在日后，吴敬琏多次重申了这一意见。1986年1月25日，国务院主要负责人听取“七五”改革设想讨论会的汇报。会上，宋国青、徐景安和吴敬琏代表三个不同的“学派”作汇报。会前，吴敬琏与周小川、楼继伟、李剑阁等人一起研讨，形成了一个汇报提纲，由吴敬琏在会上主讲，对这种整体协调改革的思路作了说明。
第一个环节：增强企业的自主权和经济责任。国有小企业可以放开改革，大企业则逐渐实现市场化，在未来几年内，取消行政性公司，实行股份制，资产经营责任制。
第二个环节：竞争性市场的建立和进一步完善。建立经营大规模批发业务的经济实体；尽可能理顺市场参数，区别不同产品，采取多价联动、价税联动的方式，对价格进行“或调或放”、“调放结合”的改革；抓紧反对垄断、保护竞争的立法，防止市场割据形势的发展。
第三个环节：建设新的宏观调控体系。包括，改进财政税收体系，陆续开征土地使用费、资金税等新税种；将目前“分灶吃饭”的财政体制推进到“划分税种，核定收支”的新阶段；改革金融体系，加速推行基层银行的企业化经营方式；强化中央银行的管理和调节；整顿和利用已经出现的民间金融机构。
汇报会后，国务院主要负责人要求国家体改委综合汇报会上各家所言，制定一个正式的改革方案。但是主要负责人认为当时并不具备大规模改革的条件，因此这个方案没有被采纳。
3月中旬，国务院主要负责人有了新的想法。他在中共中央财经领导小组和国务院常务会议上讲话说，当前在经济领域里矛盾很多，摩擦很多，漏洞也很多，其根源是新旧两种体制“胶着对峙”，因此，应当在“七五”期间尽快结束两种体制均势的状态，进入以新体制为主的阶段。“具体说来，明年的改革可以从以下三个方面去设计、去研究：第一是价格，第二是税收，第三是财政。这三个方面的改革是互相联系的”，“关键是价格体系的改革，其他的改革围绕价格改革来进行”。也就是说，“整体协调改革派”的意见被决策层原则上采纳了。
为此，国务院在4月份正式成立了一个国务院经济体制改革方案研讨小组办公室（简称方案办），共约30多人，都是从国务院所属各部门抽调来的精英骨干，领导小组组长由国务院副总理田纪云担任，办公室主任为高尚全（在高出国考察期间由国家体改委主任安志文直接领导），杨启先、傅丰祥、姜习和吴敬琏等6人为副主任，办公地点在中南海北海桥边上的工字楼里，吴敬琏是方案的主设计人之一。客观地说，改革开放30多年以来，在中国的经济学家群体中，吴敬琏确乎是最具有改革方案架构能力的人之一。他对经济体系的系统性思考，以及对各项改革措施的配套设计能力，都是非常出众的。
吴敬琏在晚年的回忆中一再强调说，80年代中期关于改革总体思路的争论并不是吴、厉两人之争，而实际上是决策层不同改革思想的体现。方案办所形成的方案正是根据国务院领导在3月中旬的讲话精神而拟定的，国务院方案研讨领导小组组长、副总理田纪云直接领导方案的研讨和设计工作，提出了许多重要意见，其后形成的方案经国务院主要负责人、各部委领导和方案办工作人员的反复磋商。很快，到4月30日，方案办就拿出了一个配套改革的详尽方案，其中涉及价格、税收、财政、金融、贸易和企业改革等多个方面。当日，方案送交国务院。
6月11日和12日，在国务院主要负责人的主持下，方案办及国务院相关职能部门在北京玉泉山召开了一次为期两天的座谈会。在第一天的会议上，吴敬琏作了一个情绪激动的发言，说：“现在经济上有这么多问题，唯一的出路就是改革。我不是一个很冒失的人，看问题往往倾向于悲观，但现在，我看没有多大危险性，我们有能力改革。”
据吴敬琏回忆，“那天的会议气氛非常好”。当天散会后，他和几个学者在湖里划船。副总理田纪云从远处走来，特意把他叫上岸，对他说，我看今天领导差不多被说动了，晚上你好好准备，明天第一个发言，可能就过关了。
第二天，会议继续召开。几位部委领导首先发言，质疑价格改革的步子太大。风向因此发生微妙转变，整体配套改革方案没能在这次会上通过，被要求继续修改。
价税财配套改革困难重重的原因非常复杂。
在理论界，厉以宁表达了鲜明的反对立场。就在方案办递交了配套改革方案不久后的5月份，厉以宁参加北京大学“五四”科学研讨会，面对上千名听众和众多媒体记者，他说，“中国经济改革的失败可能是由于价格改革的失败，而中国经济改革的成功，则必须取决于所有制改革的成功”。
为了更清楚地说明自己的论断，他还对价格改革与所有制改革进行了10个方面的比较。他谈到，“企业是被迫卷入价格改革的，但却很有可能自愿加入所有制改革的试点”，“所有制改革实际上不需要经济成本，或者成本非常低”，“价格改革是较低层面的改革”等等。厉以宁似乎一直把论战对手的政策主题限定为“价格改革”——很多年后他仍然将对方称为“价格改革主线派”，他没有对吴敬琏的整体配套方案提出挑战，只是说“价格改革很难同其他经济改革配套”。
在政府决策咨询机构和行政职能部门内，反对的声音也不小。
