1931年7月，《新秦日报》驻青记者陕西王某，寄居于民政厅职员宿舍。时西安报纸常披露不利于马步芳的报道，马疑系王某所为，即派人约请看戏，当晚秘密杀害。
1937年，在兰州行医讲学的河南襄城人高金城先生，到张掖为河西被俘红军伤病员医治，并营救失散的西路军人员。马步芳闻讯，即令韩起功下毒手。韩起功于1938年2月，将高金城先断四肢，然后活埋于衙门后花园里。
1940年春，马步芳严令将麻风病人一律枪毙，全省毙杀百人以上。
1940年春，西宁县政府警察队长马某，将麒麟公园两颗柳树移栽于县政府。马步芳震怒，立即将马某逮捕至省府毒打，皮破肉绽、肝肺俱见，抬回县府即死。
1941年，省立一中学生樊世良，在日记中写有指责马步芳的话，当日即被逮捕，受尽种种酷刑，每夜刑讯，呼号声闻于四邻，次年3月即被活埋。其母哭子，三年不绝声。1941年3月，享堂驻军解送一山东籍道人，年约40岁，持有寺庙证明，马步芳以形迹可疑，立即枪决于乐家湾。
1945年春，青年孙昌龄、西宁邮政局职员沈克敬，在西宁开设中国文化服务社西宁分社，打算订售重庆出版的《新华日报》，并在信中有致敬毛泽东的话，被邮检查出，马步芳立即下令将2人逮捕，非刑拷打后，活埋于南滩。
1945年7月，乐家湾军营发生兵变后，马步芳下令，将席老三放走的10多人捕回枪决。并将拘留在省会警察局的30多名民事纠纷和偷盗犯，不分案情轻重曲直，一律在当夜枪决，称之为“洗狱”。
1948年，CC系分子鄂谦积极反马，在南京中央政治学校及北平等地联络青海同乡，发行揭露马步芳暴行的小册子。马即于同年派人，将鄂暗杀于绥远。
1949年兰州解放前夕，马步芳在兰州大学逮捕许多进步学生，有的投入黄河，有的活埋。
对下、对广大群众是高压、欺骗，对上就必然是巴结谄媚，马步芳对蒋介石的百般恭顺，曲意奉承，真是人世罕见。在此略加介绍。1942年8月，蒋介石在兰州召开甘、宁、青、新四省军事会议，专门召见马步青、马步芳弟兄，表示要到青海巡视。“两马”受宠若惊，星夜返回西宁，大肆筹备欢迎。马步芳在接待的每一细节上，均绞尽脑汁。把省政府三堂作为蒋的寝室，他自己避居于西面一个小院中。所有设备，全部重新购置，即使桌布、椅垫、茶杯等些小什物，都在式样、花色上亲自设计、挑选。事事再三检查，严防漏洞。卧具和食品的选择，为投蒋之所好，尤费心思。接待礼节，强调严肃隆重。对到机场迎送的高级军政人员，亲自审定列队名次。城关大街，则集合省、市各机关、学校人员，列队夹道迎送。通行街衢的市民，亦要求着新装，务使衣冠整齐。街道门窗墙壁，粉饰一新，悬旗结彩，五色缤纷。日日分段洒扫，不准有柴草出现。省政府内外门首、城关大街各十字路口，均扎结大型牌楼，远自大通县鹞子沟运回大批鲜松枝，广加点缀。对蒋到达后的诸多细节，布置尤为周到。规定每逢蒋之用餐、出入，均按规定奏乐。警卫方面，则采取紧急措施，市内层层封锁，节节守卫。所有警卫人员，均选拔校官以上心腹充任。在南山寺凤凰台和北山寺无量殿，设临时岗警，装置电话。城郊30里警卫线内之居民，都予以严格控制，出门不许过早或过迟，不许饮酒喧哗，更严禁老弱残废、聋盲及乞丐外出。派马步銮等亲信，负责全市的日夜巡逻。省政府周围和院内的警卫工作，由马步芳、马步青亲自负责。在3天前，将省、市军政警教人员集合于小教场，演习礼节，要求理发修面、仪容整肃，检查服装，组织编队。