所谓“府院之争”，就是袁世凯死后，继任大总统的黎元洪的总统府与当选国务院总理的段祺瑞的国务院之间的明争暗斗。黎元洪虽然名为国家元首，但并无实力，而北京政府的实权却掌握在段祺瑞手中。黎元洪遂想利用直系首领、副总统冯国璋排斥段祺瑞，因而，直皖两系间的政争，逐渐演变成了“府院之争”。在“府院之争”中，阎锡山一直站在段祺瑞一边，特别是1914年第一次世界大战爆发后，在中国是否参战的问题上，阎锡山一改袁世凯在世时那种唯唯诺诺的态度，始终表示支持段祺瑞。1917年2月，美国参加世界大战后，以美元为诱饵，极力怂恿其所支持的黎元洪政治集团和直系军阀冯国璋参战。随之日本为扩大其在华权益，也以日元为诱饵，怂恿他所支持的皖系军阀段祺瑞参战。美国见自己怂恿黎元洪参战为日本所利用，便转而唆使黎元洪出面反对段祺瑞提出的“参战案”。于是“府院之争”愈演愈烈。4月25日，段祺瑞以国务院总理的身份召集各省督军及督统在北京开会。会上，阎锡山与河南、山东、江西、湖北、吉林、直隶的督军赵倜、张怀芝、李纯、王占元、孟思远、曹锟、安徽省长倪嗣冲、察哈尔督统田中玉等及其他各省代表，都表示支持段的主张，一致同意对德宣战。阎锡山是4月12日应召到北京的，在会议召开之前，他是否受段祺瑞之命，暗中活动，联络各方，求得支持，不得而知，但在这次会上的态度是明确的。由于有这么多的省份支持，所以段祺瑞决定参战，并强令黎元洪在“参战案”上副署。接着，5月10日，段又在国会审议“参战案”时，以军警包围国会，强迫议员通过。在议员拒绝通过“参战案”后，黎元洪便下令免去段祺瑞的国务总理。段祺瑞不得已，返回天津，在这里，他唆使各省督军提出解散国会，脱离中央。在5月18日由北京发出的各省督军响应段祺瑞号召，要求解散国会的电文上，阎锡山又署了名。5月23日，当安徽省长倪嗣冲首先宣告与中央脱离关系，奉、黑、直、鲁、陕、豫、浙、闽等省随即相继响应。皖、豫、鲁各军北上，奉军入关，阎锡山宣布山西独立，脱离北京中央政府。同时，为对黎元洪进行武力威胁，命令第一旅旅长商震率晋中部队进驻石家庄，并借故下令逼迫黎元洪集团委任之山西省长孙发绪离职。阎锡山的这一系列举动，尤其是其派军队进驻石家庄，不能不引起世人的关注和担忧。因而，北洋元老王士珍致电阎锡山，告诉他已“委张绍轩（张勋）以磋议调停之责”，并要他“转饬已动之队，暂驻现至之地，未动之队仍行驻扎原处”。在此情况下，阎锡山遂先后派参谋台寿民、参事李庆芳赴京接洽，并于6月7日致电段祺瑞，谓“大局纠纷，国事方急，保持统一，全仗我公”（《阎锡山年谱》（一），第210页），明确表示了对段的拥戴。在段祺瑞的一手导演威逼下，黎元洪迫于情势，不得不于6月13日下令解散国会，各省始相继取消独立。其后，国务总理一席，虽然各省督军仍意在拥段，但由于事态尚未完全平息，作为过渡，以温和派王士珍暂先组阁。在这期间，阎锡山又致电各省：“国会宪法未竞事宜，尽可公诸全国，从长计议。但俟阁揆定日，应即行恢复原状”。这里所谓的“恢复原状”，其实就是还由段祺瑞来当国务总理。
正因为阎锡山对段祺瑞如此亦步亦趋，竭力效劳，所以，段祺瑞对他这位门生呵护有加，格外关照。然而，却也正是由于他对段氏如此拥戴，引起了黎元洪对他的不满，想出调虎离山之计，要端了他的老窝。只是由于段祺瑞把得到的消息透露给了阎锡山，才使他免遭孔庚、黄国梁与黎元洪的暗算，逢凶化吉，逃过一劫。
