实际上，中共中央和国务院在1993年5月部署“十六条”启动的应急行动的同时，就已部署一项更有深远意义的行动：起草一个启动经济体制全面改革的纲领性文件。首先，国家体改委组织20位经济学家在5月份提出了一份《建立社会主义市场经济体制规划纲要》。接着，就由中央财经小组办公室组建了关于建立社会主义市场经济体制的若干专题调研组和正式文件的起草小组（这份文件后来由11月的中共十四届三中全会通过，题为《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》）。吴敬琏参加了《纲要》的起草工作。吴敬琏课题组的好几位成员也应召参加正式文件的起草小组。
真是“皇天不负有心人”，在这样的形势下，吴敬琏课题组的多年努力终于有了用武之地。
自1992年的春夏之后，随着改革形势的回暖，吴敬琏课题组的成员们加快了研究的进程，各项成果相继成型。吴敬琏回忆说：“‘南方讲话’之后，成果就一个一个出来了，每出一个先都是往中央送，一般都是送给中央财经领导小组的办公室主任曾培炎和十四届三中全会决定起草十组负责人，由他分送各位决策领导，然后在刊物上陆续发表，不少就发在我主编的《改革》杂志上。”
由日后汇总出版的《建设市场经济的总体构想与方案设计》一书可见，他们总共完成了21个项目报告，涉及财政新体制、国有资产管理新体制和国有企业所有权框架、中国货币政策、金融体制改革、国家专业银行改革、人民币政策、公司化、企业与银行关系重建、社会保障体制、政府职能定位及转变、现代国家职能的理论探讨等多个层面。这是中国经济学家第一次整体地思考中国经济改革的前途，并提出了操作性极强的实施策略，它表明，在经历了十多年的改革摸索之后，中国学者逐步梳清了改革的路径和脉络，也正是从此开始，关于中国改革的争论，暂时告别了意识形态的分歧，而在实行市场经济的前提下，进入到了方法论的争议期。
在这些方案中，最重要的一篇文献是吴敬琏与周小川执笔完成的《对近中期经济体制改革的一个整体性设计》。在这份研究报告中，他们提出要在英美式的市场经济（个人主义的市场经济）、日本（亚太式）市场经济（社团主义的市场经济）、德国式市场经济（社会市场经济）之外，建立第四种，也就是“具有中国特色的市场经济模式”。以此为出发点，他们对重点领域的改革步骤及近中期的改革目标进行了具体的设定。
就在这些方案陆续上呈之际，十四届三中全会的准备工作开始进行，课题组中的周小川、楼继伟、郭树清和李剑阁被征召进入文件起草组，楼继伟此时担任体改委宏观司司长，李剑阁是经贸委研究室主任，吴敬琏等人完成的多篇报告被印发给起草组作政策参考。
在起草过程中，学者们又发生了一场颇有意味的讨论。当时，中国改革已经进行了整整15个年头，所以，全会要对中国改革战略的特点进行一次描述，这时，分歧出现了。
当时有相当多的学者认为，中国改革战略的特点是实行“渐进主义”路线的胜利，正是因为改革的渐进性，才使得中国没有像前苏联和东欧国家那样陷入困境，相反在改革时期实现了高速增长。这种观点得到很多人的认同，他们用邓小平的名言——“摸着石头过河”、“走一步看一步”为依据。由此，对后一阶段的改革提出了“整体渐进，每个阶段寻找一两个突破”的方针。
吴敬琏则不以为然。他的观点是，将苏联、东欧的“休克疗法”与“渐进主义”相对起来，以后者为中国改革的主要成功经验是不恰当的，因为，这种以速度为标准的概括没有接触到中国转型的本质。那么，中国前15年经济转型的本质是什么呢？吴的答案是：增量改革。
所谓增量改革指的是，中国改革的主要成就不在体制内的存量，而在体制外的增量。
