经验派哲学家进行少量实验之后，就大胆抽引和构造各种体系，将事实捏合成奇形怪状以适应其体系。培根认为炼金家就是这一类人，他们的教条得自于少数实验之狭暗，而无普遍概念之光亮。
至于第三类哲学家，把哲学与神学或传说杂糅起来，甚至要在精灵鬼怪当中去寻找科学的起源，他们的哲学是幻想的、浮夸的和半诗意的。比如古人中的毕达哥拉斯和柏拉图，培根的同代人中还有人沉溺于这种虚妄，以至于竟幻想要从圣经的某几部分上建立一个自然哲学的体系，结果不是荒诞的哲学，就是异端的宗教。培根指出，“要平心静气，仅把那属于信仰的东西交还给信仰”。在培根的时代这是新奇到几乎讲不通的震聋发聩之作，培根以此震撼了后来震撼世界的那些伟人们，以致于当年的叛逆被今人视作老生常谈。
因此，第一步工作就是“刷洗、打扫和铲平心的地面”，以便把心放在一个好的或者说是便利的位置上。追求和发现真理，只能有两条道路，“一条道路是从感官的特殊的东西飞越到最普遍的原理，其真理性即被视为已定而不可动摇，而由这些原则进而去判断，进而去发现一些中级的公理。这是现在流行的方法。另一条道路是从感官和特殊的东西引出一些原理，经由逐步而无间断的上升，直至最后才达到最普通的原理。”
这两条道路中，现有的作为心之工具的逻辑已经害多于益了，三段论式“不是应用于科学的第一性原理，应用于中间性原理又属徒劳”，它抓不住事物本身；且三段论式为命题所组成，命题为字所组成，而字则是概念的符号，概念本身如果是混乱的而且是过于草率地从事实中抽出来的，那么其上层建筑物就不可能坚固，这正是独断的演绎所造成的必然的困难。因此，最后“还剩下单纯经验这一条道路。这种经验，如果是自行出现的，就叫作偶遇；如果是着意去寻求的，就叫作实验”。真正的经验的方法应该是“首先点起蜡烛，然后借蜡烛为手段来照明道路”，亦即，不是从漫无定向的经验出发，而是首先适当地整理、摆列和类编经验，抽获原理，再由所确定的原理进至新的实验，因此，必须要有归纳法。
归纳法与人的生活经验关系密切。但作为科学方法的归纳不是无止境的简单枚举，而必须包括对材料分类和对假设筛选的技法。比如，什么是热？为了要找出发生热的原因，培根首先列出了热存在的27种论证，如太阳的光线、带火的流星、一切火焰、燃烧的固体、冬天地下洞穴的气体、燧石与钢猛烈撞击而产生的火花、生石灰浇上水，等等。其次，列出一个各种情况的反面事例，或者补充的观察和实验，培根的实验受到他的科学知识的局限。比如认为酒精的火焰温和而柔弱，认为衣物的摩擦起电是由于浆洗时形成了硬膜，等等，因此，第二表中的32个否定的事例中并不全都符合事实。第三表被培根称作“程度表或比较表”，作用在于比较热这一性质在事物中的多少，“一个性质若非永远随着讨论中的性质之增减而增减，就不能把它当作一个真正的法式”。
经过三表的整理，归纳法自身就开始拒绝与排除的工作了，所有与形式不符的非本质的性质被排拒了之后，所剩下的便是一个“坚定的、真确的、界定得当的正面法式”，热的性质可以简要表述为“热是一种扩张的、受到抑制的、在其斗争中作用于物体的较小分子的运动”。这一定义与现代热力学的结论非常接近，可以说是培根对自然科学的特殊贡献。
在从事科学工作的人当中，历来可分为实验家和教条家两类，培根喻前者为蚂蚁而后者像蜘蛛，蚂蚁只会采集和使用，蜘蛛只凭自己的材料来织丝网。真正的哲学家和科学家应该像蜜蜂那样，从花朵中采集材料进而加以消化，要更紧密和更精纯地结合起来实验的和理性的机能，让理论与实践携起手来，“我们就会有很多的希望。”
生命终结
弗兰西斯·培根于1618年1月被任命为大法官，同年7月受封为外如兰男爵。《伟大的复兴》是在1620年出版的。次年1月，他受封为圣阿尔本斯子爵。以前他时时悔恨不该把政治家和哲学家的双重任务集于一身，但是在这个时期，恐怕他有时感觉他毕竟还是对了。他在朝中的事业是相当成功的，而他所要对人类的命运进行的革命，其计划总算是写在一本书里而且公开出版与世人见面了——不管这本书是如何地不完备。不过他的屈辱之日就在眼前。这以前他是尝到了成功的滋味，现在却要尝尝耻辱的味道了。
1622年春，有人向上议院的司法部门告发大法官贪污案多款。关于这些告发早已有传闻，而且风声颇大。培根在最初对此颇不重视，大有付之一笑的意思。他在致巴金汉侯爵的信中写道：“我晓得我有两只干净的手和一颗纯洁的心，同时我敢说我有一所可供朋友或仆人居住的干净的住宅。不过约伯本人或任何人作最公平的法官，如果遇到有人对他们搜求罪状一如人们对我的时候，那他们也会暂时显得十分丑恶的，特别是在一个予头指向高位，控诉成为时髦的时代为甚。”