阎锡山在挤走沈铭昌、孙发绪后，虽然“护理”了省长一职，但“护理”终归是名不正言不顺，对此他一直放心不下，而要得到实授省长一职，必须要有北京政府的任命。为了达到自己的目的，当张勋复辟闹剧收场，冯国璋以副总理正位，段祺瑞再为国务总理后，阎锡山即派南桂馨入京，向段疏通。南通过与段祺瑞关系至深的陆军部军需司长罗仲芳向段说项，得到段的首肯，段还说“各省军政都系一人兼任，山西当然也不例外”。南桂馨得此消息后，返回太原，告知阎锡山，阎自然十分高兴，可是，任阎为省长之令迟迟未发。省府秘书长贾景德得知，任命迟迟未发的原因是内务部没有副署。而当时内务部长汤化龙、次长蒲殿俊，均为清朝进士出身，与贾有“同年”关系，于是，贾向阎锡山自请入京，疏通此事。结果，汤化龙等提出只要阎锡山委与之有私交的方贞为雁门道尹，即可副署。阎应允后，省长的任命即很快下达，同时方贞也到了太原。可是阎只委任方贞为政治传习所所长，支道尹薪，终不使他出雁门道尹之任，这也算是对汤化龙等人“把持朝政”的一个小小的报复。
1917年9月3日，阎锡山接到了北京政府“特任”其为“兼山西省长”的命令。这样，阎锡山终于将山西的军政大权集于自己一身，从而为实现其政治抱负获得了重要资本，打下了不可或缺的基础。
4、反对张勋复辟，态度坚决，“护法运动”中却又站在了段祺瑞一边。
愈演愈烈的“府院之争”，导致了“张勋复辟”丑剧的上演。当段祺瑞的“参战案”未能获得国会议员通过，因而促使各省督军反对国会，于是黎元洪撤掉段的国务总理，之后，在段的反黎活动中，首先是宣布独立，继而阎锡山通电脱离北京政府，接着各省纷纷效尤，“府院之争”已然白热化，眼看南北之战一触即发，国家将陷于一场更大动乱之时，长江巡阅使张勋，表示可以出任调停。黎元洪为了“依张自保”，遂于6月2日明令“张勋、徐世昌合力调停”。岂料，这却给张勋复辟制造了机会。“张勋复辟”终于失败，而黎元洪也引火烧身。
张勋（1854—1923年）字绍轩，江西奉新人，辛亥革命前曾在袁世凯帐下任管带、副将、总兵，还曾多次充当慈禧太后和光绪皇帝的扈从，1911年8月，被清廷任为江南提督。他坚决反对武昌起义，清廷退位后，张部被改编为武卫前军，1914年武卫前军改称定武军。袁世凯授予张勋武卫上将军，1916年出任安徽督军，其部已扩充到57营2万余人。由于民国建立后，张勋及其所部仍保留发辩，所以被人们称为“辫子军”，张本人则被称为“辫帅”。他1913年4月就阴谋拥溥仪复辟，因机密泄露而止。袁世凯称帝时，他又企图勾结保皇党允升共同拥溥仪复辟。袁世凯死后，他认为袁失败是其“辜负皇恩”，出卖清王朝的结果。因此仍想瞅准机会继续进行复辟。黎元洪让他出面调停“府院之争”，无疑给他的复辟活动提供了一个大好机会。
张勋受命后，即于6月7日率3000余人自徐州北上，先至天津逼迫黎元洪解散国会后，14日进入北京。他一面调停，一面积极与康有为等保皇派约合，准备复辟。经过一番筹划，1917年7月1日凌晨3时许，张勋身着清代朝服，率领清朝遗老遗少及其干将300余人，进入清故宫，拥溥仪“登极”，随即发表“诏书”，宣布溥仪自即日起“临朝听政，收回大权，与民更始”，并改民国六年七月一日为宣统九年五月十日。张勋被授予议政大臣、直隶总督兼北洋大臣，实际上掌握了复辟王朝的最高权力。
