在剖析了国内外局势后，吴敬琏提出了“标本兼治”的应对之道：“标就是运用我们的财政政策、货币政策稳住市场，不要让它崩盘，而且尽量保持大部分中小企业能够继续运转，但是根本问题还是要实现增长方式的转变。”
在这里，吴敬琏又回到了他一贯的主张——“增长方式的转变就是要强身健体、自求多福。世界经济的格局不可能有大的改变，我们至少不要当冤大头。自求多福最重要的办法就是转变增长方式，转变增长方式的症结在于制度性障碍，所以要真正实现转变就是进行改革，消除制度性障碍。”
日后发生的事实表明，吴敬琏的建议并没有成为主流意见而被政策部门采纳。
10月28日，上证股指跌到1 664点，市场信心全失。从11月份起，在中央政府的指示下，四大商业银行开始大举放贷，每月新增贷款成几何级增长，11月新增额为4 769亿元，接着是7 400亿元、9 000亿元、1.07万亿元，到2008年3月放出空前的1.89万亿元天量。从2008年年底到2009年6月的8个月中，新增放贷总量近8万亿元，掀起了一个至热的投资狂潮。这些贷款中的八成以上被大型国有企业所获得，而投资方向则为铁路、公路和各项基础建设设施，民间戏称“铁公基”。在资金突然巨额放松的情况下，股票市场率先活跃起来，在2008年的上半年，中国股市放量振荡，一扫前期低迷，增幅为全球第一。房地产的表现更是惊人，它以出人预料的速度回暖，各大城市的土地拍卖相继创出令人瞠目结舌的“地王”价格。
在中国的投资热浪拉动下，全球的能源价格也立即上弹，铁矿石、石油和有色金属等价格扶摇直上。在很多人看来，在哀鸿遍野的金融危机笼罩下，中国经济再一次“奇迹”般地率先冲出了危机。
对于这样的景象，吴敬琏并无喜色。在他看来，有两个问题是值得引起注意的。一是，宏观手段对微观经济的干预边界到底在哪里；二是，如何从应急性的短期政策转向处理长期发展中的问题。
从2008年年底到2009年的政策取向，实际上，是对2004年那次宏观调控政策的又一次固化。它最终呈现为三个特点；第一，“宏观调控以行政调控为主”成为政策主轴，“看得见的手”变得越来越强大；第二，经济增长主要倚靠巨量投资，而不是着力于转变增长模式和产业升级；第三，国有企业、特别是大型中央企业得到偏执性的扶持，民营企业被边缘化。
在金融危机最动荡的时刻，欧美各国政府纷纷出手拯救经济，连最老牌的资本主义国家英国也将一些陷入危机的银行收归国有化，由此，国内经济界再次出现国家主义思潮强劲回归的迹象。2009年3月3日，吴敬琏在《经济观察报》上撰文《如何定位政府与市场的边界》，从经济史的角度对这一观点进行了反驳。他认为：“需要注意的是，经济学中两个学派（新凯恩斯主义和新自由主义）的争论，是在自由市场机制，即价格机制在资源配置中起基础性作用的范围内进行的，这并不意味着有哪一个学派主张回到政府包办一切的计划经济旧体制去。即使他们支持对某些企业实行国有化，那也只是一种短期的应变措施，而不是一种长期的制度安排。20世纪社会经济制度变迁的基本脉络提示我们：在市场制度范围内，明智合理地界定政府与市场之间的适宜边界，是经济稳定运行和长期增长的一个重大问题，必须根据具体情况加以确定。”
进而，他将笔触回到了对当前政策的反思上：“我们还必须注意的另一个问题是，在中国，人们常常把宏观经济管理（宏观调控）和政府对经济活动的微观干预混为一谈。假宏观调控之名，行微观干预之实，实际上等于复辟命令经济。这不但会造成资源的误配置和损害经济的活动，还会带来强化寻租环境、使腐败活动泛滥等恶果。这是必须坚决制止的。”
到了10月23日，在上海的“2009浦江创新论坛”上，吴敬琏在演讲中批评说，4万亿经济方案，实际上打压了民营企业，不仅没有起到拉动民间投资的作用，还产生了挤出效应，产生了“国进民退”。他引用调查数据说，70%以上新的技术创新都出自小企业。“如果我们热心于创新的话，一定要帮助小企业上来，给他们信心。”
除了对宏观调控的方式提出警告之外，吴敬琏的另外一个担忧是，如何解决中国经济的长期增长问题。正如他在2007年8月那次接受《南方人物周刊》访问时所预料的，大量的放票子一定会形成“空前繁荣”，然后接着就是资产（房地产、股票）泡沫和通货膨胀生成。如果体制性矛盾无一得到解决，新的、更大的危机将会如影随形，如期而至。
