普京强调应当在俄罗斯建立强有力的国家政权体系，即建立一个民主、法制、有行为能力的联邦国家。其任务包括：使国家政权机关和管理机关结构合理化，提高国家公务员的专业素质、纪律性和责任心，加大反腐败力度；以选拔优秀专家原则为依据改革国家干部政策；为在俄罗斯建立一个生机勃勃、能使政权保持平衡并得到监督的公民社会创造条件；提高司法权力机关的作用和威望；完善联邦制关系，其中包括财政预算领域的关系；同犯罪做积极主动的斗争。
普京的整治首先从政治和经济开始。用俄罗斯评论家的话来说，就是“一个目标，三大任务”。一个目标是：以“振兴俄罗斯为最高目标”；三大任务是：1.横向摆脱财团寡头影响；2.纵向理顺中央地方关系；3.全面建立正常市场经济秩序。
为维护俄罗斯的统一，恢复中央的权威，普京施展铁腕，发重兵讨伐车臣，打击恐怖主义和民族极端分子，从而拉开了一系列政治改革的序幕。
乘着兵发车臣的东风，普京着手加强联邦政府的政治控制，遏制地方势力。在叶利钦时期，由于国家经济混乱，中央难以管理和扶持，而且出于在政治斗争中寻求支持的需要，总统曾赋予各联邦主体较大的自主权，以致各地政令不一，自行其是，分离倾向愈演愈烈。因此，普京上台后的第一项工作，就是实现全国政治和经济空间的统一。
2000年5月13日，普京发布总统令，在俄罗斯89个地方行政主体基础上成立7大联邦区，并派驻总统全权代表。7个联邦辖区与俄各大军区区划相似，同时，从内务部独立出来的武装警察——内务部队，也将分设在7个联邦区。此外，俄联邦中央还将向7个联邦区派驻审计代表，以监督和审查各地执行中央预算和财政情况。如此，政府、军队、财政便高度集中在俄联邦中央手中。
接下来，便是惩治财团寡头，政府夺回媒体的控制权。
苏联解体后，俄罗斯开始了国有资产的私营化，巨大的国家财富逐渐集中到某些人手中，形成财团寡头。但是，他们并不满足控制大企业和巨大的财富，还通过不法手段控制媒体舆论，从而控制政府。
1996年底，俄金融“七巨头”之一的古辛斯基的“桥”集团收购了国家电视公司“圣彼得堡第十一频道”70%的股份。当时，其收购价格为25万旧卢布。但事后核定，该频道的价值应当在1000万美元左右。这位1981年才从卢那察尔斯基戏剧学院导演系毕业的名不见经传的小导演，如今已控制了俄罗斯独立电视台、莫斯科回声电台、《今日报》和《总结》周刊，被人称为俄罗斯“媒体大王”，拥有几十亿美元的资产。
此外，某一价值7000万美元的大型拖拉机厂，居然以7000万卢布的超低价被一家私人企业收购。当时，美元对卢布的汇率为1/2000。也就是说，此寡头仅以两千分之一的价格，就将拖拉机厂收入自己囊中。
国有资产就这样悄悄地流进了私人腰包，少数人一夜之间便成了亿万资产的拥有者，他们控制了俄罗斯的经济，收买国家工作人员，左右着政府政策。而在俄罗斯，却有3000多万人生活在贫困线以下。在莫斯科地铁站入口，甚至能看到进入耄耋之年的老妇在出卖丈夫生前参加卫国战争时穿的军装，有的上面还挂着攻克柏林的勋章。
叶利钦执政后期，俄罗斯金融寡头的权势极度膨胀，严重干扰了社会政治进程。针对这种寡头参政、操纵舆论、瓜分财富的严重情况，普京上台后，便采取了两方面的有力措施：
其一，表明立场。2000年6月28日，普京在接见俄罗斯21名最具影响力的实业界人士时指出，政府应该为企业家从事经济活动提供保障，但不能容许他们干涉国家政治。
