此时，一个悬而未决的问题还摆在这对夫妻国王面前，那就是如何处置半岛上数十万不肯接受洗礼的犹太人。尽管异端裁判所有效的剔除了那些不是真心皈依的犹太受洗者，但对于不同信仰者，已非其职能范围之内。
西班牙犹太人在此地生存已达千年之久，凭借相对宽松的环境和自身努力，逐渐成为腰缠万贯的银行家和富商，知名的学者，高超的医生、和勤劳的手工业者，他们对西班牙具有无法替代的影响。尤其是犹太人在金融领域中的才能已得到公认，各个欧洲王室中的经济顾问一职，基本都由犹太人担任。在基督教军队向南推进的岁月里，犹太商人为了自保，曾提供了大量的金钱给北方的国王们。
但是犹太人总是以“上帝选民”自居，与其它民族关系紧张，他们放高利贷的行为也为基督徒所不齿。社会上不利于犹太人的流言蜚语越来越多，有人说当年伊比利亚沦陷时，是犹太人帮助摩尔人灭亡了西哥特王国。还有人信誓旦旦的表示，曾亲眼见到犹太人在宗教仪式上杀害基督徒的孩子，以其鲜血祭祀耶和华，毁灭基督教信仰。一些狂热的基督徒已经开始私设公堂，审判杀害犹太人，西班牙有陷入分裂的危险。
西班牙的政策在此际显得尤为重要，是从中调和还是继续追求纯粹？总异端审判官托克马达认为，只要这几十万犹太人继续存在，西班牙的信仰统一便无法完成，除非强迫他们接受洗礼，或驱逐出境。鉴于异端审判的案件里，太多犹太人改教的动机不够虔诚，所以，托克马达将一份驱逐境内全部犹太人的计划呈送给国王。斐迪南和伊莎贝拉感觉到犹太人已非不可或缺，因为摩尔人的商业才能可以取代他们对国家的贡献。
收复格拉纳达三个月后，西班牙国王发布诏令：凡未受洗的犹太人，不论其年龄、性别、地位和财产，一律在7月31日之前离开西班牙，明年的1月12日之前离开西西里。
犹太人的宗教领袖，拉比阿巴伯内尔曾经给予过国王很大的财政帮助。这位老人来到阿尔罕布拉宫，跪倒在地恳求：“发发慈悲吧，我的国王，不要如此残忍的对待我们，我愿意付60万克朗赎回我的人民！”此时托克马达手持镶有耶稣受难像的十字架冲了进来，忿恨的喊道：“犹大为了30块银币而出卖了上帝之子，现在你要故伎重演吗？那就来吧，他就在这，出卖耶稣吧！”随即将十字架重重的扔在桌子上，转身离去。老拉比清楚的意识到，他自己也应该回家收拾行囊了。
犹太人被获准可以出售地产，但是不得携带钱币和贵金属离境，可以想象他们的财富几乎已经一文不值了。于是，一栋房屋用来换一头驴子，一座葡萄园换一块披巾，很多人绝望的将宅院一把火烧个精光。一生辛劳所得或祖先传承下来的遗产，在短短几个月内化作乌有。大约有5万犹太人不惧异端裁判所的恐怖，选择接受洗礼，以获准留下来的权利，更多犹太人选择背井离乡，四海漂泊。为了家族在颠沛流离中不至于毁灭，所有12岁以上的孩子，都在父母的命令下速配成婚。
哪里可以安身立命呢？没有，没有任何一个欧洲国家愿意接收这些“基督的敌人”，这次磨难比他们祖先出埃及还要悲惨。与西班牙接壤的国家只有法国和葡萄牙，想去其它地方，只能搭船出海，少数能坐得起船的犹太人，仅有的财产也被船主搜刮一空。大多数人选择向西奔逃，8万多衣衫褴褛，饥渴难耐的犹太难民涌入了葡萄牙。
国王若昂二世很欣赏犹太人的商业才能，但却不怜悯他们的命运，他更担心这些异教徒的到来将给这个地少人稀的小国家带来混乱，而且还有西班牙国王的压力。若昂给予落难的犹太人8个月的暂住权，之后务必离境，可是他又有些不忍让这群优秀的难民全部离开。于是在居住期满后，国王下令将所有15岁以下的孩子强行带走，希望把他们培养成优秀的基督徒，为国家所需。骨肉分离的一幕令人痛心，孩子们被士兵抓走，按在水盆里接受洗礼，后面是亲人痛不欲生的哀嚎。绝望的母亲情愿杀死自己的孩子，然后自杀，也不愿从此天各一方的生活。
最后，命运多舛的犹太人再一次从伊比利亚流散了。幸存的人历经磨难，漂泊到了欧洲各地，意大利北部和尼德兰这些工商业发达的地区，因信仰迫害相对宽松，而接纳了不少伊比利亚犹太人。只有少数改变信仰者得以继续生存在南欧这块曾经的乐土，而他们也只能在残酷的信仰审查中去等待遥不可知的未来。