意不可以动静言也，动静者念也，非意也。意者，生生之密机，有性则常生而为意，有意则渐著而为念。未有性而不意者，性而不意，则为顽空矣；亦未有意而不念者，意而不念，则为滞机矣。（《答杨晋山》，《友庆堂合稿》卷二，第21页）
意即性理表现为某种微弱的倾向性，尚未表现为具体意念，它的内容是生生不已之机，而具体意念则是意的承载者，是意表现在形而下的可知觉的念头。无意则性为抽象物，故空；无念则意无落实处，无具体落实处则生机有滞碍。这里王时槐所谓意，已开刘宗周以意为支配后天念头的潜在倾向、以意为心的主宰等意思的先河。
王时槐关于性、命、良知三者关系的论述，为他的透性说和研几说做好了理论铺垫。他对性命关系的分疏，重点在强调二者的一而二、二而一、不离不杂这种性质。他说：
性命虽云不二，而亦不容混称。盖自真常不变之理而言，曰性；自其默运不息之机而言，曰命。命者性之命也，性者命之性也，一而二，二而一者也。（《答邹子尹》，《友庆堂合稿》卷一，第59页）
王时槐详细分疏性、命范畴及其关系，是为了使人了解，儒家圣贤所主张者只是一理，虽有形上形下、本体功用、性理情识等不同，但根本宗旨只有一个。了解了此理一分殊的关系，就是对安身立命之地有了觉解。这是他的“透性”说的根本所在。他说：
性本不容言，若强而言之，则虞廷曰“道心唯微”，孔子曰“未发之中”、曰“所以行之者一”、曰“形而上”、曰“不睹闻”，周子曰“无极”，程子曰“人生而静以上”。皆即所谓“密”也、“无思无为”也，总之，一性之别名也。学者真能透悟此体，则横说竖说，只是此理。一切文字语言，俱属描画，不必执泥。（《答岭北道龚修默公》，《友庆堂合稿》卷二，第42页）
据此，“透性”即透悟此性，透悟此性即知千圣血脉只一性字。性字关乎儒家全部范畴概念，笼盖儒家全部学问功夫。透性则能不为各家文字、宗旨所迷惑。王时槐用大量篇幅详细讨论与性命相关的一切范畴，并一一作出界定，就是要人透性。王时槐是个形上学家，他在本体论上的体悟最为突出。江右诸子多在良知动静、中和等一隅处辩驳，王时槐则在性、命、意、念等形上形下分际处着眼，他的思考的容量远胜于江右其他学者，并有明显的调和程朱陆王的趋势。他的透性为宗，跳出了良知修证派所谓“真修实学”在具体践履上着眼的狭隘套路，直趋广大高明的形上境界。他说：
性之体本广大高明，性之用自精微中庸。……若复疑此，以为只以透性为学，恐落空流于佛老，而以寻枝逐节为实学，以为如此乃可自别于二氏，不知二氏之异处，到透性后自能辨之。今未透性，而强以猜想立说，终是隔靴爬痒，有何干涉。（《答岭北道龚修默公》，《友庆堂合稿》卷二，第43页）
这里，他与一般学者路径不同：一般学者认为佛之所以为佛在其空谈心性而无实学，故以具体践履区别佛氏之空寂。而王时槐以透性、了悟本体之广大精微来辨佛儒。这种辨别是理论上的、基于形而上的体悟得出的，不是枝节的非本质的。他指出，佛家特别是禅宗大讲明心见性，儒家也主张见性，但二者所见之性绝不相同。佛家所见之性为“空”，所谓“性空”，并且一悟性空便一了百了；而儒家之透性，则见性中之天理，并着实用修养功夫保任护持。他说：
大抵佛氏主于出世，故一悟便了，更不言慎独。吾儒主于经世学问，正在人伦事物中实修，故吃紧于慎独。但独处一慎，则人伦事物无不中节。何也？以独是先天之子，后天之母，出有入无之枢机，莫要于此也。若只云见性，不言慎独，恐后学略见性体而非真悟者，便谓性中本无人伦事物，一切离有而趋无，则体用分而事理判，甚至行检不修，反云与性无干，则其害有不可胜言者矣。善学者亦非一途，有彻悟本性而慎独即在其中者，有精研慎独而悟性即在其中者。总之，于此理洞然真透，既非截然执为二见，亦非混然笼统无别，此在自得者默契而已。（《答郭存甫》，《友庆堂合稿》卷二，第52页）
