很明显，林彪此时完全赞同了毛泽东的部署，而且认为打锦州也是“完全有把握”了。林彪能有如此变化是很不容易的，是毛泽东和中央军委反复耐心做工作的积极成果。在这段时间，毛泽东给林彪的电报，有的资料说是“70多封”，有的资料说是“83封”；林彪给毛泽东的电报，大体相当。
林彪对东北野战军的主力部队做了决战初期的部署：三纵、四纵、七纵、八纵、九纵、十一纵、二纵五师、炮纵、冀察热辽军区的几个独立师和骑兵师，共同向北宁线的锦州至唐山段出击，斩断东北和华北敌人之间的联系；一纵、十纵、二纵主力在沈阳西边的彰武、新立屯地区布防，准备打击沈阳可能出来援救锦州方向的敌人；五纵、六纵布置在沈阳和长春之间，阻止沈阳之敌出援长春，同时准备阻止长春之敌可能的突围。十二纵和5个独立师在第一兵团司令员萧劲光和政委萧华的指挥下继续围困长春。
11948年9月12日，东北野战军的二纵、三纵、六纵、炮纵等部队在四平、梅河口等车站秘密登车，向西南开去。他们是东北野战军从北边南下的第一批大部队。9天之内，连续有64次全部由加锁的棚车组成的军列秘密开出，将我军10万主力部队送到阜新等地。由于我军的精心组织，保密工作相当出色，连沿途的铁路员工都不知道车中装的是什么，国民党的情报机构当然未能察觉。当我军突然有大量主力出现在北宁线战场上时，敌人竟然一无所知。
六、蒋介石在两难之中
毛泽东和林彪在反复争论东北该怎么打，最后统一了意见，形成了方案，战役即将打响。
蒋介石和卫立煌也在反复争论，不过他们争论与上述的争论不同，他们争论的是东北该怎么守。最后是争论无法统一，永远处于两难之中。
我东北野战军的力量日益强大，必将对在东北的国民党军队发起更为强大的进攻，这一点在国民党的军政人员中，是谁也不会怀疑的。在这一问题上，蒋介石集团没有分歧。但是，如何对付目前的局面，他们的分歧很大，一些人主张守，一些人主张撤。主张守的，当然是在以“为党国效忠”之类的言辞来为可能打败的后果作掩护，这类言论很容易听到。主张撤的，则因可能受到胆小怕死之类的指责，所以很少有人敢于公开说出来。不过也有人敢说，但不是国民党的大员，而是比国民党的大员更有权威的美军驻华顾问团团长巴大维，他在1948年3月正式向蒋介石提出建议，应当放弃东北，主力部队从东北撤出来。他说：
“深信继续固守被孤立的满洲城市是徒劳无益的。沈阳和长春两座孤城不能永无止境地由空运供给。”
对于这种意见，蒋介石当然是经过了认真考虑的，他也明白这种意见的充分合理性。不过对蒋介石来说，这个在军事家眼中完全正确的意见，在政治策略上却是难以接受的。因为在当时有几种政治因素在强烈地影响着蒋介石的决策：
（一）蒋介石正在忙于召开“国民大会”，忙于“行宪”，他要实现他的“中华民国总统”梦。无论是在中国人面前，还是在他看来更为重要的美国人面前，他都要保持一个有权威、有能力、有把握、有信心的形象。这时美国已经出现了中国“需要有感召力的领袖，而这似乎是蒋委员长所不能做到的”的议论。在这种情况下，他要想继续在中国保持独裁者的地位，要能顺利当上总统，就一定不能放弃东北。
（二）美国的大选即将开始，这对蒋介石也有很大影响。几年来美国的杜鲁门政府虽然给了蒋介石不少援助，但是杜鲁门政府对蒋介石有很多不满，经常对蒋介石有所指责并发出了若干让蒋介石感到难堪的指令。为此，蒋介石派出以陈立夫为首的“道德重整委员会”到美国花了很大力气在各界展开活动，希望民主党的杜鲁门政府下台，共和党的候选人杜威能够上台。他如果在这时放弃东北，无论是杜鲁门留任还是杜威上台，对他都没有任何好处。
（三）从军事上看，如果放弃东北，东北野战军的几十万大军必然入关，这对关内战场就是一个极大的压力，让华北和中原告急。而如果东北只要沈阳、长春能守住，就可以拖住几十万东北野战军入关。
正是从上述考虑出发，蒋介石是无论如何也得在一段时期内守住沈阳和长春，能拖多久就拖多久。但是他也很清楚，东北野战军真要大打起来，东北是守不住的，他已陷在东北的若干精锐迟早是要完蛋的，所以他又时时在设法要保住他在军事力量上的这一点本钱。因此，在对东北战局的指挥上，只要有可能，他就想法把他的主力部队往华北靠，往华北调。总而言之，蒋介石在对东北战局的考虑上已经陷入欲守不能，欲撤不可的两难境地。
作为国民党政府在东北的最高军政长官，卫立煌的考虑与蒋介石相同又不相同。相同者，是从总体考虑上说，都认为东北不能撤，要守。
