距保安镇十五华里的五屯上下庄有300多户人家，他们采取抗拒办法，以砂袋堵砌庄门，灌水冻结，以枪100余支防守。马仲英下令攻开，进庄即挥刀乱砍，大部男性惨死，许多妇女被奸污。而隆务寺由于系回民聚居经商之处，他们推代表前来保安，献上大马4匹，马掌2000多副。马仲英即多方安慰，表示决不相犯。（以上引文及此段据赵燮：马仲英部洗劫保安镇目睹记）
1929年2月初，马仲英部经贵德渡黄河北进，指向西宁附近。时孙连仲已任青海省主席，率部进驻西宁，马麒被疑尚未解除，处境艰难，派其弟马麟（勋臣）驰往劝阻。马麟在拉鸡山沟与马仲英相遇。开始，马仲英对马麟还以“阿爸”相称，继而变脸，开枪狙击，马麟勒马回奔，匆忙间将脚上鞋子丢失一只（一说坐骑一条腿被打中），狼狈之极。其实，马仲英无伤马麟之意亦甚明，不过作态而已。马仲英率部推进至鲁沙尔（今湟中县治），直到距西宁5华里的南川享堂沟，消灭了孙连仲部鲁崇义旅的1个连，终因西宁系孙部屯集重地，未敢进犯。转而围攻湟中塔尔寺，掠其财物。又西行，于15日攻入湟源县城。孙连仲派旅长安树德和旅长鲁崇义率两个团尾追，安等唯恐中伏，姗姗而行，当晚宿营于距湟源50华里的镇海堡，遂使湟源遭劫。
湟源守军为马麒亲侄马步元所率宁海军混成旅，人数有1000多人。马步元原为管带，1925年曾被冯玉祥调往山西作战，乘隙逃回，对冯进据西北不满。马仲英进入湟源，他的部分骑兵即与马仲英部会合。时国民军派任湟源县长张克德和县内绅商，邀请马步元会商城防，马当众宣称武力防守。绅商人众即组织武装守城。15日清晨，马仲英部攻城，马步元部里应外合，打开城门，马仲英部一拥而入，先是乱杀乱砍，继而奸淫掳掠，最后放火焚烧。精壮男子，几乎被杀光。西城一个水池旁，仅二三岁婴儿的尸体即有四五十具。事后有姓可查的，死难者即达2400余人。财产损失估计约有银元200万元。县长和公安局长藏于悬匾中，才得幸免。马仲英部屠城后，远飏大通。国民军始迟迟进城。马步元本已逃跑，后因恋其豪华之公馆及财物，又折回，并叮嘱部属推卸血腥罪行。国民军包围其公馆，逼令其交出凶手，马步元自知难免，以手枪自杀。
马仲英又由大通经扁都口，进入河西走廊。马仲英部离开青海后，国民军又组织几路清乡。在清乡中，有的又对回民进行无辜屠杀。如九十二旅副旅长赵朴任大通清乡司令，一次捉来三四十个回民，大多已五六十岁，即命令把每人割下一个耳朵，然后悉数斩首。原来回、汉间的仇杀，多是官府如此胡作非为所酿成。
七、河西残杀
甘州镇守使马璘（玉清）对国民军一贯表示服从。此次河州、凉州事变发生，他仍坚持平素态度。部下官兵为响应马仲英、马廷勷，屡谋哗变，均以他痛哭劝解而未酿成事实。1928年8月，他奉刘郁芬电调赴河州，与马鸿宾一起作宣慰工作。临行时，部下又谋哗变，马玉清又涕泣劝导，并补发欠饷，才勉强成行。但马玉清刚到永昌，所部终于哗变，一部窜向洪水镇抢掠屠杀，一部拥马玉清入湟源，投奔马麒，直到孙连仲率部入青海，他才恢复自由，投向兰州。当时马玉清部哗变，甘州空虚。凉州亦仅有孙连仲部一个营（营长施积枢），不能西顾。刘郁芬派肃州镇守使裴建准为甘凉卫戍司令，率部东下甘州防守。裴建准到甘州后，收编了马玉清一部分新兵，部署尚未就绪，马仲英即于2月下旬进入河西。马仲英在洪水镇收编了马玉清的叛兵，对裴建准不愿启衅，双方即互不侵犯，马仲英部进驻山丹。2月26日到达永昌。