一些人认为，这个方案无论在经济上还是政治上都不可行，因为价格、税收、金融和财政的配套改革要求有一个较为宽松的经济环境，中国现在还不具备这种环境。同时，配套改革意味着巨大的利益关系调整，它不能给所有人带来好处，因而可能会遇到社会阻力和政治风险。另外一些人说，这个方案脱离实际，理想化，是一群书生躲在书房里从书本里琢磨出来的东西，因而不可行。也就是说，有相当部分人担心改革的风险过大。
除了上述几种观点之外，一个更大的质疑来自对企业改革战略的讨论。
由于联产承包责任制在农村的巨大成功，因而在整个80年代，它被认为是中国改革最重大的经验，很多人认为，改革就是“一包就灵”，只要把承包制引入到企业改革中来，就一定能够取得成功，有人甚至提出“承包制是社会主义商品经济的根本体制”。它在决策层也有很大的市场。即便在方案办内部，也存在着分歧，据吴敬琏在口述史中回忆，整体配套改革的第一个方案形成后，原本应由安志文和体改委刘主任高尚全签字上报国务院，而当时，高尚全不在国内，安志文则倾向于企业改革优先，对价税财配套改革持有保留意见，所以，这个方案初稿是由他签字上报的。
另外，在企业界和地方政府两个方面，反对取消价格双轨制的声音也浮现出来。
当时被视为国有企业改革代表人物的首都钢铁公司总经理周冠五给党中央上书言事，认为改革应当“以承包为本”，离开了企业承包制，改革就背离了正确的方向，国务院搞的改革是“反改革”。据吴敬琏回忆，当时很多国有企业都拥护承包制和双轨制，反对价格改革。一次，方案办在上海召开调研会，几位大型国有企业的厂长们说，如果价格放开了，我们拿不到调拨价的原材料，成本就会上去，企业就会亏损，所以，价格不能放。
地方政府的反对主要是针对分税制。因为这一制度一旦推行，地方的财税自主权明显就会减少。吴敬琏回忆说，原先以为沿海会反对，田纪云出了一个“保基数”的主意，也就是保证既得利益，没有料到，内地政府也反对，因为他们的自由裁量权也会受到很大的约束。
正是这样的背景下，玉泉山座谈会的第二天风云突变。会议一开始，当吴敬琏准备按田纪云的吩咐第一个发言的时候，一些部委领导首先拿起话筒，相继对方案表达了自己的担忧，这些发言一个接一个滚雷般地讲了下去，最终，国务院领导宣布，方案有待修改，等成熟后再议。
吴敬琏非常沮丧。会后，几个方案办的年轻人则责怪他说：“怎么不发挥抢话筒的精神，使方案通过功亏一篑。”
就这样，在玉泉山的座谈会上，国务院主要负责人对整体配套改革方案没有拍板。方案办对原来的“大方案”进行了修改，很多方面往回缩，比如价格改革方面，原本的设计是价格全面调整，后来就改成只调整钢材的价格，因为那时候钢材的价格被炒卖得最厉害。
8月份，中共中央财经领导小组会议和国务院常务会议在北戴河召开，这个修改后的方案获得通过。9月13日，国务院主要负责人向邓小平汇报了方案，邓说，这个非常好，我看就这么办。
可是到了10月份，改革突然转向，以股份制和承包制为主要形式的企业改革成新的突破口，整体配套改革方案被彻底放弃。
这就是发生在1985年到1986年之间的那场著名的政策辩论。
日后，我们将看到的事实是，吴敬琏参与设计的整体配套改革方案被整整“雪藏”了6年。1987年年底，他结集出版《中国经济改革的整体设计》一书。1993年，这个方案被中央重新采纳，从而彻底改变了中国经济改革的路径。
在很多年后，厉以宁和吴敬琏都宣称，在这场大论战中，自己的观点最终被证明是正确的。
厉以宁方面说，发生在1988年的物价“闯关”失利（我们将在下一章中详尽叙述这次失利），正是“价格改革主线派”闯下的大祸。如果在1986年就坚决地推广股份制，中国的改革将别有一番局面。吴敬琏方面则认为，正是因为放弃了积极的整体配套改革方案，中国丧失了大步推进改革的时机，才导致了后来几年的改革被动，以至于发生了1988年的严重通货膨胀。他在口述史中说，田纪云后来“跟我说过不止一次，说如果当年干成了，那后来好多事情就不会发生，因为，1986年的改革条件还是相当好的”。在吴敬琏看来，这场争论更深刻的含义，是两种改革路线之争，其核心是保持、强化还是铲除寻租活动的基础。
对于他们所争论的焦点，在后人看来，都已是课堂上的教案。中国的经济改革如同一盘不得悔棋的伟大棋局，谁也无法回到过去再次复盘，甚至，在后来的时间段里，即便再重新找回当年的思想，也因时空的斗转、条件的变幻、民众预期的不同而失去了现实的意义。
不过，这场辩论也在某种意义上成就了吴敬琏和厉以宁。在同时代的经济学家中，他们都是最早、自觉地从制度层面对改革进行反思的人，尽管他们的观点时有差异。他们都有深厚的学术素养，是新中国第二代经济学家中出色的代表人物，在30多年的大改革时代，他们堪称是影响力最大、知名度也最高的一代宗师。
这一场发生在两个“1930年出生的江苏人”之间的“战争”，是他们在中国经济理论界成为领袖级人物的成名之战。