1991年的春天，北京的政治气氛仍然紧张，不过，微妙的转机悄然在南方出现了。
这一年的2月15日至3月22日，上海《解放日报》先后发表3篇署名“皇甫平”的评论，提出要继续坚持解放思想，敢冒风险，大胆改革，不要再囿于姓“社”姓“资”的诘难。日后人们知道，这组社论是根据邓小平在上海过春节时的一系列讲话精神而写作的，而在当时，因为它并未标注出思想的来源，文章甫一刊登，便在舆论界掀起喧天大波，引来指责和围攻。
对时政变化十分敏感的吴敬琏则已经嗅到了新的空气。1991年5月8日，在一个企业管理人员研讨班上，他发言说，“以市场配置为基础的资源配置方式，是现代经济唯一有效的协调方式，中国市场取向改革已经越过了临界点，绝不可能拉回到旧体制去了”。
在晚年的口述史中，他回忆说，在后来的一年多时间里，他起草了一套改革方案，接办了一个杂志，写了一篇长文，出了一部著作，主持了一场研讨会，写了两份建言书。
这些工作弦环相扣，无一不在中国当代经济改革史上留下了浓重的一笔。我们且一一细说之。
改革方案是指“中国经济改革总体设计方案”。
这一工作其实从1990年就悄然开始了。回望那段时期，吴敬琏并非仅仅只有战斗而已，他一方面挺身而出，与“计划派”展开激烈的论战，同时，他和他的同事们还沉下心来，开始为接下来的改革道路思考和设计可行性方案。当时的中国，不少人对改革的前途失去了信心，几乎很少人还在搞什么研究，吴敬琏和方案办的几个同事却不做如是想。日后他写道：“我们当时的想法是，虽然从表面上看，中国的经济改革进入了低潮，但是，由于中国除了改革之外别无出路，高潮终究是会到来的，我们应当利用这一段时间总结过去的经验，吸收别人的成果，为终将到来的改革高潮作好理论上和方案上的准备。”
这一段话充满了对改革的坚定，让人油然想起16年前顾准在临终前所嘱托过的那4个字——“守机待时”。在那段时期，吴敬琏身上的改良主义特质表现得淋漓尽致，他有着毋庸置疑的独立思考和批判的精神，同时，他的“建构性人格”则让他总是从积极推进，而非破坏的角度来展望未来的道路。
1990年秋冬之际，就在论战最激烈的时候，吴敬琏发起组织了一个“中国经济改革总体设计”课题组，组员为他的老同事张卓元以及一批比他年轻一辈的学者，其中包括周小川、楼继伟、李剑阁、钱颖一、吴晓灵、谢平、荣敬本、郭树清等十余人。他们中的不少人正是1986年的那个配套改革方案起草组的成员。时隔数年后，中国改革的局势已今非昔比，不过他们仍然不改当年立场，还是以整体配套改革为基本理念，分别从企业、价格、财政、税制、金融等多个方向进行拓进式的研究，并提出了比较具体的措施和时间表，他们自称这是“预研究”。日后我们将看到，当改革高潮真的如期而至的时候，这个总体方案起到了决定性的作用，并最终改变了中国改革的路径。
吴敬琏的这个课题组类似一个民间组织，没有官方的经费支持。他回忆说，当时中美关系非常紧张，美方背景的福特基金会几乎无人敢碰，他为了让课题得以顺利进行，便大胆向福特基金会申请，先后获得了75万元的研究经费。另外，他也从国家社会科学基金申请了一笔研究经费。他开玩笑说，如果不是后来形势陡转，单这一条就够他和他的同事们背上不小的罪名了。
接办的一个杂志，是由经济学家蒋一苇（1920~1993年）创办于1988年的《改革》双月刊。
蒋曾任中科院工业经济研究所所长，以首倡“企业本位论”而闻名。他的思想颇为开放，一直主张要给企业以自主权，反对“鸟笼经济”的做法，认为国家应该放弃对国营企业的偏执性倾斜，以更大的包容和宽阔的视野来平等对待不同的所有制经济，对于国营企业，他的观点是“吃任何药都不如不吃药，不管就活”。他还有一个“黑匣子”论，认为“政府对于企业，可以从外面管，但不要把手伸进里面去。退一步讲，做不到‘黑匣子’，至少也该搞成‘玻璃匣子’”。他的这些思想在同辈学者中无疑是最为激进的。1985年，蒋一苇退休，转而出任重庆社会科学院院长，接着便创办了《改革》。1991年年初，《解放日报》的皇甫平三篇文章刊出后，吴敬琏在一片批判声中向蒋一苇推荐，在7月份的《改革》杂志上予以转载，引起相当轰动，这是唯一的转载了皇甫平文章的全国性经济理论刊物。
