企业股份制改造最根本的好处在于从根本上转变了企业的经营机制，由原来的对上级单位负责变成了对全体股东负责，由原来的按计划经济规律办事变成了按市场经济规律办事。有的企业进行股份制改造后，原来的上级母公司变为占绝对控股地位的第一大股东，股份公司领导仍由上级公司指派，有的干脆就是一套班子两个公司。这种股份制改造往往是换汤不换药，换笼子不换鸟，企业经营机制没有得到根本性的改变。万科的股份制改造从一开始就进行得比较彻底，公司股权非常分散。目前第一大股东仅持9％的股份，国有股不到10％，法人股仅占11％，是名副其实的公众股份公司。没有控股母公司的支持，万科一切都得靠自己。所有权和经营权的彻底分离，使得万科的经营管理必须面对更多的监督和压力，同时也更加规范，更加灵活，可以完全按照市场经济规律办事。
1998年12月，王石接受《上海证券报》记者采访时说道：“不要说20年前，就是在10年前发行股票的时候，我也决没想到发展会如此之快。而在其中起关键作用的并不是我们这些人，而是市场这只巨大的无形之手。”
这句话的后面，确实有着王石的切身经验，在一个大时代，很多事情都超出了个人的预期和把握。
万科发行股票没有半年就遇到北京春夏之交的政治风波，经济走势偏软，一些股东沉不住气，低价出售万科股票。一年之后，深圳柜台交易的股势发生微妙变化，一路追涨不停。当时股票交易的规则还比较粗糙，交割的方法还是背书式的手工操作，但有一条是现在深沪两地股市想做却做不到的：个人股、法人股、国有股都一视同仁，可以自由挂牌买卖。90年代初，能在深圳证券公司柜台挂牌的就那么几只股票，僧多粥少，股票狂涨！万科股票从一元零几分盘升到38元，柜台外交易（黑市）则接近50元。投资也就是一年多的工夫，就有百分之几千的利润啊，此时不出货待到何时？
万科最大的股东是特区发展公司，当时拥有800万股，按平均每股25元计算也值2亿元。在母公司总经理办公室里，王石热情鼓动王新民总经理趁昂扬的行情抛售股票，回笼资金。被资金短缺所困的老总苦笑着：公司是政府所有，企业股也是国有资产，变卖等同国有资产流失，谁敢卖？
同是国有企业的北京广播器材厂（非董事股东）却采取了市场化的做法。厂长王殿圃心急火燎地通知深圳沽售40万原始股，在市场上以每股30元的价格抛出，获利近1200万元，投资建造职工宿舍，获得全厂上下拥戴。几年后，王厂长调到深圳任赛格董事长，提起此事依然视作得意之举。
同样是在体制的约束之下，做法不同，结果完全不一样啊。
大股东担心的是卖出万科股份犯了禁忌，万科担心的是原来的上级公司也就是第一大股东，如何按市场价格参与扩股。尽管不能在市场价格好的时候出售股票回笼资金，但为了保持控股地位，却要在每次扩股时按市场价格跟进，这是特殊的制度结构导致了大股东陷于两难的局面。自从改制为股份公司后，许多人都羡慕万科股权的分散，认为万科的股权架构避免了一股独大的局面，完成了所有权同经营权的分离。而王石只能苦笑，他说，根据万科发展的历史得到的体会，在企业还没有足够大以前，获取大股东的支持是非常重要的。但由于万科的第一大股东的股权只占9%，不会全力以赴支持万科的业务拓展，尤其在需要资金支持时更加会造成很多摩擦。实际情况是，自1989年万科股票实现柜台交易以来，万科一共扩了四次股，除1993年增发B股外，每次扩股都同第一大股东发生矛盾，尤以1997年增发最为激烈。
王石对于这一场和母公司的博弈过程，自己有过长篇的文字回忆，摘录如下：
……1997年母公司的总经理姓陈，是位有魄力、霸气十足的人物。为了获取第一大股东的支持，王石同郁亮到特发大厦，动员增持万科的股份到20%—25%，以此获得母公司对万科的重视和支持。按这个增持方案，母公司要拿出1.5亿元。哪来这么多资金呢？陈总单刀直入。用土地啊，母公司光在香蜜湖的一家合资企业就拥有土地储备100万平方米，只要投入20万平方米土地，万科就还得倒找银子。陈总听得眉开眼笑，爽快地表态：非常赞成！但才过三天，陈总就一百八十度否定了增持的建议，道：总公司业务的三大重点是通讯、旅游和高科技，不能分散资金到房地产。面对食言，王石却隐约意识到：万科引进有实力的财团的机会出现了。
一个星期之后，还是王石和郁亮向陈总提出第二个建议：卖掉万科的股票，回笼资金，支持通讯、旅游、高科技三大重点业务。按法人股以净资产为定价的参照，可回笼资金1.8亿元。陈总又被说动了心，斩钉截铁地表示：这次不会变了。
没多久，万科介绍的买家——香港华润集团旗下的华创执行董事黄铁鹰先生现身。在紧锣密鼓的谈判中，陈总表现出强悍的一面：签订合同的当天要一次性全额付清股款。而且信不过香港公司，不要外汇支付，要人民币。
