弗拉索夫遭绑架的消息传到叶利钦那里，总统大为恼火和震惊，立即指派俄联邦内务部副部长瓦西里耶夫前往车臣，与车臣安全部长哈里莫夫、总检察长谢尔比耶夫等人共同组成特别工作小组，寻找并设法营救弗拉索夫。
5月13日，弗拉索夫有了线索，依照恐怖分子的要求，车臣副检察长马戈多夫驱车前往指定地点，进行谈判。然而，他乘坐的轿车却在路上遭到炸弹袭击，3人死亡，多人受伤，马戈多夫也因身负重伤被送进医院。
6月中旬，有消息说，绑匪将以200万美元为条件，交还弗拉索夫，此消息一直未得到证实，但俄联邦内务部长斯捷帕申明确表示，当局“不会向任何人交付赎金”，不会满足恐怖分子卑鄙的欲望，助长其贪欲。
此案未了，一连串恐怖事件不请自来，震荡政坛。
9月29日，俄罗斯驻车臣副代表赛义多夫在格罗兹尼被车臣武装分子绑架，10月3日惨遭杀害。
10月2日，在格罗兹尼工作的4名英国人被绑架，泥牛入海，全无消息。
1999年3月5日，在格罗兹尼机场，俄罗斯驻车臣全权代表、联邦内务部副部长根纳季·什皮贡少将正欲登机返回莫斯科时，突然，一伙恐怖分子如风而至，将他劫持，从此石沉大海，踪影全无。
3月22日，车臣总统马斯哈多夫的汽车亦遭到炸弹袭击，值得庆幸的是，他乘坐的是防弹车，故万般侥幸，免于一死。
7月4日，俄罗斯内务部队的哨所先后两次遭到车臣武装分子的袭击，双方发生了小规模战斗。
7月18日，恐怖分子袭击库尔斯克地区俄罗斯内务部队巡逻队，双方对射，互有伤亡。
据俄联邦安全部门查实，在此期间，车臣境内外共发生恐怖事件数十起，大都由巴萨耶夫策划或指挥。
面对巴萨耶夫的恐怖挑战，马斯哈多夫义愤填膺，作出强烈反应，采取应对措施。1998年6月23日，他发布命令：在车臣境内实行紧急状态，试图制止日渐猖獗的恐怖活动。
12月15日，车臣议会也通过决议：从12月16日零时起，在车臣全境实行为期一个月的紧急状态，目标也是冲着巴萨耶夫的恐怖活动。
但是，经过一段时间的明争暗斗，马斯哈多夫明白了，在明枪暗箭的争斗中，自己根本不是巴萨耶夫的对手，他决定与巴萨耶夫讲和。1999年7月3日，马斯哈多夫与巴萨耶夫的代表签订了一项协议，同意共同建立国家安全委员会，以结束内部争斗。
1999年8月7日，巴萨耶夫率领一股恐怖武装，约500多人，从车臣进入相邻的达吉斯坦共和国。几天后，恐怖武装与当地民族分裂分子纠集到一起，形成了一支1000多人的武装队伍。他们四处出击，全面开花：袭击俄罗斯军队哨所，扣押人质，很快便控制了博特利赫地区的安萨尔塔、罗霍塔以及周围的几个村庄，通过自己设立的“伊斯兰电视台”，声称达吉斯坦已爆发脱离俄罗斯的民族独立革命，并扬言几天之后，将成立由车臣和达吉斯坦共同组成的独立伊斯兰国家。
达吉斯坦共和国成立于1921年1月30日，它位于北高加索的东部，东邻里海（海岸线长350公里），北邻卡尔梅克共和国，西邻斯塔夫罗波尔边疆区、车臣共和国和印古什共和国，西南毗邻格鲁吉亚共和国，南部与阿塞拜疆共和国接壤，面积5.03万平方公里，人口250万，首都马哈奇卡拉市。达吉斯坦境内民族众多，约38个，他们都属于巴尔干—高加索人种。
