卢蒙巴遇害后，蒙博托组建的专员委员会也被解散。政权仍归卡萨武布总统和阿杜拉总理掌管，蒙博托则将注意力重新集中到组建军队上。在某些国家的帮助下，蒙博托重组“刚果国民军”，誓要将其训练成一支较为正规的军队。训练中，蒙博托雷厉风行、身先士卒的作风发挥得淋漓尽致。为组建伞兵部队，蒙博托不仅派军官到外国军事学院去学习，自己还亲自到以色列接受训练，对于违纪的士兵，他更是严加惩罚。1963年5月，一支警察部队发生兵变，蒙博托只身前往严厉喝斥。在这位戴着眼镜却目光威严，声色俱厉的少将面前，作乱警察乖乖放下了武器。之后，自然少不了对他们处以出尽洋相的惩罚，围观群众对蒙博托的作法很拥护。
在蒙博托从思想到军事的严格训练下，“刚果国民军”迅速成长起来，并得到了美国、比利时等国的军事援助。与此同时，卡萨武布政府仍然处于混乱中。为了国家的团结，1964年7月卡萨武布任命冲佰为总理。但冲佰一上台便与总统争权夺利，不顾国事，也做不出任何决定。卡萨武布不得已于10月罢免了冲佰，改任多数派领导人金巴为总理。
面对混乱不已的国家，此时，蒙博托的军队实力也已日益壮大，足以抵挡国内任何势力。在这种情况下，1965年11月，蒙博托发动第二次政变，废黜卡萨武布，自己登上了总统的位置。这时蒙博托的民族主义思想有了进一步发展，终于实现了治理国家的愿望。
但蒙博托面对的又是一个怎样混乱的局面呢？两个政权先后统治着灾难深重的刚果，多年的动乱，使中央政府无法在这个辽阔的国家里树立权威，政府也没有像样的军人，而且西方殖民者早已从思想、宗教、语言等多方面进行了渗透，刚果部族众多，观点各异，仅语言就多达300多种，还不包括各种方言，非殖民化进程相当困难。蒙博托只有使用他的强硬手段来管理这个难以治理的国家。
新政权成立后，蒙博托认为首要任务是要恢复国家团结和刚果在非洲及世界人民面前的尊严、自信。1966年至1967年，包括冲佰在内的党派或军队不断发动叛乱，搞分裂。蒙博托对叛乱分子严加惩处，毫不留情，连前部长、前总理也处以绞刑。1969年和1971年蒙博托又平息了两次学生暴乱，挫败了几起颠覆阴谋，再加上卡萨武布和冲佰的相继死去，蒙博托已完全控制了国内政治局势。
在平定国内叛乱的同时，蒙博托加紧推进政治体制改革。他组建了一个文武官员兼有的内阁，起先任命伦纳德·穆拉巴为总理，随后又罢免其职，集总统和总理职务于一身，夺取了议会大部分立法权，解散省议会。同时，蒙博托加强了中央政府的集权，减少行政省份，统一全国，削弱了地方部族的权力。蒙博托的地位日益巩固。
政治权力的集中加强为改善经济提供了条件。蒙博托紧接着实行经济改革，使货币大幅贬值。他制定自由投资法，积极引进外国资本，增加本国铜的出口税率。蒙博托的几步举措使国内经济迅速恢复。
此外，蒙博托政府为扩大影响，采取了一系列举动来缝合过去与卢蒙巴的恩怨造成的人们心灵的创伤，比如他令人迎接流亡在外的卢蒙巴遗孀回国，树立卢蒙巴塑像等。渐渐地，曾支持他的政敌的人们不再记恨蒙博托，即使他到缪勒尔的多数支持者们居住的地方去旅游（缪勒尔塑造为卢蒙巴的精神继承人曾被蒙博托枪决）。
1970年10月31日，刚果举行总统选举，蒙博托势力强大，作为竞选的惟一候选人当选为总统，他所支持组建的人民革命运动党作为法定的惟一政党而成为执政党。
事实上，蒙博托很想将刚果塑造为纯粹非洲国家的形象出现在国际舞台上，而不是西方的一个附庸。为此，蒙博托首先将自己的名字改成一个纯非洲的具有不凡意义的新名字，将国名恢复为历史上的名称扎伊尔，他在生活方式上也向非洲传统生活方式回归，但作了一般适应现代条件的改变。蒙博托的举措赢得了非洲一些国家以及国际社会的认同和赞赏，尽管遭到一些天主教徒的强烈反对，但扎伊尔毕竟成了一个真正的非洲国家，逐渐在摆脱欧洲人的控制。
