马廷勷在河州强作解人，非但调停无功，反被疑为起事的主使人，弄巧成拙，返回凉州。刘郁芬反闻马廷勷有自平番（今永登县）进攻兰州之说，即采取强硬态度，下令免去马廷勷的凉州镇守使职务。马廷勷为向刘郁芬消除误会，将武威县长张东瀛和刘郁芬派来买马的团长刘志远请到镇守使署，说明：如果刘郁芬还信任他，他愿意尽力解决河州事变；如果不得信任，情愿解除武装，交出凉州，以保身家安全。并将所存机枪10余挺、步枪1000余支、子弹100余万发扎捆装箱，封存库中，委托张东瀛赴兰州陈述情况。刘志远却会同县署科长毛光明、警佐张育才等，散布兰州方面派来便衣的空气，使马廷勷心神不安。随后，刘志远率领带来买马的几个人和张育才所率警察共100余人，于6月30日直扑镇守使署。此时马廷勷正在集合军官按名发饷，听到枪声，由于事前无备，不知虚实，慌忙中急带子女从后门逃出，奔往永昌皇城滩。时其部属驻凉州城有两个多团，除了少数被缴械，大部出城散走。刘郁芬急调永昌大马营军马场场长韩凤章为凉州城防司令。与此同时，赵席聘亦率部袭击马廷勷驻平番、古浪一带的部队，马部溃不成军。刘郁芬宣布马廷勷八大罪状，兹择要摘录如下：
勾结军阀，联络陕匪，聚众数万，围攻河城，意图扰乱后方，阻挠革命，其罪一；借口奔丧，早日旋里，怂恿煽惑，布置一切……其罪二；包藏祸心，积极准备……胁迫良民，驱之阵前……遂致伤亡甚夥……其罪三；该逆与张逆作霖信使往还，甚称亲密，请其代购枪弹……其罪四；语多欺罔……侮辱长官，其罪五；纵兵殃民，四出劫掠……其罪六；日惟设法苛敛，任意勒索……其罪七；夺民妇女，供之下陈……其罪八。
马廷勷在皇城滩，集结散部约2000人，侦知凉州并无国民军部队，十分后悔。在马麒暗中支持下，又于7月20日反攻凉州。韩凤章无力防守，他所率领的是毫无作战经验的马场牧兵和警察民团，无多大作战能力，凉州城很快被攻陷。韩凤章只身逃走，张东瀛死于乱军之中。马部入城烧杀极惨，守城民团300人，全被赶入北城楼烧死，商民被杀的不计其数。马廷勷本人后至，烧杀已成事实。此时正是三次围攻河州之时，马廷勷亲率所部反攻平番，进窥省城。国民军第二方面军总指挥孙连仲奉冯玉祥之命率部入甘助战，刘郁芬即决定两路进兵。河州一路，由刘郁芬亲自督战；河西一路，由孙连仲负责。孙部于8月25日由兰州出发，27日解平番之围。在武胜驿一战，马廷勷不支，节节败退。孙部高树勋师跟踪追击，魏凤楼师绕大靖、土门堵击。9月中旬，战况最烈。9月30日，高、魏两路攻入凉州城。马廷勷率残部向皇城滩转往乐都、享堂，凉州战事结束。不久，马廷勷即只身逃到四川，经过邓锡侯写信引荐，投向蒋介石。但马仲英、马廷贤尚拥兵数万于河州，遂又有谈和之议。
四、谈和又战
甘州镇守使马璘（字玉清，以下称字，以别于西宁马麟）奉命奔走和平。西宁护军使马麒此时亦以第三者面目出现，提出收抚之建议。刘郁芬在去西安谒见冯玉祥归来之后，即以马玉清为宣抚使，以马麒之弟马麟（字勋臣，以下称字）为副使。旋冯玉祥派军长马鸿宾回甘调停。马鸿宾于10月13日前往享堂，与马玉清、马勋臣商议办法。又于15日赴川口，集合马仲英部官兵讲话，担保事后不咎既往，保护生命财产，但无甚收效。27日，马鸿宾、马玉清、马勋臣和回绅喇世俊、马斌，汉绅水梓、张维等抵莲花堡，与马仲英、马廷贤等和谈。国民军方面的条件是：“如缴枪四千，准予改编为两旅，以马廷贤、马仲英分任旅长，并任马廷勷为省政府特派员，专办收编事宜。俟改编就绪，即归马廷勷负责管理。此外无分首从，概不再究，并保护其财产。”但马仲英等则要求改为3个旅，以马廷勷为师长，驻扎河州、宁定一带，6个月后再行听从调遣。马鸿宾、喇世俊、马斌三人联名，还向马廷贤发出“劝告书”。劝他“翻然改图，拯灾黎于水火，既可以赎已往之愆，更可以谋将来之福”，但无任何效果。
