿里巴巴、雅虎、软银都是三家独立的企业，每家企业都会谋求自身利益最大化，企业的某些决策符合企业整体利益但未必符合所有股东的利益，那么当阿里巴巴的利益与雅虎、软银作为股东的利益不一致时，雅虎与软银在阿里巴巴董事会上投反对票就是自然而然的了。
虽说过去几年中屡次曝出消息，马云正在联合国际PE与雅虎协商回购其所持阿里巴巴集团股权，甚至在2012年2月之时曾“无限接近双方交易成功”。据说双方达成一项协议，阿里巴巴协助雅虎制定出了一整套税务筹划方案，使得雅虎在出售阿里巴巴集团股权时能够规避巨额的所得税支出，但双方还是在签字前夕宣布谈判破裂。
2012年5月20日，阿里巴巴集团终于与雅虎达成股权回购协议。阿里巴巴集团将支付63亿美元现金和不超过8亿美元的新增阿里巴巴集团优先股，回购雅虎所持有的阿里巴巴20%股权，占雅虎所持阿里巴巴股权的一半。
知名互联网评论家方兴东评论道：“阿里雅虎双方各退半步，不是智慧解决方案：马云肯定希望现在全部回购代价最低，雅虎肯定希望整体上市后退出利益最大化。现在雅虎先让出一半，另一半等马云推动尽快上市后退出，各让半步，各得其所！从此马云可以高枕无忧，雅虎危机重重时间也耗不起。Facebook之后人类最大的互联网上市，就静待马云了！”
马云是阿里巴巴的图腾与精神导师，他在阿里巴巴的地位无人能替代，他对企业的掌控力甚至不需要靠股权来支撑，这或许是阿里巴巴始终没有被资本方左右的原因之一。但是，只要阿里巴巴的股权继续这种三足鼎立的格局，马云心里的控制权隐忧就始终无法解除，这也是马云急于回购雅虎所持股权的关键所在。
桃园三结义之劫
张立峰（莲山合伙投资总监）
2005年夏天，雅虎、阿里巴巴及孙正义三方达成协议，雅虎出资10亿美元投资阿里巴巴，占40%股份和35%投票权。五年以后，这边互联网新贵族阿里巴巴已然长成、玉树临风，那边互联网老贵族雅虎虎落平阳、险被宰割，在这一起一落之间，马云也就跟着辗转难眠了。一个当初看似各方皆大欢喜的合作，几年后却令马云追悔不已。这次投资事件，多年后竟然险些演变到让他失去控制大权的地步。
从投票权和股权的不一致，能看出双方的角力和妥协，能看出马云对控制权非常地在意。马云也在多个场合讲过“投资人只是娘舅”这样的话，看来马云对控制大权这样的事情，是不愿意让外戚来插手的。
令事情变得复杂的原因，是雅虎在协议里的一系列追加条款：在五年后追加一名董事；追加投票权到40%；可以更换阿里CEO。五年后，雅虎自顾不暇，已经成了插标待售之物，马云盟友杨致远被踢出局。最要命的是随着2010年到来，之前约定的条款将要生效，控股权旁落成了马云的心头大患。
如果马云当初让雅虎少投点资，马云少让出点股份，是不是就不会到这种地步了？历史没有假设，只能说这世界变化莫测，如果当初eBay有更好的开价诱惑孙正义，那么当时马云接受雅虎的条件几乎是“唯一正确但不完美”的选择。难怪传言马云说过“孙正义投资了几百家企业，成事的就我们这样的三五个……”这种到底谁是谁的恩人的话。商业的投资当然是你情我愿、互相成全，但是可以看得出，马云对孙正义这种认钱更亲、不那么够意思的做法有点意见。
不知道当初阿里巴巴是不是也附带了“雅虎被收购或者其他控制权的变化，阿里巴巴有权利回购自己的股权”的条款，就算是有这样的条款，也得等到雅虎被收购才有机会触发，而在此之前，说不定马云CEO的位置已经不保，所以马云着急是必然的。
关于支付宝，坊间曾传闻阿里巴巴想收购一家银行，然后让支付宝洗脚上岸，不用在水里天天扑腾，可能是传统银行对支付宝怪兽上岸的恐惧，不让支付宝这个草根出身的同行有洗白的机会。坊间也曾传出过，马云将支付宝拱手让给某家大银行，然后该行出钱给阿里巴巴赎身，把在雅虎手里的股票给买回来。但是后来的发展却是，马云借央行发放第三方支付牌照的机会，把支付宝从阿里巴巴这样一个协议控制的结构中抠出来，变成一个百分之百由马云控制的纯内资公司。
“支付宝事件”引得舆论一片哗然，直指马云不诚信，将集团的共有财产转移到自己私人名下。财新传媒的当家胡舒立对马云的质疑，又将马云推到了风口浪尖，彪悍如马云也不得不对质疑进行解释。而对协议控制结构的解释，又让所有外资风险投资机构对马云咬牙切齿，因为马云一句话，差点把他们的饭碗全给砸了。一时间马云是焦头烂额。
实际上，VIE结构是绕开中国现存法律的一个权宜之计，详细追究的话，它是不符合中国法律的。马云也是借此为由，斩断了支付宝公司和阿里巴巴的协议控制，并以内资的身份来申请并获得第三方支付牌照。
马云的谨慎是有道理的，在这之前马云就说过，只要国家有需要，可以随时将支付宝贡献给国家。这话不知道是不是对雅虎等股东的吓唬，但是显然马云不能接受支付宝成为没户口的黑户，哪怕仅仅是一天。这样的风险他是不愿意承受的，那么先内资拿牌照，再对原股东进行补偿就成了唯一的解决办法。
“支付宝事件”只是马云对抗雅虎、争取安全稳定控制权诸多战役里面的一战。2012年5月20日，马云终于与雅虎达成股权回购协议。
马云在下一盘很大的棋。
附文
“VIE”科普VIE的全称为VariableInterestEntities（可变利益实体），因其由一系列控制协议构成而被俗称为“协议控制”。由于国内某些产业是禁止外资进入的，国内一些民营企业为了解决资金问题，就通过VIE模式绕开法律监管，进而获得境外资本的投资。
VIE模式的通常做法是：
一、企业的创始股东在境外设立一个离岸公司A，比如在维京群岛或是开曼群岛。
二、这个A公司与外资VC/PE及其他的股东，再共同成立一个开曼公司，作为上市的主体。
三、上市公司的主体再在维京群岛或者是香港全资设立离岸公司B。
四、离岸公司B再以外商投资的身份，在国内全资设立一个外商独资企业。
五、该外商独资企业与国内运营业务的实体签订一系列协议，以达到完全控制国内实体企业的目的。这一系列协议主要包括：
贷款协议：即外商独资企业贷款给内资经营实体的股东，股东将资金注入企业发展业务。
股权质押协议：内资企业的股东将其持有的实体企业的股权完全质押给外商独资企业。
独家顾问服务协议：通过该协议实现利润转移，协议规定由外商独资企业向经营实体企业提供排他性的知识产权及技术顾问服务，而实体公司向外商独资企业支付的费用额为全年的净利润。
资产运营控制协议：通过该协议，由外商独资企业实质控制经营实体的资产和运营。
认股权协议：即当法律政策允许外资进入实体公司所在的领域时，外商独资企业可提出收购实体公司的股权，成为法定的控股股东。
投票权协议：通过该协议，外商独资企业可实际控制经营实体董事会的决策或直接向董事会派送成员。
通过这一系列的控制协议，内资经营实体实质上已经等同于外商独资企业的全资子公司了，所以说这个经营实体称得上是“假内资、真外资”企业了。