2000年1月24日，是吴敬琏70岁寿辰。
早在一年前，他的朋辈和弟子们就开始筹划祝贺之事。当时吴敬琏正在匈牙利布达佩斯高等研究院学术访问，他发回电子邮件表示，“大家的心意我是很感激的，但不要搞对我个人的歌功颂德，最好的形式是大家聚在一起，对我们共同的改革事业（不是个人的成就）作一次系统的回顾和展望”。经过讨论，朋友们同意以举办学术研讨会来表达对他的敬意，同时出版一部经济论文集，来纪念他在半个世纪中的辛勤耕耘。
这场研讨会是在2月26日召开的。据时任国家体改办副主任的李剑阁回忆：“来自学界、政界和企业界的宾朋满座，盛况空前。代表各个学术流派和各种观点的与会演讲者不仅发表了高水平的论文，进行了无拘无束的深入讨论，而且以真挚感人的语言，对吴敬琏的道德和文章作出了恰当的评价。会议气氛浓烈，会后人们的心情仍然久久不能平静。”
就在这场祝寿研讨会的7天后，3月4日，吴敬琏突然扮演了一个“黑色预言家”的角色。当时正在召开全国“两会”，这一天，身为全国政协常委的吴敬琏在一次与记者的即兴谈话中，对如火如荼的网络经济发表了自己的感想。他说：“目前香港和内地都在炒作网络股，它对高新技术产业利少弊多，传媒最好不要推波助澜。”他认为，“在中国，现在上市的网络股没有几个是真正意义上的网络股。”没有想到，他的这一讲话引来了证券界和网络界人士的强烈反击。
这已经不是吴敬琏第一次在公开场合抨击中国资本市场的混乱现象。早在去年的全国“两会”上，他就对记者抱怨说：“在规范的证券市场上，一般有两个渠道可以来钱，一个是投资回报，另一个来源靠价差，价差就是钱在几个人的口袋里转，在规则不健全的情况下，很容易出问题。中国证券市场发展到现在这个样子，根本就不是一个有投资价值的场所。由于制度不规范，股市由少数有权力、有后台的所谓‘庄家’支配，他们赚的概率很高，一般的投资者，就是给人垫背。”当时，吴敬琏还提出了一个倡议，他说：我向诸位媒介呼吁，我们能不能来一点小革命，把“股民”这个词革掉。我非常反感传媒用“股民”这个词。什么叫股民？他是股东，他是“东家”。在中国的语汇里，因为长期的封建社会，这个“民”，相对应是“官”，意思就是低人一等，这个不是市场经济的概念，市场经济一定要树立一个概念，这个股东，他是“东家”，而“不是可以任意鱼肉的小民”。
吴敬琏当然不是第一个对股市提出批评的人，他想要把“股东”和“股民”分开来的建议，在很多人听来也就是经济学家爱嚼字眼儿的表现，因而，并没有引起很大的关注。可是，这次不同了，因为他把矛头直接对准了股市上炒作“互联网概念”的行为。他举例说，最近股价暴涨的上海梅林，其实是做食品的，只不过有一个网址可以在网上买卖，就把它与新经济连起来，这未免太过勉强。最后他用一种很恳切的口吻说：“中国的新经济八字还没有一撇呢，与其临渊羡鱼，不如退而结网。”
吴敬琏的这段话好像在一盆正熊熊燃烧的火焰上，兜头浇下了一瓢冷水，当即溅出四射的火星。第二天，各大媒体及门户网站都发出了新闻：“经济学家吴敬琏给网络股泼冷水。”
在当时许多人看来，吴敬琏的言论显然是不合时宜的。进入20世纪90年代以后，互联网技术从实验室走了出来，日渐成为一个勃然兴旺的新经济。在之前的10年里，它让美国重新回到了全球经济领头羊的地位。就在1999年12月，主要以互联网公司股票构成的美国纳斯达克综合指数正逼近5 000点，而在1998年7月它才刚刚跨越了2 000点大关，市场的繁荣把人们对互联网的热情推到了沸腾的高度。在中国国内，新浪、搜狐和网易等门户网站如日中天，一个新的时代似乎刚刚拉开了华丽的帷幕。
