清同治元年至同治十二年间，在西北地区爆发了大规模的反对民族歧视和民族压迫的回民反清起义。这次起义长达十几年之久，既是以太平天国为中心的全国各族人民反帝反封建斗争的一个重要组成部分，又是西北地区广大回民为争取本民族生存权利及维护宗教信仰而写下的可歌可泣的光辉篇章。
当时除陕西的回民起义外，甘肃的回民起义形成了四大中心，他们分别是河州的马占鳌，金积堡的马化龙，西宁的马桂源，肃州的马文禄。后来随着形势的发展，前三地的马化龙、马桂源、马文禄都遭到清政府的血腥镇压，惟独河州的马占鳌不但无灾无害得以善终，而且加戴红顶子为官数十年。并且由此开始，逐渐形成了势力强大的三个马氏家族，造就了一大批历史风云人物。
马占鳌其实是被众人推上历史舞台的。他在成为起义军总帅之前是大河家寺的掌教阿訇。同治初年清政府政治腐败，激起西宁巴燕戎格（现青海化隆）事变，久困****的河州回民也于同治二年八月在马悟真、闵殿臣、马万有、马永瑞等人率领下起事，围攻河州城。久攻不下后，众首领经过商议，便到西乡请马占鳌援助。
马占鳌是河州莫尼沟何家庄人，自幼苦读经书，后来求学于西安大觉巷清真寺。他讲经传教口才极好，又敢作敢为，为人豪侠，在群众中有相当的号召力。众首领将马占鳌公推为帅，他便担当起组织河州回民反清的历史重任。起义军在他的带领下迅速占领河州，然后兵分几路，先后攻占河州附近的县分，攻打洮州、通渭等地。
这时已经镇压了陕西白彦虎、宁夏金积堡马化龙的清军，在左宗棠率领下挥师南下。左宗棠将军营扎在定西，命令提督傅宪宗会师围攻河州城。傅宪宗率军渡过洮河，一路势如破竹。起义军被迫退入广河太子寺一带布防。此处地形复杂，沟壑纵横。起义军沿山挖了多道战壕，修筑堡卡。清军也在山下层层安营扎寨，团团围住起义军，双方就这样集结在太子寺周围。
时值隆冬，马占鳌手下得力干将马海晏自告奋勇地提出用“黑虎掏心”战术对付清军，得到马占鳌首肯。马海晏为马占鳌表弟，他武艺超群，作战骁勇。初攻河州失利后，身为前锋的马海晏在二次攻打河州时，率西乡回民暗中挖掘了一条长达数里的地道，直通城内，一举攻破河州，立下大功。因此，马占鳌对他十分赏识。
入夜，马海晏精心挑选三百名神枪手，乘清军欢宴之际，携水壶、土块等物，偷偷潜入康乐县境内的新路坡前后营垒之间，迅速砌墙浇水，筑成三座冰垒，隔断敌军联络。
清军天明发觉义军插入清军心脏，不胜惊慌，发动猛攻。马海晏指挥义军将士从容应战，一半人居高射击，一半人装填火药。清军冲到冰垒的底部，天冷冰滑，摔得东倒西歪，进攻受阻。马海晏组织的神枪手弹无虚发，当场打死提督傅宪宗，清军阵脚混乱，自相践踏。马占鳌见机率大军两面夹击，马海晏从冰垒中发起冲锋，里应外合，清军溃不成军，仓皇撤退。统领杨世俊部损兵折将，狼狈逃往高家集一带。记名提督、总兵徐文秀奉命来援，遭到义军迎头痛击，所率十几名将领全被义军击杀，徐文秀连中三矛，当场阵亡。其他各路清军也死伤累累，退守三甲集。
太子寺战役是左宗棠进军西北以来起义军取得的最辉煌的一次胜利，但对节节胜利的左宗棠来说，这次重挫无疑是当头一棒。他已经满有把握地提前给朝廷写了得胜的战报，可是，他没想到在太子寺清军不但溃不成军，而且连折二员大将。
他这回尝到了回民义军的厉害。
而更叫他感到意外的是，几天后，马占鳌听从起事前曾资助义军钱粮的大商人马千龄的劝告，决定投降。马占鳌派他的儿子马七五带领马永瑞等义军头领的几个公子到定西大营乞降。马七五手持降书，向左宗棠呈缴马匹四千多匹，枪矛一万四千余件。左宗棠此时正因太子寺兵败愁眉苦脸，这意外的消息，令左宗棠喜出望外。他当即赐马七五名安良，答应马占鳌乞降请求。
马安良等回河州后禀报马占鳌，马占鳌决定按照左宗棠的要求，偕同马悟真、马万有、马永瑞、马海晏等12名义军头领，到兰州晋见左宗棠。左宗棠遂将马占鳌所率义军编为三旗马队，任马占鳌为督带兼中旗管带，马悟真为左旗管带，马永瑞为右旗管带，马海晏为都标中营马队管带，驻扎河州，归新任河州镇总兵沈玉遂节制。这样，河州回族反清斗争的上层人物以及门宦首领终于利用广大回族人民的反清力量，一跃变为清廷在河湟地区的政治代理人，为河州诸马的发迹奠定了基础。