勇敢的珀耳修斯杀死蛇发女妖后历经磨难，回到出生地阿耳戈斯。最终他也没逃脱厄运，还是杀死了自己的外祖父。
阿耳戈斯的国王阿克里西俄斯得到一个可怕的预言：
他的外孙将会杀死他。为了逃避这个厄运，阿克里西俄斯将女儿达那厄和外孙珀耳修斯钉进一个木箱子，然后将木箱子投入大海。
珀耳修斯是达那厄与宙斯的儿子，他们母子注定会得救的。
果然，木箱子在海上漂流了一段时间后，被塞里福斯国的国王波吕得克忒斯发现，并将达那厄母子收留。
珀耳修斯杀死蛇发女妖当珀耳修斯长成一个小伙子时，波吕得克忒斯命令珀耳修斯去取来三个蛇发女妖之一墨杜萨的头，并且激将珀耳修斯：“如果你真是宙斯的儿子，就去把女妖墨杜萨的头取来！”
珀耳修斯踏上了遥远的征程。三个蛇发女妖住在大地西方的尽头，她们全身长着坚硬如钢的发光的鳞甲，只有赫耳墨斯的弯剑才能砍碎这鳞甲。她们有粗壮的铜手，锋利的钢爪。她们头上长的不是头发，而是咝咝作响的毒蛇。只要向她们狰狞的面孔看上一眼，任何人都会立即变成石头。她们有金色的双翼，在空中高速飞行，谁遇见她们谁就遭殃。
为了帮助宙斯的儿子建立功业，众神的使者赫耳墨斯送给珀耳修斯一把锋利的剑，雅典娜则送给他一面铜盾牌，这面盾牌可鳞（犾í狀）甲：有些身体表面具有保护作用的薄片状组织像镜子一样照见一切。珀耳修斯经过了许多国家，行程千万里，最后来到格赖埃三姐妹居住的黑暗的国家。她们三姐妹只有一只眼睛和一颗牙齿。她们轮流使用这只眼睛和这颗牙齿。当其中一个使用这只眼睛时，另外两个就成了瞎子；在交接眼睛的过程中，她们三个都是瞎子。这三个姐妹守卫着通向蛇发女妖住地的路。
珀耳修斯依照赫耳墨斯的嘱咐，在黑暗之中悄悄靠近她们，在她们传接那只眼睛的瞬间，抢来了那只眼睛。三姐妹大惊失色，为了恢复视力，不得不违心地告诉了珀耳修斯通往女妖住地的路线。
接着，珀耳修斯又从几位神女手中得到了三样礼物：冥国主宰者哈得斯的头盔，戴上它可成为隐身人；一双有翅膀的鞋子，穿上它可在风中飞行；一个神奇的革囊，它可大可小。珀耳修斯穿上鞋，戴上头盔，背上革囊，向女妖的岛屿飞去。
飞着飞着，珀耳修斯看见了三个睡在岩石上的女妖，睡梦中她们伸着铜手，头上的毒蛇在缓缓蠕动。珀耳修斯不敢正眼看她们那狰狞的面目，因为看上一眼自己就会变成石头。他拿出雅典娜送来的铜盾牌，找寻墨杜萨，因为只有墨杜萨是肉身，可以被杀死。珀耳修斯找准目标，像一只雄鹰一般扑向墨杜萨。墨杜萨头上的毒蛇嗅到袭击者的气味，咝咝地昂起了头，墨杜萨动弹了一下，已微微睁开了眼。就在这千钧一发之际，珀耳修斯用锋利的剑砍下墨杜萨的头，然后装在革囊之中。墨杜萨挣扎的尸体滚进大海，惊醒了另外两个姐妹。可是珀耳修斯现在是隐形人，任她们怎么找，都是白费劲儿。
转眼之间，珀耳修斯飞到了利比亚的上空，墨杜萨头上的血渗出革囊，大滴大滴地掉在地下。血滴中又长出了毒蛇，毒蛇吓走了所有的生灵，所以利比亚便变成了沙漠。
