秘书毛人凤才是戴笠的头号心腹和助手，军统局的大部分文件都由他起草，戴笠不在时，一切信件也都由他代拆代行，是军统局名符其实的内当家。
毛人凤是戴笠的小学同学，是后来才改行当了特务的，也是戴笠一手提拔的亲信。他为人不张扬，“只顾埋头干活”。毛人凤还有一个特点，就是不论大事小情，都要亲力亲为，细致周到，每天不到深夜十二点难得下班。对这一点，戴笠特别欣赏，毛人凤也因此官运亨通，很快就升至代理主任秘书，几乎取代郑介民的地位。
其实，毛人凤的性格阴险，深藏不露，这一时期正是他“隐晦韬光”的阶段，“藏锋收芒”，人们还一时未能领教其毒辣。
到了抗战后期，军统局又来了一位新的关键人物，那就是军统的“帮办”唐纵。唐纵是正宗的黄埔生，也是戴笠早期的亲信大特务。后来，戴笠还派他去德国学习考察。不过唐纵回国之后，就任职于蒋介石侍从室。后来，又被蒋介石派回军统任“帮办”，戴笠一直希望通过唐纵加强他与蒋介石的联系，却不知道，其实唐纵是蒋介石安插在军统的“眼线”。
而此时军统局的内部，也是人才济济，英雄辈出，构成了一支很有战斗力也很有效率的特务组织。
军统下设十个处，分别是军事处、情报处、行动处、电讯处、总务处、人事处、第七处、训练处、警务处、布置处。
军事处又称第一处，主管军事情报及国际情报，而其中的军事科，负责对汪伪武装进行军事策反工作。
情报处为第二处，这是军统局最为重视的部门，主营项目是党政情报和中共情报。情报处下设中共科、经济科、警务科、考核股、档案股、收发股。
行动处也称第三处，每逢有任务执行，都由行动处事先进行策划和部署指挥。行动处下设行动科、航检科，其中行动科是军统局内部最重要部门，各地行动队、爆破队的成立都要经该科研究决定，各地外勤组织布置暗杀、纵火等行动，也要由该科具体计划安排。
电讯处也称第四处，负责电讯传递、监听、侦察、破译，下设业务科、工务科、电检科、材料科、考核股、文书股、档案股、事务室、译电室、特技室、重庆总台、息烽总台、兰州总台、监察台、侦察台等等。
电讯处的机构颇为庞大，电台分布相当密集，遍布全国，并跨洋过海建到国外，总数在三百处以上。其中的“特技室”，是戴笠最引为“骄傲”的资本。因为戴笠一向注重破译电码，早在1937年，译电科长姚敦文就在西安破译了共产党的一份密电，内容属军事问题，戴笠大喜过望，上报蒋介石，被着实“夸奖”了一番，姚敦文也因此得到五百元法币的“奖励”。
戴笠对破译工作，可谓花了一番大力气，为此他还请来两位美国破译专家，但破译是一项极为“艰辛、枯燥、乏味的工作”，并具有相当难度，不是一日之功。戴笠呈请蒋介石批准，专门成立了“特技室”，主任由电讯处中将处长魏大铭兼，但实际负责人由组长姜毅英担任。
姜毅英是戴笠的同乡、浙江江山人，也是军统局惟一的女少将，业务上没话说，是一直拿双薪的。说起姜毅英是如何当上特务的，其实也是戴笠的引诱拉拢。据姜毅英的儿子回忆，1932年，姜毅英中学毕业，成绩非常优秀，正准备考大学。可当地的保长找到了她，劝她去投考由戴笠主持的“浙江警官学校”，将来好报效国家。其实，戴笠很想在家乡的青年学生中，吸纳一批优秀的年轻人加入特务组织，他早看中了姜毅英。后来，戴笠又亲自对姜毅英面试，简单问话后，戴笠觉得姜毅英具有男人、女人的双重性格，作为特务培养，可以派上多种用场。