达吉斯坦主要矿产资源有石油、天然气和石炭，此外，还有丰富的水利资源。除了重要港口马哈奇卡拉，还有两条重要的石油管道，一条是马哈奇卡拉至格罗兹尼，另一条是伊兹别尔巴什至马哈奇卡拉。此外，达吉斯坦还拥有一条马哈奇卡拉至杰尔宾特的天然气管道。
1991年，杜达耶夫宣布车臣独立之后，达吉斯坦的民族极端分子就蠢蠢欲动，只是考虑到条件不成熟，才未像车臣那样掀起滔天巨浪。
第一次车臣战争结束后，达吉斯坦民族分裂分子感觉时机逐渐成熟，他们把车臣作为自己学习的榜样，积极支持车臣民族极端分子巴萨耶夫，配合他实现“让战火燃遍高加索”的恐怖战略。
1997年2月，一个由巴赫拉姆·索迪拉夫为首的准军事组织，在塔吉克斯坦科姆索莫拉巴德附近，绑架了4名联合国军事观察员。被绑架的人中有两名瑞士人、一名奥地利人、一名乌克兰人和他们的塔吉克斯坦翻译。
为了遏制恐怖活动在北高加索地区肆意蔓延，叶利钦总统召开紧急会议，决定成立由内卫军司令奥夫钦尼科夫统一指挥的“反恐怖行动指挥部”，立即对发生在达吉斯坦的暴乱展开镇压和清剿。此后24小时之内，北高加索军区摩托化步兵、空降兵、空军、内务部特种兵，以及俄罗斯紧急情况部的部队共3万多人，迅速形成了对巴萨耶夫占据的这几个村庄的包围。
“反恐怖行动指挥部”由刚上任的俄罗斯代总理普京直接指挥。普京吸取了第一次车臣战争的教训，尽量不与非法武装短兵相接，而充分发挥重武器、先进的情报通讯，以及陆军、空军立体作战等方面的优势，以最小的牺牲，换取最大的胜利。
车臣总统马斯哈多夫自然不愿惹火烧身，他密切关注势态发展。俄军刚进入达吉斯坦，他便发表声明，声称“即使在达吉斯坦境内确实有车臣非法武装活动，与车臣政府也没有必然联系”。俄联邦方面则要求马斯哈多夫派兵参与在达吉斯坦的军事行动，他也一口回绝。他宣布，从8月16日起，在全国实行一个月的紧急状态，对主要城市实行宵禁。同时，封锁车臣与达吉斯坦边境，将预备役军人和参加过第一次车臣战争的老兵都动员起来，开往边境地区。这些举措，名义上是防止非法武装分子窜入车臣，实际上是防范可能发生的俄军“入侵”。
事实上，马斯哈多夫的发言人在宣布实行紧急状态时已明白表示：“人为地将达吉斯坦局势与车臣官方联系起来的做法，有可能在高加索地区引发新的战争，并将破坏俄联邦与车臣几年来达成的协议。”他指责俄罗斯在达吉斯坦的行动，实际是俄联邦的主战派在为1994—1996年在车臣战争中的失败复仇。他警告，任何“敢于把战争强加于车臣头上的人，将付出比几年前更大的代价”。
至此，车臣两派政治力量——马斯哈多夫与巴萨耶夫联合起来，保持高度的默契。在联邦政府面前，一个唱红脸，一个唱黑脸。巴萨耶夫赤裸裸地搞恐怖活动，而马斯哈多夫则在合法政权的掩护下从事恐怖活动，其目的都是为了实现车臣的独立。事实上，车臣早已成为各国恐怖分子的藏身之地，走私、贩毒、抢劫、凶杀等案件时有发生。
对于车臣所发生的这一切，莫斯科当然十分清楚，但是，北约与南联盟的冲突让叶利钦无法分身，巴萨耶夫有了可乘之机，恐怖活动迅速升级。
