他父亲听到这里，有些生气了。这孩子如今竟也一点不知道尊重父亲的意见。他很想刮他儿子一个耳光。
对这样的孩子又该怎么处理？他应该好好读书，让一位有智慧的老师启蒙，引领他对学识的尊敬。为什么不把这傲慢的孩子送到瓦隆布罗萨的修道院去训练呢？那里的教士神父专精于亚里士多德（Aristotle，公元前384～公元前322，希腊的大哲学家）和托马斯·阿奎纳（Thomas Aquinas，1225～1274，意大利神学家）的学问，定能改正伽利略的妄想，而使他走上较好的研究学问的道路。
这个计划好像相当成功。伽利略的思维敏捷，记忆力好，很快就赢得修道院老师的喜爱。他的双手不再急于活动创造，他充满渴望的脑子不再发问，他一心一意地吸取神父们摆在他眼前的经典书籍中的知识。伽利略高兴地说：“我多么幸运，生长在印刷术发明之后！在过去的时代中，古人的教诲必须写在卷轴上，只有很少的人能读到和研究。我要读尽这些已写下来的书籍，如此，我可以获得世上万事万物的道理。”
伽利略对这种读书生活十分着迷，他决心要做修道院士。他什么也不想，就只想在这瓦隆布罗萨安静的图书馆里度过这一生。或者，在这充满了松树、胡桃树芬芳空气的公园中散步，像这些树木一样，守卫在这与喧嚣世界完全隔绝的地方。
伽利略的父亲虽然也是虔诚的教徒，但对这个极有天赋的儿子，却另有打算：像伽利略这样才华横溢的年轻人，一定可以很快进升到上流社会，可能成为大主教，甚至红衣主教，光耀门楣，重振家声；但他也知道，这孩子虽然现在沉浸在典籍中，静静地接受修道院的教育，他也可能突然间恢复他以前所拥有的那些狂妄野心。
他感到忧虑，这孩子会不会回想起，以前长时间从事的那些小玩意的发明和贩卖？他会对他现在正急于汲取的知识发生过怀疑吗？以他缺乏修养的态度和顽固的个性，他会尽力培养政治才情以求显达吗？他会和对他极有影响力的那些教士前辈发生争执从而最终妨碍他的升迁吗？也许他会满足，愿意终生留在这教士学者的职位，做研究和教授的工作。
作为父亲，他所盼望的老年宁静生活是怎样的？谁来负责女儿的妆奁？谁来供给以后小儿子米盖的训练费用？米盖在音乐上的天才显然已超越了他这个做父亲的。
他指示儿子说：“孩子，我不许你当教士。明天你和我回佛罗伦萨去！”
黄昏使教堂变得黯然无光，伽利略在黑暗中沉思着，他记起父亲的话语。
“可是，爸爸，假如我不做教士和终身从事研读，那我还有什么事可做？”
“我已经为你的前途考虑了很久，你常听我说过替你取伽利略这名字的经过。我为什么替你取这么响亮的名字，你一定知道的。”他父亲严肃地继续着说，他和他同时代的人一样，十分相信占星学，“你在星象上注定是一个出色的医生。你去学医，一定会成名和富有的。”
伽利略的父亲总算为他儿子筹集了足够的钱，让他去比萨大学念医科。可是，从一开始，伽利略就反对学医。也许，这反对是根源于对父亲顽固的权威的抗议。他虽从小就显示出有一副科学的头脑，但他一直对在当时即使是最有名望的医生使用的那种行医方法和迷信感到厌恶。
伽利略愤怒地思考着：“只是死板学习古代权威希波克拉底（Hippocrates，公元前460～公元前377，希腊医生，有”医药之父“之称）和盖伦（Galen，129～199，古希腊名医及有关医术的作家）的医术，却不鼓励学生去做实验，不让他们自己去发现事实真相，这种学术课程，有什么意义？”
解剖课程的内容什么意思都没有，只是先由一个教授照本宣科地说明器官的组织，另一教授再加以讲解，然后由几名高年级学生帮忙，教授解释一下摆在前面的肢体。伽利略试图尽心去听讲，但他学士服长袖下面的手指蠢蠢欲动，为什么不允许他使用这解剖刀呢？
受人尊敬的医师仍旧用捣碎的独角兽角粉末来医治中毒病患。教授认真地以某些黄道带符号来解释身体器官的组成，讲述某些药草必须与这些符号配合运用。伽利略听了以后，对他们失去了信心，失去了尊敬。唯一使伽利略感到安慰的是，这里的课程当中，有一部分是他曾在瓦隆布罗萨时所接触过的哲学研究。
伽利略对数学也极为感兴趣，他要求他的父亲允许他放弃那些医学课程，让他专心念他喜欢的科目。但是他父亲极力地反对。父亲说：“为什么上帝给我一个蠢物做儿子？我没有要你在家替我看店，我为你安排我自己从未享有的机会去接受最好的教育，你竟放弃，还想去研究数学！数学，不要提！这门学科没有人重视，我已经听说你的大学里根本没有一位教这门学科的教授。实际上，你的数学是站在走廊上偷听那位从里西来的宫廷数学家替小公爵授课学来的。明天我就要去告诉那位皇家教师，让他把你从那个地方赶得远远的。”
他的父亲真的做到了。伽利略无可奈何，只有在没有老师的情况下，研究自己喜爱的课程。他逐渐放弃了医学研究。他每次在教室向医学教授要求解释一些事实时，常使这些教授感到非常烦厌。
这位年轻的学生常会这样发问：“但是，老师，你怎能证实你刚才所说的呢？”
“这必然是这样的，因为我们的书本上是这样记载着的。”这就是教授的回答。通常教授还接着讲一段希腊哲学家亚里士多德的权威言论，来证明自己的回答是毫无质疑的。
就在同一天早上，伽利略曾向一位教授提出质疑：“你说这一定正确，因为亚里士多德的著作上这样写着。但是，如果亚里士多德犯了一次错误呢？”
课堂内头发斑白的教授和班上大多数人，对这种轻视权威或神祇的言辞都感到震惊。这好像是在说：伽利略不认为有上帝的存在，或者可说是，他在替很少为人所知的尼古拉·哥白尼（Nicolaus Copernicus，1473～1543，波兰天文学家，现代天文学的创始者）理论作辩护（哥白尼认为地球是围绕着太阳运行的）。
老师怒不可遏，最后，他冷冷地说：“年轻人，除非你能谨言慎行，尊师重道，不然，我不允许你进入这教室。”
伽利略在气愤中匆匆离开。他不愿看见同学们幸灾乐祸的表情。在低着头走出教室时，他自问：“他们为什么要恨我？我要寻找真理，难道这也是错误？”
一位穿着黑色长袍的教堂司事，手执一支细长的火炬，从教堂远端的石柱后慢慢地走过来。远远的，这火炬像是一颗星星，他在伸入灯碗中点燃吊灯时，吊灯犹如星光一亮一暗，其余的吊灯在黑暗中一一被点燃。最后，这位司事走近伽利略停靠的石柱附近，他指间仍捏着一串念珠，年轻的脸庞上深印着一层悲怆沉思的表情。
突然间，伽利略向前走去。他脸上不再愁眉不展，而是好奇与兴高采烈的表情，眼睛中闪烁着光芒，注视着离他最近的一盏吊灯。司事在点燃它的时候，任它被天花板的铁链吊着，并随之摆动。
司事继续点燃其余黑暗处所有的吊灯，任它们摆动着。他一点也不知道，这些动作会对在他身后的这个男孩带来什么启示。