永昌城内驻有裴建准步兵1营，配合民团防守。营长徐勉，系循化人，马仲英以同乡之谊，商妥借路城外，略求粮草供应，并不攻城。不料民团团长杨介臣少年好事，见马仲英部旅长马彦海坐于城壕，坦然无备，即隐身城头，以手枪击之，马彦海中弹殒命，激怒马应彪，立即督队攻城，不半日即破垣而进，徐勉等巷战力屈，与杨介臣同时被俘。马仲英磔杀杨介臣，劝徐勉投降，徐不屈，亦被磔杀。并令屠城，男子被杀2299人，妇女被污者甚多。战后人称永昌城为寡妇城。马仲英稽留一日，即经宁远堡走民勤。民勤南乡马莲泉盐池有缉私队40人，装备齐全，队长苏联升闻警，将全队集中固守一墩。马仲英部到来，索要供给和枪支，苏不答应，凭高射击，击毙马部20余人。马仲英大怒，命其弟马仲杰攀登距墩稍近的白杨树上发枪射击，弹无虚发，守墩者纷纷坠地。马仲英挥众抢登，将墩夺下，苏联升等皆死，枪支物品，均为马部所得。
民勤县刚接任的县长雷尚志闻听马仲英将来，慌令将3个城门关闭，强迫全城青壮年上城守御。但城中仅有警察三四十人，破枪二三十支，且北门已被沙漠堵塞，沙漠与城墙一样高，此无异以卵击石。但刘郁芬有令：凡土匪攻城，3天内城被陷者，县长处死刑。故只好孤注一掷。3月11日下午，马仲英派马维俊为代表，率两个随员驰至民勤城南门外交涉，要求开城，让马部进城休息，雷答以请在城外休息，给以供应粮草。不料一警察开枪打死马维俊一个随员，马维俊即率另一随员逃走。次日中午，马仲英率大队人马围城，城上无抵抗力，马部一拥而上，在城头砍死雷尚志，随即进行屠杀。兹引民勤人郭致英的一段记述：“这伙杀人放火的土匪，先逐街逐巷枪打刀劈地追杀参加守城的百姓，接着又挨家挨户翻地挖墙搜杀男性中青年。许多老人和少年，也因救护亲人被杀害。……县北街完全小学的几十名学生，在老师带领下离校，不幸在灯山楼旁遇匪，全部被乱刀砍死。已缴枪投降的二十名自卫队员，被集体屠杀在县衙门两旁。在大关庙内，匪徒们从神像后供桌下搜出四十多名百姓，被带到院内跪成一排，由两名匪徒挥刀砍杀，杀一阵刀刃钝了停下磨，磨利了继续杀……直到全部斩尽杀绝。正在东岳庙、白衣寺叩头祈求的老弱妇幼，被匪徒冲进挥刀乱砍，尸体堆满了神佛地。几个六七岁的小孩，被腰斩为两段。……又放火点燃了大什字口的商店多处。……烈火中透出阵阵烧烤尸体的臭味。……还疯狂地掠夺财物，四街的富裕人家，大小店铺皆被洗劫一空。……把妇女糟蹋得不像样子，有的妇女被强奸致死，状极凄惨。马仲英部在民勤城内驻的十七天内，几乎天天时时烧杀奸掠。当时民勤城内共有九千多人，惨遭杀害的就有四千六百多人。”（原载《民勤文史资料选辑一》）
刘郁芬得知马仲英占据民勤，急令驻天水的第三十师吉鸿昌部驰至民勤追剿。吉部以急行军于3月30日到达香家湾，马仲英沿红河布置抵抗，双方隔河炮战，马仲英稍事抵抗即后退。3月31日，吉部进至十里墩，次日晨，马仲英撤出民勤城，向东北阿拉善旗方向逃走。吉师刘兆祥旅奉命追击，在红柳墩双方展开白刃战，互有杀伤。刘旋捉回马仲英骑探3人，交百姓处死。百姓将3人绑在城南大桥上，挖眼割鼻，抽肠捣肚，以暴易暴，其状至惨。民勤县仍委前已卸任的县长王同锡为县长，办兵站，救难民，埋死人。城内大街小巷，到处是尸体，文庙中最多，且都是老弱妇孺，他们本拟躲进庙中托神灵保佑，不意遭此毒手。
八、两攻银川
马仲英部民勤屠城后，东入腾格里沙漠，4月17日到达阿拉善旗政府所在地定远营，与宁夏省城银川隔一条贺兰山，仅有百里之遥。