姜毅英从浙江警官学校毕业，进入军统从事无线电收发和密电译电工作，是军统电讯第一人魏大铭的得意门生。姜毅英初任军统厦门电台的主报务员，在抗战期间，由于及时侦查得知日军南进情报被嘉奖，升军统本部第四处电台台长，后又任译电科长，协助魏大铭的工作。
不过，“特技室”这么块“宝贝疙瘩”，后来也出了事。有一位名叫李开峰的谍报员，后来化名余玠投靠了汪精卫，将特技室的秘密作为进身之阶，一股脑地都献给了汪伪，还当上了汪伪特工总部电讯处处长。这让戴笠恼怒不已，他立即命令军统在上海的行动队将李开峰暗杀，这才一解心头之恨。
第五处就是总务处了，总务处原来叫总务科，后扩大为总务处，是军统局的后勤部门，负责购买分配办公用品，修建房屋，保管各种器材，对外交际、职工伙食等等。这个总务处管理的，看似都是一些小事、杂事。其实，总务处是一个很有实权的处，处长必须是戴笠本人的亲信。
这个人就是沈醉，他在28岁就当上军统的总务处长，少将军阶。至于沈醉的权力，则可以举个例子：沈醉的总务处下面管着军统局全局的汽车队，这里的汽车不光是一般的卡车，还有轿车，特别是这个轿车的管理，特别受到戴笠的重视。戴笠平生有三样宝，一曰手枪，二曰学生，三曰汽车。能把汽车和手枪两样宝抓在手里的人，必须不是“凡人”了。
第六处是人事处，这是军统局本部油水最为丰足的部门，主管局内外全部人事，包括吸收、任免、调派以及组建等等。凡是想进入军统的人，首先要经过人事处的核定批准。通过后，还要由人事科主持，举行一次秘密宣誓，其仪式过程为：宣誓者进入宣誓室中，由司仪宣布仪式开始，监视人就位，宣誓人就位，对着蒋介石像行三鞠躬礼，监视人讲话，宣誓人读誓言：“余誓以至诚奉行三民主义，服从领袖命令，保卫安全，绝对遵守团体纪律，尽忠职守，并以终身贡献团体，虽赴汤蹈火在所不辞。如有泄露秘密及违反纪律之处，愿受最严厉制裁。”誓言读完后，监视人讲话，礼毕，监视人握宣誓人之手，口称“同志”，表示从此以后就是自己人了。军统局不仅是个铁饭碗，而且升迁也快。抗战中期，军统特务人数大约有三四万之多，基本上都是尉官以上，处长、副处长多挂少将衔，科长多挂上校衔，股长多挂少校衔。
第七处也称经理处，设综计、审计、预算、财务等科和现金出纳股。
第八处又叫训练处，负责军统几十个训练班的训练工作，并负责编辑军统局出版的局机关刊物《家风》月刊，领导各大专院校内的职业特务学生和一个从华北撤退到四川的，旨在高等院校中从事特务活动的所谓“除奸团”。
第九处为警务处，设警务科和稽查科，主管公开控制的警察机构和稽查处等方面的工作。
还有最后一个布置处，1945年添设，专司对沦陷区的各项工作的布置和安排之事。
局机关本部除上述各职能部门外，属于内勤编制的还有设计委员会、策反委员会、惩戒委员会、考核委员会，还有设在重庆磁器口缫丝厂的办事处和特种政治问题研究室、特种技术研究室、督察室等等。
其实特种政治问题研究室，是特别为中共叛徒张国焘设置的科室，由张牵头，根据戴笠旨意，目标针对中共组织，研究如何打进拉出的阴谋活动。
而特种技术研究室是从事研究如何提高杀人、放火、绑架等具有直接破坏性作业技术水平的科研单位，如研制毒刀、纵火器、定时炸弹、地雷等。
军统的外勤组织除站、组相对比较稳定以外，区及办事处一类的机构变化甚多，难以确数。抗战时期，除东北以外，各省（包括西藏、西康、新疆这些偏远省份）都建立了省站。有的一省则建数站。
