(一)主要病害
1.荷花腐败病
(1)症状该病一般发生在6月中下旬或7月初。地上部分主要表现为整个叶缘一边开始死亡，叶片反卷，呈青枯状，似开水烫伤一般。叶柄的维管束组织变褐，最后整个叶片死亡。由病茎上抽生的花蕾瘦小，荷花不能正常张开而死亡。
地下部分表现为地下茎维管束组织变褐腐烂，茎节部着生的须根坏死，易脱落。由病株结的藕，藕小，其横切面中部变褐。
被镰刀菌侵染的病株，初期叶色较淡，叶缘变黄，逐渐整片呈褐色干枯，叶柄上端弯曲，直至全叶卷曲枯死。地下茎早期外表症状不明显，但其横断面的导管组织部分已呈淡褐色。病菌可延伸至当年新生的地下茎，严重时，地下茎表面粗糙，中心部分变为褐色至紫褐色而腐败。
(2)发病规律全株发病，尤以长江以南浅水池塘、稻田栽培藕莲、子莲发生较重，缸盆栽种的花莲罕见此病。此病由半知菌亚门镰刀菌属的尖孢镰刀菌侵染所致。该病菌以厚垣孢子或分生孢子在病残体、发病种藕或病土中过冬，成为第2年的初侵染源。25~28益是该病发生的适宜温度，这是栽在水层浅、水温高的稻田莲藕发病率高的重要原因。
病菌可以从地下茎的伤口侵入，病斑上的分生孢子可进行再侵染。连作田发病重，新藕田发病轻。人工操作和害虫危害易对地下茎造成伤口，那些潜匿在泥中病莲残体内的越冬镰刀菌，从种藕的伤口侵入发病。病菌还可随水流移动传染。从始花期至结藕期均可发病。
(3)防治方法对该病应以预防为主。一是选用抗病品种及无病种藕。发病田的藕不能做种，否则引起新田发病。
二是增施磷钾肥和莲藕专用肥，以增强抗病力。三是大田栽种前每亩用25%多菌灵可湿性粉剂500克制成毒土，撒布田间，对耕作层消毒，发病前再施毒土1次，以后每隔1周连续用药4~5次，防效可达60%~70%。四是早期发现少量病株，立即拔除，并在周围撒施石灰或多菌灵。五是实行水旱轮作，对发病重的田块，可以实行水旱轮作3年，可减少发病，或改种其他水生植物，如慈姑、茭白等。
2.僵藕
(1)症状表现为植株生长势衰退，新藕藕身变得僵硬瘦小，皮厚坚硬，顶芽、藕头、中截前端有坏死焦煳的条块斑，扭曲畸形，易折断，产量、品质严重下降，甚至不堪食用。经扬州大学农学院赵有为等研究，系僵藕病毒传染危害。
(2)发病规律多年系统观察结果表明，发病藕田从7月中旬到8月初莲藕根状茎膨大始期，其表面出现1毫米至数毫米长褐色斑点，随着病害的发展，沿地下茎伸长方向，多个斑点扩展并连成一线，形成长数厘米甚至10厘米以上的纵走条斑，条斑宽0.5~1.5毫米，横切面可见，条斑深入组织内部达2~6毫米。僵藕根状茎短小细瘦，顶芽脆而易断，带顶芽先端一节畸形，成三角形，发育差，翌年萌芽迟，衰老快。多项试验表明，僵藕病毒可通过带毒种藕和僵田土壤传播，未发现通过流水和昆虫媒介传播。影响僵藕发生轻重程度的栽培因素主要有：一是多年连作造成土壤有机质特别是活性物质腐殖质逐年降低，土壤还原性物质日益增多，长效性养分不断减少，这些都可能不利莲藕的生长发育，而有利僵藕病毒的繁殖。二是不重视选留良种，造成品种混杂退化，抗性降低。三是藕田施肥以化肥为主，少施或不施有机肥，使莲藕僵化程度逐年加重。
(3)防治方法采用综合防治的方法。一是选用无僵化症状的健康子藕做种。二是缩短藕田连作年限，一般不超过5年，实行藕慈复种，藕蒲、藕茭、藕稻轮作，水旱轮作更佳。