他论述说，从中国改革的实际情况看，在国有经济的范围内，15年来基本上只作了一些小的修补，而没有根本性的变革。以国有企业改革而论，从放权让利到实行承包制，都是在计划经济为主体框架的条件下进行的改良，而事实上，其改革到1981年就已经停滞下来了。但是，中国经济成长的成就却是举世公认的，原因何在？秘密在于体制之外。我们在国有经济改革停顿不前的情况下，没有吊死在一棵树上，而是把改革的主要战场转移到了非国有经济，即农村和涉外经济方面：一个农村改革，一个对外开放，构成了1980年之后到1993年前后中国改革的特点。
在经济理论上，吴敬琏认为《短缺经济学》的作者、哈佛大学和布达佩斯高等研究院的经济学家亚诺什·科尔内提出了一个“更能触及事物本质的理论框架”。科尔内论述说，就纯粹的形态而言，“后社会主义”的转型有两种基本的战略，其中“战略A”，或称有机发展战略，把最重要的任务确定为创造有利条件，使私有部门得以从下而上地生长起来；“战略B”，或称加速私有化战略，则把最重要的任务确定为尽可能快地通过国有企业私有化消灭国有制。中欧和东欧各国的转型经济表明，“战略A”由于能够促进资本积累、培育企业家阶层和加速市场制度的形成，是一种较为有效的转型战略；而“战略B”却由于无法做到这一切而不能提高效率，弄得不好还会形成被一小撮寡头控制的无规则的市场，贻害无穷。
吴敬琏认为，中国前15年改革的本质近似科尔内提出的“战略A”，他据此分析说：“如果对科尔内的区分标准稍作变通，从着重非国有企业成长，还是着重国有企业改造来分析问题，这一理论框架完全可以用来分析中国改革战略演变。例如，80年代初期的农村承包制催生了几千万个农民的家庭农场，把中国农民天生的企业家精神解放出来；随之而来像雨后春笋般的乡镇企业和私有企业开拓了市场，培育出大批企业家，产生了对于建立有序市场的强烈要求，从而支持国有企业改革走向深入。”
在这一分析的基础上，他进而还比较了中国与前苏联及东欧各国的改革路径差异。以经济改革最激进的国家匈牙利为例，它从1968年开始改革，一开始两年情况还不错，到1972年前后就遇到了困难，经济秩序混乱，财政赤字增加，通货膨胀出现，以后改革在国有部门中进进退退，一直没能找到出路。东欧的其他各国，如南斯拉夫、波兰等情况完全类似，改革的主要对象是作为国民经济主体的国有经济，而改革过程中，整个国民经济又要靠它来支撑，这就好比一架旧汽车，既要对它大拆大卸，更新改进，同时又要用它代步，这当然是做不到的。中国与之最大的不同正在于，国有经济虽然是老牛破车，但并不急于对它大拆大卸，而是做一点小的改善，让它继续走着，与此同时，在它之外打造新车。
吴敬琏之所以坚持用“增量改革”，而不是“渐进改革”来描述中国前期改革战略的特点，要义有二。
其一，以此突出展现中国改革的体制特征，设定改革的对象与边界——日后我们将看到，“改革”一词的宽泛化、对象模糊及被特殊利益集团所利用，的确成为困扰中国现代化进步的一大病症。
其二，明确地指出了未来改革的主要战场。他认为，增量改革尽管成效显著，但是也有明显的缺点，因为经济体制是一部配置资源的机器，长期在体制外打“外围战”会带来一系列的问题，主要表现在四个方面，一是国有部门的财务状况日益恶化，国企职工生活水平得不到提高；二是经济过热和通货膨胀压力经常存在，不时爆发；三是双重体制并存使腐败的滋生有一个非常大的体制基础；四是新旧体制采取的政策不同，使不同地区、不同部门、不同社会集团之间的收入差距扩大。吴敬琏越到后来越认识到，增量改革长期持续必将造成“双轨制－寻租基础扩大－权贵资本主义”的衍生轨迹，他在《当代中国经济改革》一书中描述说：“问题的症结在于，在‘体制外改革优先’的战略下，经济已在相当大的程度上货币化了，可是在计划经济条件下居于统治地位的行政权力仍然干预市场交易；改革使独立企业得以建立，然而相当大部分的资源，如生产资料、土地、投资和信贷资源仍然掌握在政府手中，用行政方法加以分配。这样，它就把整个经济变成寻租活动的巨大温床。”
