在两本著作之间的11年的沉默，只有在1612年他的《论说文》的第二版问世时才被打破。这些论说文此时已由10篇增至38篇了。这个长期的沉默是由于他又自陷于他一部分心理总想逃脱的官职的网罗之故。1613年他被任命为首席检察官，1616年任枢密顾问官，1617年任掌玺大臣，1618年任大法官，不久又受封为外如兰男爵。关于他在这些职务内的行为我们是不能写的，要写这些东西就必须不为作者作传记而去为他的国家作史。不过很清楚，公务的压力阻碍了他个人的梦想的实现，而当他自觉年事已长因而他的宏伟的计划的出版不能再事延缓时，所发表的却只包含着他想写成的著作的片段而已。
无神论被培根认为比迷信要好得多，因为“无神论把人类交给理性，交给哲学，交给天然的亲子之情，交给法律，交给好名之心，无神论从来没有扰乱过国家，因为无神论使人谨慎自谋。”无神论形成的原因是宗教分为多派和僧侣的失德，以及亵渎神圣的顽固风习，生当太平盛世、在人间可以得到幸福的人们也不太热衷于宗教。无神论危害则在于毁灭了人较之于兽类的尊贵，无助于人性的提高。但是，迷信在当时社会更为盛行，1484年教皇英诺森三世颁布反巫术令，结果引起了欧洲长达数百年的搜巫狂潮，愚昧、迷信和妄想使这场丧心病狂的大迫害夺去了众多无辜者的生命和尊严，迟至17世纪60年代，一位颇有文名的布朗医生还作证使两个妇女被当作女巫处死。培根认为迷信压抑了人的本性，易使人屈服于教会和其它形式的****势力，使人产生杂乱的狂想而丧心病狂，使宗教成为传播谬论的工具，杀戮与暴乱的理由。因此，既存在天启的真理，得自于上帝向他的选民吹吐的光明，又有见诸于科学与哲学的真理，可以为人类福祉而服务，值得人去追求。
《论说文集》体现了培根对禁欲主义的反对，“天性常常是隐而不露的，有时可以压服，而很少能完全熄灭的。”对于天性不可以压抑，而应以习惯变化气质，约束天性，不过也不能过高估计教化的功能，因为人的天性能够长期潜伏，在受到诱惑时就复活起来，就像《伊索寓言》中变作文静少女的猫一样，看见老鼠跑过就忍不住原形毕露了，所以人们在选择职业和修习学问时都应尽量顺应自己的天性，通过教育培养良好的习惯。
人不可过度节制的同时，同样不可以放纵，否则就会妨碍养生。一个人可以通过自己的观察，知晓事物是否有益，从而指导正确的行为，“因为少壮时代的天赋的强力可以忍受许多纵欲的行为，而这些行为是等于记在账上，到了老年的时候，是要还的。”
特殊的条件也会产生特别的人。《论残疾》表现了培根对人的心理的惊人的洞察力，他无疑对他那“天性凉薄”的驼背表弟罗伯特心怀怨恨，开篇首句就是“残疾之人多半是和造物扯平了的，因为造物固然待他们不仁，他们对造物也同样地不良”。但是残疾不是一种必然如此的标志，而只是一种可能的原因，残疾者因为要解救自己，往往既勇敢又勤勉，而且不容易引起别人的戒心，反而易于升迁，只要有魄力，“他们一定要努力把自己从轻蔑之中解放出来，而解放的途径不出于美德即出于恶谋。”
培根对困厄、虚伪、嫉妒、勇敢、善、美、狡猾等人们所熟知的习性和境况一一进行探讨，留下了许多隽永清秀的警句，比如“幸运所生的德性是节制，厄运所生的德性是坚忍”，比如“过度的求权力的欲望使天使们堕落；过度的求知的欲望使人类堕落；但是为善的欲望是不会过度的”，比如“思想中的疑心就好像鸟中的蝙蝠一样，永远是在黄昏中飞的；疑心使君王倾向****，丈夫倾向嫉妒，智者倾向寡断和忧郁”。在基督教的旗帜之下，培根的道德哲学闪烁着马基雅维里式对于事物本质毫不留情地剖析，他认为对于恶行不应避而不谈，只有具备蛇的才智才能维护鸽子的纯洁。
新科学体系
人是自然的解释者，他所能做的只是对自然进程进行观察和思想。“要支配自然就必须服从自然”，不知道原因就不能产生结果。可是，培根认为人们煞有介事地沉思、揣想和诠释等等实在是离题太远，为了在经院哲学摇摇晃晃的旧址上建立新的哲学大厦，他不容分说，以排山倒海般的魄力对准自柏拉图、亚里士多德的“作伪的哲学家”，进行了严厉的批评，说他们“以赝品取代真实”，“败坏人的心智”，使人无法获得真理。