按机关各编为若干队，由各机关主管任领队，并从中秘密指定检察人员，以防意外。对蒙族王公、藏族千百户和活佛、阿訇，均定出进退礼仪，使之反复演习，并列出名单次序，不得越规。马步芳、马步青则身着军装、穿马靴、戴白手套，时时顾镜自盼，相互检查，以防疏漏。蒋介石驭下有方，为解除马之戒备心理，仅带侍卫4人，于8月26日由兰州飞抵西宁。随行有钱大钧、朱绍良、顾祝同、谷正伦、胡宗南和戴笠等人。27日在省政府大礼堂召开大会，举行隆重欢迎仪式。马步芳在蒋面前，表现惟恭惟谨诚惶诚恐的姿态。蒋坐自带之藤椅，正襟危坐，阅览《曾胡治兵语录》，马步芳侍立于侧，立正1小时，未移动脚步。马步青在外院副官处待命，命他前去随侍，他亦作不敢前去之态。“二马”此种恭顺憨态，博得特务头子戴笠的好感。27日宋美龄亦飞抵西宁，马步芳更加恭顺，宋拟赴马之私邸访问，马恐有失礼，以回民妇女不敢见面，婉言谢绝。宋美龄以珍贵首饰几大包交马步芳向其家属转送，马步芳即时到其周家泉私邸馨庐取回较逊色之金镯项链作为答礼。蒋介石亦到湟中塔尔寺，接见阿嘉活佛等，题匾并布施2万元。又到东关清真大寺，也是题匾并布施2万元。马步芳以个人名义向蒋献骏马500匹，以蒙藏王公、千百户名义献骏马3000匹，及鹿茸、麝香10多箱。马步芳还向宋美龄馈赠紫羔皮裘300件，径行空运重庆。蒋介石拨给马步芳部队犒赏费10万元，也给马步青及其高级部属送了丝绸、瓷器等，还分别合影留念。蒋8月28日离西宁径飞酒泉，临行当众嘉奖马步芳，称誉其军队为“岳家军”，鼓励马精忠报国，以岳飞相期许。于是蒋马这场交易告一段落。事后马步芳向其部传授经验说：“我们多送礼，给人家的印象反而不好。现在不是表现富贵的时候，我们不能学别人。礼当越简略越好，穷了人家不注意。送点军马、羔皮，都是土产，既本分又实在。”但马步芳的算盘，打得毕竟太精：后经蒋命令将上项赠送马匹就近转交军政部贵德军马场时，马步芳遂将原在海晏三角城准备的骏马，抽出其一大部分，代之老弱马匹，送往贵德军马场。
三、中心工作
1938年3月，马步芳任青海省政府代主席之后，青海因是抗日战争的大后方，内地前来的人逐渐增多，势难再保持封闭状态。马步芳即试图“推行新政”，向国民政府表示他“拥护抗战，励精图治”的决心。曾制定过一些所谓改革措施，诸如省政府合署办公、召开县长会议、捐献私产充实教育经费、明令禁烟禁赌、减轻各县杂捐、设立村镇集市、训练行政人员、修路建桥、实行义务教育等，也有所收效。嗣后，由陈显荣、马骥、马绍武等出谋划策，为马步芳设计制定了所谓“新政”的具体内容，仿照桂系军阀治广西的做法，提出推行“六大中心工作”，号召“自卫、自治、自给”。“六大中心工作”是：编组保甲，训练壮丁，修筑公路，植树造林，厉行禁烟，推广识字。推行具体情况分述于下。