在此之前，张勋阴谋复辟已有传言，阎锡山闻讯后，于6月12日致电察哈尔督统田中玉，指出：“复辟谬说，危清室，害国家”，当“出兵讨伐，敉平政变”。7月1日，当复辟王朝任命阎锡山为山西巡抚后，第二天，阎即分别致电保定的曹锟、武昌的王占元、开封的赵倜、奉天的张作霖、济南的张怀芝、西安的陈树藩诸督军以及安徽省长倪嗣冲，问他们“同志各省，有何主张？并乞随时密示，以便一致行动”，并表示要“整饬师旅，准备进讨”。
张勋复辟后，总统黎元洪逃进了外国使馆，电令冯国璋代行总统职务，并重新任命段祺瑞为国务总理。7月3日，在全国上下一片讨逆声中，冯、段分别发出“誓讨复辟”通电，段在马厂誓师“讨逆”。4日，阎锡山即派台寿民、张骐分赴天津、南京，晤见段祺瑞、冯国璋，请授方略，同时致电段祺瑞，除表示对张勋的复辟极为义愤，并认为“此次指挥义师，唯公莫属”之外，还说自己“刻经选派混成一旅进驻石家庄，以便会师北上”（以上参见《阎锡山年谱》（一），第211、214、218页）。
7月5日，阎锡山先派商震率第一混成旅由石家庄会师北上，配合曹锟北伐。7月7日，又续派第三混成旅旅长孔繁蔚率领所部进驻石家庄，以为后援。在接到京报称张勋扣押火车三辆，拟逃窜蒙疆的消息后，又令大同镇守使张树帜带一支队进据居庸关，会同察哈尔督统田中玉，防止张勋兵败北逃。同时，针对张勋与口北匪徒卢占魁相互勾结的情况，致电段祺瑞通知前敌部队注意，并建议派兵一旅，北上分头迎剿，另外还致电冯国璋请其派兵进攻张勋老巢合肥，以断其后路。
在各路军队的同力征讨下，张勋节节败退。7月8日，讨逆之师在京城外围大败张勋部，张勋坚闭城门不出，请王士珍出面调停。这时，率兵驻于丰台的段祺瑞却下令各路讨逆军暂勿前进。对此，阎锡山不予苟同，力主从根本上解决问题，在其给曹锟的电报中，明确表示“鄙意时不可失，务恳我兄坚持到底，商同香岩（段芝贵字）大哥，根本解决，冀绝后患”（《阎锡山年谱》（一），第229页）。当张勋负愚顽抗，调停不成后，讨逆军下令总攻，晋军商震、孔繁蔚两旅遂奉命向北京城进攻。晋军团长李敏率部首先攻克得胜门，接着各路军攻入北京，分头出击。其时，天安门等处的复辟军仍顽强抵抗。商震旅乃急调山炮一团向前猛攻，在强大的火力下，张勋残部放弃了抵抗，纷纷缴械投降。张勋在德国人的保护下，从其南河沿住宅处逃入荷兰使馆。溥仪宣布退位，冯国璋、段祺瑞因讨逆有功，分任总统、国务总理，阎锡山也因坚决反对复辟而得以兼管山西民政。
但是，在其后不久由孙中山领导的“护法战争”中，阎锡山却出兵攻打护法军，站在了孙中山的对立面。冯国璋、段祺瑞虽然成功地粉碎了张勋的复辟，但冯国璋代理大总统后，并未恢复黎元洪解散了的国会，立法机关依然停废。于是两广遂宣告暂行自主，及至冯、段另行召集临时参议院会议时，孙中山便率海军赴粤，宣布护法。广西、云南、贵州各省相继响应，原来的一些国会议员也纷纷南下在广州举行国会非常会议，制定中华民国军政府组织大纲，9月1日选举孙中山为中华民国军政府海陆军大元帅，重申护法大义。这样，便与北洋政府形成了南北对峙的局面。
在此情况下，阎锡山没有发挥山西这一“北方革命据点”的积极作用，起而响应护法战争，相反却站在段祺瑞一边，先是于1917年7月27日，致电北洋政府，表示赞成和支持段祺瑞召集临时参议院的主张，并致电段祺瑞，支持他不恢复国会，支持段的“武力统一”政策，接着，又尊段祺瑞之命，派兵入湘作战，以履行其当初对段“山西军队愿为前驱”的诺言。