珀耳修斯和阿特拉斯珀耳修斯飞呀飞，最后飞到了普罗米修斯的兄弟阿特拉斯管辖的国家。阿特拉斯不仅有成千上万的牛羊，而且还有一座豪华的花园，园中长着一棵金枝金叶的苹果树，结的苹果也是金的。
阿特拉斯十分珍爱这棵树，特别是听到女神忒弥斯预言宙斯的儿子将会偷他的金苹果后，更是小心翼翼地日夜守护。
珀耳修斯飞到这里，友好地对阿特拉斯说：“我是宙斯的儿子，我杀死了女妖墨杜萨，让我在这里歇一歇。”
阿特拉斯立刻想起了女神的预言，粗暴地说：“你快滚吧！
什么宙斯的儿子，谎言帮不了你的忙。”
珀耳修斯怒火中烧，阿特拉斯不仅不招待他，反而出口伤人，他决定报复阿特拉斯。
珀耳修斯愤怒地说：“好吧！阿特拉斯，请你接受我的礼物！”
说着，珀耳修斯将墨杜萨的头掏出，对准阿特拉斯，而自己则转过身去。只见阿特拉斯立刻变成了一座山，头发和胡须则变成了树木。从此，阿特拉斯山支撑着整个天宇及其上面的星座。
珀耳修斯拯救安德洛墨达珀耳修斯经过长时间的飞行，来到了刻甫斯王国。他看见刻甫斯国王美丽的女儿安德洛墨达正被锁在海边的悬崖上。其原因是，王后自夸比任何美女都漂亮，得罪了海中神女，海神波塞冬派海怪劫掠了刻甫斯王国，除非将安德洛墨达让海怪撕食，否则这种惩罚没有尽头。珀耳修斯看到正在受难的安德洛墨达，一股爱意油然而生。他对国王说：“我是宙斯的儿子，杀死女妖墨杜萨的英雄，如果你们肯把女儿嫁给我，我就能救她。”国王欣然同意。
这时，海怪逼近了。珀耳修斯果断地从空中飞向海怪，用手中的剑刺进海怪的脊背。海怪受了重伤，鲜血染红了海水。
海怪被杀死了，安德洛墨达得救了。
珀耳修斯的婚礼
珀耳修斯向父亲宙斯及雅典娜、赫耳墨斯敬献了丰厚的祭品，然后，刻甫斯王宫的婚宴开始了。鲜花、美酒、歌声、乐声，到处是欢腾的场面。就在这快乐的时刻，安德洛墨达的第一个未婚夫菲纽斯率着大队人马冲进王宫。他要和珀耳修斯决斗。
国王刻甫斯大声喝道：“菲纽斯！当你的未婚妻被锁在悬崖上时，你在哪里？当海怪扑来时，你又在哪里？现在你想从胜利者手中夺走奖品吗？”
菲纽斯无言以对，却将长枪投向了珀耳修斯。珀耳修斯一闪，长枪扎进了一把椅子。激烈的战斗开始了。珀耳修斯抽出宝剑，所向披靡。雅典娜也从奥林匹斯山赶来支援她的兄弟。可是菲纽斯带来的人实在太多了，珀耳修斯不得不使出“杀手锏”。
他高声叫道：“是你们逼迫我这么干的！谁是我的朋友，赶快转过身去！”
珀耳修斯从革囊中取出墨杜萨的头，高高举起。向他进攻的人群顷刻变成了一群石雕像。菲纽斯的石像则如同一个奴隶，跪在那里，眼神中充满恐惧。
预言的应验
珀耳修斯带着妻子安德洛墨达，回到了塞里福斯岛。他救出了母亲达那厄，并将虐待他母亲的国王波吕得克忒斯也变成了石头。最终他带着母亲和妻子回到出生地阿耳戈斯。他把头盔、有翼的鞋和神奇的革囊归还给各位神，将剑还给赫耳墨斯。把墨杜萨的头献给雅典娜，雅典娜把它固定在胸前闪闪发光的胸甲上。
珀耳修斯的外祖父逃脱不掉注定的命运。有一次，珀耳修斯在掷铁饼时，不幸正好打在了阿克里西俄斯的头上，将他砸死。
预言应验了。珀耳修斯悲叹自己不由自主地杀死了外祖父，并将外祖父安葬。