在和谈的同时，国民军又发动军事宣传攻势。冯玉祥时已任国民政府军政部长，于11月9由南京急电刘郁芬云：
此间派定援甘部队飞机大队、坦克车队等不日出发赴甘，曾于急电告达。兹亟应先行急速筹办者：（1）兰州、平凉、河州、肃州各处，以城之附近应建长宽各四十亩之平坦之机场，土质要坚固，并于场之一端建筑飞机止息房，图另寄；（2）坦克车就陕甘衔接旧有之汽车路加宽八尺，速令沿途各县加工构筑，至于兰州通河州间坦克车路，更应早日修好；（3）粮秣最关紧要，韩、石两部约十万人、马匹二万头，须充分准备，预先购买存贮，以免大军到境，临时无法措施。沿途兵站亦应早日通知。以上数端望弟切实遵办为要。
省政府机关报——《新陇日报》于11月10日，在头版以“冯总司令电令修筑飞机场及坦克车路”为标题，全文刊出上述电报。此后，又在19、20日两天在显著地位刊登筹粮、修路等方面的消息。实际上没有来军队，也没有来飞机助战。这显然是制造声势和压力，迫马廷贤、马仲英等就范。同时，河州大绅徐绍烈、邓隆、张建、黄容金等，以“导河难民代表”名义，联名致电冯玉祥，引同治年间的先例，提出“非痛剿以寒其胆，不肯就抚，即就抚亦不能长治久安”的主张。冯电复表示采纳。但这些并吓不倒马仲英、马廷贤，他们的条件仍不降低。
11月27日，刘郁芬、赵席聘、戴靖宇同来河州。马鸿宾等经多次会议，马廷贤又提出以下就抚条件：
（1）西军与起事回民分别收抚，即变兵属西宁者由西宁收编，属甘州者由甘州收编。原有二十七师（马廷勷部原有番号）仍准存留旧部。其余回众虽多，枪支甚少，分别遣散。（2）改编后以导河、宁定、洮岷等地为驻扎地点，六个月后服从调遣。（3）保护起事头目生命财产。（4）保护各处回教商民。（5）战时被毁回教寺院、学校、拱北，由政府协款重修。（6）被毁回民房舍修补时，由政府酌予补助。（7）在兰被押之眷口及关系人一律释放。
刘郁芬认为此项条件，俨然以战胜者姿态，向政府要挟，实属难堪。同时，马麒见时机已到，也来电向刘表明心迹。略云：“马廷贤、马仲英等阻兵抗抚，逆情昭著，早为路人所知。其对麒等不仅信口诬蔑，且复多方倾轧，肇乱已来，受侮不少。……为今之计，拟请采麒前议，电令各使，分途解散，随抚就结，庶免团聚。并乞分别严电限期肃清，不得意存观望。”他分明又成了马仲英起事的受害者，完全站在国民军的一边了。个中就里，刘郁芬岂能不晓？不过，既然转了过来，乐得多一助力，又何必戳破这层纸！是时，国民军驻莲花堡防地，又被马仲英部突破，国民军所有师旅长一致主战，刘郁芬遂决定停抚言战。
在此期间，国民军在河州集结的，有第二、第七两方面军的十一师、十六师、二十一师、二十五师、三十师，共约6万之众（官方公布的数字）。刘郁芬于11月29日下总攻击令，刘亲赴北塬督战。佟麟阁率部由河州进攻西川正面，刘兆祥率部由莲花堡进攻侧面。当天下午占领大小香台塬、井沟等地，马仲英率众退向韩家集、双城一带。30日下午，国民军又占韩家集。12月3日，马仲英部渐呈总崩溃之势，开始退出河州。国民军在进攻中，沿途残酷烧杀，进攻西乡之一路，又发掘了马廷勷未尽的窖藏。陈毓耀、刘兆祥、李松昆等部在大东乡，捕杀了许多战争参加者，并在北庄石家沟截杀避难妇幼老弱2000余人，不少房屋被烧。
