《明史》上说，胡惟庸作为一国丞相，很多年来一直受到朱元璋的宠爱，自己独揽丞相大权，有的时候，发生了一些事情也不向皇帝报告，还随便提拔人和处罚人，架空了皇上。当时有很多人知道丞相其实才是真正的执行官，而皇上在此时其实就是名誉上的，而且跟丞相说话比较说得上，想见皇上一面那是多难的事啊，于是人们送给胡惟庸的金银财宝不计其数。胡惟庸家真的是天天车水马龙的，家门口的车造成了不知多少次交通堵塞，很多出租车司机谈起他们家的门口，都是大惊失色。老朱不是傻子，他也渐渐知道了胡惟庸的专权，而他最恨的就是别人专权，这不是拆我的台吗？就因为他专权，即使他没有罪，也要把他杀掉。
可见，胡惟庸的罪就在于擅权僭侈，而这正是朱元璋最忌讳的。
胡惟庸是朱元璋的老乡，在朱元璋起兵后投奔了朱元璋。胡惟庸从元帅府的奏差、宁国县的主簿、知县，逐渐爬到了左丞相的高位。可谓是一路高升，朱元璋对胡惟庸的专权早就有所耳闻，只是一直怀恨在心，老朱不因为一点小事就治胡惟庸的罪，不值得，他要等胡惟庸把篓子越捅越大的时候，一起在秋后算总账。
洪武十一年（1378年），朱元璋下令限制中书省的权力，命令以后臣向上奏书，不许“关白”中书省。“关白”是什么意思？就是凡是送给皇帝的奏章，都要同时送给中书省丞相一份。作为皇帝，朱元璋希望大权独揽，掌控生杀予夺，决定一切，怎么能允许这个权力被丞相分割呢？自己吃肉，也不许别人喝汤。至于洪武十三年（1380年）他除掉胡惟庸，废除丞相制度，不过是洪武十一年不许“关白”中书省的措施的延续。在丞相被撤消以后，六部尚书直接对皇帝负责，六部与皇帝之间，没有了丞相这一中间管理层，朱元璋就实现了大权独揽。
明朝是老朱打下的天下，朱元璋要把它传给子孙，他不仅不愿意自己的权力被丞相分割，而且也不允许子孙的权力被丞相分割。因此，他把撤消丞相制度这件事写到《祖训》里头，规定说你们以后不许犯傻，立丞相就是在给自己找麻烦，立了丞相他就会找机会分你的蛋糕，这是咱们家的蛋糕，怎么能让别人随便吃呢？他吃了你还吃得饱吗？如果你们谁要立丞相，一定要被严厉惩罚！
从这个角度说，胡惟庸又死的不冤。
说它是冤案，是因为在将胡惟庸处死时，他还没有罪名，后来所指的罪行都没有实证，所以说他是冤枉的。他死后，才说他谋反，说他勾结蒙古人，说他勾结倭寇，罪名越加越多。这些罪证一件件揭发出来时，已经到了朱元璋的晚年。
说胡惟庸的案子不是冤案，是因为他死于专权，他影响到了皇帝的集权，就该死，所以说皇帝没有冤枉他。
李善长死得冤枉
但是即使胡惟庸有不冤的成分在里面，但是有人是真的冤啊，那就是跟随朱元璋打下天下的韩国公李善长。当时胡惟庸的案子已经出来了，古代的规定大家也知道，但凡跟罪犯有点瓜葛的人就会被惩处，轻的流放，重的处死。李善长跟胡惟庸也是老乡，平日里关系自然不错，他们又都是淮西派，当然更不是一般的亲密了。而且，李善长弟弟的儿子是胡惟庸的侄女婿，他们是亲戚。而胡惟庸又是李善长介绍来的，对胡惟庸有知遇之恩，所以应该惩治李善长。朱元璋当时也明白，就说，李善长跟我这么多年，忠心耿耿，不能处死。但是，令人不解的是，胡惟庸案发十年以后，又有人告发说李善长早就知道胡惟庸要谋反而不揭发，因此他就是“胡党”。这时候的老朱可能是岁数又长了十岁，变得糊涂了，于是就把李善长抓来杀了，李善长一家七十多口都被处死。李善长从朱元璋一起兵的时候就跟随他，在他的左右给他出谋划策，并且在后勤处料理一切繁杂事务，把个军队后勤部整顿得井井有条，还一直为老朱供给军饷。但朱元璋在集权问题上从不手软，最终还是将李善长处死了，这就是所谓的“胡惟庸案”。
在胡惟庸案中被牵连的李善长死后第二年，虞部郎中（负责山林绿化的官员）王国用就上书为他鸣冤，意思是说李善长的地位已经很高了，即使帮助胡惟庸篡位成功，地位也不会更高，李善长不会为此冒这么大的风险。李善长这样有大功的人得到如此下场，将会令天下人寒心。
