按照传统的观点，夏王朝的建立是中华文明的开始，夏文化的代表是二里头文化．但科学家经测定发现二里头文化只有300年的历史。
根据文献记载，夏朝有14代，有400多年历史，那么早期夏文化在哪里?而后来的商朝5次迁都，到现在也没有完全搞清楚。
“这就是历史留给我们的一个谜团，探源工程就是要找出它的谜底。”北京大学古代文明研究中心主任李伯谦教授说。
自20世纪30年代以来，中华民族的历史文化已经整理出一个较为清晰而符合规律的发展序列。但也不乏断缘和缺环之处，一些文明的形成就是其中重要的一段空白，一个待解的谜团。
“启动探源工程，一个原因是这么多年来的重大考古发现需要总结；另一个原因是我们试图通过多学科的综合来回答中华文明是怎么样形成的，原因是什么，机制又是什么?”文明探源工程的总协调入王巍说。
“探源工程要回答几个问题，中华文明是本土的还是外来的；文明的起源是多元的还是一元的；文明化的过程是什么样的轨迹；中华文明的特点以及和其他文明的区别；中华文明在世界文明中是什么样的位置。”李伯谦教授说。
探源工程的预研究已经启动，研究点选择在河南西部到山西南部，而时间点主要集中在距今5000～4000年前，这正是传说中的五帝时期。
中国古代文献一般是把黄帝、炎帝作为中华文明开化的肇始，国内外华人也都将黄帝和炎帝作为中华民族的祖先。
但文献中对于黄帝和炎帝乃至尧舜禹时期的记载非常简略，目前尚难以将其视为信史。
因此从考古学上探索黄帝、炎帝时期至夏商周时期文化的发展与社会的进步，有非常重要的意义。
中国文明的起源是有血有肉的，它形成发展的历史是丰富多彩的，并为中华文明史掀开了无比重要的开篇。
从奴隶社会起，天文学和历法已经开始在中国发展起来。中国有古代社会最丰富最系统的天象观测记录。
《夏小正》一书，相传就是夏朝的历法，也就是现在的农历。竹书纪年中载有夏桀十年“夜中星陨如雨”，这是世界上最早的关于流星雨的记录。
在商代的甲骨文中，也有世界上最早的关于日食、月食等的天象记载。当时已经采用干支纪日法。两周以后，已经把黄道附近的星座区分为28宿。
公元前613年有了关于哈雷彗星的最早记载。中国在商代关于“数的概念”已经相当完整，已有复位数和十进位的数法，最大的数目是3万。当时已能进行一般的算术运算，绘制比较复杂的几何图形。医学在奴隶社会初步发展起来。
中国商代的巫咸和巫彭等就曾经到灵山采药为人治病。当时已经有食医、疾医(内科)、疡医(外科)和兽医。
考古人员在被称为“中国原始第一村”的安徽蒙城尉迟寺遗址发掘出15间在地下沉睡了4500多年的红烧土排房。专家说这是中国到目前为止发现的规模最大、保存最完整的史前建筑遗存。
这些房屋面积从2平方米到20多平方米不等，总长度达75米，并与以前发掘的排房相对接，形成了一个宏大的整体格局。
中国建筑学会会长杨鸿勋说：“尉迟寺遗址的重要遗迹就是这个房子，这么大面积，保存比较好的，这在国内是不多的。”
考古人员分析，这些红烧土排房不但是一次性建成的，而且有可能因为自然灾害或战争，整个村庄又一次性地被遗弃，从而使遗址保存得如此完整。
据考古人员介绍，红烧土房是史前人类最豪华的住宅，它的制作工艺相当复杂，先用粗木和泥土混合物搭建出墙体和屋顶，再用火烘烤，直至整个房屋变成红色。这样的房屋冬暖夏凉，坚固美观。