马仲英离开河州，刘郁芬开始进行“安辑工作”。发出布告，说明用兵之“苦衷”。召告“回汉胁从民众，如限于12月30日以前缴械投诚者，一概不追既往，并予保护。倘仍藏匿迷抗者，当按盗匪治罪。并严禁仇杀。所有以前抢夺妇孺，无论回汉，各归原主”。12月6日成立“甘肃导河安辑委员会”，孙连仲任委员长，马鸿宾任副委员长，马玉清、喇世俊、骆力学、徐昭烈等13人为委员。任戴靖宇为河州卫戍司令。又成立“清理河州逆产委员会”，宣告对马廷勷、马廷贤、马仲英、马海渊、马景良、马凤祥、韩进禄等的土地、房屋、森林、畜牧、果园、铺面、油坊等，一律清查没收，归为公有。12月14日，陕甘剿匪总司令部，发出悬赏缉捕马廷贤、马仲英的通令。据另一记载，悬有赏格是：“有生擒马廷勷者，赏洋五万元，有戮其尸将头来献者赏洋两万元；有生擒马廷贤、马仲英者各赏洋两万元，有戮其尸将头来献者赏洋一万元。”冯玉祥在论功行赏中，对有功的门致中、佟麟阁、张允荣、陈毓耀、刘兆祥、樊曼云等，给予“革命奖章”，各记“大功”一次。刘郁芬对坚守6个月未破的宁河堡，派专员前往慰劳，但对其中嗷嗷待哺的难民却仅口惠而已。
五、窜扰陇南
1928年12月初，马仲英率众出槐树关，撤离河州，时马仲英与马廷贤意见已不统一。马廷贤打算丢开部队，逃往四川，另谋出路。马仲英则想回西宁地区继续抵抗，即率部走向临潭。马廷贤令其部众在韩进禄率领下，随马仲英前进，自己挈带妻孥财货随后慢行。马仲英到临潭旧城，与卓尼土司杨积庆商洽未妥，遂将其驻在临潭的白连升队解决，杀数十人，又杀警察数人。后到卓尼，烧毁卓尼寺一部分，又进驻岷县。时马廷贤行至完禾儿沟，被藏兵劫掠，杀死男女8人，未死之妇女被掠去，马廷贤只身逃走，请马仲英为其报仇。马仲英复自岷县返临潭，对斜藏沟、完禾儿沟等地烧杀兼施，以泄其忿。1929年元月14日马仲英再到卓尼，焚毁著名的禅定寺。韩进禄所率马廷贤部在岷县、礼县间的闾井地区，与多年盘踞在这一带的悍匪王占林、马应彪等会合。旋因部队过多，势难长期在此屯聚，乃商谈进军路线。马仲英主张过陇西转入宁夏；韩进禄则主张东扑天水进据陇南。意见不一，遂分途行进。马仲英到达陇西城，围攻不下，国民军吉鸿昌部驰至救援，马仲英仍退回岷县。韩进禄陷秦安，又欲进据天水城，吉鸿昌已先从陇西驰至，入城后，偃旗息鼓，仅令民兵守城，以示空虚。韩进禄扑近城边，吉鸿昌部即枪炮齐鸣，突然反击。韩进禄败退，走投无路，只得折转向西，跟随马仲英走向岷县、临潭。国民军吉鸿昌、冯安邦等部尾追，马仲英等走向拉卜楞寺。
双方部队过处，百姓饱受劫难。冯安邦在临潭旧城，枪毙从河州前来避难的门宦头目数十人，烧房数十家。元月17日在长拉麻川村落，烧杀居民老幼1000余人。兵火之后，临潭县长魏锡周又勾结藏民首领，对回民横加压迫，激起回民马尕喜顺率众起而反抗。国民军李松昆部前来镇压。5月，李松昆部击败马尕喜顺，将聚在清真寺未逃出的回民，不分良莠，悉数杀掉，并放火烧寺。7月初，以军事平定，进行“招抚”，假令召集逃出的难民回庄，齐集旧城，听候点名，全被骗至西门，以18人为1串，押出南门，全部活埋于预先挖好的13个大坑之内，悽惨景象，不堪言状。