海冢一郎在研究所里研究鱼音，他弟弟三郎是小学六年级的学生。有一天，三郎问哥哥说：“鱼没有声带，它们能发声吗？”
一郎说：“是的，鱼不会发声，不过，它们也能在水里弄出一些声音来，比如说，河豚用牙发音，花纹鲀把背上尖刺放平便能发出音来，石首鱼又是靠鱼膘发音……”
“我让你听听鱼音。”一郎说完以后，拿出一盘录音带，放进录音机。三郎听到了一些奇怪的声音：“咯，咯。噗——唧唧，噗嗤，噗咕噗咕。”“我和加藤曾经用鱼音编过密码，咯，咯。代表三；噗——唧唧，代表郎，联起来就是三郎。”三郎听后，又反复听了几次录音。
一个星期以后，海冢一郎走在街上，突然感到手臂上有些疼痛，一支麻醉枪弹击中了他，马上失去了知觉。等他醒来的时候，发现自己躺在一张小床上。一位美国大尉对他说：“你现在是在美国潜艇上，要求你与我们合作。”
“到底要我干什么？”一郎问道。
“在地中海的海底，我们秘密建造了一幢圆顶屋，请你在那儿收集鱼音，进行分类，然后用于潜艇通讯。”大尉笑着说。
“要是我不干呢？”
“你就会在地球上消失，谁也找不到你。”
拒绝就会遭杀害。一郎只好先表示同意，然后再设法逃出去。随后，海冢一郎被送到了建在海底的圆顶屋。
圆顶屋一片白色，四周全是海水，连屋顶也是海水。海冢进去以后，看到生活设备倒也齐全，只是出不了门，与坐牢完全一样，唯有靠埋头工作，整天收集鱼音来打发日子。他看到自己身边的人贼眉鼠眼，一点也不像美国军人。
一个月以后，有个穿黑色衣服的人来找他，自我介绍说：“我是哈姆博士，克里特岛水产研究所的所长。”一郎听了大吃一惊，这可是世界上有名的研究所。可是，哈姆又直截了当地说，他控制了一个国际贩毒集团，专门利用潜艇贩运毒品。潜艇通讯需要利用鱼音，这是谁也想不到的密码。”这些话，使一郎又吓了一跳，不敢多说一句话。
哈姆博士还说，明天有人来拍一部电影：《地中海的鱼类》，同时介绍这个研究所。他要求海冢一郎明天播放录制的各种鱼音，同时附加一个密码“通讯开始”。
这天夜里，一郎睡不着觉。他们现在叫我搞密码，成功以后，会放我出去吗？不会，这是一批黑帮、匪徒，搞科学研究只是一个假招牌。这些日子已经把我关了起来，研究成功也不会放我出去的。白色的圆顶屋就是我的坟场，我得想办法。
半年以后，《地中海的鱼类》在东京公映了，许多学校都组织学生去看这部电影。三郎也和同学们一起去看。
三郎听到电影的鱼音，自然想起来哥哥。一郎，你在哪儿呀？这时，他特别注意看，认真地听。忽然，他听到了一个熟悉的声音：“咯，咯。噗——唧唧，噗嗤，噗咕噗咕。”
是在叫我呐，对，是一郎在叫三郎。三郎全神贯注地听下去，那些鱼音又陆续出现了两三次。
三郎看完电影，立刻跑去找和哥哥共同研究过鱼音的加藤。加藤看了电影，对三郎说，“对。是在呼叫你，下面的密码是SOS，‘水下圆顶屋’、‘间谍’，你哥哥紧急呼叫，走，赶快向警察局报告。”
警察局和国际警察联络上以后，美国警察派出一支潜水兵。在地中海的圆顶屋，抓住了哈姆博士和他手下的人，救出了海冢一郎。