不久，费城的沃登和其他一些主要的石油业者一一被说服。一度受挫的南方开发公司又重新焕发了生机。并入标准石油公司的洛克哈特石油公司，像以前有同样经历的其他公司一样，没有马上对外公开，只是标准石油公司与洛克哈特秘密交换了股票，而洛克菲勒却让洛克哈特在当地尽可能多地说服竞争者加入标准石油公司，购买标准石油公司的股票。沃登的公司也承担了和洛克哈特同样的任务。这些悄悄设下的伏兵，就像一张巨大的网，洒向全国各个角落，把所有石油业者都要组织在标准石油公司里。
洛克菲勒这次萨拉托加密谈成绩相当可观，他赢得了费城地区最大的炼油厂，匹兹堡一半的炼油厂、还有纽约最大的铁路公司，使得标准石油公司的实力又大大增加。
到1877年，标准石油公司已经扫平了产油区、费城和匹兹堡的所有竞争对手，只是在纽约还有零零落落的几家独立经营的炼油商在负隅顽抗。在美国绝大多数产油区，到处飘扬着标准石油公司的旗帜。
至此，标准石油公司已按洛克菲勒的计划，进展到了一个“唯我独尊”的阶段——不管炼油商或产油商余党如何强烈抗议，甚至借助立法机构采取行动，都无法阻挡他“侵略”的步伐。
巨头“美孚”浮出水面
标准公司不择手段的采用各种方法打击、压迫那些竞争对手，并因此而恶名昭著，越来越多的各界人士反对垄断的呼声日渐高涨，至此，反托拉斯运动拉开帷幕并愈演愈烈。矛头直指标准石油公司，但老谋深算的洛克菲勒早有对策。
1882年1月，标准石油合并了全美炼油企业成立了托拉斯。受托委员会利用折扣大联盟和强迫收买等方式，吸收了72家炼油企业股分。这种垄断结合体，还可以购买其它公司的股份，可以说是一种彻底的中央集权制，增设一个炼油厂或废除一个炼油厂，这都是他们至高无上的权力。
洛克菲勒增加100万美元，在新泽西州设立炼油厂，此时标准石油公司已经拥有1000万美元资金了。
原来俄亥俄标准石油公司和宾州石油公司占重要地位，现在却成为炼油厂和地区性的销售公司。而由洛克菲勒主掌的纽约标准石油公司却拥有750万资金，为海外输出的据点。
洛克菲勒小心谨慎地观察和研究别的公司的成败得失，通过观察和与伙伴们商讨的结果，发现组建控股公司是一切办法中的佼佼者。于是，标准公司于1899年6月改组，将新泽西州的标准公司重新登记，令其有权交换属下20个公司的股份，资金由1000万美元增至1.1亿，发行100万股的普通股票和10万份的优先股。6月19日，董事会宣布，所有属下的20家公司与托拉斯已废除的股票都应换成新泽西公司的股票。于是，分散独立的公司又重新团结为一体，股票集中之后，标准石油公司一度而成为世界上最大、最富裕的公司。在1906年，公司的总资金是3.6亿，而每年的纯收入是8312万。新泽西标准石油公司又称美孚石油公司，后改名为埃克森公司，至今仍然保持它的世界最大石油公司的地位。如此庞大的企业恐怕是当初谁也没有想象到的，也许只有洛克菲勒梦想过，而今却千真万确地摆在眼前。至此，标准石油成为石油集团企业的地位已坚不可摧了。
美孚公司神通广大，无所不知。对它来说，竞争对手每售出一桶石油，就像眼前掉下一只麻雀，看得一清二楚。
在垄断了炼油业务并控制了石油运输之后，美孚公司这条大鳄鱼立即钻进了石油交易市场的惊涛骇浪中。它将全国划分为几个区，它的分支机构开始按照划区派遣它们自己的装油马车深入到小城镇去，它们使用削价手段来消灭过去一直在那儿出售火油的厂商们。这样洛克菲勒的名字就变得家喻户晓了。
洛克菲勒在石油事业上决不是革新者。他服膺卡耐基的理论：“闯出新路子，是没有好处的。”在这点上，从下面这件事就可以看得清楚。1879年，海岸公司为了谋求打破洛克菲勒对铁路公用和石油销售方面的扼制，就铺设了一条长达110英里的输油管道，从石油区直铺到海边。尽管洛克菲勒叫他的代理人尽量买进路权，以阻断管道的路线，恫吓工人，甚至阴谋破坏这条输油管道，海岸公司还是成功地完成了这一工程。由于美孚的这次勾当未能得逞，它的股东之一阿奇·博尔德就以贿赂开路，渗入海岸公司，并且利用它们股东之间的斗争和其他问题向海岸公司围攻，直至它终于售出给美孚公司为止。不久，美孚公司就抄袭海岸公司的工程技术建造了它自己的巨大的输油管道系统。
美孚公司的每个股东人员虽然各有任务，但都在洛克菲勒严密控制下，每人主持一个委员会。洛克菲勒从来不允许哪个公司成为个人表演的橱窗，并在经营活动中逐渐灌输他所谓的“美孚精神”，他培育了一批新型的、忠诚不渝的企业管理人才。正是由于美孚高级职员的才干，公司才能够充分利用时机，使它所开辟的各个领域沿着技术、地区以及工业各条战线，迅猛发展。
