李世民三步并作两步奔向太极殿。他入了殿门，就见李渊正默默坐在那里看着自己，遂叩首涕泣道：“儿臣叩见父皇。”李渊的心态此时依旧难平，失声道：“二郎，你杀了大郎和四郎，他们可是你的亲兄弟啊！你若觉得杀得还不过瘾，不妨连我这把老骨头也杀了最好。”
李世民抢前几步，扑入李渊怀中，恸哭道：“父皇这样说，儿臣真是百死难恕。其实大哥和四弟身死，儿臣并不知道。事先儿臣谆谆告诫手下，只许他们就地擒拿，不许伤及性命，然后再交给父皇发落。谁料想，局势一乱，儿臣也控制不住，竟然惹出了天大的祸事。说起来，这都是儿臣不好，请父皇重重责罚。”
李渊看了一眼身侧的尉迟敬德，他从海池到这里，一直带领甲士环卫自己身侧，明显是奉二郎之令来监视自己。李世民现在说不知道大郎和四郎身死，李渊压根就不相信。他本想推开李世民，将其重重责骂一番，然看到身边的阵势，知道自己也是不自由之身。自己虽然名为皇上，真正实权却掌握在怀中恸哭的二郎之手，他只好将满腔怒火压了下去。
此时，尉迟敬德已经将裴寂圈入侧房，令人就地看管。殿中仅剩下萧瑀、陈叔达随侍李渊身边。萧瑀看到他们父子两人相拥一起垂泪不已，走过来劝慰道：“陛下，太子和齐王在乱军中身亡，已经无可挽回。老臣刚才听说，他们两人欲后日在昆明池击杀秦王，则祸始者为他们，似不可怪罪秦王。”
李渊老泪纵横，心伤不已，怀中李世民的眼泪打湿了他胸前的衣襟，已经浸透及肉，可以感到泪水的凉意。他听了萧瑀此言，脑子忽然清醒了一些。到了此时，他方才将事情的前后连在一起想了一遍，隐约感到李世民昨天晚上来宫中哭诉，也许是他整个行动的组成部分。此子杀伐决断可谓凌厉，谋事筹划可谓周密。想到这里，李渊的背上不由得冒出了冷汗，心间涌出了许多恐惧：二郎眼前哀哀切切，似对自己万分恭顺，然其内心里到底如何想呢？有一点可以肯定，他既然已夺自己手中兵权，则早已经想好了处置自己的法儿。李渊脸上忽然浮起了慈和之色，他轻轻地推开李世民，用袖口揩去脸上之泪，说道：“二郎，十指连心，他们也是我的儿郎，我心伤其亡亦为性情之中。萧郎说得对，他们心怀歹意，完全是自取其咎，我不怪你，起来吧。”
陈叔达拱手奏道：“陛下，如今京师震动，则安定其乱为第一要务。建成已亡，应早立太子，以平复眼前之乱。”
李渊点头道：“不错，陈卿所言极是。二郎，这太子之位本来就是你的，此次万万不能推辞了。士及，你过来，马上拟一道册书，立二郎世民为皇太子。”
次日，这道册书颁行天下。六月七日，李渊又复下诏，诏曰：“自今后军机兵仗仓粮，凡厥庶政，事无大小，悉委皇太子断决，然后闻奏。”如此，李世民彻底掌握了军国大权，此年，李世民年仅二十九岁。
李世民既然当了太子，自然要入东宫居住。六月四日那天随着薛万彻为首的东宫宿卫一哄而散，东宫就成为一座不设防的宫殿。侯君集带领一帮如狼似虎的手下，旋风般地杀入东宫，搜检出李建成之子承道、承德、承训、承明、承义，将他们拉出宫门斩之。随后，他们又入了齐王府，找出李元吉之子承业、承鸾、承奖、承裕、承度，也是一刀斩之。侯君集又指挥众人将两府中人尽数赶出，将他们圈入大理寺狱中。独杨琚一人被侯君集带入天策府，原来李世民有交代，说杨琼独怜其妹，可将她交给杨琼看管。这样，东宫就为李世民空了出来，待李渊的册书一下，李世民即刻搬入了东宫。
