此时的万历，执政已经长达25年，因平定宁夏、播州叛乱以及东征援朝，朝廷耗费上千万两白银，再加上宫廷靡费日增，一时国库大空。1597年，紫禁城发生大火，三殿两宫——皇极殿、建极殿、中极殿、乾清宫、坤宁宫遭灾难性破坏，万历大急，就想出了开矿、征税的敛财招数，一时间，手握皇令的矿税太监奔驰大江南北，所谓“天下在在有之”。
派太监们去开矿、征税原本就是一件很荒唐的事情。开矿是一个技术性很强的工程，不是几个太监在短时间内就能完成的。有些地方名曰有矿，实际开采不出什么东西，太监们强令富户承包，不足之数由富户赔偿；或由地方政府承包，不足之数动用地方财政抵充。这样一来，开矿徒有其名，不过是以此为幌子的一种摊派而已。而征税太监的派出，则意味着在原有的钞关之外增设新的征税点，造成了对行商货物的重复征税。于是，矿监税使成了“合法的强盗”。吏部尚书李戴记载了当时的恐怖景象：矿监、税使们指着一个屋子恐吓说：“这户人家有矿！”这一家应声就破产了，指着另外一个屋子说：“这户人家漏税！”这一家马上就钱财全空了。
矿税太监们所到达的地方，往往是工商经济比较发达的地区，他们的野蛮苛敛很快造成了“贫富尽倾，农商交困”的景象。税监鲁保在浙江征税搞得“家家闭户割机”，那些“贫匠倚织为命”的也失去了生计。闻名全国的山西潞绸最盛时，长治、高平、潞州三卫共有绸机13000余张，经矿税太监们的劫掠，只剩下2000余张。
从制度的角度来看，矿税大兴，实质上是万历对国家财政制度的一次大破坏，矿税太监由皇帝直接委派，又直接向内库进奉，不受中央与地方政府财政监督，这等于把政府的钱扫入皇室。矿税大兴期间，“凡店租、市舶、珠榷、木税、船税、盐茶鱼苇及门摊商税、油布杂税，无不领于中使”，对此，主管财税的户部尚书赵世卿愤怒地说，自矿税大兴以来，户部的各项税收为之大减，地方的税缴不上来，国库几乎空掉了。
因此，“矿税之祸”是权贵经济的一个极端案例，而主导者竟然是皇帝本人。
后世学者曾一再统计，如此大动干戈的横征暴敛到底所得多少。据计算，从万历二十五年到万历三十四年的10年间，矿税太监向内库共进奉569万两白银，平均每年进奉50余万两白银。在这个数字的背后，存在两个相关的结果：万历拿到的矿税收入约等于全国关税和商税的总额，而太监们所得则是万历的9~10倍。
很显然，太监成了这场敛财运动的最大受益者。据时任内阁辅臣赵志皋说，矿税太监以官府的名义剥削百姓，将公家财富据为私有，上缴给皇帝的不过十分之一，落入自家囊中的则占到十之八九。也就是说，贪污率高达80%~90%。也正因此，太监成为明代中期最富有的一个群体。
以广东税监李凤为例子，据揭发，他“明取暗索，十不解一，金玉珠宝堆积如山，玲珑异物充塞其门”，贪污白银达到5000万两，其他珍宝还不计在内。他从万历二十七年到三十四年，向内库进奉的税银仅仅只有36万两，贪污的银两是8年间进奉税银的139倍，令人瞠目结舌。
可能万历自己都心知肚明，矿税政策不是治国的正道，所以，他多次公开下诏，承诺紫禁城里的几个宫殿修复之后，就立即停止。然而，“矿税之祸”前后绵延长达10年之久，算得上是一场“十年浩劫”。