可是，吴敬琏偏偏要说这个“帷幕”上爬满了跳蚤，他的言论遭到了嘲笑和批驳。有人为“泡沫”欢呼，说“没有泡沫的啤酒不是好啤酒”。两位网络观察家撰文反击，并在网上放了一个10万字的资料，号召大家起来批驳吴敬琏的“泡沫论”。在论战中，甚至连他70岁的年龄也被拿来当话题，年轻人们用嘲讽的口吻写道，“未来属于你们，也属于我们，但归根到底属于我们……知会并要求您上一上互联网，来与我们共同感受大时代涛声的澎湃！”2000年3月9日，纳斯达克指数赫然突破5 000点，举世一派欢腾，吴敬琏的声音愈发显得好笑和荒唐。
这位倔强的经济学家决定应战。他很快写出了《互联网：要发展还是要泡沫》一文。他直言：“有人说，股市泡沫有利于高技术产业的发展，在‘新经济’的时代，网络股的泡沫不会破灭，我不能同意这种看法。”吴敬琏不但不反对中国发展高新科技产业——包括互联网产业，还是一个不折不扣的“发烧友”。他反对的是资本市场中的炒作行为，“对于不强调真抓实干，而是爆炒‘高科技’、‘网络股’等概念以吸引大众跟风入市，促成股价上升，就不能不怀疑醉翁另有他意了”。进而，他对美国当下的网络热也提出了自己的警告，“最近9年来，在信息产业、基因工程等高技术产业的带动下，美国经济持续高涨，股价也一直在上升。这引起了一些经济学家的担心，因为按照过去的规律，长时期的高速增长预示着通货膨胀的爆发和金融市场的崩溃……当前美国经济既有‘新经济’的内容，也存在‘泡沫’的成分。”
3月17日，中国发行量最大的时政周报《南方周末》刊发了吴敬琏的这篇文章，不过题目被改成了更具有刺激性的、在他看来有点逻辑不通的《要制度还是要泡沫》。同时，报纸也配发了网络观察家方兴东和姜奇平的反驳文章《致吴先生：别给网络泼冷水》。他们针锋相对地写道：“吴先生的观点，有将新经济与网络股割裂之嫌……不能割裂经济整体与风险资本市场的内在联系，把部分网络股公司的淘汰，直接等同于泡沫。而且现在给美国的‘大多数公司’判处死刑，更是过于轻率。”
这场论战顿时溅起漫天喧哗，各路媒体进行了连篇累牍的追踪报道。这也是吴敬琏第一次与政界和经济理论界之外的人士展开论战，而且他的对手竟是他无比呵护和喜爱的年轻人，这让他不免有点沮丧。在他看来，网络经济当然应该大力鼓吹，但是，现在的人们把“网络经济的发展”和“网络泡沫的膨胀”等同在了一起，这是让他无法接受的，而更糟糕的是，那些与他争论的年轻人们也总是把这两件事搅在一起。他对助手柳红说，这是一场莫须有的“论战”，让大众围观这样的“论战”，实在是一种浪费。
4月13日，新浪在纳斯达克股票市场正式挂牌交易，融资6 000万美元，国内舆论为之雀跃欢腾。然而，几乎就在同时，一个不可思议的事情突然发生了：从4月起，一直高傲地一路上飙的纳市在毫无预兆的情形下突然调头下坠，综合指数在半年内从最高的5 132点跌去四成，8.5万亿美元的公司市值蒸发，这个数值超过了除美国之外世界上任何国家的年收入。经济学家斯蒂格利茨用黯淡语调评论，“泡沫破灭了，经济陷入了衰退，这种结果的发生是无法避免的——建立在虚假根基之上的喧嚣的90年代，最终将走向终结”。
就这样，吴敬琏又一次“不幸而言中”。这位不久前还被认定“落伍”了的经济学家，“意外”地成了一个准确预言了全球网络破灭的“黑衣魔术师”。
5月12日，吴敬琏参加高新技术产业国际周的活动，作完演讲后，当即被记者团团围住。人们十分好奇的是，他到底是在哪只“水晶球”里看到了网络泡沫即将破灭的景象？吴敬琏的回答似乎没有完全满足他们的好奇，他似乎仍然沉浸在两个月前的那场争论中，他说，“有人说，新经济和旧经济完全不一样了，你们那些经济学家和那些经济学没有用了，现在叫做注意力经济、眼球经济，只要吸引眼球移动就一定能成功，这个我不相信。我并没有给网络泼冷水，我是给热炒网络股泼冷水。”
