慈禧一行于九月初四到达西安，将巡抚衙门作为行宫。斯时马安良率部自甘赶来勤王，董福祥及几马日夜警卫，十分尽心尽力。马福祥还扑灭了一次失火事件，得到慈禧的赞赏。有记载说：“十一月，寿司房夜失慎，火光熊熊，照内寝。上（光绪皇帝）仓皇避灾太后宫，公（马福祥）率宿卫兵，力救之，乃熄。两宫益喜，每召见，温旨慰劳之。自此以后，赏克食、袍褂料、银物福字、羊只，不可以次计。”（梁隽冕：《马氏族谱·述事集》）次年（1901），议和大臣奕劻、李鸿章与八国联军签订屈辱的《辛丑条约》，其中第一款就是惩办得罪了帝国主义的官员。董福祥是帝国主义指名要处决的要犯之一。奕劻、李鸿章的电报中说：“伊等谓庄王、董福祥穷凶恶极，非杀不可。”洋大人的命令，慈禧一般均须照办，结果是庄亲王载勋、山东巡抚毓贤、刑部尚书赵舒翘、左都御史英年都送了命，还有一些人被监禁、流放。只有董福祥落了个“格外从宽，着即革职”。董福祥回到灵州，“治塞上名田”，当了称霸一方的富家翁。个中奥秘，慈禧的一道“密谕”中说得清楚。“董福祥一人不足虑，而两省愚民悍卒罔顾大局，深恐一时哄动，骤成巨祸。”原来她还是怕“愚民悍卒”造反！至于“几马”，既无洋大人指名惩办，又得慈禧的赏识，自然平安无事。均率部返回甘肃，且不断得到提升。马福祥于光绪二十八年（1902）升为甘肃靖远协台，光绪三十年调庄浪协台，光绪三十二年升任西宁总兵，遥领阿尔泰护军使。宣统元年（1909）令兼代巴里坤镇总兵。马安良返甘后，为镇南军统带，有马队一营三旗。后被任为宁夏镇总兵，但未到任，仍驻防河州。马麒有马队三营，在马安良属下，驻防巴燕戎格厅（今青海化隆县）扎巴镇，光绪三十二年（1906）7月，由旗官升为花翎衔循化营参将，其势力由扎巴镇扩展到循化地区，为其尔后统治西宁地区奠定了初步基础。从此，“几马”部队被称为西军或回军，几经风雨，夤缘自保，羽毛逐渐丰满了。
四、辛亥转机
宣统元年（1909），陕甘总督升允为实行新军编制，将甘肃军队编为马步四标：马队第一标由镇南军和督标队改编而成，标统为马安良。步兵第一标标统先为张定邦，后为陆洪涛。步兵第二标由西宁镇、河州镇和固原提督所属部队改编而成，标统为马福祥。步兵第三标标统为周务学，协统为张行志。同年冬，长庚接任陕甘总督后，又将上述四标改为巡防队：马队第一标仍由马安良统率。东路巡防统领为张行志，北路巡防统领为张绍先，南路巡防统领为杨廷弼，东南路巡防统领为罗平安，西路巡防统领为马福祥。各路巡防队的营数多寡不一，多则六营，少则三四营。
斯时，孙中山先生倡导的推翻清朝的革命运动，即将风靡全国。富于反抗精神的甘肃各族人民，也在辛亥前后纷纷举起反清义旗。王莲清、王良卿密结3000人起于张掖；齐振鹭指挥起事于武威；西宁李旺、裴道人等以黄会举义于先，任得慧、乔寿山等聚众起事于后；灵台蔡普明，宁州彭四海、汪兆黎，灵州高登云，文县王洪巽，阶州（武都）何成海、姚永福等，都聚结数百、数千群众，攻县城、毁税局。反清的烈火烧遍陇原，在甘的清朝官吏如坐针毡，惶惶不可终日。