布鲁诺在熊熊烈焰中殉道时，29岁的开普勒迎来了自己的人生转机。他的一位天文学老师离世后，遗留下一大批观测记录，这令有些穷困潦倒的开普勒如获至宝，因为他根本买不起观测设备。
并且因为自身的信仰缘故，在天主教与新教争夺德意志的过程里，他不得不辗转各地，投靠那些支持新教的诸侯。就是在这样的环境下，开普勒利用它那天才般的推理才能和数学功力，仅仅凭借一堆资料，便发现了“行星运行三大定律”。在哥白尼的基础上，开普勒发现了行星绕日公转的椭圆形轨道，这是一个巨大的理论突破，天文学已经突破了人类囿于约定俗成的狭隘视野。
开普勒陶醉于自己的发现，得意的心情溢于言表，“骰子已经掷下，读这本书的是当代人还是一个世纪之后，我已经不在乎，就像上帝等了6000年才被发现一样。”
开普勒是一个虔诚的基督徒，他相信这个世界由上帝所创，只不过其中的法则，留待人类一点点的去发现。此外，开普勒的思维里，还保存着一丝神秘色彩，并对占星术颇有研究。在他每每困于生计的时候，这些旁门左道之术为他的生活带来转机，因为人们情愿相信星辰的运动轨迹能够暗示某种玄机，而并不关心它们是圆形或椭圆形。
三十年战争爆发后，整个德意志已经容不下一张平静的书桌，开普勒的研究不得不中断。他的母亲还一度被怀疑为行使巫术的女巫，险些被烧死。后来，开普勒深得当时的大军阀——华伦斯坦的赏识，在占星术领域里，他们可算得上难遇的知音了。不过在1630年，华伦斯坦被皇帝解除军权，开普勒那衣食无忧的生活也就此中断了。不久之后，他因感染热病，与世长辞，终年59岁。在接下来的战争中，无数墓地被无情的夷为平地，包括这位大科学家的坟茔。