如果没有这点共识，蒋介石也就不会让他来负此重任。但是在不少的具体问题上，两人却有不小的分歧。首先，卫立煌无论如何也不愿把军队撤入关内。作为国民党的为数不多的二级上将，由于蒋介石长期不让他带兵，他当了多年只有高位而没有实力的光杆司令。现在好不容易在东北有兵有权，他不愿意轻易放弃。其次，蒋介石为了让东北野战军不能入关，也为了他的主力部队在危急时能够退回关内，一直主张把东北的国民党军队主力撤到锦州地区，这样就可攻可守，既便于海上补给也便于从海上或陆上撤退。而卫立煌不同意这种安排。一来他怕在部队移动时被东北野战军吃掉或者打烂，二来他怕万一驻在锦州地区的部队在打不赢时退进关去，他既要丧失手中的一切权力，又要替蒋介石背丢失东北的黑锅。所以他主张在东北的三个点，即沈阳、长春、锦州都要守。
宁肯保守、慎重，决不冒什么风险。而主力必须放在沈阳，由他掌握，由他调动指挥。
除了对于东北战局的总体考虑有所分歧之外，蒋介石和卫立煌之间的个人关系也很不正常。蒋介石是在实在找不出更合适的人选的情况下把卫立煌推上去的。卫立煌是在自己赋闲已久而东北的烂摊子又无人敢接的情况下，硬着头皮去收拾残局的。蒋对卫并不完全相信，在内心深处是把卫视作嫡系中的非嫡系（此中关键在于卫立煌不是黄埔出身），不放心，经常都是越过卫立煌直接指挥有关的兵团甚至直接指挥有关的军和师，让卫立煌这个总司令无所适从，形同虚设。卫立煌更不相信蒋介石，知道蒋并不信任他，而且到了必要时就会把他抛出来当替罪羊或者当替死鬼，所以处处都不愿按蒋介石的意见办。卫立煌到东北之后，蒋介石到过沈阳，蒋介石派顾祝同等人来过沈阳，几次命令卫立煌去过南京，可就是谈不到一块。有的事甚至到了要不办大家都不办的地步。
例如，卫立煌通过他与美国的关系，使美国同意了把援助东北蒋军10个师的美式装备直接运到营口，由东北“剿总”接收。而蒋介石知道后却认为是卫立煌越权，坚决不准，要求必须先运到南京，由南京来安排。
这事闹得很僵，美国顾问团团长巴大维怕这些装备被南京方面贪污盗卖或移作他用（美国所以愿意援助国民党军的主要目的，是想用国民党的兵力来对付苏联的扩张），但又不便让几方闹翻，拖来拖去，推来推去，这批装备结果一直也未能运到中国来。
蒋介石和卫立煌的这种分歧，从卫立煌到东北开始，至他在东北彻底失败一直存在，两人处在矛盾摩擦之中。在以后若干事态发展中，我们一直可以明显地看得出来，正是这种矛盾摩擦，促成了国民党军队在东北的惨败。
七、大决战在北宁线打响
根据林彪的命令，驻在冀察热辽地区的东北野战军十一纵和冀察热辽军区的部队，在东北野战军第二兵团司令员程子华、政委黄克诚的指挥下于9月12日打响了大决战的第一枪。他们的任务是切断从北平到沈阳的铁路北宁线，因为北宁线是联系东北与内地的最重要的交通线，是东北敌军的输血管。十一纵司令员贺晋年和政委陈仁麒率领着自己的部队和独立四师、六师、八师分割并攻占了北宁线上的昌黎、北戴河、沙后所、绥中等地，完全切断了北宁线，扫清了滦河以东至北戴河一线各个据点的敌人，为东北野战军关门打狗创造了有利条件。
紧接着，四纵从台安出发，九纵从北镇出发，插向锦州和义县之间，包围了锦州以北最重要的据点义县。当火车将南下部队运抵阜新之后，三纵和二纵五师立即接替了对义县的包围。四纵向南攻克了兴城，七纵占领了高桥、西海口和塔山，切断了锦州和锦西的联系。九纵则攻占了锦州外围的重要据点白老虎屯、帽儿山、亮甲山和紫荆山，完成了对锦州的包围和对北宁线各据点的分割。上述战斗，总共用了半个月时间。
在各路大军开进和作战之中的9月24日，东北野战军总部向各纵队下达了战斗命令：
此次攻打锦州和打援战役带有全东北的决战性质。盼鼓励全军指战员以空前的决心和勇气来进行这一大战，不顾任何疲劳与伤亡，准备死打硬拼，指挥员认真掌握战术原则，把全军士气动员高涨起来，坚决反对对我军强大兵力火力估计不足的右倾情绪和看不到全国对我有利的总形势，反对疲沓散漫，反对不坚决执行命令等，以争取这一大战的胜利。
同一天，东北野战军总部又给中央军委发出电报，其中说：
锦州战役，可能演化成全东北之大决战，可能造成收复锦州、长春和大量歼灭沈阳出援之敌的结果。我们将极力争取这一胜利。已动员军队不怕伤亡，不怕疲劳，准备进行大恶战。
当我军完成对锦州周围的包围之后，林彪将锦州守敌的情况向中央作了报告：锦州总共有8个师，主力是敌九十三军和四十九军；锦西有4个师，主力是敌五十四军。报告说：“我们已决定先攻锦州再打锦西”。
驻守锦州的范汉杰一直不知道我军主力在向锦州实施包围。当我军已经攻占了锦州周围的几个据点之后，范汉杰派军队去收复帽儿山、白老虎屯、亮甲山，原来守据点的有一个师，又派去一个师，两个师都被我军打得丢盔卸甲，逃回城来。他这才知道我军主力已经包围了锦州，才明白我军的打击方向是锦州。