（1）编组保甲。马步芳说：“青海目前之中心工作，莫急于办理保甲”，“保甲不独为六大中心工作之中心，亦为青海政教前途奠百世不拔之基”。故早于1938年即成立“青海省保甲编查委员会”，自任主任委员，马骥、马继融等8人为委员，各县亦相继成立这一组织。将全省划分为7个区（大区）：第一区为西宁、湟中、湟源、贵德；第二区为乐都、民和；第三区为化隆、循化、同仁；第四区为互助、门源、大通；第五区为都兰、共和、大河坝；第六区为玉树、昂欠、称多；第七区为同德、果洛。除了六、七区因牧区暂不建立保甲制度，其余五区立即建立。规定县以下设区、乡（镇）、保、甲。每10户为1甲，10甲为1保，10保为1乡。到解放前夕为止，在湟中、湟源、民和、乐都、互助、大通、化隆、循化、贵德、门源、祁连、同仁、都兰、共和、海晏等15个县中，共编成乡（镇）240个，保1081个，甲11628个，合计161729户，952671人（不包括牧区）。在清查户口的基础上，编写居民户口门牌，选举保甲长，订立“保甲公约”，其中规定：“各户互相监督，听从指挥，服从命令，不得违抗。来客禀报甲长，按时送交差徭；各甲、户长，填具联保联坐甘结，决不暗通匪特，隐藏奸细，若有违纪者要立即密报；若有隐匿者，各户均受连坐之法。”同时还规定：“保、甲长负有催粮收款、搜查罪犯、督促修筑碉堡、督训壮丁、督修公路之责。”凡一切行政措施，无不通过保甲组织来推行。
（2）训练壮丁。所谓训练壮丁，就是拔兵。国民党中央规定，18岁到40岁接受国民军事训练，马步芳则扩大为17岁到50岁。训练壮丁与编组保甲结合进行。由省保安处和国民军事训练处主其事。专区设区指挥部，县设壮丁司令部，区设总队，乡设中队，保设区队，甲设组，每组壮丁16人。全省保安团壮丁共约10万人，分三期训练完毕。壮丁经过训练，即是现成的兵源。马步芳采取派兵、抓兵、抽兵的办法，抽兵即按户抽丁，两丁抽一，三、四丁抽二。结果把大部分青壮年抽去当兵，导致田园荒芜，生产遭到严重破坏。为逃兵役自毁自残者也不少。
从1939年开始，还需向国民党中央上交壮丁。马步芳请准以马代丁，每1丁交马3匹，作价征收银币，谓之“马款”。先后征过5次。马步芳从这一收一交中，牟利中饱。逼得百姓卖儿卖女，甚至死于非命。
（3）修筑公路。抗战时期，国民党政府交通部在兰州设立西北公路工程局，准备修筑交通干线和与青海有关的公路。马步芳为配合行动，遂将修筑公路作为省府中心工作之一。计划在全省修筑6条干线、19条支线，全长1万余公里。6条干线是青兰（兰州）、青凉（武威）、宁临（临夏）、宁玉（玉树）、青新（新疆）、青川（四川）等线；支线为省内各县之间的公路。最先修筑青兰公路宁享（享堂）段，长110公里，除了征调千余民工，还派一个旅与一个团的士兵修筑。为砂石路面，数月即竣工。续修宁玉公路，长827公里，线路大都在海拔三四千米的高原上，工程艰巨，难度很大。到1943年以前，除了西宁至大河坝略具公路雏形，其余地段仍是古道，汽车很难通行。
1943年6月，青藏公路工程处在西宁成立，以建设厅长马骥兼任处长。经过勘察测量之后，宁玉段全面动工，原计划征用民工1万人，100天完工。由于对果洛人民的暴力镇压，当地藏民奋起反抗，因此摊派给果洛的2000民工一个也没有到。实际参加筑路的民工仅6600人，又因气候奇寒，当年施工计划完成不到40％。1944年6月继续开工，实到民工17996人，在高原劳动，呼吸困难，口鼻出血，面目浮肿，时有断水断炊之苦。历时4个月，宁玉段宣告“完工”，但工程质量极差。同年10月，从西宁发车，试行验收。由于路面不平，行车缓慢，沿途人推牛拉，行驶了19天，才到达玉树结古镇。至于青海东部先后修筑的各县支线，多系强征民工修筑，工程质量极差。马步芳怕压坏路面，连民间木轮大车也禁止在公路上行驶。公路本是便民利民之举，却反而给人民带来许多不便。
