1960年，在北京海淀区六十一中学校园内，人们无意中发现了埋葬在此的李莲英坟墓。令人吃惊的是，其中只有李莲英的头颅和大量陪葬的珠宝，其他躯骸一无所见。
李莲英死时身首异处令人疑惑不解。
从史料中丝毫看不出李莲英因触犯朝廷而遭杀身之祸。却记载着李莲英死后还得到“特赏银二千两”。
民间曾传说：“李莲英被人砍头死于河北、山东交界一带。”“是因为讨债被人暗杀的。”
李莲英并非善终似乎合乎情理。这位皇后身边的大总管，权倾一时，敛财聚富，极力献媚主子，恃强凌弱，陷害无辜。朝廷内外，嫉恨李莲英的大有人在。李莲英与慈禧太后狼狈为奸。慈禧太后一死，李莲英当然也就不会有好下场了。
而李莲英的后裔否认李莲英被杀身亡。据李莲英的孙女李乐正讲：“我祖父因得急性痢疾，医治无效而病故。”“我祖父是善终。享年64岁。”
此说是否可信，因无旁人作证，仍很难断定。而被发现的李莲英墓穴，足以说明李莲英是死于非命。
大太监李莲英身首异处可谓死有余辜。但李莲英究竟死于何时何地？其真正的死因是什么？直至目前，还没有人能揭开这个谜。