秦始皇所建立的中央集权制，是在消除了几百年来的分封制和封建割据的基础上建立起来的。面对这一新型的政权，那些被消灭的六国贵族以及因循守旧的儒生对它怀有敌意和不满。因此对于旧的传统势力还需要进一步扫除。
（一）扫除割据的残余势力
公元前221年，秦王嬴政灭六国后，将各地的原六国贵族和天下富豪十二万户迁到咸阳，使他们离开原先居住的地区，以消除其政治影响和削弱他们的经济实力，使其丧失复辟反抗的条件和能力，而且将其置于中央集权的直接控制之下，以便监督。
战国时期，为了割据和兼并战争的需要，各诸侯国都修建了坚固的城郭、沿河堤防以及长城作为防御工事。为了巩固中央集权，秦始皇于公元前215年下令拆毁各地城郭、决通川防、消除险阻，尽可能清除各地反动势力赖以进行复辟活动的手段，同时也为了方便水利和交通的建设。六国虽然被消灭了，但是在残余的贵族势力手中，还留有大量武器。在迁徙富豪的同时，秦始皇向民间收缴武器，集中于咸阳进行销毁，铸成十二个重千石的铜人，以此来消除旧贵族的叛乱和防止人民的反抗。
（二）焚书坑儒
焚书坑儒是秦始皇统一六国后为统制思想文化而采取的措施。战国时期，由于社会关系发生激烈变动，学术界呈现出学派林立、百家争鸣的局面。战国末年，诸国由分裂归于统一；与之相应的思想文化也出现了力求兼收并蓄、熔各家学说于一炉的趋势。秦始皇统一六国后，为了打击意识形态领域中的复辟势力和消除隐患，巩固封建国家的权力，强制推行思想文化的统一政策，焚书坑儒就是在这样的历史背景下发生的。
第一，焚书。中国的春秋战国时期（公元前770年—公元前221年）由于社会逐渐进入青铜时代，中国的社会生产力得到了较大的发展，一些平民百姓逐渐从体力劳动中解放出来。人们面对纷乱的社会状况，希望通过思索和钻研前人治世理念寻找到一条可以使社会安定，百姓不再流离失所的救世之路。于是产生了诸多的学派学说，并撰写出无数著作，史称“诸子百家”。
公元前221年，中国历史上第一个大一统的封建集权王朝——秦朝建立。由于当时社会思想文化领域“百家争鸣”，严重阻碍了秦始皇对已征服的原六国民众思想的统一。公元前213年在咸阳宫庆寿宴上，秦朝丞相李斯向秦始皇提出焚毁儒家经典等书籍的建议。他说愚儒“入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤”。因为在宴会上博士淳于越提出应当进行分封，建立诸侯国，如果“事不师古”是不能长久的。秦始皇听后，让群臣各抒己见。李斯则针锋相对地指出，这些博士儒生面对新政权、新制度，提出“不师今而学古”，主张分封，恢复礼治，用儒家经典为依据“以非当世”，散布不利于中央集权的言论，造成了人们思想上的混乱。于是，秦始皇为了统一原六国人民的思想，于当年开始销毁除《秦记》以外的所有六国史书和私藏于民间的《诗》、《书》，一直到公元前206年秦朝灭亡，史称“焚书”（《史记》卷六《秦始皇本纪》：“臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与其同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”）。需要特别注意的是，从李斯的上书可知，当时秦帝国所有的书籍，包括明令烧毁的在内，在政府中都留有完整的备份。朱熹也云：“秦焚书也只是教天下焚之，他朝廷依旧留得；如说‘非秦记及博士所掌者，尽焚之’，则六经之类，他依旧留得，但天下人无有。”
隋朝牛弘提出“五厄”之说，即中国历代焚毁图书的事件，首当其冲即为秦始皇焚书，二是西汉末赤眉起义军入关，三是汉献帝移都，四是刘石乱华，五是魏师入郢。而刘大魁作《焚书辨》也毫不客气地指出：“书之焚，非李斯之罪，实项羽之罪也。”据《史记·项羽本纪》记载，“项羽引兵西屠咸阳，杀秦降王子婴，烧秦宫室，火三月不灭”。秦帝国的珍贵藏书，就此付之一炬。可怜唐、虞、三代之法制，古圣先贤之微言，最终只化为一片焦土而已。
秦始皇焚书，是中国古代历史上第一次大规模地对古代文献典籍的摧残，也是中国文化史上的第一次大浩劫。
第二，坑儒。在焚书开始的第二年，即公元前212年，秦始皇在当时秦朝首都咸阳将四百六十余名术士坑杀，即为所谓的“坑儒”。
这件事是由两个术士的畏罪逃亡引起的。原来，秦始皇十分迷信方术和方术之士，以为他们可以为自己找到神仙、真人，求得长生不老之药。他甚至宣称：“吾慕真人，自谓‘真人’，不称‘朕’。”而一些方士，如侯生、卢生之徒，也投其所好，极力诳称自己与神相通，可以得到奇药妙方。但时间一长，他们的许诺和种种奇谈总是毫无应验，骗局即将被戳穿。秦始皇为了急于得到仙药，开始了“微行”，而且其行止也不让外人知道。当他巡幸咸阳旁的宫殿区和巡幸梁山宫室时，发现有人知道他的行踪，于是他认为是侍臣等传出去的，因而将身边的人都杀掉。而卢生则借此与方士侯生相互为谋，指责秦始皇“刚愎自用”，反对他的集权统治，“天下之事无小大皆决于上”。反对他的法治，“专任狱吏”，而“博士岁七十人”和掌“候星气者”的方士三百人均不被重用。
同时二人也知道仙药无从得到，最后必将被绳之以法。因为秦法规定：“不得兼方，不验，辄死。”因此，侯生、卢生密谋逃亡，在逃亡之前，还说秦始皇刚愎自用“专任狱吏”“贪于权势，未可为之求仙药”。始皇知道后大怒道：“卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，是重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”遂下令拷问咸阳四百多名术士，欲寻侯生、卢生。事后，将相关四百六十名术士全部坑杀。这一事件，后世往往和焚书并列，合称为“焚书坑儒”。但究其原委，所谓坑儒，本只是对良莠不齐的术士队伍的一次肃清而已。当然不能说被杀的四百六十余人中没有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可以推知，被杀的主体应该是方士，而被杀的原因更与儒家的政治主张和学派观点无关。所以即使被杀者有儒生，也并非因其为儒生而得。司马迁在《史记·儒林列传》中也有明言：“及至秦之季世，焚《诗》、《书》，坑术士。”
除了坑杀在咸阳的四百六十余人外。同时还谪迁了一批人至北方边地。事情发生后，始皇长子扶苏进谏道：“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。”始皇不仅怒而不听，还使扶苏离开咸阳，北监蒙恬于上郡。
（三）统一各种制度
战国时期，各国的文字、货币以及计量单位都不一致。秦始皇统一中国后，为了消除由于长期封建割据所造成的差异，促进统一后的发展，于是他以秦制为标准，整齐划一地统一了全国各地区的政治、经济、文化等方面的制度。
第一，统一文字。殷商以来，文字逐渐普及。作为官方文字的金文，形制比较一致。但是到了春秋战国时期，由于诸侯割据，各国文字存在着区域差异，而这种差异也妨碍了各地经济、文化和学术的交流和发展，同时也影响了中央政府政策法令的有效推行。于是，秦统一中原后，秦始皇下令李斯等人进行文字的整理、统一工作。