百菌清是一种高效、低毒、低残留的广谱性杀菌剂，主要起保护作用，对有些病害也有治疗作用。化学性质稳定，在酸性和碱性条件下不易分解，无腐蚀作用。百菌清在植物表面有良好的粘着性，不易受雨水等冲刷。因此，药效期较长。
用于防治苹果白粉病、炭疽病、轮纹病、葡萄白粉病、霜霉病、炭疽病、黑痘病；桃缩叶病、炭疽病、疮痂病、穿孔病；草莓灰霉病、叶枯病等，在发病初期，喷洒75％百菌清可湿性粉剂1 000倍液。梨、柿树对百菌清敏感，不宜使用。
桃、梅、苹果在浓度高时也会产生药害，应严格控制用药浓度。苹果幼果期不宜用此药，因易产生锈斑，影响果品质量，特别是金帅等品种。