4月初和林伯渠、董必武访晤抵渝的南洋侨胞回国慰劳团发起人、华侨筹赈总会主席陈嘉庚，就有关国共两党磨擦问题进行了交谈。
6月至8月和周恩来同何应钦、白崇禧在重庆就共产党的合法存在、陕甘宁边区的承认、十八集团军和新四军的扩编以及国共军队作战区域的划分等问题进行了多次谈判。
7月7日和周恩来致函何应钦，要求国民党最高军事当局立即制止韩德勤、石友三所部对新四军、第十八集团军的进攻。
7月17日和周恩来就国民党军陈长捷部进攻晋冀豫边区事再次致函何应钦，要求速加制止。
9月6日和周恩来电告中共中央、中央军委：国民党军令部已向第三战区司令长官顾祝同发出扫荡长江南北新四军的命令。
10月4日出席中共中央南方局会议，根据周恩来的提议，任南方局统一战线工作委员会副书记，并专设叶剑英工作组。
10月中旬蒋介石密令特务机构监视周恩来、叶剑英，不得让他们离开重庆。
11月30日和周恩来就新四军北移问题同国民党代表军令部次长刘为章进行谈判。
12月5日和周恩来致电中共中央，建议以朱德、彭德怀、叶挺、项英名义电复刘为章，要刘下令停止桂军和霍守义师对江北新四军的进攻。
12月中旬陪同周恩来与国民党代表刘为章、张冲多次进行谈判，要求推迟新四军北移限期，要国民党军队停止磨擦活动。
12月24日国共两党代表就两党关系问题举行谈判。谈判中，周恩来、叶剑英严正表示：中国共产党的让步是有限度的，如果国民党再不停止进攻，陕北的封锁仍不解除，那末，发生内战的责任全在国民党。
1941年44岁
1月1日在《新华日报》上发表《民国三十年的元旦》一文。
1月6日“皖南事变”爆发。
1月12日接到中共中央和苏北新四军关于新四军皖南部队遵命北移，途遭国民党军包围、袭击的急电后，与周恩来立即向国民党谈判联络代表张冲提出抗议，要求急电制止。
1月13日和周恩来向何应钦、白崇禧、刘为章、张冲提出最严重抗议，要他们立刻转达蒋介石，要求立刻解除对新四军的围攻。
1月14日陪同周恩来会见苏联驻华使馆武官崔可夫，听取他对解决“皖南事变”问题的建议。
同日和周恩来再次致函蒋介石，要他下令立即停战撤围。
1月17日获悉国民党当局悍然宣布新四军“叛乱”并取消新四军番号的通令后，和周恩来再次向张冲提出严重抗议。
1月19日主持南方局军事组人员编印成《新四军皖南部队惨被围歼真象》的传单，随后向国内外秘密散发。
本月陪同周恩来多次与沈钧儒、邹韬奋、黄炎培等爱国民主人士交谈，揭露国民党制造“皖南事变”的真相。
2月3日从重庆返回延安。
2月14日根据中共中央的决定，任中共中央军事委员会参谋长兼十八集团军参谋长。
2月23日致函国民党谈判代表张冲，重申中国共产党对“皖南事变”和蒋介石1月17日命令的立场。
4月30日在《解放》杂志上发表《评国民党抗日反共的两面政策》一文。
5月5日在延安在职干部纪念马克思诞辰123周年学习会上，作了题为《加紧学习马克思主义的政治与军事》的报告。
6月9日与毛泽东、朱德、王稼祥联名向刘伯承、邓小平等发出《关于冀南平原对敌斗争的指示》。
8月组织总参谋部有关人员研究讨论苏德战争爆发后的日军动向问题。向中共中央建议，中共的战略思想和战争准备的重点应当放在日军南下方面，为中共中央制定战略思想和决策提供了重要依据。
9月12日出席中共中央政治局扩大会议，并在会上发言。
10月29日根据叶剑英的提议，中央军委正式作出《关于建立情报网的决定》。
11月7日与王稼祥共同主持起草的《关于抗日根据地军事建设的指示》由中央军委正式下发部队执行。
11月兼任中央教育委员会委员、军事学院副院长。
12月8日太平洋战争爆发。
1942年45岁
2月25日为《八路军军政杂志》题词。
3月与朱德等出席在延安召开的高级技术干部会议。
4月8日和毛泽东、朱德、王稼祥向彭德怀、左权、聂荣臻、刘伯承、邓小平等发出《关于由华北抽兵准备应付第三次反共高潮》的指示。
夏组织参谋部人员分析研究苏德战场上两军力量对比及消长趋势。认为斯大林格勒保卫战胜利是整个苏德战争的转折点，对中国抗日战争的发展十分有利。将此意见上报中共中央，受到毛泽东、朱德的赞许。
11月7日在《解放日报》上发表《评苏德战争——纪念十月革命二十五周年》一文。
12月16日在《延安日报》上发表《刘伯承同志五十寿祝》诗二首。
1943年46岁
2月7日和毛泽东、朱德、王稼祥向各战略区发出《关于主动加强统战工作的指示》。
2月23日为纪念苏联红军建军25周年，在《解放日报》上发表《实行军事教育革命》一文。
