国务院尽管也设立不同层级的会议，有议事制度，但国务院的工作，总理具有最后决策权。尽管《国务院组织法》规定：国务院工作中的重大问题，必须经国务院全体会议或常务会议讨论决定，但由于该法没有具体规定“讨论”与最终决策之间的关系，因此在实行总理负责制的情况下，国务院的会议本质上不具有决策功能，而是咨询和协商机构，因此总理的决策权不受会议的影响，国务院会议所形成的多数对总理的决策没有限制性的影响。
4．任免国务院组成人员及其他国务院工作人员的提名权
总理有权向全国人大及其常委会提出副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长等国务院组成人员的任免人选。
5．决定、命令、行政法规和议案的签署权
国务院发布的决定、命令和行政法规，向全国人大及其常委会提出的议案，任免行政人员，须由总理签署，才具法律效力。
二、会议制度
宪法和法律在规定国务院实行总理负责制的同时，也规定了国务院的会议制度，
规定重大问题必须经过会议讨论，但法律并没有说明国务院会议的权限范围：即当国
务院各种会议在重大问题上所达成的意见与总理个人的意见之间的关系，特别是当两
者不一致的时候，如何确定会议的地位。
现行法律为什么在规定国务院实行总理负责制的同时，又专门提出国务院各种会
议的设置，法律本身并没有明确、合逻辑的解释。可能的原因是：其一，民主集中制
的原则在形式上必须得到遵守，特别是在实行首长负责制的机关，其二，在1982年
宪法明确规定实行总理负责制以前的大部分时间里，国务院实行的是委员会制，委员
会制的主要机构和活动机制是各种各样的会议。在委员会制下，国务院组成人员与总
理共同承担国务院的领导职责，共同决策、共同负责，因此现行法律在一定程度上仍
然沿袭了过去制度对国务院各种会议的规定。不难看出，由于目前法律没有明确规定
国务院各种会议的政治和行政地位，使会议制度的存在与总理负责制在制度上存在某
些滞隘难通的地方，因此国务院的领导体制至少在目前还不是特别清楚、特别合逻辑
的。当然，如果把目前法律所规定的国务院各种会议视为总理负责制的一种辅助和咨
询机构，问题在很大程度上就可以得到解决，但这些会议如果仅仅是辅助和咨询机构
的话，宪法专门对此加以规定似乎有些小题大做了。
1．国务院全体会议
国务院全体会议由总理、副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、人民银行行长、审计长、秘书长组成，由总理召集和主持。国务院全体会议的主要任务是：(1)讨论决定国务院工作中的重大事项；(2)部署国务院的重要工作；(3)通报国内外形势。国务院全体会议一般每半年召开一次，根据需要可安排有关部门、单位负责人列席会议。
从上表可以看出，国务院常务会议一般在每年一月人大年会召开前相对固定召开：用以讨论即将提请全国人大会议审议的《政府工作报告（征求意见稿）》，似乎已成惯例。其余六次会议，从会议内容和议题看，一次是国务院组成时的会议（决定分工等事项），四次是任免港澳特别行政区行政长官人选（第四、六、七、十次）（这几次会议都没有任何公开的其他议题），一次是针对“非典”特大突发事件的。
因此，就其公布的信息分析，国务院全体会议并没有完全实现其基本功能（讨论决定国务院工作中的重大事项、部署国务院的重要工作、通报国内外形势），也没有完全做到每半年召开一次，而更多的是程序性、仪式性地发布、合法化一些具有特定意义和影响的文件和决定的会议形式。
2．国务院常务会议
国务院常务会议由总理、副总理、国务委员、秘书长组成，由总理召集和主持。国务院常务会议的主要任务是：(1)讨论决定国务院工作中的重要事项；(2)讨论法律草案、审议行政法规草案；(3)通报和讨论国务院其他事项。国务院常务会议一般每周召开一次，如有需要可临时召开。根据需要可安排有关部门、单位负责人列席会议。
从2007年召开的国务院常务会议所公布的主要议题看，国务院常务会议大多用以讨论、制定法律法规，听取重要事件、重大问题的汇报，决定、部署和实施一些行政措施。与国务院全体会议相比，常务会议会期密集、内容具体丰满，是国务院行使权力的重要作用形式。
3．会议制度