李世民奏闻李渊，说为保安定，朝中官职一概不动，唯东宫官属需要重新授任，李渊准奏。当日，李世民任宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子，尉迟敬德为左卫率，程咬金为右卫率，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马。
李世民当了皇太子，其首先面临的就是如何处理东宫及齐王府旧属。
当时，侯君集正带领人员满城搜捕两府人员，已经逮捕了一百余人。按侯君集及一些将领的主意，这些人为李建成及李元吉鹰犬多年，作恶甚多，应将他们尽数诛杀，然后籍没其家。众将中独尉迟敬德不以为然，他在显德殿里向李世民说道：“如今二凶已伏诛，其子亦绝籍。至于其党，他们各为其主，也是朝廷任用的官吏。太子，敬德以为应赦其罪，这样对安定天下有好处。”
尉迟敬德在此次事件中功劳最大，李世民已将齐王府内的金帛器什尽数赏给他。李世民听了此话连连点头，赞道：“敬德有智有勇也就罢了，难得还有这般宽阔的胸襟。玄龄，你以为呢？”
房玄龄说道：“敬德所言其实为太子初政的第一要事。如今京城之内，因大肆搜捕建成和元吉余党，人心惶惶，亟须安定。玄龄以为，凶逆之罪，止于建成、元吉，对其余党，可以一概不问。可请皇上下诏大赦天下，以安人心。”
杜如晦道：“还有，天下因傅奕灭佛、道，至今民众言论汹汹。可请皇上一并下诏，罢傅奕原意，使天下僧、尼、道士、女冠各复依旧，则天下即安。”
李世民点头道：“对，此二事当请父皇下诏。然李艺据泾州，李瑗、王君廓据幽州，他们手握重兵，且与大郎生前最为亲善。我可以不问他们，然他们万一起兵反叛，能同时赦免他们吗？”
房玄龄说道：“李艺和李瑗又与东宫旧属不同，他们居兵在外，心思难测，应该早做防备。”
第二日，李渊果然下诏，主要内容是赦免东宫与齐王府之罪，另罢傅奕之议。后二日，屈突通领命出镇洛阳，长孙无忌为行军总管出镇京城之西。
冯立、冯翊、谢叔方等人见了朝廷的诏令，走出终南山向李世民投降，李世民好言抚慰，另为他们授任官职。其中只有一个薛万彻自以为得罪李世民太过，加之其性格倔强，仍旧藏身于终南山中。李世民闻讯，唤来薛万均道：“乃弟也是忠于所事，真义士也。你可前去诏谕他，申言我意赦免其罪，让他速速返京为朝廷出力。”薛万均那日未及逃亡，后被赦免，亲眼目睹了李世民确实不再为难原太子之人。他欣然领命，入终南山找到薛万彻，如此往返三次，终于把薛万彻劝说回来。
李世民却对魏征耿耿于怀，他派人将魏征带到显德殿，劈面问道：“魏征，你为原东宫洗马，好好掌握文章图籍也就罢了，缘何不务正业，专事挑拨离间我们兄弟之情？”
座下的房玄龄、杜如晦等人甚惜魏征其才，不忍见魏征因此有罪。现在见李世民雷霆动怒，有心想替魏征说话，终于碍于李世民的威严不敢吭声，内心里暗暗替魏征担心。
孰料魏征神色自若，脸上没有一点害怕的样子，坦言对曰：“若先太子早从魏征之言，必无今日之祸。”他又微笑着对房玄龄等人道，“若是这样，则魏征今日之位就是你们站的地方。”
李世民看着魏征此时的表情，忽然想起了李靖当初被缚来见李渊时的情景，遂改容悠悠问道：“魏征，我知道你有才能。可是你毕竟投错了门庭，心中难道没有遗憾吗？”魏征眉目间晃过一丝无奈之色，然后昂然道：“不然，先太子虽没有殿下如此决断凌厉，然他宽仁为怀，属下归心。魏征仅冲着这一点，就是死了也终究不后悔。”
李世民冷笑道：“好一个魏征，你竟然先用话儿扣着我。你定是想说我不如先太子，对你有些斤斤计较了吗？你既有如此机心，我问你，若复你官职，当前能为朝廷办些什么事情？”