王时槐以是否言慎独区别儒释，这里独即良知，慎独即在具体事物上贯彻良知，他所指出的学问之途：一是以本体涵盖功夫，即“彻悟本性而慎独即在其中”；一是以功夫所至为本体，即“精研慎独而悟性即在其中”。这是对先天良知派和功夫修证派两家的综合。透性与慎独非二非一，就是主张两派可以融通。最后的目的在“此理洞然真透”。在这统一的目的下，两派的宗旨可以相容。王时槐的透性之说，是对于江右学派的超出，是在罗洪先晚年彻悟仁体的基础上往前迈的一大步，他可以说是在江右王门中转出一境而求与王门其他派别调和者，其见解最为宏通，体悟最为高远。
三研几
王时槐的“透性”，可以说是他的本体论，他的功夫论，以“研几”最为重要。“几”是《周易》的重要范畴，意为事物（包括思虑、意念）最初萌生的极细微状态。《易·系辞》说：“几者动之微，吉之先见者也。”“君子见几而作，不俟终日。”意谓必须及时抓住极易逝去的事机，采取相应措施，不容丝毫迟缓。《周易》又认为事物的初萌状态十分细微，能了知此细微事物的性质及其发展是极为神妙的，故说：“知几其神乎！”《周易》也提倡“极深而研几”，即深入地体察事物，研究事物的细微的苗头和征兆。周敦颐发挥《周易》的思想，以“诚、神、几”来叙说本体、流行及其中的关键，他说：“寂然不动者，诚也；感而遂通者，神也；动而未形、有无之间者，几也。诚精故明，神应故妙，几微故幽。诚、神、几曰圣人。”又说：“诚无为，几善恶。”（《通书·圣第四章》）
王时槐借用了《周易》“研几”这个概念。他认为性属形而上，所以无法用功夫，必须在性显露处着力。按他的说法，性在于觉解，而修须在后天，修后天是悟先天的前提，他说：
性先天也。独几一萌，便属后天，后天不能无习气之隐伏。习气不尽，终为性之障，故必慎之。至于习气销尽，而后为悟之实际。故真修乃所以成其悟，亦非二事也。（《石经大学略义》，《友庆堂合稿》卷五，第44页）
性贵悟而已，无可措心处，才一拈动，即属染污矣。独为性之用，藏用则形气不用事以复其初，所谓阴必从阳，坤必“东北丧朋”而后有庆，后天而奉天时也。（《石经大学略义》，《友庆堂合稿》卷二，第45页）
这里明确指出，修性必在后天。几又叫独，意即萌发微小，人不知而己独知。此时当慎之，防止习气污染，保持真性莹彻。此即悟先天之功。亦可说克情以复性，亦可说阴（情）必从阳（性）。王时槐也借用周敦颐对诚神几的解释发挥自己的思想，他说：
寂然不动者诚，感而遂通者神，动而未形、有无之间者几，此是描写本心最亲切处。夫心一也，寂其体，感其用，几者体用不二之端倪也。当知几前无别体，几后无别用，只几之一字尽之。希圣者终日乾乾，惟研几为要矣。（《语录》，《明儒学案》第490页）
这是说，心体本寂，寂是心体的本然形态。但心具有感发的功能，它感应无方，神妙莫测，无感时又归于寂，故曰神。几就是在对外部发生感应时，念头方萌未萌，心之感应发而未发之微妙状态，即“体用不二之端倪”。说它是体，已显诸用；说它是用，还不是明确的情识念虑。体由几知，几为体用，研几即慎独。王时槐对“几”与念头的不同，有明确的说明：
问研几之说何如。曰：周子以动而未形、有无之间为几。盖本心常生常寂，不可以有无言，强而名之曰几。几者，微也，言其无声臭而非断灭也。今人以念头初起为几，即未免落第二义，非圣门之所谓几矣。（《语录》，《友庆堂合稿》卷四，第27页）
性廓然无际，生几者，性之呈露处也。性无可致力，善学者惟研几。研几者，非于念头萌动辨别邪正之谓也，此几生而无生，至微至密，非有非无。惟“绵绵若存”，“退藏于密”，庶其近之矣。（《静摄寤言》，《友庆堂合稿》卷五，第15页）
这两条中，都不以念头初起，意向萌动处为几。第一条以本心之无声无息而亦并不断灭顽空为几，第二条以性之呈露而至微至密非有非无时为几。这与前引“几善恶”，以念头萌动有善恶可分时定义“几”是不同的。从此处看，王时槐的“几”大致与他所谓“意”字相近。他的“研几”，即诚意。王时槐明确说先天无所用力处，研几必在后天。在王时槐，后天有二，一曰意，一曰念。性、意、念三者的关系是：“性，无为者也，性之用为神；神密，密常生谓之意；意之灵体谓之识，以其动谓之念。意、识、念，名三而实一，总谓之神也。”（《潜思札记》，《明儒学案》第485页）
