接下来，人类的群体开始逐渐扩大，亚当夏娃活了900多岁，子女无数。又过了很多代，诺亚出世了，并在五百岁的时候生了三个儿子：闪、含、雅弗。这个时候，人类已经遍布大地，按照上帝的指令日出而作，日落而息，饱尝艰辛并且互相争斗，世风日下。
上帝愤怒，要将所造之物，人类、走兽、飞鸟和昆虫都从土地上消失。但是他选择了淳朴的诺亚一家，希望其生命可以延续。诺亚按照上帝的吩咐，造好了方舟，并带全家以及各种飞禽走兽进入方舟。7天后，上帝的毁灭开始了，山崩地裂，浊浪滔天，一片汪洋。100多天后，诺亚打开方舟，放飞一只鸽子，傍晚时分，鸽子衔着橄榄枝飞了回来，洪水退了。诺亚筑起一座祭坛，感激上帝的垂怜，上帝得知后心里作想，以后再也不因人的缘故去诅咒大地和毁灭生灵了。
关于大洪水的传说，见诸于人类早期的各个神话传说中，例如中国传说中的黄河泛滥，大禹治水。已知最早的大洪水记录即出现在我们前文所提到的苏美尔人史诗《吉尔伽美什》中。曾经在两河流域下游生活过的早期希伯来人，也就是《圣经》编撰者们的祖先，肯定是将这个记忆一直在族群中流传了下来。
而关于按照上帝的设计所建造的诺亚方舟，多年来，人们一直在沿着《圣经》按图索骥，寻找它的遗迹。在现在土耳其安纳托利亚高原东部，海拔5165米高的大阿勒山附近，已经有很多人在不同时代宣称发现或找到了诺亚方舟的遗迹。而此刻仍有来自不同国家和组织的探险队在那块人迹罕至的崇山峻岭里继续寻找。
现代的学者经过对远古气候的研究，也普遍认为，在远古人类即将步入新石器时代之际，地球第四季冰川期的结束，导致大量冰山融化，海平面上升，早期人类的生息繁衍之地，相当一部分位于现在的海平面以下。在水进人退的时代，侥幸逃此一劫的人们，以口耳相传的方式将这一远古事件记忆下来，并在文字发明之后，以神话故事的形式存档保存，在各个早期文明结构中流传至今。
《圣经》中，诺亚又活了几百年，直到九百五十岁才去世。他的三个儿子的后裔向四处蔓延，后来建邦立国，形成西亚和欧洲早期人类的三大支系。“闪”成为西亚闪米特人的始祖，即现在的阿拉伯人和犹太人；“含”成为非洲含米特人的始祖，主要指北非的白种人；“雅弗”成为北方民族的始祖，大体相当于欧洲人。这基本上体现了《圣经》的作者们对远古人类的大致分类，因为当时他们只能接触到“五海三洲”之地范围内的各个人种和民族。如果当时他们知道万里之遥的亚欧大陆东部还有黄种人的存在，可能诺亚的儿子里应该还有我们的祖先吧。
诺亚的后代繁衍生息，子孙众多，他们说着同样的语言，决定要建设一座通天的高塔，作为一种识别的标志。人们齐心协力，阶梯式的通天塔很快就高耸入云了。上帝看到后，意识到人类照此发展下去，可能将无法无天，于是变乱了人类的语言，使他们无法再进行交流，通天塔的建设只得停工。“变乱”一词在希伯来语中读作“巴别”，从此以后，半途而废的通天塔也被称作巴别塔。
2006年，一位墨西哥导演拍摄了一部获得金棕榈奖，并由布拉德.皮特主演的电影《巴别塔》，影片内容与建塔毫无关联，但是却传递出与圣经巴别塔具有袭承关系的思想。一对感情破裂的美国夫妻，一对隔阂很深的日本父女，以及摩洛哥一个偏僻荒凉的村庄，还有墨西哥的一个贫穷家庭，彼此都远隔万里，语言不通，但是却都有千丝万缕的联系。围绕着他们之间的故事，电影向人们诠释人与人之间的沟通交流不仅仅在于语言的统一，更在于内心的思维和相互理解。举这个例子，只是表明《圣经》故事对后世影响的一个最新例证，这样的例子在《圣经》后的人类历史中，不胜枚举。
巴别塔之后，又过了几代人，在两河流域下游生活的闪的后裔中，出现了一个叫做亚伯兰的人。后来做了他所在部落的族长，也就是我们在前面的假设中在河边遇到的那个部落领袖。因为他自觉的与上帝立约，甘心做其仆人，被上帝赐名亚伯拉罕。
上帝对他说：“你的部落将作为我的子民，如果按照我所制定的规则行事，我将使你的部落强大并永远存在！”上帝又要求亚伯拉罕带领他的族人离开现在的地方，向西迁徙到那“留着奶与蜜”的地方。于是这个当时还没有明确称谓的部落沿两河北上，一路沿着“新月沃地”的边缘，行程1000多公里，最后迁徙到迦南，也就是现在的巴勒斯坦这个地方。迦南人称他们为“希伯来人”意即“从大河那边过来的人”。