“魏征心想，殿下如今以安定天下为第一要务，这就有用得上魏征的地方。殿下势力向东仅止洛阳，而山东、河北之地，先太子在那里树恩不少，若殿下放魏征去宣慰，则魏征就成了一个活靶子，那里的人定会体会到殿下的宽仁之意。”房玄龄、杜如晦听魏征说出这样一个主意，甚是钦佩他的心智敏锐，想李世民定然不会再为难他，刚才吊起的心又落了下来。
果然，李世民改容待之，哈哈一笑说道：“魏征，我果然没有看错你。大郎若对你言听计从，我焉有翻身的余地？你今日若对我摇尾乞怜，那就不是你了。玄龄、如晦，我意委魏征东宫詹事主簿之职，你们以为如何？”
房玄龄道：“魏征今入东宫，我和如晦最为高兴，想他定能助殿下一臂之力。”
李世民正色道：“魏征，你从今日成为我的幕僚，唯勤谨办事方为正道，此点你要切记，以前的鬼蜮伎俩不可再使，且想也不要想！”顿了顿，他又说道，“至于我是否宽仁，你可留待时日观察，到时候再作结论。”
魏征到了此时，方拜道：“魏征其实早知殿下之英名，惜缘分不好未早追随。今后我定当恪尽职守，忠心办事。只是我性格正直，言语之间不顾忌许多，若因此触怒殿下，唯望殿下能体会大节，不追究属下的一言之失。”
这次轮到高士廉笑了，说道：“魏征，你怎么会是这样的脾气，什么事情都要辩个清清楚楚吗？”
殿内顿时爆发出一阵哄笑。
后数日，朝中下诏授魏征为谏议大夫，并遣其前去宣慰山东、河北之地。与魏征同时被授为谏议大夫的还有三人，即是结束流放生活的王珪、韦挺、杜淹。
当朝廷的诏令辗转送到巂州的时候，韦挺他们刚刚听到玄武门之变的消息。此时，韦挺的火暴脾气已经收敛许多，他听从王珪的意见，与杜淹释去前嫌，慢慢地相处融洽起来。听到李建成、李元吉被诛的消息，王珪和韦挺不免伤心垂泪，其中又以韦挺最为悲痛，他呼天抢地，几至涕泣绝声。
杜淹劝慰二人道：“太子和秦王相争，必有一失。这是很明白的事儿，你们不可太伤心了。我们被流放于此，对各自的主人尽了自己的力量，再无什么牵挂。秦王现在主政朝中，我知他胸襟甚宽，定然不会为难你们。”
韦挺和李建成的感情以友情为主，王珪则是一名爱讲正义的主儿，听了杜淹此言，不禁恼怒道：“我们拥太子，也是朝廷赋予的职责和义务，更是做人之本分。若依你所说，凡人但奉有奶便是娘的信条，岂不是与禽兽无异吗？”
王珪的这番义正词严之语，令杜淹为之气夺。
慢慢地，王珪和韦挺的情绪平复了下来。这日他们接到朝廷的诏令，就开始打点行装，然后三人结伴起身上路，迤逦向京师赶去。
李艺听到李世民做了太子的消息，就在泾州城里如坐针毡。他思来想去，现在自己举兵在外，李世民一时没有办法来收拾自己，待他的位子逐步稳固，则是自己的凶险之始。恰巧此时，曹州巫师李五戒专程来探，李艺就向他问自己的前程。李五戒煞有其事地为他卜了一卦，惊呼道：“燕公贵色已发，当据天下。”李艺以前也很迷信卜筮之事，每遇到大事皆卜之，遇吉则行，遇凶则避。现在听了李五戒之语，觉得与其坐以待毙，不如拼杀一回。趁着李世民立足未稳，自己率先起兵，也许能得到天下的响应。若大事能成，可继续拥李渊为帝，自己就成了第一功臣。
李艺说干就干，对手下诈称奉李渊密旨，要领兵入京勤王。他整顿手下兵马出了泾州城，一路向东行进。李艺知道高墌刺史张万岁是李世民的死党，先下令全力击破高墌城擒拿张万岁。张万岁已经得知了李艺举兵的消息，自忖势单力薄难以相抗，就身带十余骑，飞快向东奔跑，向长孙无忌报讯。这样，李艺不费吹灰之力就得了高墌，他意气风发，下令加快行军速度，直奔豳州。