军统时期，海外特工机构也逐渐建成。先后成立了美国站、伦敦站、巴黎站、菲律宾站、新加坡站、曼谷站、腊戍站、仰光站、印度站（辖德里、孟买两个分站）等机构。仅在越南境内就设有7个情报分站，并于1939年在广西南宁设情报总站，进行领导。另外，在德国、意大利、埃及、日本及西北欧、东南亚等国设有特工组或直属通讯员，其组织几乎遍及全球。
总而言之，军统内勤和外勤最多时人员达5万之众，从事内勤工作的特务就有一千四百多人，大部分都集中在重庆罗家湾局本部和磁器口乡下办事处。
不过，这个庞大的机构有一个特点，就是机要部门多被江山人占据。其中最机密的译电部门，几乎是清一色的江山人。
在军统局里，江山籍特务相互交谈时，常有意说江山话，不让别人听懂，明显的自成一个派系。人们称其为军统的“江山帮”。许多江山籍特务，虽然文化程度不高，但也深得戴笠的信任。戴笠常利用他们监视其他非江山籍的特务。这些江山籍特务，被称为“特务中的特务”。
不过，随着军统越做越大，戴笠手下的干将也越来越多。人多了，官职如何安排呢？
因特务工作的特性，这些军统骨干都无法获得少将以上军衔。而负责组织系统的陈立夫，对戴笠长期贬抑，使戴笠的军衔一直仅仅是少将。局长才是个少将，其手下要想晋升少将以上军衔，则更是难上加难。
为了给手下一个交待，戴笠采取了许多办法，他每每亲自给蒋介石写报告，为部下争功，从而得到蒋介石的特批，任命了许多中将级特工。到了1941年，自己仅是少将级的戴笠，手下已经有15位中将级特务，至于少将级特务就更多了。仅戴笠的同乡浙江江山县籍的军统少将就有14人。后来，军统干脆自制纯金梅花将军肩章，自封自佩，陈立夫也拿他没有办法。
以上就是这个大规模特务组织的基本情况，从这些简单介绍中，我们就这可以看出这个特务系统的强大力量了。而戴笠，通过不断经营、不断扩大这样一个机构，悄悄地把自己的权力推向最高峰。
一班不容二“主任”
1938年1月，戴笠开始实施他已考虑很长时间的一项计划，举办一个大型的特工训练班，以解决特工专业人才严重缺乏的问题。
关于训练班的名称，戴笠最初确定为“军事委员会特别训练班”。但在办手续时，军委会办公厅却不肯承认，戴笠无法向该班颁发印章，只好私下刻了一个条戳。
后来，戴笠以中央警官学校校务委员会主任身份，把该班正式定名为“中央警官学校特种警察人员训练班”。但是，此举又遭到中央警官学校教务长李士珍的反对，李在抗战期间对戴假中央警校名义办的训练班一概不予承认。
尽管得不到国民党其他势力的支持，戴笠仍是我行我素，把该期学生称为“中警校特训班一期”。后来，因为特训班的校址在湖南临澧县，军统内部就把它称为“临澧特训班”，简称“临训班”。但在对外招生时，为掩人耳目，仍冠以“军委会交通技术研究班”的名义。
为了办好这期大型特训班，戴笠几乎集中了特务处当时所有的特工训练精英。他首先从皖南将余乐醒、谢力公召回汉口，指派他们两个到湖南进行筹备。接着又选调王崇五、陆遂初、王邦联、贺元、徐永年、吴景中等一大批特务随余、谢去湖南工作。这些人都是留苏的中共叛徒，具有多年的特工训练经验。余、谢更是从特务处成立初期就开始在杭州、南京、上海等地的特工训练班中为戴培训特务，是特务处出类拔萃的训练专家。
特训班最初的地点选在长沙，但余乐醒等人到长沙后，发现日机经常空袭长沙，很不安全，于是选定临澧县奎星楼县立中学作班址。临澧县地处湘北重镇常德市之北，湖南四大水系之一的澧水南岸，远离长沙，而又交通方便。
戴笠对招收学员的条件规定很严格，除对文化、年龄、身体状况有所规定外，强调在思想政治方面要严加控制，防止共产党派人打进。
