1882年，在弗洛伊德参与合作期间，布洛伊尔正在尝试用催眠术治疗癔症患者，并已发现所谓的宣泄法（cathartic method）。他们一起研究了精神分析发展的一个关键人物——女癔症患者安娜·O（真名是伯莎·波彭海姆）的经典病例。她有种种癔症症状，包括麻痹、感觉缺失、病态性恐惧和不能喝水。布洛伊尔用催眠术和宣泄法来治疗这些症状。
他发现，如果进入这些症状的深处，鼓励患者吐露其真情，让其回忆过去的经历，在解除其催眠状态之后，患者就会感到好些。结果，当布洛伊尔用催眠诱导安娜·O描述致病的情绪事件，并充分发泄她的情绪以后，发现其困难得到了解除，从而喝水的能力也获得了恢复。弗洛伊德写道：“宣泄法是精神分析的直接的先驱，尽管有各种经验的扩展和理论的修正，但它仍是其核心。”因此，弗洛伊德在美国克拉克大学头两次讲演中，“它给人的印象：不是弗洛伊德，而是布洛伊尔才是精神分析的真正奠基者。”后来两人理论观点日益分歧，弗洛伊德几乎就不再这样说了。
19世纪90年代，在精神分析学起始时期，有两部主要的代表著作：
1.《癔症研究》
这是弗洛伊德早期和布洛伊尔合著的一部最重要的著作，出版于1895年。这部书标志着精神分析学的理论奠基和正式起点。标准版编者导言中写道：“《癔症研究》通常被看作是精神分析的开端。”
本书包括四个部分：（1）癔症现象的心理机制（1893），布洛伊尔与弗洛伊德合著；（2）病例，包括安娜·O在内的五个个案史；（3）理论，是布洛伊尔的一篇理论论文；（4）癔症的心理治疗，为弗洛伊德所撰写。
本书提出两个重要思想：其一，对癔症的症状做了初步的、较详的分析和解说，开始提出癔症的创伤理论（trauma theory of hysteria），认为每个人均蕴藏着一些必须寻找出路的心理能量（mental energy），它们遇到矛盾时就会导致病理症侯。依他们看来，癔症的发作与患者过去精神创伤（mental trauma）的经历有密切关系，有些症状是“象征化”的，如梦中所表现的那样。而癔症的基础和前提是类催眠状态（hypnoid states），在发作时常伴有心理分裂（psychological dissociation）现象，通过催眠，可让患者得到精神宣泄与联想矫正后，就可使其病情缓解和治愈。值得注意的是：弗洛伊德在此书中首次提出“构成精神分析结构奠基石”的压抑（repression）概念，并注意到患者对过去的创伤经历确实想不起来或意识不到；从这点出发，弗洛伊德认为在安娜·O记忆缺失（amnesia）的背后存在潜意识的心理。含有精神分析意义的潜意识（unconsciousness）的概念似乎在其著作中第一次公开出现，这就为他后来所创建的精神分析学奠定了理论基础。弗洛伊德后来说明，关于“癔症的基础与前提是类催眠状态”主要是布洛伊尔的观点。他认为患者过去的创伤经历是一种偶发性因素，而患者潜意识内在本能的矛盾冲突，才是癔症发病的根本原因。其二，在把动力因素（dynamic factor）和经济因素（economic factor）包括在癔症病因中时，弗洛伊德强调了情绪生活尤其是性欲的作用。书中写道：“性本能无疑是兴奋性持续增长（及其后发生神经症）的最有力的根源，并宣称‘女人中，大多数严重神经症的起因是在婚姻的两性关系上’。”又说，“即性似乎在癔症病因中起着主要的作用，它是心理创伤的来源和‘防御’的一个动因——即受压抑的观念来自于意识。”因此，他们认为，任何被压抑的欲望、冲动、思想和情感在本质上都同性欲有关，其根源可追溯到儿童时期。
本书出版后，受到维也纳和德国许多人的严厉责难，13年中只销售了626册。本来布洛伊尔对弗洛伊德坚持性冲动在癔症病因中的决定作用的观点是有疑义的。在弗洛伊德看来，一个有着正常性生活的人就不会患神经症。而布洛伊尔认为任何创伤性的记忆（不仅仅是性方面的）都可能被压抑而引起神经症症状。但在弗洛伊德多次要求下他很勉强地同意出版了该书，出版后遭到的冷落和批评，布洛伊尔更感到伤心。但弗洛伊德却一笑置之。这样，本书的出版就成了他们十多年来的友谊破裂的开始，到了1898年前后，他俩不但未能和解反而分道扬镳了。
2.《科学心理学设计》