2000年，对于70岁的吴敬琏来说是难忘的一年，正是在这一年，他的影响力超出了其所研究的经济学专业领域，成为一个广受瞩目的公众人物。年初，他因为预言网络泡沫的破灭而成了一个“明星预言家”。到年底，他又因一个重大事件而站在了公众舆论的“风暴眼”中。
10月，《财经》杂志刊登了一组封面调查《基金黑幕》，将中国股市中的“基金神话”一下子刺破了。这个“说真话的孩子”是一个28岁的无名小卒赵瑜纲，他是上海证券交易所监察部的研究人员，为了对基金管理的现状做一个例行的调研，他以1999年8月9日到2000年4月28日为区间，对国内10家基金管理公司旗下的22个证券投资基金进行了追踪，将它们在上海证券市场上大宗股票交易的汇总记录细致分析，写出了《基金行为分析》和《基金风格及其评价》两份报告。就是在这两份报告中，赵瑜纲披露了投资基金大量的违规、违法操作事实。报告是在5月份形成的，很快就以非正式的方式流传到了社会上，并最终落到了被证券界一些人称为“最危险的女人”、《财经》杂志主编胡舒立的手上，在她的坚持下，《财经》以选编的方式刊发了赵瑜纲的报告。
此文一出，顿时平地掀起千重巨浪。10月16日，被点名的10家基金管理公司联合发表声明，指斥《基金黑幕》一文以耸人听闻的形式刊发颇多不实之词和偏颇之论，它们自称：“中国的基金公司已经是国内监管最严格、制度最完善、透明度最高的投资机构之一，《基金黑幕》依据的资料数据采样不准确，研究方法不科学，对基金的交易行为的判断与事实严重不符。该报告的作者和《财经》严重违背了新闻客观、公正的职业操守，对中国基金业两年来的试点成果给予全盘否定，是可忍孰不可忍。”10家基金公司因此强烈表示要追究作者和媒体的诽谤责任。被质疑职业操守的胡舒立毫不退缩，她当即在3家证券报上发表声明，称《基金黑幕》资料具有正当来源和可靠依据，符合客观、公正的事业原则。
当时，国内经济学界一片噤声，而众多的财经媒体或因利害关系或因真相未明而不置一词，舆论一时间空前压抑。就在基金公司发表声明的10多天后，10月29日，吴敬琏接受中央电视台《经济半小时》记者的采访，谈了他对“基金黑幕”的看法。
吴敬琏说，“第一，10大基金这个声明说是多处不实，但它没有举出来最基本的核心的事实是不实。对倒、倒仓这些活动，我想是《财经》这篇文章最主要的指责、指控。因为这是一个触及《刑法》的问题……操纵市场是刑事犯罪。第二，怎么可能10大基金公司共同互保？难道他们之间互相的账在他们内部都是公开的吗？他们的操纵行为都是互相知道得一清二楚的吗？对于经济学家来说，这是不可想象的。10大公司本来各个之间是竞争对手嘛。而且法律上说他们不能够串谋来进行交易活动，对不对？在这种情况之下，他们怎么能够互相证明呢？如果这个证明是有资格证明的话，那肯定就是说他们在交易活动中完全是共同商量的结果。如果是这样的话，那不就是违法行为了吗？”
记者接着追问：“就算是基金管理公司出了一些问题的话，按照您的说法这笔账应该记到谁的头上？”
吴敬琏坦率地直指监管当局，他说：“一个市场，如果普遍地违规违法，那就要考虑了。这个环境引诱人们走向违规违法，那么就是有关当局都应该负有一定的责任。比如说首先是监管机构，然后是司法机构，那都是负有责任的。当然比如说行业的自律，还有我们的传媒，我们都是有责任的，有的是有行政责任，有的是法律责任，有的人是一种道义责任，包括经济学家。我们都是一个社会人，在这里面你是鼓励让这个市场正常化起来，你是在保护中小投资者的利益，还是在帮那些违规违法、自己当了暴发户而把中小投资者套住了、坑了的人，你是站在哪一边？”