不久后，蒋一苇被查出患上了癌症，他遍觅国内，认为吴敬琏最适合接管《改革》。他与吴并无私交，于是先是通过马洪以及薛暮桥之女薛小和做工作，自己也同时亲自写信相邀，言辞中已有“临终托孤”之意。吴敬琏没有办刊经验，对行政管理也毫无兴趣——这一方面，他自认一点儿也没有继承母亲邓季惺的办报基因，因此显得非常犹豫。
1991年年底，党中央召开了一次准备十四大的座谈会，重疾在身的蒋一苇抱病与会，在讲完自己的观点后，已是虚弱不堪，不得不提前退场，吴敬琏起身相送，临别时，两人持手相望，竟是不合，均知这一别就可能是此生永诀。
从1992年第一期起，吴敬琏慨然接过《改革》编务，与蒋一苇合署主编，1993年1月，蒋去世。吴敬琏接手杂志后，定题组稿，帮助培养一批特约撰稿人，事必亲躬，投入巨大精力。在整个90年代，《改革》是中国经济改革的一个思想重镇，吴敬琏以及多位学者的最新观点大多首刊于此，在1998年，经济理论界最高奖项——孙冶方经济科学奖授予11篇论文为当年最佳理论文章，其中有5篇出自《改革》，为一时之盛事。吴敬琏可谓不负蒋氏所托，他主编此刊一直到2000年，此后出任名誉主编。
所谓的一篇长文和一部著作，指的是1991年12月发表的长篇论文《论作为资源配置方式的计划与市场》和几乎同时出版的《论竞争性市场体制》一书。
这一文一书，是吴敬琏的呕心沥血之作，就在与“计划派”舌辩的同时，他坐下来，用理论的武器全面阐述了他对中国改革的观点。
《论作为资源配置方式的计划与市场》是一篇正文加附注约3万字的长篇论文。吴敬琏以他对计划经济体制和市场经济体制理解的双重娴熟，对计划与市场的经济关系进行了全面、深刻的论述，它是吴敬琏一生之中最重要的理论檄文之一。
在论文的开篇，吴敬琏就摆出了决辩的姿态。他写道，自从近一个世纪以前提出公有制经济的运行问题以来，市场和计划的关系就几乎成了社会主义经济学的“永恒主题”。近年来，我国经济界又就计划和市场、计划调节和市场调节、计划经济和市场经济（商品经济）的关系等问题反复进行了热烈的争论。撇开语义上的分歧，争论主要集中在作为稀缺资源的配置方式的计划和市场之间的关系问题上。
在论文中，他从亚当·斯密和马克思对市场资源配置机理的阐述开始，分别讲述了100多年以来，西方新古典经济学、列宁主义、斯大林主义和中国经济学界对此的不同理解和实践，最终得出分歧的实质和问题的焦点是：“社会主义经济是否只能按照预定计划在社会范围内配置资源，让主观编制的指令性计划成为稀缺资源的主要配置者？”
吴敬琏给出的答案是否定的。他比较了多种经济运行体制之后总结说：“总之，现代市场经济无一例外地是有宏观管理、政府干预或行政指导的市场经济，或称‘混合经济’。就是说，这种经济以市场资源配置方式为基础，同时引入政府等公共机构通过计划和政策对经济活动进行调节。显然，我国的社会主义有计划的商品经济具有与此相类似的运行机制。
最后，他回到中国的经济现状，指出“在多种经济成分并存，非国有成分放得比较活的情况下，想用强化指令性计划的办法来加强、支持公有制经济，恐怕难免落空”，对于恶劣的经济环境，中国必须靠建立新经济体制来加以根治，不可能有别的出路。他同时建议说，经过从1988年9月到1989年9月一年的治理，物价涨势迅速回落，甚至出现了所谓“市场疲软”的现象，这就给了大步推进改革以十分难得、稍纵即逝的机会。
吴敬琏把这篇长文交给了《中国社会科学》杂志，编辑部对是否应该发表犹豫再三，最终在经济编辑室主任韩志国的坚持下，于1991年12月份予以发表。一个值得记载的细节是，整整10年之后，吴敬琏因对资本市场的无序状态猛烈批判与众多经济学家形成对峙，激起了一场轰动一时的大论战，其中，韩志国就是最主要的反对者之一。