天主教后来跟总理衙门进行交涉，争取了一项特权，就是农村求神演戏的时候，信教的群众可以不出戏份儿。我们现在还不太清楚，为什么天主教要为教民争取这样的权益。不过，教民不出戏份还想看戏，这就在无形中加剧了普通百姓和教民之间的隔阂和矛盾。一开始，大伙儿可能还只是给你一个白眼什么的，不至于产生什么大的纷争，乡里乡亲的嘛。但有的时候求神演戏有很强的功利性目的，比如求雨。天旱了就要请戏班子来给龙王演戏，大家也都会跑过来蹭戏。演完之后不下雨还好说，但根据史书记载，常常戏演完就下雨了。现在我们的科学解释肯定认为这是赶巧了，但当时人不会这么看的。他们是这么想的：我们找来了戏班子，出了戏份子，然后给龙王演了戏，所以雨才能求下来。但那雨肯定也润泽了那些没出戏份子的教民家的地，而不是只下在出了戏份子的百姓家的地里。在这个时候，普通老百姓就会有很大怨气了，认为这个便宜教民占大了。仅仅蹭戏还好，但这一场雨该有多值钱啊。这一原因往往也会激化某些冲突。
还有就是习俗和风俗等问题。一堆男女一直在一间密闭的屋子里活动，老百姓对此的想象力是很丰富的。教民会说他们在念经、谈体会、过组织生活，但老百姓肯定不这么认为，什么组织生活，肯定就是乱搞男女关系。天主教的七项圣事中有一项是告解，就是密室忏悔。做告解是不分男女的，一个传教士（一般是男的）在里面，男信徒可以去忏悔，女信徒也可以去。男的还好说，女的进去后，小黑屋一关，你想想看，这种事在中国传统社会能激发起人们多么丰富的联想。当时，性意识是被高度压抑的，所以老百姓的想象力进入了另一个极端，在有关性的联想上有很强的跃进能力。就像鲁迅先生说的那样，“一见短袖子，立刻想到白胳膊，立刻想到全裸体，立刻想到生殖器，立刻想到性交，立刻想到杂交，立刻想到私生子。中国人的想象惟在这一层能够如此跃进”。
所以当时很多人都猜测天主教教徒在教堂里乱伦、群交。即使就现代人看，这种派对也只有很前卫的人才做得出来，但当时人们都认为天主教天天举行这种派对，这就很麻烦了。如果某两户人家订了娃娃亲，但是正式娶亲时突然发现女方家里居然已经信教了，这时男方娶不娶呢？不娶的话，家里花的那么多钱估计就要打水漂了，过去娶媳妇是很花钱的，就跟买媳妇差不多；但要说娶吧，一想起老婆是信教的，天天去教堂，一听就像是主动给自己戴绿帽子一样，这就会让人很崩溃啊。而这种冲突在当时是很常见的。
此外，虽然天主教的教义具有很强的排他性，但它也带来了一些新东西，比如办了一些学校，引进了许多先进仪器，教会通过这些来对乡民们普及知识和思想。这事儿尤其让地方的士人和乡绅觉得痛苦，因为他们原本可以垄断这些知识，在以前，老百姓都会听他们的，没人会来挑战或质疑他们对儒家道德伦理这一套赖以安身立命的经典的解释。但现在来了另一批人，他们所讲的道理跟你讲的不一样，虽然老百姓可能觉得无所谓——老百姓还真不见得会在意这些变化——但是士绅们发现，天主教讲的内容与他们不同，却也很有道理。这就让他们很难受，因为以前只有他们才有资格垄断对乡民的教化作用，知识是由他们这一批人来主持传播的，现在有人意图取代他们的位置，他们能不急吗？
其实，当时虽然有很多中国人信教，但这并不说明他们真的懂了许多的基督教教义，《圣经》他们大多也没看过。但是，天主教为他们生活的某些方面的确带来了实效。比如天主教的传教士大多也同时是医生，他们能治病，那个时候有些病中医治不好，但西医可以治。治好了村民的病，可能他们就会信教了。有时候还会出现整村人一起受洗的情形，这一般是因为这个村几个着名的乡绅或者宗族族长得病了，中医治不好，奄奄一息，家人没办法，病急乱投医，就想到让西医治一下。当时西医刚来华，传播还不广，有些中医难以解决的问题还真的被西医解决了。甚至有很多传教士留下记载，说中国人很神，有时候传教士在给中国人做手术时，都没有用什么消毒的药水，划开病人的肚子后，就用很简易的工具把坏死的器官什么的处理掉，然后缝上，结果还真好了，而且还没感染，的确够神奇的。我们现在常常听到的说法是，西医治不好的破烂病，让中医治，可能中医一治就能治好了，那是因为现在是西医当家。当时还是中医当家，所以西医来了以后，常常会出现“神迹”。而只要村里的乡绅或者族长受洗了，全村人可能就会跟着信，成为一个教民村。
除此以外，当时的天主教还能够驱魔。现在的天主教仍有这一功能，梵蒂冈等地的一些神学院还在教授驱魔的一整套技术。中国农村当时经常有（其实现在也有）这样的事，就是一个孩子突然中邪了。过去巫医不分，土医生也可以弄点小偏方捉个鬼，有时候就能把人治好。但也有时候就不灵了，这时只有求助于天主教教士了。那些人念念经，驱驱邪，有时候还真能把人治好，这种事情现在也有，至于说为什么，到现在也搞不清楚。如果天主教能够在这些方面让民众信服，民众也可能会信教的。
