为了进一步解决这方面的问题，叶剑英根据中共中央和毛泽东有关反教条主义的指示，于1957年3月15日至5月3日，主持召开了训练总监部（简称训总）党委扩大会议，检查训总的工作。会议就训练指导思想问题开展了学术讨论与争鸣。参加会议的有训总的主要领导干部萧克、李达、张宗逊、郭天民、周士第等，以及训总所属各部、处的负责人。据叶楚屏、陶汉章、莫阳等回忆，这次会议围绕着如何评价学习苏联先进经验，是否应在原子条件下进行训练以及如何进行反教条主义斗争等问题，展开了讨论和辩论。叶剑英仔细地听取各方面不同的意见，并先后作了3次讲话。他着重讲了学习苏联先进经验和发扬人民解放军优良传统问题，强调端正学习态度和方法，同时强调领导要有自我批评精神，敢于承担责任。他说：“毛主席指示要学习先进的，可见有先进的就有落后的；要结合我军优良传统，可见有优良的就有不优良的。这就要求我们在教学工作上树立批判的态度。”叶剑英在会上强调“要站稳发言的岗位，带头作自我批评。”他严肃地说：“我们训总对军委来说，是负责实施军委训练命令的机关，但同时又是指导全军训练的负责机关。训练有成绩，我们有份；有错误，我们也有责任。离开了自己的岗位，就是逃避责任。”他要求经过这次会议在反对主观主义的同时也反对官僚主义，整顿作风，使训练部门的工作有个转变。同时要求“对下面的积极因素要加以支持。”5月3日，叶剑英在最后一次讲话中进一步指出，要认真总结几年来的训练工作，并且下功夫创造我们自己的东西。他说：“口口声声反教条主义，若会议得不到结果，会议本身就是教条。”这次会议对全军训练工作如何发扬我军优良传统，学习苏联先进经验问题，作了进一步探讨。
1957年10月，叶剑英再次主持召开了军委训练委员会扩大会议。他在这次会议的报告中比较系统地总结了几年来全军在现代（原子时代）条件下进行训练的经验。主要是：（一）军队训练必须“全面规划，加强领导，首长负责，亲自动手”。（二）军事训练要同我们的战略方针相适应。叶剑英强调指出，我们要在训练中贯彻国家和军委既定的积极防御的战略方针。他认为，“积极防御”就是进攻的防御。我们必须训练部队在战役战术上积极组织进攻，消灭侵入我国领土和领空的敌人，同时，我们还必须拥有原子弹、氢弹等现代化的强大武器装备以防御敌人。只有这样，才能贯彻积极防御的战略方针。这就是说，战略上我们是防御的，战役战术上我们是进攻的。因此，在现代条件下训练军队，不但不违反积极防御的方针，而且恰恰是为了执行这个方针。叶剑英引用“盘马弯弓箭不发”这句古语，解释说：“我们的态度，不是偃武修文，而是盘马弯弓。只要看到敌人一动，我们就把箭发出去。我们的原则是：不打第一枪，不发第一箭，不先发制人。否则政治上就被动。”（三）训练必须从实战出发，与战备结合。叶剑英指出：陆军采取野营、转移驻地和作业场，空军采取紧急转场，海军采取转移海区等办法，就会使训练同备战更加密切地结合起来，就会使军队把平时的训练当作实战来看。（四）训练重在干部。叶剑英经过亲自实践，总结出军官技术训练的经验是“摸、爬、滚、打”；搞好军官战术训练的经验是“抓、钻（钻技术、钻理论、钻条令）、操、演”。他强调这些经验急待普及、推广。叶剑英在这次会议报告中，再次强调指出：“在现代条件下训练我们的军队，并不否定我们过去的传统和经验。我们的态度应当是：发扬我们的优良传统，学习别人的先进经验。从形容词来讲，这里需要分清的一个是‘优良’，一个是‘先进’，发扬的是自己的‘优良’传统，学习的是人家的‘先进’经验。”
叶剑英从1954年11月开始，相继在武装力量监察部和训练总监部工作，到1957年12月离开，整整在这两个部门工作了3年。在此期间，他竭尽全力，日夜操劳，为军队和国防现代化做了大量的工作。在他的积极参与和领导下，全军实施了有计划的正规训练，到1957年底，基本上统一了陆、海、空三军的训练计划，加强了各级司令部机关的建设，提高了首长和司令部的组织指挥能力，提高了军兵种合成军队战术技术水平。同时，他多次主持召开院校会议，加强了全军正规院校的建设，建立了基本适合人民解放军情况的各项制度，培养了26万名干部和近3万名教员，为把人民解放军建设成为一支优良的现代化革命军队打下了基础。