其二，杀一儆百。俄罗斯警方以涉嫌侵吞国家财产为由，逮捕了寡头之一的“桥”新闻媒介控股公司总裁古辛斯基，后因证据不足而释放。鉴于古辛斯基“不思悔改”，利用所把持的“独立”电视台继续在车臣等国内外政治问题上与政府唱反调，2001年4月，有政府背景的俄罗斯天然气工业公司以“独立”电视台拖欠债务为由，运用法律程序，强行对它进行重组。同时，政府再度逮捕了古辛斯基，并再度因证据不足加以释放，迫使他逃往国外。此后，俄政府又把矛头对准曾任叶利钦总统顾问、独联体秘书的大寡头别列佐夫斯基，逼迫后者逃亡。寡头势力遭此重创，寡头干政问题得到解决。
2003年10月25日，普京政府又以诈骗、逃税等罪名逮捕了俄罗斯最大、世界第四大石油公司尤科斯公司的总裁霍多尔科夫斯基。此人在《福布斯》全球富人榜上排行第16位。尤科斯公司的石油产量占俄罗斯全国石油的1/4，而石油收入则占国家财政收入的30%至40%。同其他金融寡头一样，多年来，霍多尔科夫斯基通过赞助、送礼、贿赂等各种非法手段，同国家高层建立了千丝万缕的联系，并逐渐登上国际舞台。石油大亨的倒台，有如引发了一场大地震，但也铲除了俄罗斯政府的心腹之患。
普京坚决地表示了惩治不法寡头的决心：“一些人在短短五六年之内就赚到了数十亿美元，这是在任何一个西欧国家都不会发生的事情。赚了数十亿美元之后，就想用几千万、甚至几亿金钱消灾，以这些小钱捞到更多的钱。我们并不是想揪住某个具体人不放，我们的目标只有一个，那就是恢复俄罗斯的秩序，让人民合法地生活，同腐败分子作斗争，这些腐败行为也同样在威胁着西方投资者在俄罗斯的利益。我们与腐败的斗争才刚刚开始。”
为了根治议会与政府之间无休止的冲突，导致政府无所作为，普京进行了实现中派联合，建立议会多数，压制俄共的行动。在1999年12月的议会选举中，俄共在国家杜马450个席位中占据113席，成为第一大党，而支持普京的中派“团结”竞选联盟和“祖国—俄罗斯运动”竞选联盟则分别占72和66席，为第二和第三大党。俄共利用议会第一大党地位，控制了从议长到议会主要委员会的领导职位。2001年初，俄共反对政府预算草案，在议会发起倒阁活动。俄共坚决反对通过允许土地自由买卖的新《土地法典》，成为普京经济改革战略的最大阻力。2001年末，普京授意两个中派党“团结”和“祖国—俄罗斯运动”合并为“团结—祖国运动党”，从而一跃成为议会第一大党，在俄罗斯10年历史中，议会首次出现了起主导作用的“政权党”。2002年3月，“团结—祖国运动党”提出按政党议员比例重新划分议会各委员会领导权的议案，迫使俄共及其盟友“农业党”从议会一些重要委员会的领导岗位退出，同时导致俄共的分裂。从此，俄共丧失了对议会的控制。
经过上述三个大的动作，普京削弱了对中央政权的三个主要威胁——地方势力、寡头势力和俄共，在总统的宝座上牢牢地站稳了脚跟，其权力和地位得到空前加强，从而结束了叶利钦时代议会与政府势同水火，相互对立的局面。
通过一系列果断的措施，普京基本上控制住了俄罗斯的颓势。1999年，俄罗斯经济开始出现回升，国内生产总值增长5.4%，贸易顺差达343亿美元，国际收支状况和外汇储备也有所改善，失业率也比上年减少了34.5%，俄罗斯社会开始从金融危机的重压下摆脱出来。
