斐迪南和伊莎贝拉意识到，只有凭借信仰的力量，方能使这个崭新国家步入正途，为基督教世界所认可。而在700多年的外族统治下，西班牙基督徒受摩尔人和犹太人的玷污，已经不够纯粹，甚至斐迪南也被怀疑具有犹太人的血统。
在过去几个世纪的收复运动中，摩尔人选择逃亡到半岛南部或北非。无处可去的犹太人在高压之下，部分选择接受洗礼，加入基督徒阵营，而这并非是出于自愿，这些改教者被称为“马兰内”。那个时代的天主教正统，鄙斥包容异己，和信仰的纷杂共存，甚至不惜以战争和烈火，来维护其所谓的纯洁。
面对伊比利亚如同一锅粥的信仰局面，伉俪国王决定建立西班牙异端裁判所，1478年，获得了罗马教皇西克斯图斯四世的正式批准。已经被威克利夫和胡斯痛责为屠害无辜的信仰烈火，即将在西班牙大地上熊熊燃烧了。
斐迪南与伊莎贝拉国王亲自提名作风严厉的修道士为异端审判官，并由罗马教皇任命后，即可在西班牙全境内的每个城镇乡村，掌控每个人的生杀大权，因为任何人都可以作为信仰不够纯洁的怀疑对象。1483年，伊莎贝拉的告解神父，道明会教士托克马达，被授予总异端审判官的头衔，这是一个狂热的信仰捍卫者，以猎捕异端而闻名，但是具有讽刺意味的是，他的祖先便是受洗的犹太人。
托克马达的黑衣教士们在各处张贴“信仰敕令”，鼓励人们去揭发身边的异端信仰者，即便是自己的亲属，也难逃被告发的厄运。告密者将获得保护，诬陷他人和知情不报者一经查实，也将受到处罚。
每到入夜时分，异端审判法官和国家的兵丁明火执仗的按举报线索搜捕任何受到怀疑的人，而每个人都不清楚，自己能否安然熬到黎明。甚至国王的犹太人御医，也被怀疑为目的不纯的受洗者，而被送上了火刑柱。
真正的异端究竟有多少呢？每个靠辛苦劳作以养家糊口的人们，无非是将自己的美好愿望寄托于一种信仰，而这种虚幻的情感表达，若不能符合教会的信条，便有可能引来杀身之祸。更多的基督徒只铭记耶路撒冷和基督，而不会过分的在意天主教会和罗马教皇，更何况那些漂泊时间比基督教信仰还要久远的犹太人。
异端裁判所将已经受洗的“马兰内”作为重点怀疑对象，如果他们只是表面皈依基督，而背地里依然在遵守着犹太教的传统，如守安息日、给男孩割礼、忌食猪肉等等，一经发现或举报，即将面临异端审判官的抓捕。犹太人被责令脱光衣服，穿一件秀有十字架的黄色上衣游街示众，最后在教堂门口接受鞭打，狂热的基督徒们似乎感觉到，此刻已经为基督报了仇。犹太人的财产被充公，成为西班牙军队南征穆斯林的军资。
被宗教裁判所怀疑为异端分子的人，只有等待漫长的监禁和折磨。在阴暗狭小的囚室中，直待你的精神彻底崩溃，承认自己有罪，并忏悔以求宽恕。一些信仰偏离或态度顽劣者，将遭受可怕的刑讯伺候，所有能够想到的令人痛不欲生的酷刑，均可以在异端裁判所的刑讯室里觅得踪影，前提是不会让你马上死去。几乎无人可以从森严的异端裁判所中全身而退，认罪者或拒不悔改者，所能等待的最轻惩罚是没收财产，罚做苦役，再严重的是终身监禁，再往上就是死刑了，且只有一种解脱方式——火刑。
西班牙焚烧同类的烈火异常凶猛，甚至可以用壮观来形容。每到基督教的重要纪念日或逢王室的婚丧嫁娶，火刑便被选择在此时集中执行，以彰显信仰的伟大力量。达官显贵和神职人员，无论级别高低，都被要求务必亲临现场，再加上熙熙攘攘的围观市民，将城市广场聚拢的水泄不通。主教高声朗诵赞美词，为罗马教皇和天主教会歌功颂德，然后痛斥异端实为魔鬼的化身，是上帝的敌人。
之后异端分子被一个个押解到众目睽睽之下，接受教会最后的质问，甚至一些缺席罪犯的画像，已经死去却被叛有罪之人的棺材，也被抬了出来。审判官当众宣读对异端分子的裁决，这也是认罪伏法的最后机会，如果在大庭广众之下忏悔自己的罪恶并亲吻十字架，将可以获得不同程度的减刑恩典。起码不会被烈火活活烧死，而是先将其绞死，再被绑在火刑柱上焚成灰烬。审判结束后，得到宽恕的悔罪者被押回监狱，被宣判死刑的异端分子则被穿上绣有魔鬼图案的黄袍，带到已经堆满干柴的火刑场，连同缺席罪罚的画像和棺材，一同接受可怕的火刑。而拒不悔改的顽固分子，其脚下的薪柴里将添加入湿漉漉的木头，等待长时间的炙烤折磨。
人们被这一幕所震撼，死亡的恐惧让每个人只能乖乖的按照教会的指令信仰耶稣了。一位西班牙人写道：“在这里，天一黑下来，每一个学者、受教育的人都会受到威胁，有的被宣判为异端分子，有的因犹太血统而受迫害。我们的国家成为了一个充满嫉恨、狂妄和野蛮的国度。”凡被异端裁判所宣布有罪的人，其财产将被充公，西班牙王室和天主教会是这些财富的合法占有者。
为了打造一个信仰上纯粹的伊比利亚，斐迪南和伊莎贝拉毫不吝惜残酷的烈火，也不惜以逃亡的人口或消逝的生命为代价。伊莎贝拉女王说：“与其让这个国家被异端分子污染，不如减少些人口，这样才能更好的服侍上帝。”
西班牙异端裁判所以打击范围大，持续时间长而著称。据统计，到1820年的300多年间，共有38万人被裁定为异端，其中10万人被处以火刑。