差不多与此同时，在大洋彼岸的美国，一群怀抱科学报国理想的留学青年，他们后来大多成为有成就的科学家，如任鸿隽、赵元任、秉志、杨杏佛、胡明复等一起发起成立了中国科学社（这是中国第一个综合性科学团体），举起科学这面旗帜。中国科学社酝酿发起于1914年夏天，1915年10月25日正式成立，并创办了《科学》月刊（这是中国第一个综合性科学刊物。1917年迁到上海，致力于普及科学知识，传播科学思想，在五四新文化运动中起重要作用，直到二十世纪四十年代末都是中国最有影响的科学团体和科学刊物，对推动中国现代科学事业功不可没。
杨杏佛之死最伤心的是科学社的同人和他在民权保障同盟的同志。中国科学社为他举行了隆重的社葬典礼，他的灵柩上覆盖着中国科学社的社旗。社友王季梁、胡刚复、周仁等六位科学家亲自为他扶灵登车，车上满扎鲜花。灵车抵达万安公墓，仍由六人扶持下车，入土安葬。
从中国科学社到中国民权保障同盟，从两任孙中山秘书到出任中央研究院总干事，杨杏佛身上理想的激情始终没有泯灭。在他被杀害的1933年初，胡愈之在《东方》杂志发起“新年的梦想”征文，在回答“梦想中的未来中国”时，杨杏佛说：“我梦想中的未来中国应当是一个物质与精神并重的大同社会，人们有合理的自由，同时有工作的义务，一切斗争的动机和力量应用在创造和服务方面。物质的享用应当普遍而平等。”
在回答“个人生活中有什么梦想”时，他说，他个人生活的最大梦想，是希望建设一个儿童的乐园，使儿童都能受到教育，树立科学的人生观，成为未来大同世界的主人翁。
这不仅是杨杏佛1933年的梦想，也是他终生追求的理想。然而这一年的夏天，无情的子弹击碎了他一切美好的梦想，击碎了一个理想主义者崇高而真诚的追求。暴力、杀戮是人类的天敌，也许它能得逞于一时，但蒋介石杀害杨杏佛、史量才、闻一多、李公仆（当然还有“四一二”、“一二一”），和袁世凯杀害宋教仁、张作霖杀害邵飘萍、张宗昌杀害林白水样把他们的名字永远钉在了历史的耻辱柱上，因为思想观点不同而任意剥夺生命是与人类文明不相容的，是反人类的行为。
杨杏佛只活了四十年，然而他走过的人生道路却是跌宕起伏、多姿多彩的。
他一生中曾两度在孙中山身边工作，第一次是1912年，他在南京总统府秘书处任收发组长，被称为“青年才俊”。1925年春天，他辞去教育界的职务，随孙中山北上，再次成为孙先生的秘书。3月12日孙中山在北京病逝，他陪伴这位民国缔造者走完生命的最后一程，尤其在孙中山弥留之际那个霜寒月冷的夜晚，他听到孙中山先生最后的呼吸，心情激荡，悲急交加。孙中山去世后他任“总理葬事筹备初”总干事。
他一生中曾两度遇险，两度幸免于难。一次是1926年7月，蒋介石等在广东，正式出师北伐。杨杏佛“负责北伐军在沪的地下工作”，在“总葬事筹备处”内设立电台，“逐日将有关情报电达前方，被军阀孙传芳侦悉，令法捕房逮捕，准备移送华界处决。赖女律师郑毓秀及时向法方疏通释放。随后又借法军营电台通报。”（杨小佛《我父亲杨杏佛殉难经过》，《百科知识》1979年第2期）
“四一二”发生后，杨杏佛被扣押在上海警备司令部，差一点同被捕的共产党人一起枪决，幸获营救。
他于1912年公派到美国留学，先入康奈尔大学学机械工程。毕业后，又进哈佛大学商学院，专攻工商管理。留美期间，和任鸿隽、胡适、梅光迪交往密切，被称为“四俊”。
1918年10月，他学成回国，先后任汉冶萍公司汉阳铁厂会计处成本科科长、南京高等师范学校（东南大学前身）工科主任兼教授。一度想走实业救国和教育救国的道路。
1925年“五州·惨案”发生后，他独自在上海创办《民族日报》，一边咯着血、与肺病抗争，一边坚持采访、编辑、校对，几乎每天坚持撰写社论。从6月10日创刊，到25日停刊，虽然这份报纸只存在了十六天，却在五卅运动中发挥了独特的舆论作用。
同年9月，他领衔发起中国济难会，发起人中包括了张闻天、恽代英、陈望道、杨贤江等著名共产党人，于右任、戴季陶、李石岑等著名国民党人，以及郭沫若、茅盾、郑振铎、周予同、丰子恺等作家、学者、艺术家，杨杏佛在济难会上海总会成立会上被选为审查委员之一。济难会“以救济爱国运动和被难者为宗旨”，不遗余力做了大量救援、抚恤工作。