新独立的扎伊尔十分注重发展同外国的交往关系，蒙博托的外交手段同样果断。他恢复了在动乱年代破裂的同苏联的关系，向南、北朝鲜派出贸易和文化使团，并迅速同台湾和以色列断交。在外交策略上，蒙博托本着“既不极左，也不极右”的态度精明地规划。
70年代初，中美关系改善，中国在非洲的影响日益扩大，原本宣称最厌恶“共产主义和大公司”的蒙博托也在积极寻求同中国恢复关系的机会。他多次宣称：“要同资本主义国家和社会主义国家都发展友好关系。”1972年3月，蒙博托请访问扎伊尔的罗马尼亚总统转达想同中国建交的愿望；同年6月他在访问几内亚时又派人同中国驻几内亚大使商谈。此后经过几番接触，于1972年11月24日中扎两国建交。两国关系恢复仅一个多月，蒙博托就踏上了去中国的旅途。72年的这次访问给蒙博托留下了极深的印象。在同毛泽东、周恩来、邓小平等人的接触中，蒙博托努力清除了中国领导人对扎伊尔及他本人过去的不良印象，中扎两国向积极健康的方向发展。此次访问不久，蒙博托又于1974年12月、1980年3月和1982年6月三次访问中国，表现出欲同中国等友好国家发展关系的急切心情。
蒙博托给扎伊尔外交政策带来的最重大变化，是在同比利时的关系上。扎伊尔独立后，在扎伊尔实行殖民统治近一个世纪的比利时仍同其有密切关系，还试图对它施加影响。誓要恢复国家尊严的蒙博托竭力削弱这种影响，声称与比利时的关系是“一般的”，而非特殊的。蒙博托与比利时乃至欧洲人的“不合作”态度增强了扎伊尔人民的信心，取得了许多国家的信任。当蒙博托访问英国时与女王并排走过，曾经反对过他而拥护卢蒙巴的扎伊尔人激动得泪流满面。
现在，扎伊尔正以崭新的面貌快速地发展着，勿庸置疑地成了中非洲最有成就的国家之一。
Δ作者点评
扎伊尔共和国的复兴和如今的成就如果要归功于某一个人的话，这个人便是蒙博托·塞塞·塞科总统，是他，拯救了被认为是无法统治的扎伊尔。
蒙博托一直精力充沛，精明能干，毫不掩饰自己为个人和国家奋斗的野心，他大刀阔斧、果断干脆的强硬手段给人留下极深的印象。在历次危机严重影响刚果全国的时候，扎伊尔中央政府作出的所有关键性决策几乎都与蒙博托有密切联系；在两次生死攸关的紧急时刻，是他把国家从几乎不可避免的灾难边缘挽救回来。在处理对外关系上，蒙博托更是显得头脑清醒，难怪连毛泽东也忍不住赞叹他办事“爽快”，处理与台湾的关系也“快得很”。蒙博托的愿望是“把刚果变成一个再也不会被人嘲笑的国家”，事实上他的成就已远远超出了当初的夙愿。
蒙博托又是冷酷无情的人，在政治上表现出机敏狡黠，专横自负。当卢蒙巴、卡萨武布、冲佰等均死于非命时，蒙博托幸存下来，因为在每一次危机中他都能“迅速有效并无情地先发制人”。他“既不极左，也不极右”的态度一方面能在很多难处理的关系中保持自己的独立，另一方面他又精明地博得了甚至是敌对双方的欢心。在国家领导人争权夺利的斗争中，他也使扎伊尔人民饱受了难以避免的战争的苦痛。
尽管如此，扎伊尔还是不能没有蒙博托。西方殖民者统治扎伊尔人民手段更险恶，他们从各方面灌输自己的价值观，人为地给非洲人民制造事端，让非洲国家始终处于内乱之中，而后坐收渔翁之利。蒙博托是理智的，且爱国心极强，为迅速使国家独立不至成为西方的附庸，他采取了长痛不如短痛的做法，事实上若没有他的一系列强硬冷酷的措施，扎伊尔很难如此快速地走上独立自主的发展之路。正如一位曾反对他的扎伊尔人说的：“他恢复了人民的尊严，代价虽高，可我想是值得的。”
从毛泽东与蒙博托的交谈中可以看出，毛泽东对蒙博托是怀有好感的，称他是个爽快的人。特别是在处理台湾问题上，蒙博托快刀斩乱麻，割断了扎伊尔与台湾的联系，主动要求与中国和平共处。这是优秀政治家顾大局、识大体的政治见解的体现，毛泽东称他解决台湾问题快得很，道出了伟人胸中的钦佩和畅快的惬意。
【金莉莉】