门致中以国民军第二集团军第七军军长，被任命为宁夏省政府委员兼主席。但宁夏城防空虚，仅有1个手枪营和第七军留守官兵300多人（大部分徒手）。且门致中以为马仲英主力已被击溃，不相信尚有两万之众的报告，准备不积极，援军行动迟缓。马仲英大队人马通过苏峪口，直入宁朔县（时该县设于新城，距银川10华里）。新城仅有二三十支枪，未作抵抗，县长崔鲁坡被俘获。时清朝将军常连驻在新城，韩进禄将其误认为长庚，以礼相待（因长庚有恩于韩的先辈）。次日攻下银川城，门致中率护卫数人从南门逃跑，秘书长赵雪田纵火自焚。马仲英住在城内马福祥大公馆“将军第”。其部下入城后大肆搜杀，“凡穿军衣、制服或穿灰色衣服以及留分头的人，尤其操直鲁豫等省口音者，一旦遇上，绝难幸免”。时马福祥在南京任国府委员，有管家在看家，管家以阿拉伯语向马仲英问好，乘机进言，希望制止杀人。马仲英“即令白师爷拿出几板白洋布，扯成一尺见方的小白旗，中间写‘保护’两个大字，一边写上‘西北边防联军总司令’的官衔，盖上一颗鲜红大印，分插于各街道”，果然搜杀顿减。马仲英还贴安民布告，宣布门致中十大罪状，宣称为救民于水火之中，反对国民军，并非反对国民党。给党部所在地插上一面较大“保护”白旗。还将宁朔党部委员马三级（盐池人、伊斯兰教徒，留日学生）请来，给以大洋200元。
马仲英撤离民勤后，吉鸿昌部并未尾追，绕道兰州，北过中卫，向宁夏追击，到达广武。门致中的冯安邦旅也同时赶到。时接冯玉祥电令，限3日内，在不糜烂地方的前提下，收复宁夏。而马仲英为先发制人，令其副司令马谦指挥，猛扑大坝。5月6日，双方交战，开始门、吉配合不当，吉部牛团被歼灭，团长孟宪德阵亡，大坝为马部占领。马仲英部损失亦重，旅长普照明、团长马有德阵亡，“扎毛眼”旅长重伤致死。门致中主张退守中卫，吉鸿昌重新配属兵力，以所部三十师为正面主力，左右两侧由门致中的冯安邦、吴鹏举两个旅分担，发动反击，鏖战5个小时，吉鸿昌赤膊提大刀上阵，部队人人奋勇，马部不支，节节后退。吉鸿昌为免地方糜烂，亲率快速部队猛追，90华里的距离，仅用5小时，即逼近宁夏南门。马仲英临撤退之前，向商会会长要20桶煤油、一担棉花，准备放火。商会会长叩头哀求，马仲英一拍桌子说：“我马仲英儿子娃是哩。好！我不放火了。但是大公馆的火我要放哩，因为公馆后里有马福祥存的弹药，我要点烧呢，不能叫门致中拿上再来打我。”遂将马福祥的“将军第”放火烧毁。
马仲英退出银川城，北驻黄渠桥。吉鸿昌率部入城，门致中也赶到。冯玉祥升吉鸿昌为三十军军长。旋以门致中“另有任用”，由吉鸿昌代理宁夏省政府主席。吉除了重新编制部队、部署防务，还召开全省回汉代表大会，消除民族间的隔阂。
马仲英在黄渠桥，收编了杨自福（杨老二）部，所属原有五个旅，加上马廷贤的韩进禄、马从良两个旅，共有八个旅，步、骑合计六七千人。时马廷勷的参谋长马培清衔蒋介石的北平行辕主任何成濬之命，来到黄渠桥，协助马仲英反国民军。其时，马仲英及其部属正欲二次攻银川。马培清后来回忆当时情况写道：
我们一行到黄渠桥，马仲英兴高采烈地来迎我们。马仲英已长大成人，大非我十年前所见之“索非有”（马仲英经名）矣。他一派矫健粗豪之气，见面就高声说“呼达！这一下好了，我们有了后靠了，再去打宁夏吧！”他的左右，全是二十上下的年轻小伙子，如鹰似隼，顾盼自雄，有一种说不出来的剽悍劲儿。我过了多年的军队生活，还从没见过这样一群雄赳赳的硬汉子。他们把打仗视同儿戏，马仲英一说再去打宁夏，就立刻激动起来，齐声叫好。好像攻取宁夏易如反掌。