这一期间，叶剑英还先后出席了全军后勤先进工作者代表会议、炮兵积极分子代表会议、通信兵技术竞赛大会以及海、空军有关会议等，并分别就现代条件下加强后勤工作，加强空军、炮兵和通信兵建设的重要意义及根本要求，作了重要讲话。他对体育工作给予了热情关怀和支持，帮助“八一”队解决困难，多次接见运动员和教练员。同时，他还参加了一些外事活动，先后出国访问缅甸、苏联、印度、波兰等国家，并写了西行杂诗《赴莫斯科途中》（十四首）和《访问印度》（二首）、《访波杂咏》（八首）等诗篇，他在访印期间写下不少诗篇，由随行的邓家栋教授译成英文，受到印度友人赞赏。因旅途劳累，叶剑英在加尔各答突然发病，尼赫鲁总理得知后，亲自探视，并派私人保健医生诊治。1956年年底，叶剑英作大西北之行，沿甘肃永登、武威、张掖、酒泉、敦煌，直至新疆伊犁。他深入河西走廊，沿途考察，视察了玉门炼油厂、酒泉夜光杯厂、酒泉中学等地，并亲切地接见了驻敦煌的骑兵三团官兵。他在此行中，望长城内外，戈壁滩头，逸兴遄飞，诗如泉涌，录下沿途自己所见所闻所感，写成了著名边塞诗《西游杂咏》。他在诗中讴歌“铜铁煤油遍走廊，戈壁荫成瓜果乡”的甘肃；赞美“最新人物最新装，引得春风度玉关”的玉门；吟咏“拔海二千七公尺，乌鞘白衣卧云天”的永登；评点“五凉故事谈遗老，西夏钟文在土楼”的武威；记述“风雪关山访古来，评泉品酒看光杯”的酒泉；描绘“老子青牛去不还，而今钻探满天山”的新疆，妙语连篇，珠玉闪光，自始至终贯穿一个“建设祖国边疆”的主旋律。
六在“反教条主义运动”中
从1957年下半年开始，全军的“反教条主义”运动逐步升级。在这场运动中，南京军事学院院长刘伯承元帅和主持训总工作的叶剑英都遭到批判。两位元帅从大局出发，主动承担责任，尽力保护从事军事训练的部门和干部。1958年4月8日，叶剑英来到南京军事学院，在全院教职学员干部大会上发表讲话。他在讲话中，对军事学院工作中的成绩作了充分肯定，反对给军事学院戴教条主义的帽子，并勇于承担责任。他说：“有人说学院是教条主义的头头，但应该说，全军包括院校和部队都有教条主义的成份，当然不必按上一个教条主义的帽子。过去军事训练中出现教条主义倾向，主要责任在领导。训总首先应作自我批评，不要把责任推到底下，因为我们照搬、照翻、照印、照发，毫无疑问你们底下只好照办，我们四照，你们只一照。”
叶剑英在这次讲话中，怀着崇高的敬意，谈到老战友刘伯承，对这位受到不公正批判的军事理论家作了高度赞扬，给以深切的慰藉：“我们的刘伯承同志经历了四十多年战场生活、军队生活，精通俄文，战斗经验丰富。像他这样的同志是很少的。他很红、很专，就是不健。他。八九次受伤，为革命为人民流了很多血，是我们国家和人民的宝贝，应该很好地维护他的健康，以便他能更好地负责国家大事。”叶剑英这番话，在当时军队反教条主义空气浓厚的情况下是很难得的，表现了一个共产党员敢于坚持真理的态度和对老战友的真挚情感。在场的2000多名教职员听到他的发言无不为之感动，报以热烈的掌声。
叶剑英从南京返回北京不久，即出席中央军委于5月27日至7月22日召开的扩大会议。通过这次为时达两个月之久的、有1000多名军队高级干部参加的会议，把全军的反教条主义运动推向了高潮。林彪从会议一开始就煽风点火、含沙射影，别有用心地攻击军事学院和训练总监部，攻击主持这两个单位工作的刘伯承和叶剑英。在会议的“高温”下，训练总监部被说成是“教条主义的司令部”，军事学院被说成是“教条主义的大本营”，毛泽东对这两个单位也提出了批评。在这种情况下，叶剑英不得不违心地做了“工作的检讨”。在外地治病疗养的刘伯承也抱病出席了会议，并作了检查。后来的实践表明，50年代，为适应国内外形势的发展和人民解放军现代化建设的需要，根据党中央和毛泽东主席的指示，在全军开展学习苏联先进经验，是必要的也是正确的。后来在训练和教学中出现了一些问题和偏向，但并未形成“教条主义”思想体系，因此，从上至下大规模地反教条主义，造成扩大化，不适当地伤害了许多同志，这是错误的。粉碎“四人帮”以后，当年这场运动遗留下来的问题逐步得到妥善解决。1980年秋，邓小平代表中共中央明确指出：1958年“那次反教条主义是错误的”。