就在这种赤手空拳的情况下，它们开始与大厂抢食：小厂到大厂挖人才，工人兼职每月300元，技术员800元，调试一台设备外加500元，大厂里的设备、零部件老是失踪，然后在小厂里出现；大厂研制出新的产品，过不了多久，图纸就出现在小厂厂长的办公桌上了；大厂用美元与外商结算，小厂们则可用人民币，而且价格还便宜很多；小厂到处挖大厂的客户，拉交情，给回扣，弄得客源日日流失；最后连大厂的营销员也被小厂拉拢去了，小厂给出更高的提成，甚至“卖出十台，可以给一套房子”。《经济日报》对此评论说，对许多国家骨干企业的厂长来说，本身既受到种种体制上的束缚，动弹不得，外部又受到那些精灵般的、不按牌理出牌的私人工厂的骚扰，唯一能做的就只有苦笑了。在此次治理整顿中，这些小厂受到了严厉的整治，其理由是“盲目发展、重复布点、重复建设，严重影响国家行业规划”。此类整顿在几乎所有私人工厂日渐活跃的行业内都在发生。
这种专门指向体制外企业的针对性整顿，在客观上，让一些行业秩序得到了恢复，也的确打击了日渐蔓延的假冒伪劣之风，但不可否认的是，同时造成了民营公司很大的困扰。1月5日的英国《金融时报》在观察这一现象时说，“在北京重新调整中央计划和加强政府控制的时期，私营企业正在受到严格的控制，虽然它们得到允许可以与较大的国营企业并存，但是，国营企业被放在优先位置上，绝不允许被取消。”新华社主办的《中国记者》杂志在1990年5月发表《光彩的新概念》一文也认为：“近来报纸和刊物上，有关个体户的报道少了。原因呢？不少编辑感到‘拿不准’。至于社会上，则更有甚者。在有的人眼中，个体经济已成了背时之物，最好是‘从重从快’惩罚打击。有的人误以为‘中央已经收了，取缔是早晚的事’。新闻界在一段时间内的沉默，无形中增加了这种不安的情绪。前几个月全国个体户锐减360万人，不能说和这种氛围没有关系。”在那个时期，乡镇企业被戏称为“气候经济”，也就是随着政策的松与紧而波动性成长。与此相关的另一个事实是，民间公司的崛起实在已经成为了一个很难被忽视的现状。
在广东以及江浙一带，乡镇企业已经在很多行业（尤其是电器零配件行业）获得了领先的市场地位。萧山鲁冠球的万向节厂生产的万向节占到全国50%的市场份额，张家港电子计算机厂生产的计算机存储器、常熟电视机元件厂生产的偏转圈、上海联合灯泡厂生产的铁路信号灯等等，都成为全国行业冠军。这些企业将从一个专业性很强的行业出发，逐渐成长为一家现代大公司。
也是从这一年起，国家统计局在统计全国工业增长的时候，把乡镇所办的工业企业包括了进去，采用了“乡及乡以上工业总产值”的概念，统计专家承认，乡镇工业约占全国工业的1/3，而在此之前，这些企业在国家统计数据中是“不存在”的。很多欧美的经济学家在研究中国公司时，都会被90年代初的那些戏剧性的数据所迷惑，其实那些年前后的乡镇企业数量及产值的“猛增”，是统计所造成的。1990年，全国工业增长为6%，乡镇企业的列入至少提高了三个百分点。在10月份的一次座谈会上，农业部副部长陈耀邦承认，“行业不正之风使乡镇企业受到损失。如一些部门借治理整顿之际，向企业乱收费、乱摊派、乱罚款。有的部门借行业管理、发放生产许可证、产品评优或供应平价物资等为由，划走、平调乡镇企业或改变乡镇企业的隶属关系。”