本文是弗洛伊德早期勾画的一个原始理想的心理学理论模式，也是精神分析学生成的一个重要的思想基础。
弗洛伊德深受布吕克的生理学的物理主义、赫尔姆霍茨的生理学、能量守恒定律、达尔文进化论的影响。他在开始治疗神经症的过程中，曾设想以赫尔姆霍茨的生理学概念，将生理学与心理学联接起来，用一种以神经生理学为基础的精神能量，解释变态和常态共同具有的心理过程。
弗洛伊德在与威廉·弗利斯（W. Fliess）从1895年4月开始连续的信件中，表明了其依据进化论、能量守恒定律，在脑生理学的基础上构建心理学理论模式的早期构想。信中说明弗洛伊德在两三个星期中写下了这篇科学心理学设想的初稿，他在1895年10月2日的信中兴奋地写道：“……一切事情似乎都配合无间，齿轮啮合，给人的印象是好像一部机器就会自动运转了。神经元的三个系统，量的自由和约束，原发性和继发性过程，神经系统的重要和谐与倾向，注意和防御的两个生物学原则，质的指征，现实与思想，精神性欲状态，压抑的决定作用，以及最后，作为知觉功能的意识的决定因素——这一切都配合无间而且将继续地配合下去……”
本文共分三部分：（1）一般方案；（2）心理病理学；（3）正常Ψ过程的表述。第一和第二部分着重阐述理论基础。第三部分为临床资料，已深入到性的领域。弗洛伊德对本文苦思冥想的兴奋仅是昙花一现，到11月8日他在给弗利斯的信中自称已无力解决这一复杂的精神能量问题，便将此稿搁置，未予发表，且欲焚毁。此稿直到1950年才被重新发现发表，1954年译为英文。
研究者发现，试图建立一个心灵的神经生理学（医学）模型失败之后，弗洛伊德转向了心理学模型，开始建构精神分析学。萨金和弗莱明指出，尽管弗洛伊德的《科学心理学的设计》一文没有成功，但它所包含的许多概念都将在精神分析研究中出现。如《癔症研究》（1895）、《释梦》（1900）、《性学三论》（1905）、《超越快乐原则》（1920）、《自我与本我》（1923）等著作中的理论框架和重要概念（守恒性原则、能量贯注、释放、原发性、继发性、愿望实现、梦的分析、潜意识与意识等等），均可在这部著作中找到来源。因此，《科学心理学的设计》是弗洛伊德思想新的转折点，是精神分析学的雏形。
值得注意的是，弗洛伊德在此稿中想解决的能量问题，究竟是物理的还是精神的，他本人终其一生都承认未获解决。通常说弗洛伊德是一个精神决定论者，但在此稿中可看出他最初乃是一个赫尔姆霍茨和毕希纳（L. Buchner，1824~1899）式的机械唯物主义者，后来才转向生物主义和心理主义的。
（三）精神分析学形成时期（1900~1909）
如果说19世纪80至90年代是弗洛伊德精神分析学准备和奠基的时期，那么到了20世纪头十年则是精神分析学体系形成、弗洛伊德成名之始的时期。
在这个时期，弗洛伊德有四部重要的著作：
1.《释梦》（亦译《梦的解析》、《梦的释义》）
这本书出版于1900年。弗洛伊德在广泛总结前人有关梦的研究成果的基础上，根据他对病人的梦的临床研究和个人40个有关梦的自我分析，深入地探讨了梦的实质、释梦的方法、梦的伪装、梦的材料和来源、梦的工作以及梦的过程的心理等有关梦的重要理论问题，它不仅提供了开启神经症患者心扉的一把钥匙，而且还成为了解正常人潜意识活动的一条最重要的途径。人们通常把《释梦》视为精神分析学形成的标志，弗洛伊德学说三大理论支柱之一——梦论的典籍。
《释梦》共有七章：第一章详述前人有关梦的问题的科学文献；第二章举例详述释梦的方法；第三章提出梦是愿望满足的理论；第四章阐述梦的伪装（歪曲）；第五章阐述梦的材料和来源；第六章结合多种梦例说明梦的运作方式；第七章阐述梦的过程心理学，既涉及弗洛伊德学说三大理论支柱（梦论、潜意识论、性欲论），更概述了精神分析学的基本理论内涵，如精神结构（潜意识、前意识、意识），精神过程（原发过程与继发过程），精神活动原则（快乐原则与现实原则），精神动力（贯注与释放、压抑与阻抗），等等。