由上所述，吴敬琏回到了自己的那个著名的结论：中国改革必须从此走整体改革的路径。由“增量改革”到“整体改革”，实际上蕴含着这样的一个宣示：应把改革的对象与重点放在体制之内，使之与蓬勃发展中的、市场化的体制外力量形成制度性的匹配。
吴敬琏的这一主张并不为所有的人所接受。他回忆说：“直到1993年下半年准备中共十四届三中全会时，决议起草小组专题调查组的一份报告还认为，过去改革搞得好，是因为采取了‘整体渐进，阶段突破’的方针，今后仍然应当坚持这样的方针。到全会决议的文件中，才改成后来的提法：‘整体推进，重点突破’。”
1993年11月14日，中共中央十四届三中全会召开，会议通过了《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，明确提出“整体推进，重点突破”的新的改革战略，不只在边缘地带进攻，而且要在国有部门打攻坚战，确保在20世纪末以前初步建立社会主义市场经济体系。
日后的史家认为，这一《决定》，与1978年十一届三中全会上所形成的关于经济改革的《决定》以及1984年十二届三中全会通过的《关于经济体制改革的决定》具有相当的延续性，是改革史上的一个重要里程碑，3个“三中全会”，成为前15年中国改革的一个传奇。
从1994年开始，改革在各个领域整体推进——
建立新的财政税收体制：将沿用多年的财政包干制改造为新的分税制，从而改造了中央政府与地方政府的财政及税收关系，中央集权在宏观经济意义上重新确立。
启动金融——银行体系的改革：建立了在中央政府领导下独立执行货币政策的中央银行体制，开始推进现有国有专业银行的商业化经营和商业银行的多元化，相继组建国家开发银行、进出口信贷银行和农业发展银行等政策性银行。
进行外汇管理体制改革：宣布取消双重汇率制，自1994年1月1日起，两种汇率实行并轨，实行“以市场供求为基础、单一的、有管理的浮动汇率”，人民币兑美元的汇率定为8.72元兑1美元，比之前的官方汇率5.7元贬值33%。
推进国有企业的改革：提出建立现代企业制度的要求，1994年7月1日，正式颁布《中华人民共和国公司法》（下称《公司法》），中国企业步入与国际惯例接轨的规范化管理的时期。
建立新的社会保障制度：实行社会统筹与个人账户相结合的城镇职工养老和医疗保险制度。
这些新政策及新制度的相继推出，让中国改革和经济面貌出现了前所未见的格局。日后，吴敬琏在自己撰写的大学教科书《当代中国经济改革》中也以此分界，认定1979年到1993年的中国改革为“增量改革”时期，而之后则进入到了“整体改革”的新阶段。
也正是从1994年开始，中国宏观经济驶上了一条高速、健康成长的道路，由此创造了连续13年没有爆发通货膨胀、年均GDP增长高达9%的经济奇迹，这段时期堪称新中国历史上经济发展最快的“黄金时间”，也是自1840年鸦片战争之后，国民财富积聚最多的“大国崛起”年代。在这期间，中国的经济总量相继超过了法国、英国和德国，跃居世界第三。
对照十四届三中全会的决议与中国经济体制改革总体设计课题组的报告，可以清晰地看到，前者采纳了后者众多的政策建议及言词提法，吴敬琏等人苦心孤诣多年所形成的整体配套改革方案无疑起到了“草图”作用。
作为一位经济学家，此时的吴敬琏也许真正接近了经世济民的境界。