辛亥年（1911）十月二十二日，陕西张凤翙在西安起义，杀死清朝将军和副都统，住西安的升允逃到平凉。8天之后，消息传到兰州，长庚大惊，急谋对策。清廷军机处急电长庚督办陕甘军务，并任升允督办陕西军务。长庚、升允顽固效忠清室，策划进犯西安，妄图镇压义军。首先整顿、扩充甘肃军队，以陆洪涛部为振武军、张行志部为壮凯军、周务学部为忠武军、吴炳鑫部为建威军（以上均为汉军）；马福祥部为昭武军、崔正午部为骁锐军、马安良部为精锐军（以上均为回军）。又因回军战斗力较强，故寄希望于回军，“以回制汉”，拟先予以扩充和加强装备。攻陕前锋，先属意于马福祥，马福祥认为“专制必不久，共和必告成”，不肯再为清廷效力，借其父马千龄于1910年8月去世的机会，以“服制未除，呈请终丧”为托词，只好命其留守兰州。又授命于马安良，马安良“当仁不让”，乘机扩充部队。凭借民族宗教关系，哄骗河州、循化、巴燕戎格一带回族、撒拉族农民投军，编成20营（一说30营），约7000余人；又发动官兵亲属2000余人随军，谓之“跟营”。马安良任总统，马麒为帮统，马占奎、马璘（玉清）、马国仁、马廷勷为分统。其部队于11月5日在兰州接受长庚检阅。长庚将总督署军械库所存左宗棠时期之来复枪2000支、新购毛瑟枪5000支一并发给马安良部和陆洪涛部，作为攻陕主力，从北路（即经平凉）东进，由升允直接指挥；南路军（即经天水东进）则为张行志部、崔正午部。时宁夏由刘华堂、刘耀鲤、吴殿英等领导的起义，于11月19日光复宁夏城，捕杀宁夏镇总兵贺明堂及知县，推宁夏道孙廷寿为大元帅。长庚急令行至定西的马安良分兵前往镇压。马安良令马麒前去。马麒即率其弟马麟和马占魁等马步6营，与陈必淮部分路驰赴宁夏。马麟攻破宁夏城后大动屠刀，杀害革命党人唐纪方、刘大福和群众400余人（一说死伤1400余人），搜抢财物，奸淫妇女，无恶不作。又派兵在平罗大肆杀掠，连欢迎的300多群众也遭到杀戮。然后将所掠财物，满装大车100余辆，托言辎重，运往河州家中。宁夏地区经历此一浩劫，元气大伤。马麒在宁夏杀掠之后，又东向加入攻陕部队行列。
攻陕清军陆洪涛部于11月20日攻占长武。12月15日与陕西义军战于冉店桥，义军一营全营覆没，继又攻占永寿、邠州。马安良率部进犯乾州，将州城包围。守城的义军张云山骁勇善战，顽强固守。马安良部屡树云梯爬城，都被守军打落，死伤很多。马安良为泄愤，纵兵向乡村搜杀平民，他的“跟营”乘机抢掠。村民纷纷逃走，数十里、百里无人烟。升允又令陆洪涛部攻陷礼泉县城。但马安良久攻乾州，毫无进展，并曾一度被义军包围，几至被擒。他原来曾漫夸海口说：“陕西几个学生娃娃作变，有什么要紧，我把他们一马荡平，只是旦暮间事。”此时则哀叹：“张半截子（指张云山）拦我马头，使我不能进兵咸阳，子女财帛，非我所愿，今天头一件大事是对不起升大帅。”后来，他施毒计，驱迫民夫数百人乘夜暗掘地道数处，企图轰坍城墙，趁势攻入；并将山炮摆在梁山乾陵上，居高临下，向城内轰击。义军张云山则令所部头顶铁锅，凭城拒守。马麒派出的扒城队，均被击溃。掘地道的士兵，又被义军坑毙。所施计谋，均成泡影。马安良还派管带罗开福诈降，也被张云山识破击退，结果攻城两个多月，毫无所获，马安良一筹莫展。