三、战火烧到莫斯科
就在俄罗斯军队对达吉斯坦境内武装分子进行大规模清剿之时，巴萨耶夫与马斯哈多夫采取了一系列行动，不仅出言不逊、口气强硬，而且以攻为守，把战线伸延到俄罗斯的腹地、甚至俄罗斯的心脏——莫斯科。
1999年8月31日19时58分，莫斯科红场附近的“梅尼兹购物中心”地下游戏厅突然发出震天巨响，滚滚浓烟如一条巨蟒从游戏厅的出口猛扑出来，爆炸的声浪掀出一阵碎玻璃片与金属片的暴雨，绝望的哭声、悲惨的喊叫撕人心肺，仿佛世界末日已经来临。
转瞬之间，警报长鸣，救护车、消防车呼啸而至，成群的警察蜂拥而来。现场人群乱涌，个个鲜血淋淋。清理结果，包括儿童在内约41人受伤，侥幸没有死亡。
尽管此次恐怖袭击所造成的经济和人员损失并不太大，但是，它对俄罗斯造成的心理恐惧与心理压力却是难以估计的。首先，此次恐怖活动既不是在遥远的格罗兹尼，甚至也不是在远离莫斯科的其他偏远城市，如布琼诺夫斯克、基兹利亚尔，而是在俄罗斯的心脏——莫斯科；其次，此次恐怖活动不是发生在某个工厂、某间办公室里，而是发生在和平居民的日常生活场所——“梅尼兹购物中心”，而这个商业中心是一热闹繁华之处，为纪念莫斯科建城850年而建，其建筑质量、配套设施、外表装潢，都堪称欧洲一流，其主要光顾客人也多为俄罗斯经济条件优裕、社会地位不菲之士；其三，爆炸地点紧傍克里姆林宫墙，相隔几米之遥，这说明，恐怖分子有能力去他们想去的任何地方，干他们想干的任何坏事。
俄联邦对恐怖主义的态度是严厉的谴责和坚决的回击。消息传出，莫斯科市长卢日科夫对媒体表示，在莫斯科制造恐怖主义的人是“禽兽”。
1999年9月4日，即莫斯科“梅尼兹购物中心”恐怖袭击4天之后，俄罗斯达吉斯坦共和国布伊纳克斯克市发生一起汽车炸弹爆炸事件，俄军第156旅的一幢5层公寓被炸飞了天。残砖碎瓦之下，掩埋着64具尸体和100多名肢断头破的伤员，这幢公寓住着军人及其家属。如果说，“梅尼兹购物中心”大爆炸的元凶尚未确定，但布伊纳克斯克的爆炸显然是民族极端分子所为。
9月9日，恐怖活动又重新回到莫斯科。是日，古里亚诺夫街上，一幢9层高的居民楼发生可怕的大爆炸，废墟之下，掩埋着94具尸体，另有20多人失踪，受伤者高达400余人，直接经济损失高达5亿卢布。经过警方认真的调查核实，此次爆炸与煤气管道泄漏无关，显而易见是又一次恐怖袭击。莫斯科市长卢日科夫向媒体宣布：“这是一起恐怖事件。”两名外地来莫斯科经商的犯罪嫌疑人被逮捕，但其中一名合伙人则已逃之夭夭，或许他就是爆炸制造者。
对此，俄罗斯总统叶利钦宣布，将9月13日这一天定为民族哀悼日，以悼念在最近几起恐怖事件中罹难的同胞。这一天，俄罗斯全国降下半旗志哀，电台、电视台停播娱乐节目。这是苏联解体后俄罗斯第一个与恐怖事件有关的民族哀悼日。
然而，就在全国哀悼日那一天，莫斯科又发生一起严重的恐怖事件。凌晨5时，莫斯科东南部卡什尔斯基公路附近的一栋居民楼发生爆炸。天色未明，一声惊天动地的巨响，8层高楼轰然坍塌，瓦砾成堆，将还沉浸在梦乡中的和平居民送进了另一个世界。此次爆炸伤亡惨重，死亡70人，30多人受伤。