据说，王国用的这封信是学士解缙代为起草的，虽然批评尖锐直白，但入情入理，无可辩驳。朱元璋读了如此冒犯的话，心知理亏，竟然不予追究，足见李善长死得有多冤枉。
胡惟庸一案导致胡家三族被诛，因被指控为所谓“胡党”而遭屠戮的人达一万五千之众，其中除了李善长还有很多公侯。杀了李善长后，胡惟庸案也宣告结束，此案的后果是废除了丞相制度。
丞相制度在中国历史上延续了将近两千年之久，中书省撤消以后，中国的丞相制度就此over（完结）了，明朝从此不再有什么丞相，而至于后来的什么“救时宰相”于谦、“奸相”严嵩、“革兴宰相”张居正，都不是原来意义上的丞相或宰相，所谓的“崇祯五十宰相”，也不是真宰相。清朝承袭明朝制度，依然没有设宰相。大家耳熟能详的“宰相”刘罗锅，实际也不是宰相，只有宰相之名，而无宰相之实。真的追究起来，这些大臣是连宰相的名也没有的——所谓宰相，不过是内阁大学士或首席大学士。在明清，习惯上把所有的大学士都叫宰相，那只是沿袭以前的说法。
先发制人杀蓝玉
蓝玉案，或称“蓝党之狱”，爆发于洪武二十六年（1393年）。
蓝玉是定远人，开国公常遇春的小舅子，在常遇春手下当兵，作战勇敢，所向披靡，被授予武德卫指挥使职务，地位逐渐上升。后来，他又先后跟随中山王徐达征讨北元残部，跟随西平侯沐英征讨西番，跟随颖川侯傅友德征云南。由于屡立战功，蓝玉被封为永昌侯。蓝玉最著名的军功，一是洪武二十年（1387年）作为左副将军随大将军冯胜出塞，降服了北元悍将纳哈出；另一个就是洪武二十一年（1388年）的捕鱼儿海战役。
1388年三月，蓝玉率领军队15万人北征，从大宁进到庆州。蓝玉听说元帝脱古思帖木尔在捕鱼儿海（今贝加尔湖），便抄近路，兼程而进。到了百眼井处，这里距离捕鱼儿海还有四十里，仍然没有发现元军行迹，蓝玉便想引兵退还。部将王弼此时提出了不同意见，说：“我们领兵，深入漠北，没见到敌人就回师，这样没法向上交待啊。”蓝玉一听也对，于是命诸军继续前进，并采纳王弼的计谋，在地上挖大坑做饭，这样敌人就看不见烟火了，军队就能够不被发现行踪，秘密前进。后来探听到元帝营在捕鱼儿海东北八十里处。蓝玉命王弼为前锋，迅速出击，直奔元帝大营。
而元帝脱古思帖木尔以为明军刚与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，于是放松了警惕，没有作任何迎敌的准备。无巧不成书，上天帮助明军，在他们奔袭北元汗帐的大营之时，恰好风沙弥天，大草原上的沙尘暴可不是一般的厉害，能见度也就是十米。明军一路顺顺利利地到了汗帐外，才被北元军发现。此时，脱古思帖木尔根本不能再作什么有效的抵抗。北元太尉仓促上阵，很快战败被杀。脱古思帖木尔侥幸脱身，带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向。蓝玉率精骑追赶，但元帝使出了浑身解数，拿出追死兔子的本领，蓝玉最终没有赶上。
这一次战役，脱古思帖木尔的二儿子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。蓝玉带着这些人啊物啊的战利品，高高兴兴地回朝了。
这次战役是北元政权遭受的最大挫折。元朝领导人虽然离开了中原，但在漠北一直保有完整的官僚体系。但是这次之后，他们就彻底没戏了，在这之前重回中原享受现代生活的希望，被蓝玉彻底摧毁了。从此，逐鹿中原只是他们午夜梦回时只能称得上是想法的想法了。
蓝玉因此以军功而晋升为凉国公，他是继中山王徐达、开平王常遇春之后的明军重要将领。蓝玉此后又在明军数次北征蒙古的战争中脱颖而出，建立了赫赫功勋，成为洪武后期的最勇猛的将领。
蓝玉因此不断地加官进爵，地位逐渐显赫。
但是，蓝玉因立有军功和受朱元璋的宠爱，渐渐骄傲恣肆，居然纵容家奴侵占民田。御史对其家奴的不法行为进行质问，他就大胆地驱逐御史。蓝玉带兵北征回还，半夜来到喜峰关城下，要求开门，关吏限于制度没有及时开门，他一气之下就毁关而入。后来，又有人告发他，说他私自占有元朝皇帝的妃子，致使人家妃子以为找到了好的靠山，结果事情败露，羞愧至极以至上吊自杀了。在军中，他为所欲为，擅自升降将校。这可是皇帝才能做的事，他居然代劳了，皇上应该不怎么感激他。参加西征后，他被升为太傅，而与他同时出征的宋国公冯胜、颖国公傅友德却被封为太子太师，他对此大为不满，整日满腹牢骚。