陈耀邦的这段讲话，还只是陈述出了事实的一部分。在过去的很长时间里，一直存在着一个现象：一些私营业主为了自我保护及得到政策上的支持，便将自己的企业“挂靠”在乡镇集体上，每年缴纳一定的管理费用，其余的资产处置则一切自主。它们被称为是“挂户经营企业”、“红帽子企业”或“假集体企业”。其挂靠原因主要有三：政治原因——避免受到政治歧视和间歇性的整顿打击；经济原因——可以享受集体企业的一些优惠政策，合法获得原材料等；运营原因——在初期，私营企业不受消费者和经济交往单位的信任。在相当长的时期里，这一部分企业的存在给统计和调查部门造成了困惑，以致人们无法准确地计算出私营企业的真实状况。1989年之后，随着宏观形势的紧张和政府对私营企业的严厉整治，这股“挂靠风”突然升温。
像山东的王廷江和江苏的蒋锡培那样，把自己的企业捐给集体的案例毕竟不是普遍现象，更多的私营企业主选择了折中的“红帽子”方式，数以十万计的私营企业主纷纷挂靠或归属到国营、集体企业的旗下，据统计，在广东汕头地区，此类企业就有1.5万家之多，占到集体企业注册数的六成左右。1990年中期后，政府及媒体突然关注到了这一现象，并对之进行了深入的调查，《经济日报》记者马立群在一篇调查中认为，“假集体现象是私营企业的趋利避害的行为，不足为怪，但是由于这种现象损害了国家的利益便不能不引起我们的关注。这种企业的大量存在，从表面上看似乎是壮大了集体经济，其实大谬不然。这些企业享受的税收、信贷政策优惠，使国家财政受到了损害。有的地方假集体企业占到注册登记集体企业的80%，如果对其进行清理，国家税收无疑可以有可观的增加。”马立群的这种观点代表了当时相当一批观察家和政府官员的立场。很快，在国务院有关部门的督导下，各地开始了对“红帽子企业”——也就是假集体企业的清理工作。
这个清理工作前后持续了四年，其间，在治理执行过程中出现了错综复杂的情况。对政府部门来说，自然是希望对“公皮私骨”的假集体企业进行清理，不让自己所提供的优惠政策放错了“篮子”，给错了对象。而对某些此前挂靠了集体的私人业主，则心情十分复杂，一方面他们还想戴着“红帽子”继续享受优惠政策，另一方面，则也希望通过身份的清晰化，让产权恢复到原来的面目，以免后患无穷。特别是那些已经稍具规模的“红帽子企业”，“摘帽”对它们来说其实更有利于今后的发展。一个更为隐秘的现象是，在清理过程中，有的“真集体企业”也悄悄地挤了进来，其经营者以各种方式“证明”这家企业属于“红帽子”，然后顺理成章地将之归为自己。没有数据显示，在前后四年的清理中，到底有多少真假“红帽子企业”最终完成了产权的清晰，不过，在1992年之后，各地的私营企业数目猛增，其中既有“南巡效应”，也是大批私营企业“摘帽”的结果。与“红帽子企业”同时出现的另外一个企业事件，则是在浙南和珠三角地区开始流行一种全新的企业模式：股份合作制企业。
股份合作制企业又是精于变通、擅长“绕着红灯走”的温州人发明出来的。据记载，第一家股份合作制企业是温州市城郊的瓯海登山鞋厂，它是1985年5月由26个农民集股7.2万元创办的，这些农民既是工厂的股东，又是员工，所以被称为“股份合作”，是一种“新型的集体经济”。不过，这种合作制一旦规模大起来，就经不起推敲了，因为不可能让后来招用的工人都一一地成为股东。到1988年，聪明的温州干部又找到了一种更有说服力的产权模式。这年8月，苍南县在一家名叫桥墩门啤酒厂的小企业搞试点，设计出“股份合作企业章程”，此章程的微妙之处在于，它规定“企业财产中有15%是企业全体劳动者集体所有的不可分割的公共积累资金”，“它的独立存在，是股份合作制企业区别于合伙私营企业和为集体经济组成部分的重要标志之一”。正是有了一部分公共积累，股份合作制企业被理所当然地归入了集体经济的范畴。这一企业股权的设计举世皆无，可说是中国基层改革派面对所有制禁区的一次大胆创新，它被认为是一种“非驴非马经济”，却在理论上能够自圆其说。