面对莫斯科接二连三的恐怖袭击，莫斯科市长卢日科夫采取紧急应对措施，调动数量庞大的警察，一昼夜之内，对莫斯科3万多栋居民楼像篦子一般梳理了一遍，不许留有一个死角。同时，对所有进入莫斯科的外来人员的住所及其身份进行严格检查。为了顺利完成这个规模空前的任务，他们还专程从外地调来不少警力，支援莫斯科，并发动广大市民组成民众纠察队，对莫斯科大街小巷昼夜巡逻，严查进入市区的卡车。
叶利钦总统发表电视讲话，指出：“恐怖分子已向俄罗斯人民宣战。我们必须团结一致，迎头痛击……对于恐怖活动的回击应该是恰当、严厉、迅速和坚决。”
在随后召开的反恐工作会议上，叶利钦总统批评了军方的疏忽，责令在达吉斯坦的俄联邦部队加大反恐力度，采取“迅速、坚决”的措施，消灭武装匪徒；号召俄罗斯应该为“人民的信任和军队的荣誉而战”，应该在短时间内取得“实际战果”，因为“对峙时间越长，伤亡就会越重，信任就越少”。
9月14日，俄罗斯国家杜马召开会议，普京总理提出关于解决车臣问题的一揽子计划。其核心内容是：（1）车臣是俄罗斯领土不可分割的一部分，任何损害俄罗斯领土完整的行为，都将被认为是非法行为。（2）重新评价《哈萨维尤尔特协议》，防止民族极端分子利用协议分裂国家。（3）封锁车臣边境，彻底消灭达吉斯坦境内的匪徒。车臣领导人应协助联邦将逃回车臣的非法武装人员逮捕归案，移交俄罗斯依法处理。否则，俄军将被迫越过车臣边境，消灭这股武装。（4）建议由流亡在外，更有威信的车臣人组成合法的车臣政府。普京表示，只有在上述这些措施得到实施后，才能讨论车臣的政治和经济地位问题。
普京的建议得到议会的认同，与会者一致认为，消灭达吉斯坦境内匪徒之后，车臣问题将有望彻底解决。
然而，恐怖分子不甘束手就擒、俯首称臣，他们继续发动恐怖袭击。
9月16日早晨6时，在伏尔加顿斯克，一辆装着炸药的卡车停在一栋楼房附近，恐怖分子通过遥控装置引爆了炸弹，房屋倒坍，17人死亡，150人负伤。
9月17日，圣彼得堡德文斯克街，一栋九层居民楼发生爆炸，2人当场被炸死，6人受伤。
由此，自联邦军队在达吉斯坦清剿巴萨耶夫武装以来，恐怖分子已经深入俄罗斯后院，连续成功地制造了6起恐怖事件，皆以平民为攻击目标，死亡人数高达300多人。除此之外，还有一些充满危险的未遂事件。例如，在莫斯科和远东的符拉迪沃斯托克（海参崴），警方查出了大批炸药、引爆装置及其他武器。
恐怖分子的罪恶行径引起了俄罗斯人民的极大愤怒，他们一致声讨恐怖分子的猖獗和残忍，强烈要求政府采取有效措施，彻底解决车臣问题，杜绝恐怖事件。大大小小的反对党也在国家杜马会议上纷纷表态，支持政府在达吉斯坦和车臣采取行动。
条件已经成熟，解决车臣问题迫在眉睫。普京总理在朝野支持下，深感责任重大，9月24日，他在哈萨克斯坦新首都阿斯塔纳举行的记者招待会上公开表示：“眼下，俄罗斯飞机正在对车臣恐怖分子的基地实施打击，并将继续下去。我们将四处追击恐怖分子，如果在厕所里抓住他们，就把他们塞进马桶。”普京具有“历史意义”的讲话，揭开了俄罗斯第二次车臣战争的序幕。