到了上世纪的最后几年，新兴的工业科学发展了几十种石油副产品的衍生物：石蜡、润滑油、凡士林，甚至还有口香糖。恰恰就在电灯泡即将使火油不再作为照明剂的时刻，内燃机——它将改变现代工业的能源基础并引起为争夺油源和供应而影响国与国之间关系的斗争——即将把美孚石油公司推向甚至连洛克菲勒自己都梦想不到的财富和权势。1903年，美孚公司的代理商在基蒂****向赖特兄弟公司提供他们的汽油和润滑油。1904年，这些代理商的推销员建立了一个服务站，供参加第一届纽约——巴黎国际汽车比赛的竞争者使用。
洛克菲勒始终不懈地致力于托拉斯的发展——即使当时谁也料想不到石油会有这样了不起的前景——这就使美孚在充分利用未来可能出现的一切机会方面处于一种优越的地位。其时，国际上一场新的斗争正方兴未艾。
虽然美孚公司在争夺海外市场时，既无后台撑腰，也不能指望得到任何方面的支援，只能孤军作战；但是，美孚公司的心狠手快程度，也是远近闻名的。当时，俄国正在黑海开采巨大的巴库油田，美孚在国际石油市场的垄断出现缺口。到1883年，通往黑海的铁路已经建成，沙皇邀请了诺贝尔兄弟以及罗思柴尔德家族去协助开采这些巨大的石油财富。到1888年时，俄国在生产原油方面超过了美国，数年前默默无闻的俄国火油已垄断30％的英国市场，并且正在向欧洲其他地区扩展。
在这种危急情况下，美孚公司的智囊团于百老汇大街二十六号开会，着手采用削价战术进行反攻。它决定消灭那些以前利用过的欧洲进口商号，而建立起一套国外分支机构的系统来取而代之——如英美石油有限公司（在英国）、德美公司等。它派遗约翰·阿奇博尔德出国同罗思柴尔德家族进行秘密交谈，其着眼点是所谓欧洲市场“合理化”的问题；它谋求收买对手，同时通过秘密购买股票的办法打进它们中去。它取得的成就给予人们深刻印象，但也并未取得彻底的胜利。从1884年到1899年，美国出口到欧洲的石油增长5倍，但美孚公司最多也只能保持欧洲市场的60％而已，这种情况直到1914年世界大战时才完全改变石油斗争的局面。
慈善事业
19世纪90年代时，约翰·D·洛克菲勒也走到了他人生的十字路口。在已经度过的漫长的几十年中，他一直在拼命挣钱，积累了一大笔财富——这笔财富是以亿万来计算的。但现在他更加忙碌，不仅要管理他的业务，还要安排他的投资和慈善事业。
事实上，洛克菲勒的捐钱行善早在他年轻时就开始了。这与他的宗教信仰联系在一起的。他笃信基督，曾经长期在克利夫兰和纽约的基督教浸礼会担任领袖。宗教活动在他生活中仅次于经商大事。最初，他只施舍几角几分给教堂，年复一年，随着他收人的增加，他的捐款数额也大了起来。不过，这些捐助和洛克菲勒的巨额收入相比，捐助的款项不成正比。据统计，到19世纪80年代末以前，共捐出十几万美元。
1890年之前，美国只有哈佛大学和约翰·霍普金斯大学等几所大学。90年代以前，随着社会的进步，人们生活条件的改善，求知欲增强了，因此大学教育蓬勃发展起来。斯坦福大学、克拉克大学以及芝加哥大学都是这个时期创建的。考虑到自己的捐款太零散，于是，洛克菲勒在一些教会人士的建议下，萌生了兴建大学的念头。
1888年，浸礼会的教育团体在华盛顿开会，一致通过了盖茨的建议，兴办大学的事就此展开。
筹备工作分别由盖茨、古特史壁、哈珀三人负责。他们各有分工，各展才华，盖茨负责筹款，管理基金，古特史壁负责游说西部的人士支持该校及公共关系方面的事宜，哈珀则策划校方的课程及师资方面的事。
1889年5月18日，浸礼会终于在波士顿的提蒙礼拜堂召开大会。首先由史强先生宣布在芝加哥要创办一所学院，接着盖茨便宣读了洛克菲勒的来信，告诉教友们他将捐助60万美元作为建校的基金，希望抛砖引玉招来更多的捐款，共同创建这所学校。
教友们纷纷响应洛克菲勒，数日之内又收到30多万美元，半数以上是教友捐赠，其他是由商人及芝加哥以外的人士捐的。
1889年9月10日芝加哥大学成立，9月18日董事会推举哈珀出任校长。
对洛克菲勒来说，那笔60万美元的捐款不过是第一步。以后，他源源不断地向这所学校投入资金，支持他们度过难关，但他坚持10年以后，学校必须自给自足。10年中，他的捐款总额达到34000多万美元。
洛克菲勒不但捐款，而且在学校创办的过程中，不辞辛苦地帮助招聘各种最好的人员，但他并不想管理这所学校，也不想借这项事业使自己扬名。大学建成后，他只访问过校园两次，直到他去世后，学校才把一幢建筑以他的名字命名，即洛克菲勒纪念礼拜堂。
这是洛克菲勒慈善事业的第一个百万级的伟大工程。而和兴办芝加哥大学有着同样重要意义的是他从中发现了一位人才，此人就是弗雷德里克·T·盖茨，后来成为洛克菲勒的新同事，而他所起的作用，不亚于洛氏在石油事业上的任何一位亲密同事。