此时，攻陕南路军崔正午部攻陷固关、陇县、千阳一带；张行志部自灵台东进，被秦陇复汉军阻止，但张行志突袭岐山县城，该县无备，县城被陷，惨杀群众1000余人。继又围攻凤翔。清军南北两路威胁关中，西安人心惶惶。幸黄钺于1912年3月11日在秦州（天水）起义，与巩秦阶道向燊成立甘肃临时军政府，使攻陕军有了后顾之忧，而且甘肃全省为之震动。据说长庚闻讯惊惶失措，惊呼：“黄钺乃革命党，何以无人告我！”3月12日清帝正式下诏宣布退位，长庚、升允梦想纸里包火，不予公布。但有人将此诏文抄送马安良，马等知全国大局已定，顿觉前途渺茫，再无精神作战。于是，与陕西义军停战言和。但马安良仍不失其清朝官吏的立场，当他在乾州城外与张云山会面时，力请张将升允失散在西安附近的眷属送来，张即如约办理。3月下旬，攻陕各路清军返回甘肃省境。关于促成马安良退军的原因，还有一事，应在此一并交代：有位王浩然阿訇，曾给马安良拍一电报云：“翰儒（应为‘如’）教兄勋鉴：共和成立，五族平等，信仰自由，无妨教典。弟以依妈尼为证，誓诸真宰：共和政体，决无妨害吾教，请勿中奸人谣言之诡计。边远之地，真相难明，况尚有因忌吾而欲害吾者从中播弄是非，以收渔人之利耶？明鉴如吾兄，必能洞烛其奸，不为一姓尽愚忠，而拂万兆之幸愿。兄执西北军机牛耳，处此潮流激荡民情鼎沸之世，共和元勋、民族英雄、宗教伟人，只一反掌耳。时机难再，幸勿失之！敬希急速停进，通电翊赞共和，福被群生，名垂永世，岂只国家之幸，是亦回族之福也。”（马善亭：《王浩然阿衡轶事》，《月华》1935年第7卷第15期）这封电报，从民族、宗教立论，对马安良思想一定会有很大触动的。我们感谢这位深明大义的宗教工作者！
当黄钺起义时，升允立即调兵前往攻打，在所调部队中，有马福祥的马忠孝营。当兰州风闻清帝已发出退位诏书的消息时，在马福祥、王之佐、水梓、邓宗等的揭发和劝导下，长庚最后不得不将此诏书公布出来。此诏一公布，省方上层人士就酝酿拥戴共和之举。3月15日，向袁世凯发出拥护共和的电报，电报上署名的，一说为甘肃布政使赵惟熙、省咨议局议长张林焱、昭武军统领马福祥和士绅王之佐、慕寿祺。又一说仅赵、张二人，但为首的是赵惟熙这一点，是不错的。电文中还特意交代“长帅（长庚）已请开缺，未经列衔”。袁世凯政府即就事论事地任赵惟熙为甘肃临时都督。接着，便发生赵惟熙与天水黄钺争论起义日期先后，实是争夺全省统治权的斗争，双方纷纷向省内外发出电报，为自己辩护，且均将部队拉开，形成武装对峙局面。新任议长李镜清力主和解，马福祥也是主张和解的。最后，兰州派马福祥为省方代表，与天水代表周昆谈判。5月9日马福祥到天水，经过商谈，达成和平解决条款。6月7日，秦州军政府宣布取消，黄钺于7月12日离开甘肃。马福祥还调停了另一起纠纷：赵惟熙与彭英甲（甘肃布政使）曾争权相斗，4月30日，双方各调兵进城，意欲交火。马福祥闻讯，只身入城，向赵、彭提出质问，义正词严地提出：“军队乃保护甘肃治安者，非从都督辈纵酒任气之物也。”时马的部队驻在兰州附近，具有威慑力量，赵、彭只好偃旗息鼓。与此同时，袁世凯政府数次向马福祥发布任命，1912年四月初，任命为阿尔泰护军使；5月22日，任命为西宁镇总兵；7月14日，又任以西宁镇总兵兼署西宁办事大臣（旋改青海办事长官），马均没有到任。8月21日，又任命马为宁夏镇总兵，这次任命，马福祥接受了。