在朝堂之上，它遭到众多官员的抗议和抵制，《明史·华钰传》说，自矿税兴，中使四出，凡阻挠矿税太监横行的地方官，都遭到诬陷，万历一闻谤书，圣旨立下，先后惩处的地方官不下25人。1606年，云南官民不堪税监杨荣的滋乱，把他抓住处死，投尸于烈焰之中，万历闻讯后怒气冲天，竟至绝食数天，直至皇太后劝解，阁臣上疏安慰，才消气进食。
在民间，“矿税之祸”弄得天怨人怒。自古富足的江南水乡流传一首《富春谣》，词曰：
富阳江之鱼，富阳山之茶。鱼肥卖我子，茶香破我家。采茶妇，捕鱼夫，官府拷掠无完肤。昊天胡不仁，此地亦何辜？鱼胡不生别县？茶胡不生别都？富阳山，何日摧！富阳江，何日枯！山摧茶亦死，江枯鱼始无。山难摧，江难枯，我民不可苏！
“山摧茶死、江枯鱼无”，老百姓已经发出了这样的诅咒，受祸之深，可以想象。
10年之间，在摧残逼迫之下，民间爆发了多次市民和商人的反抗事件，有史可查的有临清民变、湖广民变、苏州民变，江西民变、辽东民变、云南民变和福建民变等，这是中国古代史上极少见的、不属于“农民暴乱”范畴的市民反抗行动。
山东临清自古是中国北方的商贸中心，京杭大运河穿城而过，是南北商品转运的重要通道，号称“漕挽之喉”、“萃货之腹”。明宣德年间，政府在全国最重要的商贸中心设置了七个钞关，分别是河西务、临清、苏州、九江、杭州、淮安和扬州，其中，临清每年所得关税遥居各大钞关之首。
对于这样一个财税重地，万历自然不会放过，他派出最信赖的太监之一马堂坐镇此地。马太监急于表现，在临清的新城旧城内遍布税吏，凡遇背负肩挑米豆杂粮的小贩统统要缴纳杂税，以致小商小贩不敢到城里做买卖。他还鼓励富户家庭的奴仆举报主人，告密者可得到抄没家产的3/10。马堂的暴行导致“中人之家，破者大半”，终于在万历二十七年（1599年）四月二十四日激发民变。
当日下午，有商贩小民三四千人，聚众包围了马堂的税监衙门，大声抗议，衙门兵丁手持弓箭、木棍杀害数人，于是众心忿激，一齐冲进门内，放火焚烧，衙门尽被烧毁。在内外互殴及践踏中，死亡30多人。此次暴乱的发起者是临清商贩王朝佐，他向衙门自首，被公开处死，“临刑神色不变”，围观者数千人，无不为之叹息泣下。
《明史》记载了王朝佐被处死后的一个细节：临清知府李士登亲自前往抚恤他的母亲和妻子，当地市民立祠堂祭祀他。这是一个不同寻常的举动，表明矿税政策不但遭到民众反抗，甚至连地方官员也公开站在了太监们的对立面。
临清民变是“矿税之祸”造成的第一个公开反抗事件，在朝野引起很大的风波，连传教士利玛窦也注意到了。他在《中国札记》中记录道：“皇帝派太监们出去收税，其实就是掠夺。其中一个名叫马堂，住在著名的临清港。当地的居民和驻军奋起反对他，烧毁了他的家，杀死他所有的家奴。他若不是化装逃跑，避开了愤怒的人群，自己也会遭遇同样的命运。但是恐惧并没有结束他的贪婪，人们说他自从遭了那场灾难后，变得比以前更坏了。”
在马堂的治理下，临清工商业饱受蹂躏，民变发生三年后，户部尚书赵世卿向朝廷报告，临清原有缎店32家，关闭了21家；布店72家，关闭了45家；杂货店65家，关闭了41家，商业极度萧条。
在明史上，比临清民变更出名的是发生在两年后，即1601年的苏州民变。
