1979年年底，也就是布鲁斯去协和医院探望孙冶方的那一次，他刚刚动完一个大手术，医生用了将近5个小时的时间，从肝区割下一个用四寸盘子装满的大肿瘤。孙冶方虚弱之极，健康状况十分不乐观。他当时唯一的愿望是，把那本酝酿了十多年的《社会主义经济论》写出来。
他向中科院经济所点名要几个熟悉他的理论的学者来协助他完成此书。
很快，经济所派出了一个由吴敬琏、张卓元等组成的7人写作小组来执行这个重要的任务。他们在协和医院附近的北京饭店租了一个套房，每天到病房与孙冶方交谈，进行录音和记录。吴敬琏回忆说，那些日子，孙冶方的病房成了“思想抢救室”，每次他们去的时候，一到门口就能听到贝多芬交响曲的声音，那种洋溢着乐观和不屈意志的旋律是孙老最喜欢的。
一个叫邓加荣的研究者在《孙冶方传》中记载了孙冶方的忘我工作状态：“上午下午，朝朝暮暮，不断地有人来谈，不断地有人送来初稿，他则今天准备口述材料，明天阅改已经记录整理出来的初稿，超常地劳作，超常地运转在推理和断言之间，让神思和心血如同一盏膏油将尽的孤灯吱吱发响地煎熬着灯芯……除夕夜晚，尽管已经发现小腿浮肿和心口阵痛，他还是没有休息，上午做过肠胃造影后又俯到案上修改《价值和价值规律》一章的提纲。春节只休息两天，在大年初三那天，他又重新拿起笔来……”
过了一个冬春，写作组整理出了15万字的大纲，一共有20多章。
接着，孙冶方出院。再接着，工作陷入难堪的泥潭。
陷入泥潭的原因是，从孙冶方到写作组都发现了孙式理论的矛盾点。
从20世纪50年代中期开始，中国经济学界就有越来越多的人对社会主义政治经济学的状况感到不满，开始寻求建立新的理论体系。在这方面，孙冶方的勇气和成就无疑是最大的。
对于孙氏理论体系与传统社会主义政治经济学体系的根本区别，当时论者有两个观点：一是他所倡导的“过程论”，也就是从生产过程的分析开始，进入到流通过程，再到总过程的论述方法；二是他的以价值规律为核心的理论阐述，第一次把价值提高到社会主义的基本经济范畴的地位。不过，吴敬琏有自己的理解，他认为孙冶方理论体系与传统理论体系的分歧，根源在于二者对社会主义社会经济关系的认识有着巨大的差别。
传统的经典理论把整个社会看成一个由中央行政机关统一指挥的大工厂，由此产生了否认企业在经济上的独立性、否定商品货币关系和价值规律作用的做法，滋生了作为社会经济细胞的企业的积极性和主动性受损等弊端。
孙冶方则从一开始就抓住了旧体制的这一核心问题，试图以他所说的价值规律为核心重建新的理论体系。他想要建立的是一个以资金量的简单再生产为界限，“大权独揽，小权分散”的经济体制。根据他的设计，企业不再是社会这个大工厂里的只具有技术独立性的车间，而成为具有经济上的相对独立性的经营主体，“由于相互间进行交换的千千万万个企业都是独立核算的企业，所以它们的产品交换，必须是等价交换”，由这里出发，伴随着生产过程、流通过程、总过程的进行，价值概念由抽象到具体、由简单到复杂地展开，最后回到一个“具有许多规定和关系的丰富的总体”。这便构成了孙冶方的社会主义政治经济学体系。
按孙冶方的以上设想，要写出一部结构严密、逻辑一贯的《社会主义经济论》似乎没有太大的理论困难。可是，在事实上，它却怎么也走不通。早在1960年10月，孙冶方就打算按《资本论》的程式编写这部教科书，他组织了一个近40人的写作班子，攻关两年，竟无功而返。到1964年，作为民主主义者的孙冶方已经深感他的思想与现行体制的矛盾。他曾说，在新中国成立前的新民主主义革命时期，自己写文章经常是思如泉涌，一挥而就，甚至可以站在排字房的门口，写一页，排字工人排一页；而社会主义改造以后，写文章变得很难，有时候一篇文章要写几个月，怎么也写不出来。随后他被批判入狱，在牢中面壁七载，日日苦思，默写85遍腹稿，自以为已想通所有关节，可瓜落蒂熟，但是却没有想到还是拓进艰难。