于是，先向驻平罗的苏雨生部商洽，约定互不侵犯，取得通道，决定再攻银川，具体部署是：以马培清为总指挥，韩进禄部攻东城，杨自福部攻北城，马仲英亲率主力攻城西北，以马谦、马从良部为预备队。出发前还举行宗教仪式：
全体官兵集聚在黄渠桥的两个礼拜寺中念“讨白”（伊斯兰教徒临死时祈求归于真主的祷词）。……齐声高呼，声闻于天，悲壮激烈，触目惊心。与此同时，他们又把自己所有的衣物用品，尽数归于礼拜寺中，室内室外，堆集如山，表示此身已无衣物，一心一意只为宗教、为民族而死。
5月28日战争开始。上午10点，宁夏城陷入一片火海之中。马仲英一到西北城，就架起云梯扑城，一连多次，都被国民军打了下来。国民军为解除扑城威胁，一部从西门冲出，与马部展开肉搏，被马部赶回去。如此反复三次。国民军都是训练有素的官兵，马仲英所率为其冲锋陷阵的精锐，堪称棋逢对手，各不相让，一时人头滚落，血肉横飞，目击者称之为“最疯狂的战斗”。与此同时，马培清下令各路加紧进攻，杨自福部两次攻入北关，都被国民军击退。国民军郑大章部骑兵乘势攻占北塔，马培清亲率随从数十人上阵争夺。后国民军第4次从西门冲出，双方正激战间，国民军冯安邦部自新城掩至，两下夹击，马仲英不支，只好撤退，损失很大，伤亡600余人，他赖以冲锋陷阵的奋勇队300余人几无一生还，毛毛师长（即马仪）战死，“二司令”马仲杰也带了伤。国民军伤亡也大，事后在阵亡将士纪念碑上列名的，就在700人以上。
马仲英当日退到李刚堡，次日回到黄渠桥，谋后退之路，与阎锡山联系，阎答以“可驻宁夏境内，不得进入绥远”。此时，马廷勷已到北平，9月，蒋介石任马廷勷为讨逆军第十五路总指挥，在北平丰盛胡同设立总指挥部。任马廷贤为第一纵队司令，马仲英为第二纵队司令。马仲英以自己屈居“二马”之后，对此任命不满。旋将部队从黄渠桥撤至后套，驻在磴口县属大滩、三盛公一带。
马仲英经包头到北平。马廷勷总指挥部政治处主任定喜臣以马廷勷平庸无能，久怀轻视之心。此时一见马仲英年轻有为，乃乘机拉拢挑拨，使马仲英与马廷勷日渐疏远，终至互不见面。在马廷勷催造人马枪支统计表时，定喜臣给马仲英出主意，马仲英部编列两个步兵师、两个骑兵师并一个炮兵团，马廷贤部也编列三个师，实际马仲英仅有3000多人，马廷贤还不到3000人，无法上报。正拟重新编造时，忽奉蒋介石命令，讨逆军第十五路总指挥部撤销，马廷勷调为总司令部上将参议。但马仲英等如何安排，没有下文。马仲英进退两难，即派马福堂（马鸿宾部团长，时在北平）为代表，前往徐州，与蒋介石的第十一军军长马鸿逵联络，另谋出路。后经马福祥出面向蒋介石活动，同意将马仲英部调往徐州，归马鸿逵收编。马鸿逵派马如龙等来到北平，与马仲英接洽。马仲英即回到后套，向部属传达此一决定，部属尚无异言。年底，马仲英率部由大滩出发，前往包头，准备搭火车南下徐州。行抵头道桥时，部队突然变卦，转身回走，马仲英制止不住，只有100多人随他到了包头。路经大同时，又被阎锡山部骑兵司令赵承绶扣留1个月，经马福祥交涉，才放出来，到了北平。一个曾经统率数万大兵攻城略地、叱咤风云的“尕司令”，此时遂成光杆。
此后，马仲英部被吉鸿昌改编为3个骑兵旅，马谦为第一旅旅长，驻中卫县；韩进禄为第二旅旅长，驻灵武县；马为良为第三旅旅长，驻金积县。不久，蒋、冯、阎中原大战爆发，冯部刘郁芬、孙连仲、吉鸿昌等率部离开甘、宁、青东下，宁夏只有苏雨生和马谦部队。