被万历派到苏州的太监名叫孙隆，他勒令苏州丝织业机户，凡织机一架加征税银三钱，纺织品每匹抽税银三分，一时人情汹汹，讹言四起，机户们纷纷关门罢织，转而从事其他生意，他们雇用的织工因此失业，人数多达几千，受其影响，下游的印染业也裁员萎缩，又造成数千染工的失业。孙隆还在苏州的六门水路孔道设立税卡，一只鸡、一把蔬菜过去，都要缴税——“只鸡束菜，咸不得免”。六月，苏州爆发民变。文秉的《定陵注略》和沈瓒的《近事丛残》详细记载了整个经过。
时年33岁的葛成是昆山的丝织商贩，他见商贾、织工都苦于孙隆的盘剥，就挺身而出说，“我愿意带头，为苏州民众剿乱”。他约了几十个人聚会于苏州玄妙观，大家约定，“所有人的举动，都以葛成手中的芭蕉扇为指挥棒”。
六月六日那天，苏州街头突然出现27个蓬头赤脚的人，穿着白布短衫，每人手中都持着一把芭蕉扇，他们跑遍城内的税官住宅，焚烧、捣毁所有家具，把税官绑扯到大街上殴打，税官黄建节等人被当场击毙，有的税官跳进河里逃命，也被抓起，打得两眼突出，到死为止。闹事的人逐渐增多到上千人，四周围观者更多达万人，带头的葛成提出“罢税”要求，还贴出告示晓谕大众说：“税官作恶，民不堪命。我等倡议，为民除害。今大害已除，望四民各安其业，勿得借口生乱。”俨然是一场有组织的抗议行动。苏州知府不敢派兵镇压，与葛成谈判，好言相慰。
这场风波持续了三天，整个苏州城“若狂三昼夜”，孙隆吓得连夜逃往杭州。到了第五天，道府才出面平定民变，葛成前往自首，说：“我是带头的，杀我一人就可以，不要牵连别人，如果株连平民，一定会引发更大暴乱。”最后，官府判葛成死刑，却一直不敢杀他，关了13年，就把他悄悄放了。葛成到1630年才去世，这已是崇祯三年。葛成活着的时候就成了江南一带的民间英雄，时人称之“葛贤”、“葛将军”，在他死后，苏州市民在虎丘山前建葛将军庙祭祀他。
在后世的很多史书中，苏州民变和葛成的事迹被看成是明代中后期市民社会成熟的佐证。另外特别值得记录一笔的是，在反对矿税政策的行动中，以顾宪成为首的东林党人表现得非常积极和勇敢。在万历派出税监矿使的两年后，1600年，李三才就上《请停矿税疏》，直接质问皇帝：“皇上爱珠玉，老百姓也爱温饱，可是皇上却把黄金看得比天理还要高，皇上想要让子孙传续万代，难道不想让百姓过上一天平静的日子吗？”高攀龙在《上罢商税揭》中也提出：“靠剥夺百姓的财产，不是生财之道，正确的办法只有两个，一是促进生产，二是力行节俭。”被列为“东林党人榜”中第二号人物的叶向高多次上疏要求万历撤回矿监税使，他还利用给太子讲课的机会，大讲东汉的太监之祸，以古讽今。1578年，安徽婺源的15个生员更是联名共同反对税使增加丝捐，“几于作乱”，为首的汪时等人受到严惩。在两千年国史上，这是仅见的知识分子对商人阶层的集体声援行动。
然而，无论是发生在底层的民变还是知识界的声援，对制度和法理的挑战都是羸弱的，对社会进步并没有产生决定性的推进——它们都没有终止“矿税之祸”，也没有引发制度变革，因而，最终是悲剧性的。
如果放眼世界经济、政治史，我们可以发现，从14世纪以后，批准税收被列为英国议会和法国三级议会的一项重要职能，它成为长期限制王权的重要手段，对资本主义的发展起到了十分有利的作用。与万历年间的这场苏州民变几乎同时，在英国伦敦发生了一场著名的请愿运动，从中，也许可以得出更让人深思的结论。