距签订合同的时间还有一个星期，王石打电话给陈总：“没有什么变故吧？”陈总说：“谈好的事怎么会变？”王石反问：“下个星期不会出差吧？”陈总说：“不会。”
黄先生责成属下北京华远董事长任志强携全额人民币支票南下深圳。距签合同还有一天时间，王石仍觉得不踏实，要求郁亮再次打电话落实。陈总爽快回答：明天见支票签合同。翌日上午，任志强还在飞深圳的路上，王石接到母公司一位副总的电话，为难地通知：陈总不卖万科股票了。王石说，人家带着支票在路上，你让陈总自己和黄先生、任总解释吧。那位副总说，陈总交代我来接待请吃饭，他有事不能出面。这个王八蛋！王石只能心里骂，谁让他是你的大股东呢，还得扩股啊。
两天后，王石再次约陈总谈扩股，丝毫没有歉意的陈老板既不愿意放弃大股东的地位，也不同意扩股。你这不是有意刁难吗？忍无可忍的王石一巴掌拍在茶几的玻璃板上，摆出斗鸡的架势。
情绪已经失控，非亲身经历不能感受个中滋味。
王石的回忆可谓栩栩如生。
我们可以研究一下当时万科董事会的运作程序，便知道为何王石会如此七情上面了。
根据证券发行的有关法规规定，上市公司扩股需董事会形成决议案，提交股东大会表决，通过后才能上报北京的中国证监会会审，批准了方可发行新股。
这个机制下，第一关是董事会。1997年的万科董事会由19名董事组成，母公司有3个席位。尴尬的是王石投票时候的决定了，因为他占的是母公司的董事名额。作为董事长，他应该代表全体股东利益投票赞成扩股；而作为母公司的代表，他又不得不违心反对。
不过，即使母公司的三票全额反对，没有另外七名董事响应，也无法阻止扩股方案提交股东大会。有可能联合的是控股母公司的深圳投资管理公司。1991年，万科第二次扩股，母公司没有能力跟进配售的新股，结果由投资管理公司买下，并因此获得一名董事席位。1997年投资管理公司持万科股票的比率是2%，这2%非同小可。因为根据有关证券法规，母公司的9%为法人股，而投资管理公司的2%属国有股。如果在上报证监会的报告中显示国有股持反对意见，甭管股份比率多少，都会对参加会审的专家产生微妙的负面影响。
国有股的一票成了关键，赞成和反对方都在乎这具有象征意义的一票。不过从盘面上看，显然万科争取到支持的可能性小于上级母公司。且不说隶属关系的亲疏，当时万科的经营规模只有11.78亿元，如何同启动百亿工程的母公司相提并论？在深南路深圳投资管理公司宽敞的总经理办公室里，王石、郁亮向投资管理公司第一把手夏总陈述了万科同母公司的难点。具有长者风范的夏总态度和蔼，倾听之后解释：按培养超百亿企业的设想，投资管理公司拥有的2%也要划拨给下面这家公司啊，只是还没办手续……
虽然形势不如意，但是王石还是硬着头皮找了李子彬市长。听取了王石关于失态拍桌子等问题的检讨和申诉后，李市长表态：怎能拍桌子呢？要谦虚谨慎嘛。（王石连忙惭愧地回应：失态失态！）上市公司因业务需要进行扩股是天经地义，但市长也不好直接干涉一家企业的投资决策。
这“不好直接干涉”的含糊语气，似乎意味着天平是向超百亿企业倾斜的。王石和万科人都是心中无底，忐忑不安。
到了董事会表决万科扩股方案的关键时候了。母公司自然投反对票，但代表国有股的董事却没有投反对票，不过也没有投赞成票，而是采取了弃权。王石他们心中大喜，暗呼这事成了！
一个月之后的特别股东大会上，投资管理公司同样采取了弃权的方式。这意味着投资管理公司对万科扩股的态度是不投赞成票的赞成，又不使母公司尴尬。
不久，上报证监会的扩股方案顺利通过。
也就是在这一年，王石第一次休长假，8月起到西藏、四川、云南待了一个月，开启了他的大规模户外活动的人生。
股权变化尘埃落定
2000年8月10日，深万科发布公告，其大股东股权转让协议正式生效，中国华润总公司取代深圳经济特区发展集团公司，成为万科新的第一大股东。
一大早起来，王石就按捺不住复杂的心情，写下了《再见，老东家》的帖子。
经过三年多的反复谈判，华润集团及其关联公司成为集团第一大股东，持股占集团总股本的15.08％。华润集团的入主及可能提供的支持将为万科的长远发展提供新的空间。
“华润入主万科之后，虽然看上去没有直接给多少钱，也没有给土地储备，但是在董事会这个平时大家看不到的层面，其实对于企业经营者来说有很多的改善。”王石很详细地解释了华润入主对万科的革命性意义。在华润入主之后，“三年不到的时间内，万科两次顺利融资，大股东的支持是非常重要的。”王石表示，“新股东能够从市场经济角度着眼，不像以前的那种上下级关系，对于万科发展也能够更加客观地进行决策。因为衡量标准由原来的对大股东是否有利而变为是否对企业有利。管理层能够集中精力去想企业发展。同时，华润推荐的独立董事起到了很好的作用。”
更换股东三年来，万科无疑有摆脱束缚一飞冲天之感。王石的万科股改大计，十三年后，终成正果。