开学前，戴笠对临训班人事作了安排。班主任一职，照例由自己兼任，另指定余乐醒为副主任，谢力公任总教官。戴笠因不能到职视事，故另设主任办公室，由亲信特务丁若萍主持其事，这实际上是对余乐醒等人的牵制和监视。
3月份，临训班正式开学。训练方法上，戴笠规定仿照黄埔办法，先进行入伍训练，后进行分科训练。
不过，入伍训练期间，训练班负责人碰到的一个大难题，就是很多学生不愿当特务。尤其是向胡宗南要的一批女生，情绪最为激烈。
戴笠想出一个办法：就是入班之后，先集体办理加入特务组织的手续，然后以团体纪律强制性约束。戴笠认为这条经验很重要，规定以后的特训班要普遍推广。
同时，还要对新生加强入伍教育，就是通过灌输法西斯思想和反共宣传，把学生训练成效忠领袖的驯服工具。平时则通过检查学生书信、控制学生言论和行动等办法对学生进行奴化教育。
醴陵临训班成立后，有一件事颇使戴笠恼火，就是副主任余乐醒的声望越来越高。
余乐醒是湖南醴陵人，早年赴法勤工俭学，攻读化学与机械专业。归国后任黄埔军校教官，与同在军校任军医的沈醉的大姐沈景辉结为伉俪，后于1927年被中共派赴苏联莫斯科中山大学学习，专门学习情报业务和秘密保卫工作，在“契卡”受到专业特工训练。
“四·一二”事变，余乐醒变节脱离共产党，经戴笠介绍加入军统。他作为军统元老，还介绍沈醉等20多名亲属加入军统。
余乐醒对军统特工技术极有研究，通电讯、投毒、爆炸等。但余乐醒虽堪称专家，却缺乏独立指挥重大行动和组织工作经验，这一点戴笠很清楚，所以要把训练学员的工作交给他去负责。
余乐醒主持训练班期间，工作以身作则，私生活十分严肃，无论人前人后，绝对不抽烟。他每次讲课，虽然湖南口音很浓，但讲起话来，头头是道，全体官生都听得很认真。他平日对学生非常爱护，无论教学、管理都非常认真，所以学生崇拜他，队职官敬畏他。甚至许多学生心目中只知有余主任，不知有戴主任，这就犯了戴笠的大忌。
余乐醒虽然平时极力宣传戴笠“有异相，是王侯的相貌”，并把学校广场旁的一道长堤命名为“雨农堤”，但此举仍不足以抚平戴笠的猜忌。
戴笠先是免去余乐醒的副主任职务，专任教务处长。然而此举立即在临训班引起许多学生的不满，教学秩序也发生混乱，戴笠只得恢复余乐醒的副主任职务，但他心里异常不痛快，于是暗中找机会“收拾”余乐醒。
1938年秋天，戴笠首次到临训班“视察”，余乐醒知道戴笠对自己有看法，他觉得这是个巴结戴笠的好机会，他预先做了十分充足的准备，功夫用得到了家，谁知，结果却是费力不讨好。
据沈醉回忆说：“副主任余乐醒得到戴要来的消息，为了讨好他，也想让学生们知道一点主任的威风，便在他要来到的当天上午，派出两个中队的学生去担任警戒，在一座小小的临澧县里，三步一岗，五步一哨。当戴的汽车驶到县城附近时，余乐醒早率领全体教职员和部分学生在道旁恭候多时，在一声立正号音发出后，接着是几处同时传出了立正号音，使整个县城都进入了紧张的气氛中。站在交通要口的武装学生，也立刻执行了断绝交通的任务。戴笠本来是听了一大堆不满意余乐醒的小报告而来的，早就有气，一看到全城戒严来欢迎他，更是火上加油，在路上便发作起来。他厉声责问余乐醒，这样警戒森严是为什么？他说，他又不是过去的军阀，如果让蒋介石知道了他这么摆威风，那还得了。他一路发脾气一直发到班里，使得没有见过他的人都害怕异常，感到主任的威风的确不小。”