本来这些老百姓信教并不是因为虔诚的宗教信心，但是入教以后，天主教教士会对信徒进行洗脑，比如说我们的主是最大的，以前的信仰都不能算数，等等。于是慢慢地，就会有人从信观音发展到信圣母，但是他们头脑中对圣母的印象可能还是原来那个观音的形象。我看到了很多记载这类事情的材料，许多信徒都说梦见过圣母，但他们梦醒后描述出来的形象是白衣观音，他心里觉得这就是圣母。这样就会形成潜在的冲突。也就是说，这种本土宗教信仰和外来宗教在教民身上也存在内在紧张。
清朝官府对于民教冲突的态度
在义和团运动之后，清政府再也不管天主教在华的传播了，但是民间的抵抗力仍然存在。直到1949年，全国的天主教教徒不过二百七十万人，加上新教的，也就是三百万人左右。由此也可看出，天主教与乡村传统之间的张力仍然是很大的。不像现在，农村的士绅没有了，儒释道也都没有了，所以天主教以及新教在中国的传播速度就非常快。在当时，宗教传播的主要阻力来自民间，而这种阻力其实又得到了官方的加持。我们后来的一些研究者，包括当时很多士大夫都认为，一旦出现民教冲突，官府总是向着教会。其实这是一个似是而非的说法，因为从每一场记载民教冲突的档案来看，官府在一开始都是向着民方的，而且是无条件地向着民方。官府一开始屁股就坐歪了，根本就不是理性、中立的裁判者，一般都是到最后官司打得不可开交，外国公使干涉进来，甚至派来炮舰，总理衙门也派人来调查之后，官府的态度才被迫翻转过来。所以说，官府并非是死心塌地地向着传教士，恰恰相反，自从教禁开了以后，他们一直有意地培植民间对天主教势力的敌视情绪。
民间也很有意思，他们和天主教的冲突并不见得都是他们的错，其实教会在某些时候也理亏。比如教会的组织很严密，对教民的人身控制很强横，确实也有文化侵略的因素在里面。而且，也不是说这些传教士个个都是正人君子，没有人跟中国妇女发生过苟且之事。这些都是可能存在的，问题是，一旦被发现了就会被中国人无限制地放大。此外，有些传教士是兼搞经营，做些买卖，这样不可避免地会和当地人出现一些经济纠纷。但是，我们必须知道，这些问题其实很难引起什么大冲突。那些大的群体性事件，往往是由一些很荒唐的事情激化的，这些事情在当时使得民众对天主教产生了极端的仇视情绪，进而转向暴力。
比如说，有传言称，传教士常常在终傅之礼上把人的眼睛挖了，或者借做弥撒和做告解之机奸淫妇女，组织群交。此外还有一个谣言的集中关注点就是育婴堂。天主教在中国开设了许多育婴堂，很多嬷嬷都来中国干这件事，他们主要是救助在中国的孤儿。但在那时，一般没人会把孤儿送给他们，所以主要靠他们自己去搜集那些被人遗弃的婴儿。那些刚被扔掉的弃婴还可以救助，有些被扔的时间太长，都快不行了，但只要有一口气，天主教的嬷嬷们就会把他们带回去。这些嬷嬷把弃婴带回去后也很奇怪，她们不是立即组织抢救，而是先进行洗礼，在她们看来，灵魂得救才是最重要的，所以在这些婴儿没死之前，一定先要让他们的灵魂得救。很多弃婴本来就快不行了，被他们这么一折腾，很快就呜呼了。因此，育婴堂的死亡率非常高，但并不能说这些死婴是嬷嬷们害死的，他们要是不被带回来，肯定也会死在外面。中国当时弃婴的现象是非常普遍的，尤其是弃女婴，实在是太多了，中国历史上遗弃女婴简直就是一种代代相传的风尚，太可怕了。
弃婴大量死在郊外的现象本来大家都知道，但是这些弃婴被育婴堂捡回后仍然大量死亡的事实引起了中国人的怀疑。东一个西一个的婴儿死了可能没人管，但搁到育婴堂里一块儿死了，然后还集中掩埋——于是有人就传言，说这些小孩儿是被育婴堂的嬷嬷们害死的。收这么多孩子，肯定有问题。有的说法是嬷嬷们挖小孩子的心肝和眼睛做药。取人眼睛和心肝入药是中国古代的一种说法，一些古代的医书也认为，取小孩子的心肝可以治疗一些疑难杂症。在中国古代，没有什么是不能入药的，所以存在这种说法也很正常，但在西方却很少听说有用人体器官做药的。
很多关于民教纠纷的档案里，都有关于传教士挖人眼睛的记载，这是为什么呢？有中国人对此作出解释，说眼睛可以做成药水，把眼睛制成的药水往铅上一洒，铅就能变成银子了，而且，唯有中国人的眼睛才有这种功效，因为中国人很贪财，所以中国人的眼睛有效，外国人的眼睛无效。这种说法今天看来是很荒唐的，甚至有点污蔑我们民族的意味，但在当时却有很多中国人相信这套说辞。还有的传言说传教士常常把中国人的心肝炼成油，然后插上灯芯去找宝藏。教会在中国找宝藏也是早期盛行的一个流言。怎么找呢？因为中国人的心也特别贪，所以只要地下有宝藏，灯芯上的火苗就会倏地一下钻到地下去了。这怎么可能呢？但大家也都相信，然后传言外国传教士在中国挖了大量的宝藏，所以才会很有钱。