弗洛伊德本人对此书既十分重视又非常满意。他曾说过，《释梦》这部书“包含了我有幸能做出的发现中最有价值的部分。这种洞察力即使能让人有幸具有，一生也不过一次而已”。有一次，琼斯问弗洛伊德哪本书是他最喜爱的著作，弗洛伊德顺手从书架上拿下两本书，一本是《释梦》，一本是《性学三论》，并对琼斯说：“我希望这一本书（指《性学三论》）能因为大家都接受这个学说而很快就会过时，但是那一本将会流传久一些。”但是，这部著作刚出版时曾受到很大的冷遇和责难，第一版共印了600册，头六个星期只卖了123本，在以后的两年内，又卖了228本，花了八年时间才全部卖完。弗洛伊德出版此书后，急切盼望各方面有所反响，但却令他很失望，大多数人并不知道这本书，只有极少数人才知道它。当他在大学开设《梦》的讲座时，听众只有三个人。但《释梦》毕竟是弗洛伊德最主要的代表著作，也是“使他名垂青史的一部巨著”，其重要性终于被人们所承认。在弗洛伊德去世前，共出了八版。西方学者有的将《释梦》誉为“揭开人类心灵的奥秘”。甚至美国前全国图书馆协会主席、伊利诺大学图书馆馆长罗伯特·唐奈斯（Robert Connors）博士把此书视为“改变世界历史面貌”的名著。
2.《日常生活心理病理学》
这本书是弗洛伊德用动力心理学观点解释日常生活事件的一部重要著作。1901年发表在杂志上，1904年出版了单行本，其后再版多次，每次均有修改和补充。
在这部著作中，弗洛伊德从精神决定论的思想出发，依据一般人在日常生活中发生的失误（parapraxia）现象和自我分析的实际资料为素材去发掘意识的存在，了解潜意识压抑作用的功能，揭示人的深层精神活动的奥秘。弗洛伊德说明人的思维过程绝非首先是理性的，而知觉、记忆、思想和冲动通常是由潜意识欲望引导的。他说：“你若有机会以精神分析法探求人心深处的所思所感，便不难一睹种种潜意识动机的真相。”我们口头说的，“并不是我们真要说的。”他断言，被压抑的潜意识的东西侵入意识系统有六种伪装形式，即自由联想（free—association）、移情（transference）、梦、神经症症状和遗忘、失言、笔误等失误行为以及诙谐等。弗洛伊德认为，人们所遗忘的大多数是人们不愿追忆的。他说：“他自己对不出钱看病的人，都容易忘记。”有一次会议刚开始，会议主席却宣布：“现在闭会。”在弗洛伊德看来，这是会议主席在潜意识中不愿意开会的真情流露。就是说，日常生活中的口误、笔误、遗忘等失误行为可能都是真正动机的反映，尽管这种动机还未被意识到。由此提出了精神决定论的思想，认为人的心理行为的千变万化都有其原因，即内在的、深层的、潜意识的精神决定因素。这说明潜意识动机和潜意识压抑不仅存在于变态心理活动当中，而且广泛存在于正常人的心理活动当中。该书标准版编者导言认为，在弗洛伊德的著作中，只有《精神分析导论》可与这本书——《日常生活心理病理学》相媲美。尽管一般认为《日常生活的心理病理学》对精神分析理论架构没有任何贡献，批评书中一些事例过于牵强附会，口误界定过宽，无法科学验证，存在神秘主义倾向，但此书是弗洛伊德最广为后人阅读的书之一，它在弗洛伊德在世时，就已经再版11次，并且被翻译成12种语言。
3.《诙谐及其与潜意识的关系》
这是一篇探讨幽默、诙谐等日常生活事件发生的潜意识心理机制的论文，也是弗洛伊德阐述潜意识的专论之一。发表于1905年。全文分为三部分：分析部分、综合部分和理论部分。分别就诙谐的技巧、目的、动机、心理起因及诙谐与梦、潜意识的关系做了深入的探讨。弗洛伊德认为，诙谐具有潜意识性、凝缩性、移置性、短促性和间接表现性等特点，并指出诙谐是能量的突然释放，双关语、言简意赅、玩弄辞藻，达到能量的节约，而许多诙谐的评语同样蕴含着被掩盖的某种攻击行为，蕴含着宗教、性和其他禁忌所不宜公开说的话。举例说，古希腊大哲学家和教育家苏格拉底（Socrates，前469~前399）的妻子有一天在学生面前谩骂并向他的老师身上泼水时，苏格拉底曾诙谐地说：“我早就知道，天要打雷（指骂人），一定会下雨的（指泼水）。”结果一时尴尬的局面转为哄堂大笑。从弗洛伊德的观点分析，这一诙谐，就是苏格拉底企图摆脱窘境的一种潜意识活动的外化。因此，弗洛伊德说：“诙谐是在潜意识里形成的，只要它服务于潜意识的目的，或者服务于被潜意识所强化的目的——这就是最‘愤世嫉俗’的诙谐。”本文所涉及的诙谐、滑稽、幽默、梦等问题，不仅有助于对潜意识的理解，而且还具有更广泛的人类学、语言学的意义。
4.《性学三论》