此处所言之“神”即今所谓精神。神是性本体的作用。神是一个多层次的概念，它具有精妙难测的性质，故曰“密”。性体神用，性之生生不息，谓之意。意有两个方面，从它本质上是一种精神活动，具有灵明的性质言，谓其为识体，从它的活动表现为念头来说，谓其为念。意已是后天，但形气未染着。这一点可以同他所谓“良知”相比拟。他说：
夫知者，先天之发窍也。谓之发窍，则已属后天矣。虽属后天，而形气不足以干之。故知之一字，内不倚于空虚，外不堕于形气，此孔门之所谓中也。末世学者往往以堕于形气之灵识为知，此圣学之所以滋晦也。（《答朱易庵》，《友庆堂合稿》卷一，第4页）
王时槐所谓“意”，正是后天而气质未染着时，即前所说“生生之真机”，念头为其标末。他的“研几”，不是在意已成念头，有善恶分辨，然后去省察、克治。他的研几，实是识取此“意”，保任此“意”。研几之“研”，不是研磨之研，不是后天分辨考索、为善去恶的活动，而是一种十分精微的意思。他的“研几”功夫不同于王龙溪的径任先天，也不同于钱德洪的实事上为善去恶，而是认取发自性的一点生生真机。就此点说，他的研几也可以说即“透性”。此透，乃“透出重围”之透，透性即本性自发地、微细地透出形而上范畴而为生生之真机之意。透性重在说性显为意，研几重在说现实地认取、把握此意。研几又可以称为慎独，此独即生生之真机，即意；慎的功夫，即“研”。如此，则可以理解王时槐对两种功夫路向的反对：既反对罗洪先在本体上用功的归寂之学，认为这是叠床架屋；又反对钱德洪在念头形成后省察克治，认为这已落第二义，非最上乘。
王时槐的透性、研几说的真意，也可以在他的知行观上看出来。
王时槐关于知行的论说极少，但却是他的透性研几说的合乎逻辑的发展：
问知行之辩，曰：本心之真明即知也，本心之真明贯彻于念虑事为无少昏蔽，即行也。知者体，行者用，非可离而为二也。（《语录》，《友庆堂合稿》卷四，第17页）
此处所谓“真明”，实即王时槐所说的良知，它是道德意识的自觉，故谓之“知”。“本心之真明即知”，是说“知”是本心已具的性的透出，将这种道德意识贯彻于具体的念虑事为，即行。这主要是一种道德活动而不是知识活动。另外，在王时槐的思想中，知行不可离而为二，不是“待知得真了再去行”，而是说，每一行为就是一知行合一体，在这知行合一体中，道德理性、道德意识的自觉是知，据此知发生的行为，包括念虑思维皆是行。从体用关系上说，知是体，行是用，前者的价值和作用高于后者。每一具体行为都是道德意志的实现。
王时槐的知行学说，与王阳明的“致良知”非常接近。王阳明的致良知，即“推致吾心良知所知之善于事事物物”。而阳明所谓“事事物物”，皆“意之所在”，即意念所涉的对象。阳明之“意”字，不同于王时槐，意即意念。王时槐同意阳明以物为意之所在，他说：
阳明先生以意之所在为物，此义最精。盖一念未萌，则万境俱寂，念之所涉，境则随生。……故意之所在为物。此“物”非内非外，是本心之影也。（《语录》，《友庆堂合稿》卷四，第8页）
此所谓物，不离主体的意识，不离道德理性的指向，故曰“本心之影”，并且无法分其内外。按王时槐的这一说法，与自己的道德理性发生交涉的，意之所在的，才是所应格之物。所以他又说：“盈天地间皆物也，何以格之？惟以意之所在为物，则格物之功非逐外亦非离物也，至博而至约矣。”（《语录》，《友庆堂合稿》卷四，第8页）
所谓逐外，即道德理性为知识理性的纯知解活动所掩；所谓离物，即空守此道德理性不使其施于具体活动，皆偏于一隅。王时槐的格物说和知行说与他的透性研几说相关，是透性研几说的引申。
王时槐在阳明殁后数十年，独标透性研几说，力图克服聂豹、罗洪先早期偏于静、偏于功夫忽略本体的偏颇，还王学本体功夫浑然一体，先天后天不可偏废的本来面目。他的学说，涵摄面广而具体概念的分析精，在深刻与全面方面超过江右余子。他的学说对刘宗周产生了较大的影响。王时槐是王门学者中富于理论创造、能光大王学的人物。他的独特学说，是王学发展中一个不容忽视的环节。