（4）植树造林。将全省划为12个植树区，规定每年清明节前后1个月为植树时间。省政府通令各有关县及省垣党政机关、中小学校、民众团体，按规定数目包栽保活。植树地带规定为山麓、河滩、荒滩、沟沿、路旁。所种树种，多为杨树，其次为柳树，再次为榆树。所有树栽子（即树苗）均向农民摊派。有些农民有地无树，即被迫变卖家产去高价购买，有的以劳力向富户换取树栽子。不能按时交纳的，往往受到残酷的迫害。所交的树栽子，要符合规定的长短和粗细尺寸，验收时也难免受到刁难，农民挨打受气的，以烟、酒、点心、糖果疏通的，所在多有。湟中县工商业者从1937年到1949年之间，每年要负担树栽子15000株，每株须高12尺，上下一般粗，不合规格的以10株顶1株，欠交的则折价相抵，总计折收银元247000元，由全县600多户工商业者分担，负担之重，可以想见。但不管农民和工商业者负担多么重，到底还是栽了不少树。据统计，到1946年为止，共植树3200多万株，这不能不说是一项可观的成绩。
（5）厉行禁烟。青海建省前后，马麒曾经禁止鸦片，已如前述。马步芳则声言“禁烟为先主席之贻谋，林文忠公之遗范和蒋委员长之训示”，因而要厉行禁止鸦片，“俾青海永成一片干净土”。遂将马麟时期的“青海禁烟总局”改组为“青海禁烟委员会”，自兼委员长，杨希尧、魏敷滋、姚钧、谢刚杰、李天民、詹世铭等为委员。并在西宁举行了一次“禁烟宣传大会”，组织宣传队，上街宣传。还饬令各县政府定期举行禁烟宣传会。派出视导委员11人，分赴各县督导禁烟工作，称之为“全省烟毒大检查”。据《青海省政府工作报告》披露的统计数字，共查获烟具900余副，烟土1700余两。将其中一小部分拿到西宁小教场、大什子当众焚毁。接着举行第二次烟毒大检查，查获吸毒犯280人，烟贩3人。在乐都、民和通缉烟贩，查获烟土13000余两（对外仅公布为1300两）。1943年，又一次在全省进行烟毒大检查，仅西宁地区所查获的烟贩（包括一些吸食者）就有四五百人。罚款总数达银元10余万元。没收烟土2000余斤。这批烟土，以后全数交骑五军，运往新疆销售。这次检查，马步芳指令由省干部训练团、省保安处、省田粮管理处等机关公务人员及女子师范学校教职员工、学生去检查，共抽出1000多人，编成20几个禁烟检查组，由省建设厅长马禄任总检查官。所捕烟犯177人，均关押在省警察局看守所。其中能缴纳罚款者，多取保释放；无力缴纳者，一律送进特设的烟民教戒所，该所一切费用，由烟犯自己负担。烟犯还须服无偿劳役，原定为期1年，但经3个月后，因烟犯实在拿不出钱，只好解散了事。
马步芳在禁烟名义下，又暗中售烟和贩烟。在其禁烟委员会之下，附设很多戒烟售“药”分销处，给每个分销处规定每月售“药”数量，按期上缴销售款，从中获利。据吸烟者说：“戒烟药就是大烟膏子。”他还将大批烟土运往北平、天津一带销售，牟取高利。当时，甘肃的河西地区，是马步芳、马步青的势力范围，还在普遍种植鸦片。每年秋后，强制当地烟户将收获的大烟全部晒干包装，称之为“卷子货”（即方形的烟膏，每包计旧秤120两）。收缴后，一部分运到青海，一部分运往绥远，交由马步芳派驻该地的经理赵子仪经手销售。所以民间讽刺说：“禁烟又贩烟，禁民不禁官。”如此禁烟，竟被国民政府授予“禁烟模范省”称号！