3月16日和20日参加中共中央政治局会议。会议通过了《中央关于中央机构调整及精简的决定》。
7月出席军委检查留守兵团工作会议，并发言。
夏国民党调动50万军队准备进攻陕甘宁边区，为此向中共中央提出在加强军事防御的同时，着重实施政治战、宣传战的方案，被毛泽东、朱德所采纳并付诸实施。迫使国民党顽固派停止了这次大规模反共磨擦。
1944年47岁
5月21日在延安出席中国共产党六届七中全会。
6月9日为由重庆抵达延安的“中外记者西北参观团”一行21人设宴洗尘。
6月22日向中外记者作《中共抗战一般情况的介绍》的长篇报告，在国内外产生了广泛的影响。
7月22日以美军上校包瑞德为组长的美军观察组由重庆飞抵延安。
8月3日同美军观察组会谈，详细介绍了敌后战场情况和中国共产党领导的抗日武装力量的编制与装备等情况。
8月6日在《解放日报》上发表《八路军七年来在华北抗战的概况》一文。
12月16日陪同朱德总司令与美军观察组组长包瑞德上校会谈有关双方军事合作问题。
1945年48岁
4月23日至6月11日以大后方代表团团长的身份出席中国共产党第七次全国代表大会。当选为中央委员。
6月24日出席由周恩来召集的在延安的南方局各有关同志座谈会，并作了发言。
8月15日日本宣布无条件投降。抗日战争随之胜利结束。
8月28日中共中央主席毛泽东和周恩来、王若飞赴重庆，同国民党进行谈判。双方代表于10月10日签定了《国民政府与中共代表会谈纪要》（即“双十协定”）。
10月8日在《解放日报》上发表《为美军拟在烟台登陆事的郑重声明》。
11月4日为美军干涉中国内政事，发表抗议通电。
11月19日在《新华日报》上发表《关于和战的谈话》。
11月27日在延安举行记者招待会，发表《关于中国内战问题》的谈话，阐明了内战根源，分析了内战的前途。
12月9日中共中央决定，由周恩来、董必武、王若飞、邓颖超、叶剑英、陆定一、吴玉章组成中国共产党出席政治协商会议的代表团。
12月16日和周恩来、吴玉章、邓颖超、陆定一等由延安飞抵重庆。在机场对记者就如何停止军事冲突、成立军事三人小组等问题发表谈话。
12月18日和周恩来、董必武等举行中外记者招待会，并发表谈话。
12月22日美国总统特使马歇尔以“调处”中国内战的名义来华，抵达重庆。23日，与周恩来、董必武访晤马歇尔。
12月24日与周恩来在中共代表团驻地招待文化界人士。
12月27日与周恩来、王若飞同国民党代表王世杰、张群、邵力子在国民参政会就全面停止内战和政治协商会议的有关问题进行了商谈。
12月31日与周恩来、王若飞函复中国民主同盟主席张澜。重申中共无条件全面停止内战的主张，表示完全同意于明岁元旦国共双方下令所属部队，即日停止武力冲突。
1946年49岁
1月5日同周恩来、董必武、王若飞与国民党代表张群经过谈判，初步达成停止国内军事冲突的协议。10日，国共双方代表正式签订停战协定，并分别向所属部队发布了停战令。
1月10日出席在重庆举行的政治协商会议。
1月11日为《新华日报》创刊8周年题词。
1月13日和国民党代表郑介民、美国代表饶伯森等由重庆飞抵北平。军事调处执行部成立。任军事调处执行部中共代表，调处国共军事冲突和监督双方执行停战协议。
1月15日同郑介民、饶伯森联名发布军调部第一号公告并附“和字”第一号命令。
1月21日同郑介民、饶伯森联名发布“和字”第二号命令。
1月24日至27日分别致电各解放区负责人，对如何执行“和字”第二号命令提出具体意见。
2月28日至3月6日随军事三人小组（周恩来、马歇尔、张治中）视察北平、张家口、集宁，济南等地。
4月上旬国民党北平当局于4月3日拘押新华分社和《解放》报等单位工作人员40余人，制造了“四三”事件。率军调部中共代表团全体人员同国民党当局进行坚决斗争，使被捕的新华分社和《解放》报等全体人员光荣出狱。
5月31日在北平举行记者招待会，呼吁中外舆论制止国民党当局查禁北平77家报刊的反动行为。
6月21日就阎锡山撕毁停战协定并向解放区发动进攻事，向郑介民、饶伯森提交备忘录。
6月26日蒋介石悍然撕毁停战协议，以30万大军向人民解放军中原军区部队发起围攻，发动了全面内战。
7月4日同罗瑞卿向各区谈判小组发出《关于在力争和平与准备自卫战争的总方针下，谈判斗争应注意事项》。
9月9日在北平召开中外记者招待会，发表了《关于安平事件调查结果的声明》。
11月飞赴东北，解决军事调处执行部长春分部领导人选及美方在东北设联络组问题。
12月7日致函慰问陕甘宁边区前线将士。
1947年50岁