一家私营企业要“改造”成股份合作制企业也可谓非常之便捷：只要宣布本企业的15%资产为“全体劳动者的公共积累”即可。温州的这种新型企业模式很受改革派理论人士的青睐，当私营企业备受一些思潮侵扰之际，股份合作制成了一个理想的过渡模式和“避风港”。1990年2月，农业部发出第十四号令，颁布《农民股份合作企业暂定规定》，并附《农民股份合作企业示范章程》，其蓝本便是桥墩门啤酒厂的那个章程。
在农业部的主导下，沿海各地纷纷推广股份合作制，很多集体企业也乘机进行了产权改造，由于各地情况不同，那条15%的“公有制的尾巴”也有粗有细，有些只有10%，有的则高达50%，不过无论如何，这种模式的尝试削减了一些人对私营企业的无休止的清算，也让企业部分地完成了资产所有权的清晰化。这便是发生在1990年前后的一个事实：政府出于宏观整顿和维护集体经济的目的，发动了对“假集体企业”的清理，间接催生出一种新的股份合作制企业模式，最终意外地演变成为中国改革开放以来第一次大规模的企业产权清晰运动。江浙及珠三角一带的很多私营公司，以股份合作制的面目发展了相当长的时间，在政策日渐宽松后，它们又以各种手段剪掉了那条仅仅在名义上存在的“尾巴”，恢复其本来的产权性质。
1990年的中国，以9月份的亚洲运动会为界，泾渭分明。前面的大半年全力搞整顿，经济从过热迅速转入平稳，之后则重新启动开放与发展的主题。1988年的物价闯关失利以及发生在1989年的社会动荡和经济低迷，让中国的决策者对未来的改革模式有了新的思考。激进的思路渐渐退潮，一种渐变式的改革理念成为新的主流。1989年，邓小平曾提出，中国的问题，压倒一切的是需要稳定。此后，“稳定”成为一个频繁出现的名词，《人民日报》在新年元旦社论中写道，“只要保持稳定，即使是平平稳稳地发展几十年，中国也会发生根本性的变化。”“稳定压倒一切”与“摸着石头过河”，以及“不管白猫黑猫，抓住老鼠就是好猫”，都是邓小平的改革名言，细细咀嚼，其中意蕴一以贯之。从1989年下半年开始的治理整顿，让全世界对中国政府强有力的调控能力留下了深刻的印象。出乎很多国际观察家的预料，中国经济并没有在通货膨胀中继续失控地滑行，而是迅速地从过热中冷却了下来。
在1989年，全国物价总水平上升了17.8%，下半年更是高达40%，用《纽约时报》的话说，“物价狂涨几乎可以跟共产党接管这个国家时的1949年相提并论”。然而，到1990年6月，物价指数就已经降到远低于危险界线的3.2%，抢购风潮退去，社会恐慌心理随之就平静了下来。在通货膨胀被强行控制住之后，消费的持续低迷立即成为一个新的全国性苦恼。老百姓开始持币惜购，银行存款猛增，所有消费品和物资市场一片萧条。从7月开始，一个新名词开始被频频讨论——“市场疲软”。到八九月间，全国的工业成品库存积压比去年同期增加了21%，达到1 067亿元，而国家预算内国营工厂的库存更是增加了45.9%，实现利润下降56%，平均每100家工厂里就有33家出现亏损。很显然，这种日趋冷却的经济态势，同样是可怕的。于是，“启动市场从何入手”又成为全国媒体热议的主题，《经济日报》甚至开辟专栏讨论“煤炭多了，煤炭行业怎么办”，这个设问放在一年多前几乎就是天方夜谭。各地政府开始筹划如何让经济升热的措施。