豳州治中赵慈皓闻听李艺统兵到了城下，他不明底细，急忙出城来迎。李艺装模作样，说明自己奉密旨兴勤王之师，赵慈皓自然相信，连忙将他迎入城内。
这时，长孙无忌已经见到了张万岁，遂提调大军向西开拔。为了防止李艺裹挟不明真相之人，长孙无忌派出密使送信给沿途州县的官吏，说明李艺反叛的真相，让他们认清大势，不可助逆为虐。
赵慈皓闻听长孙无忌统领大军来迎战李艺，又得到了长孙无忌的书信，决心与他联手，设法擒拿李艺。赵慈皓将豳州统军杨岌找来，向他说明了事情真相，然后两人细细商量了行动步骤，此时的李艺尚蒙在鼓里。这日，长孙无忌统领大军到了豳州城下，令人高声宣读了李艺反叛的罪状。李艺正在城墙之上与长孙无忌来回辩驳的时候，赵慈皓、杨岌领人大开城门，引长孙无忌大军入城。
看到赵慈皓里应外合叛了自己，又闻城里城外鼓声连天，喊杀阵阵，李艺明白大势已去。他仓皇溜下城墙，顾不上去唤家人，就匹马落荒而逃。李艺出城后一路向北，想跑到颉利可汗那里苟延残喘，以图东山再起。然他还没有到达目的地，半路经过乌代国时被人认出。乌代王此时奉行亲唐的国策，遂将李艺就地斩首，将其首级贮在一匣子内送往长安，作为向李世民的进见之礼。如此，李艺反叛之事彻底平复。
李瑗被授为幽州都督，因其性格懦弱无主见，大事皆听幽州副都督王君廓来决断。李世民兵变成功后，派通事舍人崔敦礼持诏令前往幽州召李瑗回京。李瑗因自己往日与李建成交好，见了诏令心中忐忑不安，就找王君廓商量。王君廓断然道：“大王若就此入京，必无全身之道。大王现在拥兵数万，奈何受崔敦礼之召，而自投网罟呢？”其实此时的李世民为减少事变的影响，不愿意再追究李建成余党的责任，多宽大待之，像魏征、韦挺就是例子。李瑗若能及时回京，至多会丢掉手中实权，并无性命之忧。
李瑗听了王君廓的判断，不禁垂下泪来，心中惊惶不安。王君廓假惺惺陪着掉了几滴眼泪，并催促李瑗先发制人。
李瑗终于在王君廓的鼓动下决心反叛，决然道：“好吧，与其入京一死，不如放手一搏。王公，我今天将身家性命都托付给你，望你能全力助我。”李瑗遂将崔敦礼囚下，令人日夜拷打，询问京师兵变的真相。崔敦礼坚强不屈，闭口不言。
李瑗一面开始征兵，准备入京勤王；一面招燕州刺史王诜来幽州，与之商量一同进兵的事情。这时，都督府兵曹参军王利涉觉得李瑗行事有些草率，委婉劝说李瑗道：“大王，王君廓性好反复，不能将重任委之。大王若举大事，宜早去王君廓，以王诜代之。”此时的李瑗，早已将王君廓奉为主心骨，认为王利涉挑拨离间，将他斥责一顿然后逐出门外。
王利涉的这番话被王君廓辗转得知，遂加快了行动的步伐。他先带领数十人来到王诜的寓所，此时王诜刚刚沐浴之后，听说王君廓来访，急忙披着湿漉漉的头发出来相见。王君廓见面后拔出佩剑，一剑将他的头颅砍了下来，然后持其首级召见众下属，说道：“李瑗与王诜囚执敕使，擅自征兵，图谋叛逆。我现在已将王诜斩首，剩下一个李瑗也难以翻起大浪。我问你们，是愿意随同李瑗反叛而致使灭族呢？还是愿从我去擒拿李瑗以图富贵呢？”李瑗平时不问军事，军中大权集于王君廓一手，王君廓现在这样说，下面的人哄然叫响：“愿意随王都督平定叛逆。”
王君廓带领一千余人去捉拿李瑗，李瑗惊恐万状，束手无策，只会瞪大着双眼听王君廓宣读自己的罪状。当二人前去绑缚李瑗的时候，只见他跳起身来，大声骂道：“王君廓，你这个卑鄙的小人！你以为出卖了我，就能长保富贵吗？李世民不是一名糊涂之人，他岂能容你来蒙蔽他？你等着吧，我现在若死，在地府里很快就能见到你。”王君廓阴沉着脸，令人当即缢死李瑗。