1月1日致电慰问晋冀鲁豫解放区全区将士。
2月7日在北京饭店举行鸡尾酒会，与北平各界人士话别。
2月21日率领北平军事调处执行部中共方面最后一批人员飞返延安。
3月29日中共中央政治局扩大会议在陕西清涧县枣林沟召开。会议决定：毛泽东、周恩来、任弼时留在陕北；刘少奇、朱德东渡黄河；叶剑英、杨尚昆到晋西北。
3月底4月初与杨尚昆、李维汉、李克农等率领向晋西北转移的中央和军委机关东渡黄河，到达山西省临县三交镇双塔村。
4月11日中共中央决定：中央及军委大部工作机构暂留晋西北，组织后方委员会，叶剑英为书记，杨尚昆为后方支队司令，李维汉，邓颖超为委员。
5月1日奉中共中央指示，将原军委外事组改组为中央外事组，兼任外事组主任。
6月22日连续致电中央，报告东北地区国民党军动态。
6月至7月与晋绥、晋察冀解放区领导人联系，征召一个团的新战士，经短期训练并配足武器后，开往陕北。
6月至8月组织情报部门收集国民党军的作战部署、兵力配置和蒋介石对战局的判断等情报，及时上报中央并转刘伯承、邓小平，以配合刘邓大军挺进大别山的战略行动。
7月赴河北省建屏县西柏坡村参加中央工委召开的全国土地会议。
9月10日在土地会议上发言。强调贯彻中央颁布的土地法大纲的重要意义。
9月作《过五台山》组诗。下旬，返回三交镇双塔村。
11月底前往陕西米脂县参加中央工作会议。同任弼时一起主持土地问题的讨论。
1948年51岁
2月中旬在三交镇主持召开纠正临县土改偏向问题的会议，并在会上作了报告。
3月奉中共中央指示，率领中央后委机关到达西柏坡。
5月9日任华北中央局委员、华北军政大学校长兼政委。
5月21日出席华北局会议。会议讨论了华北军政大学的各项筹建工作。
5月23日到达河北省获鹿县南新城村，着手组织华北军大的工作机构及配备各级领导班子。
6月9日主持召开华北军政大学校党委扩大会议，在会上作报告，提出了华北军大的任务和办校八条措施。
6月11日在全校干部大会上作《认清形势与任务，坚决为党的教育事业而努力》的报告。
7月1日华北军政大学举行开学典礼，在典礼上致开幕词。
8月24日出席中共中央政治局在西柏坡召开的扩大会议。
9月4日向中共中央、毛泽东呈报《关于华北军政大学的工作报告》。
11月17日在华北军大校党委扩大会议上作总结发言。
12月13日根据中共中央的决定，任中共北平市委副书记，北平市军事管制委员会主任兼北平市市长。
12月15日到达保定。
12月17日出席中共北平市委第一次会议，宣布中央批准的北平市委、市军管会、市政府的组成及主要负责人的任命，并作了重要讲话。
12月24日在参加接管北平的干部会议上作《关于军事管制委员会的任务、组织机构及我们如何工作》的报告。
1949年52岁
1月1日以北平市军事管制委员会主任的名义，发布《北平市军事管制委员会第一号布告》，对全市城郊实行军事管制。
1月21日解放军平津前线司令部同国民党华北“剿总”司令傅作义达成《关于和平解决北平问题的协议》。移住颐和园万寿山益寿堂。
1月29日在颐和园景福阁主持召开有傅作义的代表参加的会议，准备进行北平接管工作。
1月31日北平和平解放，平津战役胜利结束。
2月1日任负责北平和平接交工作的机构“北平联合办事处”主任。
2月2日北平市军事管制委员会从西郊进驻城内。
2月3日参加中国人民解放军进驻北平的人城式，同林彪、罗荣桓、聂荣臻、彭真等在前门箭楼上检阅了参加入城式的部队。
2月4日接管旧北平市政府机构。
2月12日出席北平市庆祝解放大会，并发表讲话，宣布了北平市军事管制时期的六大任务。
2月21日出席北平市学生代表大会开幕式，并讲话。
2月根据中共中央的指示，先后接见前来北平的“南京人民代表团”和“上海和平代表团”，商谈与南京国民党政府进行和平谈判等事宜。
3月10日向北平市军管会各部门发布《关于处理旧人员和接管工作的指示》。
3月17日颁布《北平市人民政府关于建立税收机构令》。
3月24日前往高碑店，迎接由西柏坡北上的毛泽东和中共中央其他领导人。
3月25日陪同毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来、任弼时在北平西苑机场检阅中国人民解放军第四野战军部队。
4月1日至15日参加以周恩来为首的中共代表团，同以张治中为首的国民党政府代表团进行和平谈判，达成了待南京政府签字的《国内和平协定（最后修正案）》。
4月7日召集城，郊区区长会议，宣布市政府关于废除保甲制度，建立街乡人民政府的决定。