阎锡山所派的商震第一混成旅两个团和周玳的1个炮兵营从太原出发，到石家庄后换京汉车，一直开到汉口大智门车站。10月，晋军到达护法军与北洋军双方交战的主战场湖南省，协助湖南督军傅良佐对宣布独立的湖南零陵镇守使刘建藩部进行镇压。起先，晋军在永丰前线由于防守严密，使与之对阵的护法军广西马济、韦永昌的部队无隙可乘，虽然后来广西方面增加了兵力，但由于商震严令“本旅奉命死守永丰阵地，如敢私言进退者，以军法从事”，晋军进行了顽强抵抗，所以，在永丰前线阵地上还一连坚持了十几天。可是，当北洋军湖南总司令王汝贤、副司令范国璋忽然在长沙发表通电，主张停战撤兵，迫使傅良佐逃往靖港后，晋军即陷于孤立。商震见事不妙，遂率部退至湘潭，却又被湘军包围缴械，只有远驻于城外的炮兵营未被歼灭，但撤至易家湾后也被缴械。商震等军官被送至武冈，后买通传教士，才得设法乘日本小轮逃到汉口，收容所部士兵。商震入湘后，阎锡山听到北洋军不利的消息，但却未听到商震的报告，于是便派上尉副官蔡鸿胪与上校副官张汝贤先后赴汉口、岳阳一带探听虚实。当蔡鸿胪先到岳阳时，商震已全军覆没，蔡即电告于阎锡山，阎即电商返并。
商震当初出发时，曾口出狂言，而今却一败涂地，自觉无颜见人，又怕阎锡山处罚，而湖北督军王占元又想留商震在湖北任职，因而一时犹豫，蔡鸿胪将这些情况致电给阎锡山，阎又派其副官李德懋昼夜赴汉，劝商震返晋，于是商决定回太原。商见到阎锡山后，连说请罪，阎则以“胜败乃兵家常事”相慰，不仅不咎既往，还嘱商从速整理部队，以备将来再战。阎锡山如此对待商震，是因为一来商震在前不久的5月在晋南剿郭坚有功，二来这次赴湘失败，不在商震用兵不当，而是局势变化使然。商震也知恩图报，后来在军阀混战中为阎锡山确实出了大力。
如果说，阎锡山在孙中山领导的二次革命中，还有响应革命的思想准备，但因湖北未起而响应，他也未予响应，所以，还有一些“保持北方之革命据点”的意味的话，那么，“护法战争”爆发后，他却站在了孙中山的对立面，则完全是为了维护其即得利益，保持他在山西的统治地位了。他奉段祺瑞之命出兵湖南，主要是为了报答段的恩情，并在今后得到已掌握北洋政府实权的段的进一步支持。除此之外，他的另一个想法，也许是想让晋军走出娘子关，扩大山西的影响，并提高其在北洋政府中的地位，为自己今后在中国的政治舞台上施展身手创造条件。但他没有想到会是这样的结果，不过，他从此次晋军的失败中，也认识到了自己的力量确实有限，要想将来与群雄竞争，还必须尽快增强自己的实力。其后他采取的种种措施，正是为了使自己能有一个更好的“生存”和发展的空间。
5、“保境安民”与扩充军备双管齐下，山西的军事实力迅速增强
袁世凯死后，北洋军阀中的直系、皖系、奉系等军阀，二次革命战争中崛起的国民革命军，以及在护法战争中发展起来的各个地方势力，他们为了扩充自己的实力，以争夺国家的最高权力而不时挑起的战端，愈演愈烈的相互攻伐使中国社会陷入极度混乱的状态。
在这种情况下，阎锡山由于既与北洋军阀各派系特别是段祺瑞的皖系有着较深的关系，又与国民革命军和其他地方势力有着一定的瓜葛，所以，就不可避免地被卷入军阀混战的旋涡，或是他被旁人拉拢利用，或是他利用拉拢旁人。他奉段祺瑞之命出兵湖南，即是前者的明证。