三是藕田冬前全部淘尽，排水耕耖，冬耕冻垡，春耕晒垡，然后泡田种藕。四是使用莲藕包膜专用肥，提供全面营养，促进长势旺盛，防止早衰，提高抗病水平。
3.荷花褐纹病
(1)症状只危害荷叶，主要发生在立叶上。在缸盆栽培为主的荷圃里时有发生。初发病时，叶面上出现淡黄色针头大的斑点，渐渐扩展成圆形或不规则形的褐色斑点。斑点外缘色泽较淡，继而病斑相互连接形成大的斑块，附近的叶肉褪绿变黄，仅叶缘和叶脉仍显淡绿色。发病严重时，远望呈一片焦黄衰败景象，完全丧失观赏价值。后期病斑上聚集许多黑褐色的霉点，这是褐纹病菌准备越冬的分生孢子梗和分生孢子。
(2)发病规律由真菌莲交链孢菌侵染所致。病菌以分生孢子、菌丝藏在染病的枯荷叶中越冬，翌年5月随气温上升产生新的分生孢子，待荷叶长出后，借雨水和气流传播侵染。
5~7月是发病高峰期，8月以后减缓。可见，高温高湿是传染褐纹病的重要气候条件。染病程度因品种、营养面积、植株健康状况而有差异。
(3)防治方法治本的办法是选育、推广抗病力较强的品种。在栽培技术上，加强水肥管理，促使植株健壮，以增强对褐纹病的抵抗力。曾经感染的枯梗败叶和潜沉缸盆内的腐叶是病菌的窝藏处，冬季要彻底清除集中烧毁，以减少来年的侵染源。初夏，发现个别叶片染病，可人工摘除烧掉。发病增多后使用药物防治，可适当控制病情扩展。方法是用25%多菌灵可湿性粉剂或代森锌或托布津原粉，也可用50%多菌灵或托布津混石灰粉(1颐10)，早晚喷撒在叶面上，每隔15~20天1次，连喷2~3次，均可收到70%的效果。若使用药液喷雾，配药时，应加黏着剂，如洗衣粉等，以增加药水对荷叶的附着力。
4.荷花斑枯病
这是缸盆栽荷花圃里的常见病，危害荷叶，浮叶、立叶均染病，系由真菌叶点菌侵染所致。最初在叶面上出现疏密不均匀的褪绿斑点，后逐渐扩大，形成大大小小的不规则褐色或棕色斑块。一张立叶上多时可达30~50个斑块，对荷花的生长发育有影响，有损缸盆荷的商品质量。此病的发生，几乎与荷花褐纹病同期，在高温多湿的年份较重。其消长规律、传播方式均与褐纹病无别，防治措施亦相同。
(二)主要虫害
1.莲缢管蚜
此虫的无翅孤雌生殖蚜身体呈卵圆形，褐绿色至黑褐色，头部顶端有小圆突起。有翅孤雌生殖蚜为卵形，头部和胸部呈黑色，腹部褐色至褐绿色。
(1)危害作物该蚜虫危害多种水生蔬菜，如莲藕、慈姑、菱角、香蒲、芡实等。主要在这些水生蔬菜幼嫩的叶片上危害，以若虫、成虫群集叶芽、花蕾及叶背处，吸取汁液危害。受害的叶片出现皱缩、黄化等症状。一年发生20~25代。
(2)生活习性莲缢管蚜以卵在李属植物(如桃、李等)上过冬，翌年4月下旬孵化后产生有翅蚜重返第1寄主。该虫一般在4~5月危害重，7月以后随气温升高，虫量下降，8月中下旬蚜量再次回升。气温20~28益时繁殖最快，成蚜寿命长达15.5~24.3天。在田间，蚜虫在阴湿的地方危害，其中未张开的幼嫩叶片受害重，而在老黄叶片上的蚜虫数量很少。蚜虫在田间的扩散方式有两种：一是通过有翅胎生雌蚜在田间飞行扩散，这种传播方式距离较远。二是以无翅胎生雌蚜或若蚜扩散，能在水面或通过浮萍等向外做短距离扩散。
在单位面积的虫口过大或叶片出现老化、黄化或失水时，蚜虫会自行扩散。该蚜虫还危害其他的水生杂草如浮萍、眼子菜、绿萍等。