这好像是一个无辜而负屈的人的呼声。然而培根知道，他并不是没有罪的，而且不久也就承认了。他身为法官，却曾接受过诉讼人的馈赠，有点习以为常。诉讼人的馈赠可能是有什么目的的，这点任何人也不会否认。不过什么时候一件礼物才算贿赂呢？如果依照社会习惯按时送礼，以之表示崇敬之意，这种礼物或许可以算作没有什么别的其它意思的，并且也许是难以谢绝的。如果在一个案子判决之后，胜诉者送礼，那就大可怀疑了。那是对于审判公允的一种受之无愧的感谢的表示呢，还是作为对有利于自己的判决的报酬呢？一个严谨的人是不会让自己处于这样的嫌疑之中的。可是，如果礼物是在等待判决的时间送的，那就无论是道德上或法律上都是无法为之辩护的了。做法官的也许仍然可以辩白说，他的判决并未因接受了礼物而受到影响。他这话也可能是对的，不过，他仍然是处在一种无法辩解的地位。培根接受馈赠时，上述的一切情况都有过，甚至包括最后的那一种情况。
当他看清告他的人一定要把案子进行到底、上议院很可能对他判罪时，培根在致巴金汉的私信中为自己辩护时更深刻地考虑了自己的行为，最后他写了一篇坦白书。“因此，现在我只有毫无掩饰地承认，我在了解了对我的控诉的详情以后（这些详情不是从上院正式领来的，而是通过其它渠道知道了一些内容，这些内容足以激发我的天良，促醒我的记忆的），我发现有足够的材料，使我放弃辩护，并请求各位贵族对我定罪并加申斥。”在这封坦白书中，他也认为应该提出当时的贪污之风，以稍减自己的咎戾。他说，“各位也不会忘记，不仅有个人的罪恶，也还有时代的罪恶。”
他自认有罪，国会也判了他的罪。
培根在伦敦塔内被幽禁了几天，罚款也在最后为英王豁免。这些特许意味着他仍可以从事去追求私人的志向。不过他的垮台是肯定了的。
在等待审讯和判决期中，培根身染疾病。他在此时所写的文件也证明了他的思想上和精神上的痛苦。他作了一个最后的遗嘱和遗言。他在此时所写的一篇祷文，阿迪生曾说这篇祷文简直是代表一个天使的虔诚而不是一个凡人的虔诚的。
恢复健康和工作能力以后，培根鼓起生活的勇气并对他的失败作了一些典型性的公平的判断。他一面承认曾受过不正当的馈赠，但他也否认他曾有过任何枉法的行为，而我们也确实没听说过在他下台以后他所判的案子有翻案的事情发生。他说，他是“50年来英国最公平的法官”；不过他说这话的意思只是为自己要取得一个相对的廉洁的名声而已，因为他也承认他的时代的贪污风气以及改革这种风气的必要，“这是近二百年来在国会中最公平的谴责。”
这时培根可算是在道义方面还清了积欠。他的健康也恢复了，他并且终于摆脱了公务之劳。于是他就投身于他的本分事业——著作之中了。在几个月之内，他就写完了《亨利第七本纪》（1622年）。这是他的第一篇关于政治历史的尝试，也是他能够有时间来完成的这种体裁的唯一的一部作品，同时这本东西也成为近代史学著作的里程碑。它写得很出色。著者完全掌握了他的材料。他还能深入到事实中所隐藏的原因里去。看了他的书，我们好像跨过许多世纪而回到史学发源的第五世纪的希腊去了。
继此之后，在同年11月又出版了《风的历史》，这是被认为是《百科全书》按月出版的第一分册。这里他又是过分乐观了。按照第一期的质和量，要每年出版十二卷是不可能的。当然，第二分册《生与死的历史》的出版，仅延期了一个月。不过那本书就是注定培根最后所能完成的一册书了。
阻碍他的并不是死亡。当时他正在努力进行《伟大的复兴》的各主要部分的写作。1623年全年，他的主要的力量是用在该书的第一部分的。他的意图是把这部分作为一项关于“科学分类”的著作，一种知识的世界的地图。以前他想以《广学论》来担当这一部分的任务。现在他因为感觉到完成这个题目的新著作已无希望，他就决心修改《广学论》以补空隙。他把全部译成了拉丁文；他删去了可能触怒欧洲大陆上信天主教的读者的词句；他增加了许多新材料，以致原来的两卷现在变为九卷了。于是出现了《广学论》（拉丁文本）。这是一本气象万千的书。
它的范围极广，书中的新材料丰富而且重要。译成拉丁文的工作有些部分是他亲自动手的，他自己没有著的部分也是亲自监督的。有些地方可以看出这部书是“速成”的，不过，它能这样快地著成是令人惊异的。它于1623年10月出版。
这部书的总目的是要对人类知识的全部领域作一番普查并带回一个关于它的成就与限制的报告来。在书的结尾处培根拟就了一个表，列举他所发现的尚付阙如的知识部门。
在1626年3月底的一个冷天，他坐车经过积雪覆盖的海革特地区，他就决定不失这个良机，于是这位老头就下了车，从一位乡下妇女那里买了一只母鸡宰了，并亲自帮忙把雪填满鸡的肚子。他马上就感到是着了凉，于是就投奔阿伦德尔爵士，因为他在附近有一所住宅。主人不在家，但他的仆人们接待了培根。看来他们对来客的尊敬使他们作了一个糊涂的决定。他们非让客人睡宅中最好的一张床不可，可是这床既没有弄热，又没有好好地透过气。培根起初还十分清醒能够给不在家的主人写一封很有礼貌而且很活泼的感谢信，在信里没有露出对他的病情严重的感觉。他描写了他对母鸡的试验，并且愉快地把他为了科学真理而冒风寒的举动和老普林尼要在维苏威火山附近看它爆发的决心相比——这个决心要了老普林尼的命。然而，也许是床太潮湿，也许是原来的风寒较他所想的更为严重，与普林尼相比，证明是太巧合了。培根是得了支气管炎，在1626年4月9日，是复活节也是礼拜日的早晨逝世了。