马仲英、韩进禄自陇西、天水败退后，马仲英又攻渭源城不克，即在锹峪乡、官堡南边的乔家沟等地大肆滥杀。昔日所发之禁令已置诸脑后。王占林部道经岷县颗驮村时，派人向堡中要粮，堡中见其人少，拖而不给。一青年开枪打死王占林士兵1人，王占林立即指挥部队将堡攻开，烧杀1天，堡中80多户无一人幸免。马应彪未久投降国民军，在定西改编，后又叛变，乘虚入陇西县城及漳县县城，抢掠财物甚多。路过山岔镇时，也因堡内人民发枪抗拒，一怒攻破堡寨，杀得鸡犬不留。
拉卜楞寺有省保安大队100多人，驻守于山上的碉堡中。拉卜楞保安司令黄正清的藏军则防守于寺院内，当地政府机关单位和回汉绅商以及一些群众也入寺院躲藏。马仲英部众于2月初到来，即向保安大队猛攻，该队仅逃出十几人，其余被打死。旋攻拉卜楞寺，甘加藏兵来援，亦被马仲英部包围，相持一天多。夏河回、汉绅商出面调停，马仲英首肯，但马廷贤要报家眷被劫之仇，不肯罢手，提出与黄正清会面。原来，马麒、马麟与拉卜楞寺为敌时，属于马海晏这一系的马廷勷、马廷贤兄弟都曾同情、支持过拉卜楞寺，黄正清与马仲英也是相识，但此时黄不肯出面，即佯作会面准备，拖延时刻，马部即放松包围，黄正清趁机率部撤走。马仲英等到深夜不见黄来会面，非常气愤，下令烧杀。赖有夏河回民绅商向“二马”叩头，并陈述夏河回、藏相处甚好，不能开衅结怨。适国民军李松昆部将至，马仲英仓皇率部退向青海同仁县境。
六、湟源屠城
当马仲英部在拉卜楞寺时，同仁县保安镇人民即风闻马仲英即将来到，群情惶恐，不知所措。一个开饭馆的回民马七三出主意，聚众筹措马匹牛羊，准备迎接。有位当事者写下一段文字，记录了马仲英进入保安时的具体情况，抄录如下：
这时马仲英的部队，已开始进入保安镇，他们穿戴着藏民或活佛等的红黄色长短皮衣和皮帽，骑着马和骡子，也有些人结队成群，牵着骡马，驮着行李及抢得的衣服、毡毯、野牲皮张等类，看来，成员复杂，实为乌合之众，官兵无从分辨，前拥后挤，蜂拥而来。部队行列每经过百数十骑，就有举着大“马”字的旗号一面或两面，群众夹道欢迎了七八个小时，始终未见到马仲英之面。后来有人说：“司令早已进城。”大家吃了一惊，只得赶快返回镇内当面欢迎。终于在街上见到了马仲英，当即呈献马匹、羊只等礼物，但马拒绝不收，我们只得带着恐惧的心情，各自分散回家了。我一到家中，看到我家全院房屋，已作为马仲英的司令部，家人早移住于邻舍。当晚我们为了略尽东道之谊，就冒险谒见马仲英，看到他和他的弟弟马仲杰坐在屋里休息，所着衣服破烂，犹如一般士兵。另一房内，还有两个洮岷两州的小足姑娘，年约十六七岁，后询之随从人员，说是“司令太太”。他的参谋长、副官三十余人，亦分驻各房间，院中系有新疆大马四匹，听说他的部属以这四匹大马的搭鞍不搭鞍，作为预觇开拔与否的标志。门口、门道和房顶等处，都有警卫布哨，非亲信者，不让进门。每隔一小时，就有侦探报告情况，看来通讯侦察工作相当严密。这一晚据说马仲英几次更换房间，以免发生意外，可见他心神不安，疑虑多端，而白天黑夜，都一律戒严。
马仲英的司令部是如此森严静谧，但保安镇及其周围十余华里则是：
连日搜查民间枪支、马匹、财物和粮食饲料等……其间到处发生吊打勒索情事……竟使群众多年积存的一点财力，顿时劫掠一空。凡房屋比较整洁的人家……于抢劫之后，分别逮捕，逼追财物，大半被绑捆悬梁，横遭毒打，一时号呼哀鸣之声，遍于保安一带。而马仲英则置若罔闻，熟视无睹。