国务院全体会议、常务会议开会有一定之规。按照2004年10月26日第二次修订通过的《国务院工作规则》的规定，各相关部门、单位凡准备提请国务院全体会议和国务院常务会议讨论的议题，须由国务院分管领导协调或审核后提出，报总理确定；会议文件由总理批印。国务院全体会议和国务院常务会议的组织工作由国务院办公厅负责，文件和议题于会前送达与会者。国务院领导不能出席国务院全体会议或国务院常务会议，须向总理请假；如对议题有意见或建议，可在会前提出；国务院全体会议和国务院常务会议的纪要，由总理签发；会议讨论决定的事项，宜于公开的，应及时报道，但新闻稿须经秘书长或有关副秘书长审定；如有需要，还须报总理审定后才能发布。
三、国务院的组成
国务院由总理、副总理若干人、国务委员若干人、各部部长、各委员会主任、审计长和秘书长组成。
国务院每届任期同全国人民代表大会每届任期相同，均为5年。
总理、副总理、国务委员连续任职不得超过两届。
副总理、国务委员会、秘书长、各部部长、各委员会主任、审计长，对总理负责。
1．国务院总理
国务院总理的人选只能由中华人民共和国主席提名，由全国人民代表大会决定，国家主席任免。
法律没有规定国家主席根据什么样的原则、理由、程序等提出总理人选的；也没有规定等待决定的总理的提名是否是竞争性的，即国家主席的提名是否是唯一的；没有规定全国人大采用什么样的形式来“决定”（只是由每次表决前大会通过的选举办法加以规定，通常是以全体代表过半数为当选，但人大代表不得对在选票上的待表决的总理人选另选他人），也没有规定如果国家主席的提名被全国人大否决，需要经过什么样的程序，再次提出总理人选。
法律没有规定总理的任职资格。从惯例看，总理都是中共第二号或第三号领导人，并且都是全国人大代表。
国务院总理可以由全国人大和国家主席罢免，但法律没有规定罢免总理的基本要件，即在什么情况下、以什么样的理由以及满足什么样的条件可以罢免总理。其次，由于国家主席通常只是根据全国人大的决定而签署和公布有关的决定和法律，因此国家主席在总理的罢免过程中实际上只起公布的作用；但又由于总理并不是经过普通选举程序产生的，而主要是由国家主席提名，并由全国人大决定的，所以国家主席对总理的罢免应当负有不小于全国人大的义务，而并不仅仅是程序性、形式上的。因此全国人大和国家主席在总理罢免问题上的权力分配需要进一步厘清：当全国人大通过罢免案时，国家主席是否必须签署和公布？当国家主席拒绝签署和公布时，总理罢免案是否仍然具有法律效力？此外，由于全国人大并不是一个常设机构，每年只有为期甚短的会期，因此全国人大对总理的罢免案比较难以操作。因此，可以认为，现行宪法和法律没有为罢免总理设置适当的渠道，说明立法者在立法意图上基本上没有考虑到总理罢免问题。
宪法和法律也没有规定总理的辞职程序和基本要件，即没有规定总理在什么样的情况下应当通过辞职的形式来实现国务院总理对全国人大的责任。由于实行总理负责制，所以在总理和国务院所管辖的事务、在总理和全国人大之间会形成一种复杂的关系，如总理提出的国家预算，既反映了总理对国家经济事务的设想，又为全国人大提供了一个具体观察和估计总理施政状况的情境，因此当预算案被全国人大否决时，不仅意味着总理将无法按照自己的设想来安排国家的经济事务，而且也意味着全国人大对总理工作意图的否定。那么在这种情况下，全国人大和总理之间的责任关系已经不存在了：总理所愿意对全国人大承担的责任被全国人大否决，而全国人大所希望总理承担的责任，总理则不能够提供。在这种情况下，总理是否应当辞职？此外，辞职也是总理政治责任和职业精神的体现；更是总理负责制的最终保障，如果没有辞职为最后的保障，总理负责制可能不会得到根本的实现。
2．国务院副总理和国务委员
副总理、国务委员是全国人大根据国务院总理的提名决定任命的。
国务院副总理协助总理工作。
国务委员受总理或国务院常务会议的委托，负责某些方面的工作或重大的专项任务，并且可以代表国务院进行外事活动。
宪法和法律没有具体规定副总理和国务委员的名额。
由于国务院机构庞大、事务众多，副总理实际上协助总理负责某一或某些方面的工作，具体分管某一或某些部、委、机构的事务，形成事实上的介于总理和各个部、委、机构间的层次。
由于国务委员受总理或国务院常务会议的委托，可以负责某些方面的工作或重大的专项任务，同时宪法和法律又没有明确规定副总理的职责，仅仅规定副总理协助总理工作，所以国务委员和副总理之间的权力和工作关系是不清晰的：或者国务委员就是副总理，可以受总理或国务院常务会议的委托承担具体方面的职责，或者国务委员尽管与副总理的行政级别是相同的，但他们之间实际上却存在着领导和被领导的关系。