马安良虽然在攻陕中没有达到目的，却借机扩充了实力，捞了一把。有实力就不愁官位，所以国民党任其为甘肃国民党支部长。4月，袁世凯政府又任命马安良为甘州提督。但马安良并不赴任甘州（张掖），仍驻兰州，以便于干预省政。还命其弟马国良部移驻陇南，命马麒部移驻河州和洮岷，以便控制甘肃形势。此时，马麒也升任洮岷协副将，领有马步2300多人。他竭力向马安良讨好，结为亲家，以马安良之女为其长子马步青之妻。又联络西军将领，联名电请袁世凯，请委马安良主持甘政。但因马福祥、崔正午和甘肃回汉士绅不肯支持，袁即以军人未便干政为词，不予批准。斯时，宁夏地方告发马麒在宁夏的杀掠罪行，赵惟熙偏袒西军，不予追究。议长李镜清力主正义，提出严惩马麒等人，马麒倚有兵权在握，蛮横无理。一时李、马对立十分尖锐。李以兰州危机四伏，难以立足，接受副议长刘尔炘的劝告，暂回临洮原籍以避其锋。马麒在马安良支持下，遣营官马同等，于7月17日夜，将李镜清杀害。此事引起全省震动，省议会推选李步瀛为代表赴京上告，而袁世凯正倚重马安良这股势力为其效力，故搁置不问，最后不了了之。刘尔炘为此写挽联云：
毕竟是奇才，能使世间容不得；倘然成厉鬼，定从地下打翻来。
李镜清被暗杀一案，是西军跋扈和回汉矛盾的反映。甘督赵惟熙为分散西军在兰州的势力，缓和矛盾，报请袁世凯政府，以马福祥为宁夏镇总兵，以马麒为西宁镇总兵，而青海办事长官一职，则由前西宁府知府廉兴升任。但马麒的西宁镇总兵一职，挂牌多日，却未见正式任命状。后得幕僚李乃棻“需向赵都督送重礼”的提示，马麒始恍然大悟。急令其弟马麟赴拉卜楞寺，马麟央请其旧交、拉卜楞寺管家宗哲筹措黄金并金佛，凑足黄金200两之数，通过赵的副官田永祯转送。赵惟熙得贿，即发出任命状。马麒到了西宁，即与马安良分道扬镳，自立门户。
民国2年（1913），袁世凯任命张广建为甘肃督军，张率其左右两军进驻兰州、临洮，其部队装备较甘肃原来军队的装备优良，常与马安良驻兰部队发生摩擦。马为避免冲突，糜烂地方，率部回驻河州。到1918年，甘人对张广建的统治日益不满，“甘人治甘”的呼声日高，张处境困难。是年11月，张请马安良来兰州共商大计，马安良欣然起程就道，行至东乡锁南坝，旧病突然复发，连忙返回河州，不久即去世。其部属由马璘（玉清）及其马安良子廷勷、廷贤等继续统领。
辛亥革命是一次不彻底的革命，史学家对此多有论述。鲁迅在《阿Q正传》所描绘旧官变新贵的情况，于甘肃官场中，更加活灵活现。甘肃的许多文武官僚，既在保皇清、反共和的反革命中，捞取了不少好处，反转来又成为投靠民国的资本。如同变色龙一样，摇身一变，翻成新政权的军政要人，“几马”就是在这次“革命”中捞到了过去尚未捞到的手握一方兵符的将军。