洪武二十六年（1393年）二月，锦衣卫指挥蒋琐揭发蓝玉谋反。经审讯，说是蓝玉串通景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东伯何荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋划在朱元璋出宫耕种田地时起事。这可是朱元璋两大忌讳之一，当然不会轻易放过谋反的人了。于是，蓝玉被族诛，凡连坐的都称为“蓝党”，一律处死。朱元璋亲手写诏布告天下，并将蓝玉谋反的事实编为《逆臣录》。朱元璋在诏书中说：“蓝玉这个逆贼谋乱犯上，结果不幸事情败露，跟此事有瓜葛的有一万五千人，全部被杀死。从今天起，跟蓝玉有关系的人就全部赦免了。”杀了一万五千多人以后，朱元璋似乎还觉得自己已经很宽容了，因为其他人已经被赦免了。然而，仅列入《逆臣录》的高官就有一公、十三侯、二伯。经这一次杀戮之后，明初的功勋宿将差不多都被杀完了，各军府卫所被株连诛杀的军官达几万人。这时候，朱元璋还说什么“跟蓝玉有关系的人就全部赦免了”，这句话听起来很是冠冕堂皇，因为这时候人差不多都死绝了，谁还敢、谁还能追问呢？
如此众多手握重兵的高级将领，为什么会毫无反抗地束手就擒呢？很显然，他们没有任何要同朝廷作对的意思，也就是说，他们并没有谋反。但与此相反，朱元璋却早为这次杀戮做了精心准备。
虽然朱元璋对权臣的防范由来已久，但蓝玉案爆发还是有一个重要的导火线。蓝玉案爆发前一年，即洪武二十五年（1392年），朝中发生了一件大事：四月二十五日这天，心慈手软的太子朱标不幸逝世，享年三十九岁。白发人送黑发人，这对朱元璋的打击非常大。他在皇宫东角门召见群臣时说：“眼看着我老了，没有几天活头了，太子居然死了，这难道是命吗？”不禁大哭，这时他已经六十五岁高龄了。
按照嫡长子继承制，皇位只能由皇太子的长子接任，而朱标的长子早已夭折，这时排行老大的朱允炆才十五岁。朱元璋诛杀权臣，本来想要为子孙铲除后患，当年，朱元璋曾对朱标明确表示，铲除权臣如同除掉荆杖上的棘刺，是为了便于掌握，但是他没想到太子朱标会死在自己的前面。
史书上曾经有这样的记载，当初马皇后去世以后，朱元璋一直郁郁不乐，少了这么个跟自己并肩作战的最好的战友，朱元璋心里十分的难过，于是有点事就可能把他老人家的怒火勾起来，老朱也是不含糊，你让我生气，我就让你脑袋搬家。但是生性善良的太子连鸡都舍不得杀，怎么见得了自己的父亲像是杀鸡似的杀人呢？所以有一次，太子朱标实在忍不下去了，就进谏说：“陛下您杀大臣杀得太多了，这样恐怕会伤了君臣间的和气吧？和平相处多好，干嘛一定要诉诸武力呢？”朱元璋听了以后没说话，沉默很久。结果第二天，朱元璋把太子叫来，将一根荆棘扔在地上，然后命令太子捡起来。面对长满刺的棘杖，太子觉得很为难，自己又没有戴手套还不扎死？朱元璋见太子犹豫半天，就对他说：“这根荆棘你拿不起来吧？我替你将刺磨干净了，这样不就拿的起来了吗？现在我所杀的人，都是将来可能威胁到你做皇帝的人，我把他们除了，是在为你造莫大的福啊！这样你还觉得不好吗？”
老朱原来是在现身说法，还懂得用修辞手法，简直是厉害！
太子跪下来给朱元璋磕头，但心里仍然不同意朱元璋的观点，低头说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”这是什么意思呢？很简单，现在有个词叫上行下效，通俗点就是上梁不正下梁歪，父亲你要是尧舜那样的明君，怎么会来那么多的乱臣贼子？
朱元璋不是傻子，他听了这话能高兴？朱标这番话把老朱气得搬起坐的椅子就扔了过去，要砸太子，太子吓得赶忙逃走。