在《时代的勇敢产儿》中，培根称人们奉若神灵的亚里士多德为“诡辩家”，可是，自然的精微又岂是最精微的论辩所能比拟的，因此，“由论辩而建立起来的原理，不会对新事功的发现有什么效用”。亚里士多德首创的逻辑流行至今，“与其说是帮助着追求真理，毋宁说是帮助着把建筑在流行概念上面的许多错误固定下来并巩固下来”。因此，培根称亚里士多德的《逻辑学》是一本“疯病手册”，他的形而上学则是毫无价值可言的蜘蛛网；柏拉图也在劫难逃地被封为“狡猾的诽谤者”、“浮夸的诗人”和“见鬼的神学家”，希波克拉底则是一个“胡吹乱夸”的人。这些过甚其词的批评并不是对古希腊人智慧的全面否定，在当时，精密细微的经院哲学已经衰落，但仍是科学发展的障碍，经院哲学家们坐而论道，脱离实际，把古人的思想成果变成束缚知识发展和普及的教条。因此，矫枉过正，培根的批判既不公允也不宽容，也正因此，他的批判具有特别猛烈的火力。培根后来在《新工具》序言中指出，“古人所应有的荣誉和尊崇并未由我而有所触动或有所降减”，因为“我的目的只是要为理解力开拓一条新路，而这条新路乃是古人所未曾实行、所未曾知道的”。亦即，新时代的新科学是不以古人为对手的新起点上的产物，建立在全新科学发展的基础之上，与古人没有可比性。
在对旧哲学无情批评的同时，培根没有忽视他那个时代对古人的尊崇，文艺复兴的浪潮复活了黄金时代的梦想，因此他选取了一个非常独特的角度来颂扬古时的智慧，以图在遥远的过去找到证明自己理论的论据。他认为古人由于抽象思维能力较差，因此选择寓言和神话来说明和表达思想，在《论古人的智慧》中，他从古希腊诗歌中选取了31个神话故事，一一分析，剥离出可以他所需要的教诲。
虽然不可能像他宣称的那样找出古老神话的最初内涵，但是培根以新颖的构思和丰富的想象赋予了这些神话以全新的意义，古为今用，为英国思想史的进程作了有意义的贡献。
旧的东西被砸碎了，新的科学该如何建立？培根在《论学术的进展》中详述了知识的重要性和新学科体系。
在《论学术的进展》第一卷中培根大力颂扬了知识的功能与价值。他讲到，即便在古代，科学技术发明的意义也远在君主的文治武功之上，人们把发明家尊为神明，而对建邦立国者、立法者、推翻暴君者等只不过给予英雄或半神的称号。这反映出了古人的明智，因为后一种功业不过是一时一地的效力，前一种人的功德如上天的德化，是永久而普通的恩德。
即便是君主的征伐事业，知识同样扮演着重要的角色。亚历山大大帝是亚里士多德的弟子，学识广博，又任用许多文人作幕僚，以勇猛的征服者青史留名。即便一般资质平庸的君主，只要有知识的德化和随时提醒，也会“免于元恶大错，而不至败国亡家”。
知识不仅是促进国家强大、实现人性自我完善的动力，更重要的是，知识是认识和驾驭自然的力量。可是现实情况是，人们被所谓的知识导向思维的混乱而不是清晰。真正的知识领域被弃荒一旁，无人理睬。培根在《论学术的进展》第二卷中的主要工作就是对现在杂草丛生的知识领域进行划界定义，他提出了新的科学分类原则和知识体系新结构。
按照人类的精神能力可分为记忆、想象和理性三种，相应地，科学作为人的一种具体精神活动，也应分为历史、诗歌和哲学。正如人的精神能力不可能割裂开来一样，科学也是一个统一的知识体系。他认为，使各门学科彼此独立，老死不相往来，脱离其公共源泉、共同父祖，正是各门学科贫血而肤浅、荒谬的原因。同时，培根也强调，科学分类原则不是绝对的和唯一的，人们可以因不同的需要和不同的视野角度来采取不同的分类原则。
在三大分类之下，各自包括许多子目。