由于在国务院总理、副总理和国务委员、各个部委机构之间存在着多层领导关系，所以总理和构成了国务院组成单位的各部、委、机构之间的联系是间接的，总理与部、委间的多层次间接联系关系，会在一定程度上影响到总理负责制的实现。
3．各部部长、各委员会主任、秘书长和审计长
全国人大根据国务院总理的提名，决定各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；全国人大常委会在全国人民代表大会闭会期间，根据国务院总理的提名，决定部长、委员会主任、审计长、秘书长的人选。
国务院秘书长是国务院办公厅的首长，办公厅协助国务院领导处理国务院日常工作。
审计长负责国家财政和财务收支活动的监督工作，在总理领导下，主管全国的审计工作；对中央预算执行情况进行审计监督，向国务院总理提出审计结果报告。
国务院各部、各委员会实行部长、主任负责制。
各部门首长领导本部门的工作，召集和主持部务会议、委员会会议、委务会议；签署上报国务院和上级政府的重要报告和下达的命令、指示。
各部设部长一人，副部长二至四人。各委员会设主任一人，副主任二至四人，委员五至十人。
（第三节 国务院的主要机构和职责
一、国务院的机构
1．国务院机构的类型
国务院行政机构根据职能分为国务院办公厅、国务院组成部门、国务院特设直属机构、国务院直属机构、国务院办事机构、国务院直属事业单位、国务院组成部门管理的国家行政机构以及国务院议事协调机构和临时机构。
国务院办公厅协助国务院领导处理国务院日常工作。
国务院组成部门依法分别履行国务院基本的行政管理职能。国务院组成部门包括办公厅、各部、各委员会、中国人民银行和审计署。国务院组成部门是国务院机构的主体，能够相对独立地行使特定方面的国家行政权力，领导和管理相应的行政事务，有权在本部门的权限范围内发布命令、指示和规章。2008年3月15日，十一届全国人大一次会议通过了关于国务院机构改革方案的决定。国务院除办公厅外，设置组成部门27个：外交部、国防部、国家发展和改革委员会、教育部、科学技术部、工业和信息化部、国家民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、财政部、人力资源和社会保障部、国土资源部、环境保护部、住房和城乡建设部、交通运输部、铁道部、水利部、农业部、商务部、文化部、卫生部、国家人口和计划生育委员会、中国人民银行、审计署。其中，教育部对外保留国家语言文字工作委员会名义：监察部与中共中央纪检委机关合署办公，机构列入国务院序列，编制列入中共中央直属机构序列。
国务院特设直属机构。2003年国务院机构改革，设立“国务院国有资产监督管理委员会”。国资委不同于一般行政机构，也不同于一般的企事业单位，具有特殊性质，被确定为国务院直属的正部级特设机构。国务院直属机构主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能，可以在其权限范围内发布行政规定、行政措施和规范性文件。大多数国务院直属机构都冠以“国家”字样（中华人民共和国海关总署、国务院参事室、国务院机关事务管理局3个机构除外）。国务院直属机构的设置与撤销由国务院决定，其负责人由国务院任免。其中，称为“总局”的，一般为正部级机构，其他为副部级机构。有些系统实行中央垂直管理，如国家税务、海关等工作系统。国务院直属机构目前有16个：海关总署、国家税务总局、国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家广播电影电视总局、国家新闻出版总署、国家体育总局、国家安全生产监督管理总局（2005年2月，国务院决定将原来的国家安全生产监督管理局调整为国家安全生产监督管理总局，规格为正部级，为国务院直属机构；同时单设国家煤矿安全监察局，为副部级机构，作为国家安全生产监督管理总局管理的国家局）、国家统计局、国家林业局、国家知识产权局、国家旅游局、国家宗教事务局、国务院参事室、国务院机关事务管理局、中国国家预防腐败局（国家预防腐败局于2007年9月13日宣布成立，列入国务院直属机构序列）。