这种致命的痛苦对于孙冶方来说，甚至大于躯体的病痛。对于同样经历过这种思想挣扎的吴敬琏来说，他对孙冶方的思想苦闷感同身受。尽管他是孙冶方的晚辈，却一样是因为向往民主自由而投身到对国民党政权的抗争和新中国的建设中，早年都是一个刻骨铭心的民主主义者，而后来的现实和形成的体制却与他们的理想格格不入。
吴敬琏发现，孙氏理论存在巨大的、难以自圆其说的内在矛盾，突出地表现在他的商品——价值观上。
孙冶方提出要用等价交换原则去处理和调节生产单位之间、地区之间的关系，“把价值放在价值规律的基础上”，可是价值概念只适用于有商品交换和生产的社会形态中。要想分析社会主义条件下的价值范畴，就得分析社会主义条件下的商品关系，而承认社会主义条件下存在商品关系，又与马克思以来的经典理论相矛盾。于是，巨大的矛盾就出现在了孙冶方的理论体系里，用孙冶方自己的话说，他一方面“反对自然经济论”，主张“千规律，万规律，价值规律第一条”，另一方面又“反对商品经济论”，反对市场调节。
吴敬琏在《论孙冶方的经济理论体系》（写于1984年9月）一文中，描述了孙冶方的痛苦与徘徊——一方面，他作为一个长期从事经济领导工作、具有强烈的现实感，对现实经济生活有较深入了解的经济学家，痛切地感到，按传统理论组织的经济不可能顺畅地运行，不利于生产力的发展，会带来一系列矛盾，并造成极大的社会浪费，因此决心创造一套不同于斯大林社会主义政治经济学的新理论体系；另一方面，他作为自青年时代就接受苏联传统理论教育的经济理论工作者，不能完全摆脱传统社会主义经济理论的束缚，表现了理论上的某种不彻底性……他一方面大声疾呼，经济体制的设计必须顺应客观经济规律，另一方面又力求论证这些做法不仅并不与马克思主义经典作家关于在公有制条件下商品货币关系将要消亡的论断相矛盾，而且是与之完全吻合的。
为了达成这种“吻合”，孙冶方甚至提出了“两种价值”的理论。所谓“第一号价值”是由市场供求决定交换价值，它反映具有不同经济利益的主体间的关系，只存在于“商品经济”中。“第二号价值”是马克思在《资本论》第一卷中定义的价值，它是生产一定使用价值的社会平均必要劳动消耗，它只是计算的工具。这种计算的目的在于促使所有的企业节约社会劳动，它不需要通过市场的价格波动来起作用，也不反映不同的利益主体之间的关系。从表面上看，这个理论解决了有价值却没有商品的逻辑矛盾，可是，它无法解决实际存在于两种模式之间的矛盾。
吴敬琏回忆说，孙冶方一度对自己的“两种价值”理论很是满意，认为是个“利器”，可是一接触实际问题，矛盾就暴露得十分明显，不得不一再进行修正，最终，两种价值的划分变得十分模糊，无法确定。譬如有一次，他们讨论产品调拨问题，从东北向华东调拨粮食或石油，由于东北基地的价格低，所以存在吃亏的现象，其问题的症结在于不同地区和企业之间的经济利益，那么，这其间的价值关系，是“第一号价值”还是“第二号价值”？显然是前者，而不是后者。
孙冶方的理论体系还存在着众多类似的矛盾点。譬如，他非常重视流通问题，然而，所谓流通是指以货币为媒介的商品交换，孙冶方却坚持一个理论前提，即社会主义经济里既没有商品，又没有货币，说“我们必须把流通同商品脱钩，离开商品来寻找交换和流通的必要性”。这样一来，理论又跑进了一条死胡同。
按吴敬琏的这些分析，孙冶方的两难，其实是理论前提上的两难，《社会主义经济论》的创作是一项不可能完成的任务。