2009年6月30日，他在一份送交中共中央办公厅的问卷答案中写道：“目前对宏观经济政策走向看法的分歧，在很大程度上缘于对我国经济近年来困难成因的不同分析。主流的意见把困难成因归结为以美国金融泡沫的崩溃和由此导致的中国企业出口订单的减少，认为我们只要用政府的财政货币政策创造足够的需求，来维持8%以上的经济增长，待到西方国家经济走出困境，增加出口，中国经济就可以全面复苏。”
面对上述意见，吴敬琏认为“不符合实际”。他仍然坚持在2008年9月的那次上海论坛上所给出的结论，认为是美国的扩张性货币政策及中国经济粗放增长模式相互作用的结果。接着，他对两个非常流行的观点进行了纠正。
其一，有些论者对西方经济复苏寄予很大的希望，认为只要它们恢复进口，中国在出口导向政策的支持下，粗放的发展方式又可以继续运行下去。他觉得这种想望恐怕不太现实。因为，金融危机发生以后，美国的储蓄率已经提高了7%，这意味着至少最近不会需要过去那么多的净进口；其次，包括中国在内的许多国家都正在致力于改变美元作为唯一国际储备的状况，建立受到国际监管的国际货币体系。这两方面的演变说明，靠出口需求支撑的经济发展方式无法持续，应当自求改变。
其二，他对人们经常所谓的“三驾马车”（消费、投入和出口）之说提出了异议。他认为，“三驾马车”的分析乃是凯恩斯主义的短期分析框架的变形，着重研究短期经济政策的凯恩斯主义也从来没有说过可以用它来分析长期经济问题，这可以说是一种短视，说得严重一点，是一种误导。如果用“三驾马车”的态势来预测中国经济的未来走势，这意味着不管用什么样的办法，只要能够使总需求增长，就能维持GDP增长稳定上升的趋势。分析问题的理论框架的误用，极易造成宏观经济决策的偏差。
吴敬琏最终指出，我国经济存在的两大问题是——效率低下、污染严重的生产方式和腐败蔓延、贫富悬殊的分配格局，其根源都在于马克思曾经进行尖锐批判、西方国家在上一个世纪之交已经抛弃的粗放增长模式……而解决之道则是，在采取短期的财政货币政策维持市场稳定的同时，坚决执行“十一五”规划和“十七大”关于转变经济增长模式的决策，激发企业，特别是中小企业的活力，延伸产业链，提高附加值，实现产业升级和增长转型，以便消除经济危机最深刻的根源。
惊心动魄的2009年在“保八”成功的欣喜中走进历史，而面向未来，中国经济仍然存在多种可能性。2010年1月，吴敬琏在为《财经年刊》所写的文章《集中力量解决长期增长中的问题》中，再次完整地表述了自己对过往一年多中国经济表现的观点。在他看来，“中国经济的当务之急，也是最大的困难，在于如何从应急性的短期政策转向处理长期发展中的问题”。
他写道，现在人们普遍承认，中国经济在2009年实现了GDP增长的“V”形回升，现在的问题是：从更长的时间跨度看，能否保证今后的经济走势不会出现另一个“V”字，二次探底，出现人们所说的“W”行走势。在我看来，问题的关键，是我们能否解决中国经济长期存在的问题。
所谓“长期问题”就是，中国经济采取了一种靠资源投入和净出口（出超）拉动的粗放的经济发展方式，从而导致了货币超发、流动性泛滥和资产泡沫形成等难题。在吴敬琏看来，单纯依靠向国民经济注入流动性的短期政策来保证中国经济的长期稳定增长，采取增加海量投资和贷款的办法来增加需求，是不可能长期持续使用的。2009年所实行的巨额投资和适度宽松的货币政策已经引发了居民的通货膨胀预期的形成，货币流通正在加速，国民经济面临着资产价格膨胀和通货膨胀的双重危险。
因此，吴敬琏警告说，如果只专注于短期经济政策，用注入流动性救市而忽视长期问题的解决，将会影响中国经济的长期稳定增长。弄得不好，别人在“去杠杆化”和消除泡沫，我们却在“再杠杆化”和掀起泡沫，那就会埋下再一次资产负债危机和高通货膨胀的定时炸弹。
那么，着眼长期的关键又是什么？吴敬琏的答案是，必须要促进居民的消费，而其基本的办法有二，一是增加就业，二是促进技术进步，提高产品的附加价值。换而言之，就是必须努力实现经济发展方式转型，优化经济结构，保证持续稳定的增长。
吴敬琏不无担忧地写道，这里需要提出一个问题：实现经济发展方式转型并不是一个现在才提出的口号。早在1995年到2000年的第九个五年规划中，就已经规定了实现增长方式从粗放型到集约型转变的任务。2006年到2010年的“十一五”规划不但重提这一话题，还列举了转变的具体途径。但是迄今为止，除了少数地方，成效并不显著。
为什么会发生这种情况？吴敬琏以为原因不外有二：其一，这一转变遇到了许多体制性的障碍；其二，有利于创新和创业的经济环境和法治环境还有待建立。他一言以蔽之曰，“万事俱备，只欠东风”。
何谓东风？市场化、法治化的改革是也。