普京的底气足了，因而有勇气在出任代总理的第7周，就发起了对车臣非法武装集团的清剿，打响了第二次车臣战争。俄军在战场上的节节胜利，不仅沉重地打击了车臣非法武装进行恐怖活动的嚣张气焰，同时也重塑了政府形象，凝聚了民心。
不仅如此，俄罗斯也找回了国际上施展外交活动的空间，作为八国集团之一，在核裁军、欧洲安全和经济领域等方面具有了不可忽略的话语权。
1999年12月29日，面对世纪之交新的形势和挑战，普京重新评估了俄罗斯内外处境，提出了一系列新的思维和构想，通过《千年之交的俄罗斯》，昭示世人。这一构想的出发点是国内目标高于国外目标。这个政策的基础是务实、经济效益、国家利益至上。2000年1月10日，他又批准了由俄罗斯外交部、国防部、内务部和联邦安全局协作完成的新的《俄罗斯联邦国家安全构想》，再次强调了俄罗斯反恐斗争的必要性和具体策略。普京在6月28日签署的《俄罗斯联邦对外政策构想》中指出，俄罗斯对外政策的根本任务是保障国家利益。保障国家利益首先要消除来自内部和外部的主要威胁，而恐怖主义即是其中最重大的威胁之一。
普京大刀阔斧的改革很快就取得了明显的成绩。俄罗斯经济从混乱开始转向稳定，从连年下降开始转为连年增长：2000年，俄罗斯经济（GDP）增长了9%，2001年增长了5%，2002年增长了4.1%，2003年上半年增长了7.1%（全年预计增长5.5%—6.5%），基本上扭转了90年代经济持续下降局面。从1999年到2003年的4年中，俄罗斯GDP累计增长已达到29.9%。其中，2003年GDP总值达到13.3万亿卢布，合4652亿多美元。衰退最严重的俄罗斯传统优势的工业部门，也表现出强劲的复苏势头：1999年至2001年，俄罗斯工业累计增长了约27%，2003年仍保持在7.3%的水平，其中新兴产业，如电信业则已超过了42%。
在农业方面，普京执政近5年中，年均增长也达到了4.3%。
工农业生产的大幅度增长刺激了俄罗斯进出口的增长，2003年，俄外贸总额已达2108亿美元，同比增长25.3%，顺差596亿美元，增长28.7%。
俄罗斯严重的外债也大为缓解，其外债负担从1500亿美元降至1300亿美元。初步实现了金融货币稳定。黄金外汇储备从2000年初的110多亿美元增至2003年6月的640亿美元；通货膨胀得到控制，2000年通胀率为21%，2001年为19%，2002年降至15%，2003年预计为12%；卢布稳定且连年持续升值。外流资金大幅度减少。2000年资金外流达到历史最高，为240亿美元，2001年降至170亿，2002年降至120亿，2003年上半年首次出现了“流入资金超过流出资金”的情况。财政危机得到克服。从2000年起连续四年实现财政盈余。尽管总体上仍未消除财政紧张状况，盈余主要为还债，但政府已有能力实现预算目标，拖欠工资、退休金和养老金问题得到解决。居民生活明显改善。居民人均实际收入增长2000年为9.3%，2001年6%，2002年7.1%，2003年上半年为14%。在2000年至2003年的4年里，国家4次上调最低工资标准，退休金平均提高90%，居民实际收入增长50%。2003年，居民实际货币收入增长达到14.5%，为同年GDP增长率的2倍，全国居民平均月工资由1992年的22美元上升到2003年的193美元，居民银行存款总额在2003年一年内翻了一番。近4年全国失业率下降了近40%，失业人数由1998年的857万人下降到2002年的510万人，其中，莫斯科市2002年以0.6%的失业率成为世界失业率最低和没有罢工的首都城市。