历史包括自然史、政治史、教会史和学术史。关于自然的历史，根据自然自身的力量和条件分为自由的自然历史、失误的自然历史和被束缚的自然历史。自由的自然历史包括天文学、动物学、植物学等；失误的自然历史包括怪异史和奇变史；而所谓被束缚的自然历史则是指自然被人改造而转化，即技艺史或机械史。
政治史分为纪事杂录、完全历史和古史简零等，教会史则分为记载教会发展过程的普通教会史和记述预言本身及其应验的预言史。
学术史是培根认为应当建立的一门学科，应当把学术的起源、学派、发明的传授、研究程序、兴旺之因、失没之由、变迁之迹等按照年代顺序加以记述，使学者有所借鉴，从而有利于学术的发展和学者的交流。
诗歌分为叙述诗、戏剧诗和寓言诗。叙述诗只是历史的模本，戏剧诗把历史以给人观看的形式表现出来，寓言诗则出于某种特殊的目的而表达某个特殊的观点。
培根最为重视的当然还是哲学。在哲学中有一门学科是一切科学的公共父祖，培根将其称为“第一哲学”，几何学和逻辑学的公理就是应探讨的问题，它“专门研究各种学科所共有的那种普遍的原则和公理”，“凡哲学或科学的特殊部分所不能完全包括的那些较普遍、较高级的有效观察和公理，都可以归在第一哲学内。”
再根据人类思维的朝向，分为深入至上帝的自然神学、观察自然的自然哲学和反省自身的人类哲学三种哲学。
关于自然神学，培根着墨不多，他主要强调人类可以借助自然之光，通过观察和思考而得到关于上帝的基本知识，从而驳斥无神论，因为“一点点儿哲学使人倾向于无神论，这是真的；但是深究哲理，使人心又转回宗教去。”但这种观察和思考也不足以建立宗教，因为这门学科不能提供关于上帝的完善的知识，不能使人的理性达到天国的神秘。
自然哲学分为理论和实践两部分，前者研究原因而后者产生结果。物理学和形而上学构成研究原因的自然哲学，其实践部分则分为实验的、哲学的和幻术的三部分，后来又将三部分依其来源合并为来自物理学的机械学和来自形而上学的幻术。
由于培根对于当时科学发展新的成果并不清楚，他甚至反对哥白尼的学说，对于他的私人医生哈维的血液循环理论也似乎并不了解。他所注重的科学成果其实主要是与改善人类生活的一些新技术、新发明，加之他对基础科学懂得很少，因此，他虽然大力倡导科学之昌明，但他对自然科学的论述中有许多根本性的错误。相比较下来，培根对人类哲学的阐述意义比较重大。
人类哲学分为人类个体和人类群体两部分。前者包括对人身体和心理的研究，后者包括道德哲学和处世哲学等。
医学以健康为对象，是人体功能的调音师。但当时医生们过于依赖个人经验，培根认为为了让医学摆脱旧时代的落后面貌，医生们应当多做实验，解剖尸体甚至进行活体解剖，并将实验记录在案，这样，医学的进步就不是口手相传的老一套。
心理学研究心灵的机能和作用，知性、理性、想象、记忆、欲望和意志等。同时，“哲学家应孜孜不倦地考察风俗、习惯、教育、范例、模仿、竞争、交际、友谊、赞扬、谴责、规劝、荣誉、法律、书本、学问等的力量和能量；因为这些是支配人类道德的东西；人类心理是靠这些力量来形成与驯服的。”不知不觉间，培根为后来的社会学家、社会心理学家、历史学家、教育家和政治家们开列了一个学科目录，成为17世纪以来社会科学发展的指向标。
作为一个讲求实际和仕途得意的人，培根不厌其烦地对“处世的智术”详加讲解，像一个唠叨而不失其精明的老人，对关于如何识人与如何自知，如何处人与防人，如何掩盖不足之处等，都有不少忠告。这是一门在人群中生存和取得成功的言行手册，表现了培根对社会与人生深刻的认识。
伟大的复兴
在1622年的一篇未发表的著作前边所加的致兰西罗特·安德鲁斯主教的献词中，培根描写了《伟大的复兴》和他以前的著作之间的区别。他把《广学论》称为启开《伟大的复兴》之门的一个准备信息物。可是关于《伟大的复兴》他说：“它把新的想法毫不搀杂地说出来了”，并说那是他所“最重视的”著作。他也曾说他“很有理由认为这本书飞得太高，飞越人们的头上了”。