1927年，时任国民党上海市党部执行委员、宣传部长的杨杏佛积极支持共产党领导的上海工人武装起义，曾被提名为上海市民大会十五名主席团成员之一。共产党在巴黎出版的《救国时报》在《上海起义的中心人物》文中称他的工作“大有助于上海起义的伟业”。
1927年10月，大学院（全国最高学术教育行政机关）成立，蔡元培出任院长，杨杏佛为副院长。1928年4月，蔡元培创办并主持中央研究院，这是我国第一个综合性科学研究机构，杨杏佛出任总干事。这一时期，他大力支持社会学者调查上海日商纱厂的女工包身制，调查无锡、保定及东北的农村经济。1931年他亲自到江西进行了几个星期的实地调查，写成一篇客观的考察报告。蔡元培曾说过“正可以杨杏佛之长补我之短”，还说他是“勇于任事、努力服务之人”。在中央研究院是这样，在民权同盟也是如此。这位总干事名副其实，真正是干事的人。而且更重要的是杨杏佛与宋庆龄、蔡元培的渊源都极深，互相信任。杨在1912年和1925年两度出任孙中山秘书，最晚1925年随孙中山北上时就和宋庆龄相识。后来任“总理葬事筹备处”总干事，和宋庆龄也多有接触。1927年蒋介石上台后他们的政见比较一致。1932年他还协助宋庆龄创立了“国民伤兵医院”。杨杏佛比蔡元培年轻二十岁，虽然不知道他们何时结识，但1927年大学院成立以来他一直协助蔡工作，“待蔡如长辈，两人共事合作无间”，六年如一日，他是蔡元培得心应手的主要助手。
如果说宋庆龄、蔡元培是民权保障同盟的精神领袖或者说灵魂人物，那么杨杏佛就是同盟的实干领袖，是实干家。用邹韬奋的话说蔡先生“负党国重望，对于构成国家民族奠基石的优秀青年及人才尤爱护不遗余力。孙夫人向来主持正义，国际闻名。”独裁者“虽然胆大妄为，但对于党国元老如蔡、孙，究竟不敢遽下毒手”，所以他们就先选择杨杏佛下手了。虽然他也是大有功于国民党，有功于国家的人。但在蒋介石他们看来他毕竟与宋庆龄所拥有的崇高声望、特殊地位无法相提并论，杀了他既可达到威胁宋庆龄他们、瓦解同盟的目的，又不至于引起轩然大波。
杨杏佛的死让民族精英们万念俱灰，在上海，于右任老泪纵横，鲁迅不顾当局流言的威胁，参加了入殓式，并在悲愤交加之中写下了“何期泪洒江南雨，又为斯民哭健儿”的诗句。在杭州，郁达夫写了《闻杨杏佛被害感书》：“风雨江城夏似春，闭门天许作闲人。恩牛怨李成何事，生死无由问伯仁！”在北京，许德珩奋笔写下《哭杨杏佛先生》：“天暗暗兮我心悲伤！血洒江南兮众情激荡！”
发表在7月19日的英文报纸《字林西报》上，中文本在《民国日报》（7月17日至21日）连载时题目译为《赤祸与中国之存亡》。报告分三部分，第一部分回顾了中国共产主义运动的历史，第二部分报道了八个苏维埃区域的情况，第三部分介绍江西苏区红军成长的过程和三次反“围剿”的状况，结论指出“围剿”只能是治标的办法，只有避免内战，实现真正的三民主义，才能建成独立自由的中国。文章发表后，当局极为震怒，刚刚印好的中文合订本尚未全部分发就被收缴销毁。无疑这篇考察报告在当时产生了极大的影响，美国红色记者斯诺正是看到这篇报告，才激发了亲自去苏区采访的强烈愿望。他在《西行漫记》的注文中还专门提及这篇报告对他的影响。这也是杨杏佛后来遭到暗杀的主要原因之一。
发起成立中国民权保障同盟是他最后的辉煌，他被选为总干事，负责具体事务。这是中国历史上第一个非政府的人权团体，它的诞生不是偶然的，首先是宋庆龄作为“国父”孙中山先生的夫人所享有的独一无二的地位，她被誉为“活的中国最卓越而辉煌的象征”，在以三民主义为立国之本的中国，她所拥有的巨大感召力是任何其他人无法替代的，蒋介石既以孙中山继承者自居，就不能不有所顾忌。蔡元培的道德威望也如日中天，不仅在中国教育界、科学界、政界，在广大知识分子和青年当中，在国际上也有很大的影响力。但如果缺少了杨杏佛的热情、执着和实干精神，他的办事的干练，同盟的工作恐怕也要大打折扣，至少不可能具有这样的效率，在短短半年中做了大量成效卓著的工作，产生了巨大影响，让当权者忍无可忍，终于动了杀机。
蔡元培当时享崇高威望，但是年过六十，精力有限，他的性格也属于宽容迂缓。年仅不惑的杨杏佛则年富力强，精明强干。