俄罗斯的重新崛起为对付恐怖主义树立了坚强的信心，从而也为解决车臣问题带来重大的转机。
二、血战格罗兹尼
1999年8月8日，俄罗斯联邦出动近10万大军，开始了第二次车臣战争，决心彻底消灭恐怖主义，解决棘手的车臣问题。
此时，车臣非法武装已达25000人，其中正规军9200人，主要由国民卫队、总统卫队、伊斯兰教卫队，以及国家安全部、内务部的部队组成，马斯哈多夫总统任最高统帅。其他恐怖组织的非正规部队主要有：巴拉耶夫率领的穆斯林特种师（约1000人），巴萨耶夫指挥的阿布哈兹营1700人，哈塔卜指挥的敢死队1300人，拉杜耶夫率领的特种团1000人。此外，还有外国雇佣军6000余名，以及散落地方的军阀武装数千人。
俄联邦军队首先进军达吉斯坦，清剿恐怖分子，并封锁车臣边境，其后进攻车臣。
为了保证此次军事行动的成功，俄联邦军队不但调集了数量占绝对优势的正规部队，同时配备了最先进的重型武器，如T80和T90型坦克、2S19自行火炮、D—30式122口径牵引榴弹炮、220mm“飓风”火箭炮、122mm“冰雹”自行火箭炮等。为了增强空中的掩护，俄军还出动了苏—25及其改型强击机、苏—24战斗轰炸机、米格—29战斗机、米—24武装直升机，以及最先进的制导炸弹、碎片航弹、集束炸弹。
恐怖分子的末日到了。
战斗打响后，俄军迅速完成了对入侵达吉斯坦的非法武装的包围，并对其据守的阵地进行猛烈的攻击，上千架次飞机轮番轰炸，远程火炮不停轰击，一周之内，地面目标灰飞烟灭，巴萨耶夫的部队伤亡惨重，仓皇败退。俄军尾随其后，穷追猛打，8月底，俄军在驴耳山和坦多村再次重创非法武装。
9月初，逃回车臣的巴萨耶夫重新组织起1000多人马，驾驶着坦克、装甲运兵车、自动火炮，重入达吉斯坦，在其北部平原的新拉克斯科耶、布伊纳克斯克等地构筑工事，准备阻挡俄军进入车臣。
普京增加兵力，乘胜挺进，同时封锁车臣与达吉斯坦边境，切断非法武装的援兵和退路，将其压缩在狭小的据点中，充分发挥空中、地面炮火优势，以最小的代价彻底摧毁了非法武装的抵抗，非法武装的200多个据点、50多辆装甲车、20门高炮、若干弹药库、燃料库，以及地面部队全部报销。 9月中旬，巴萨耶夫带领少数残兵败将，逃回车臣。
至此，车臣非法武装制造的达吉斯坦叛乱基本平定。接下来的任务是，挺进车臣。
俄联邦政府成立了战略指挥机构，主要成员有总理普京、国防部长、内务部长、总参谋长等，负责制订总体作战规划。同时，联邦政府还组建了以北高加索军区为基础的联合战役集团，由北高加索军区司令员卡赞采夫上将任集团司令，统一指挥所有参战部队。
9月下旬，俄军对车臣发起猛攻，空军每天出动50—100架次飞机，轰炸其军事目标、基础设施。非法武装的基地、据点、雷达站、防空系统、弹药库、燃料库、炼油厂、机场、通信设施、广播站、电视台，一个个如钉子般被无情拔掉。10月1日，俄军地面部队开始行动，10万大军分三路从达吉斯坦、印古什和斯塔夫罗波尔边疆区长驱直入车臣，向其中心城市推进。
11月12日，俄军东线作战集团在特罗索夫中将的指挥下，开始攻打车臣第二大城市古捷尔梅斯。当地长老和志愿人员积极支持俄军，清剿叛匪，俄军没有任何伤亡，即成功占领了古捷尔梅斯。