4月13日，“贝格尔”号在该河河口里靠岸。大清早，一场大风席卷而来，达尔文他们费了很大的周折才上了岸。“贝格尔”号在岸边被碰碎的危险特别大，它好不容易避免了这种危险才驶进港里。三天之后，船被拖上岸来。他们发现船的损坏并不那么严重，假龙骨被刮断了几米。在两次涨潮之间，船很快就被修好了，随后他们把“贝格尔”号重新放下水去，又把它系在岸边。
4月18日，费茨罗伊舰长带领着25名船员一起乘坐三只捕鲸船，动身沿圣克鲁斯河上流对该河进行考察。第一次，捕鲸船趁大涨潮之机，逆流而上。晚上，他们就已经行驶到了涨潮区以外的河面。河面宽约三四百米，河中心的深度为5米多。这条河流环行于其间的河谷宽达16千米。像台阶一样的阶地相互对称地分布在河谷两岸。因为河水湍急，无论用桨还是张帆都不能逆流而上，于是他们只好把三只船首尾相连地系在一起，把人分成两批拉起纤来。日落后，他们就宿营在一片灌木丛旁。每只船上的军官和船员都住在一个帐篷里，吃一样的食物。这样一来，他们每天只走16～20千米，有时稍微多一点。河谷里到处是光秃秃的沙漠，沙漠上稀稀拉拉地长着一些毫无生气的植物和带刺的灌木。沿途碰见了许多脖子脱了臼和骨折的羊驼，这是在兀鹰和白兀鹫的助威下，美洲狮捕猎羊驼留下的痕迹。灌木丛中有许多经常受到小狐狸追逐的小鼠，它们长着一对大耳朵和一身软毛。
4月26日，达尔文一行发现这里有了新的情况，这里的地质情况开始发生变化。稀疏的小玄武岩砾石没有了。出现的是更坚硬的石块，然后是一整座玄武岩地台，河水就是穿过这种玄武岩块流动的。玄武岩的厚度显著增大。达尔文认定，河水是在海底上升到地面后，在原来海湾的地方，为自己开辟一条通道的。
“贝格尔”号的船员们接着就进入了隘口地区，在这里有几个罕见的喷泉。河流逐渐变窄了，拖拉船只的劳动愈来愈艰苦。陡峭的河岸附近的悬崖上有大量兀鹰，这是一些巨大的猛禽，它们的翅膀从一端到另一端几乎有两米半长。
29日，科迪勒拉山脉的一群雪峰出现在地平线上，开始时，达尔文遇到了大量的斑岩砾石。达尔文根据地质情况的考察，认为：从前这里可能是大海，当时这些斑岩砾石就在浮动的冰块上被冲来了。
5月5日，他们开始返回，由于他们是顺流而下，经过的地方都特别凄凉和寂寞，所以并没有什么值得回忆的事情发生，这次返回途中用了三天的时间。
“贝格尔”号对南美洲东岸的旷日持久的测量工作终于结束了。“贝格尔”号再次出海，经麦哲伦海峡向西岸驶去。这是一个狂风暴雨的日子，达尔文由于害病而备受煎熬。
6月8日，“贝格尔”号驶进了不久前发现的马格尔累纳河，并经马格尔累纳河来到塔尔纳角，那里的岩石、冰、雪、风、水令人望而生畏，不过到了早晨，覆盖着一层雪的萨尔明托山的壮丽景象又显露出来，山麓下有着一片片阴森的树林和一条条通向海边的冰川。“贝格尔”号沿着狭窄的海峡迂回行驶，于6月10日从两大悬崖——东符里岛和西符里岛之间进入太平洋。这里海岸的形状，使住在陆地上的人只要看到了它，整个星期都会想到翻船、危险和死亡，从而使人变得忧心忡忡、焦虑不安。达尔文也正是带着这种印象与火地岛永别的。
6月28日，“贝格尔”号在奇洛埃岛上的圣卡尔洛斯港湾落了脚。奇洛埃是一个山峦起伏的大岛，到处被密林覆盖着，生长有常绿树木和热带植物，经常有海风刮来，并带来大量的雨水。岛上和睦而又勤劳的居民是由具有印第安人血统的混血人种组成的，他们使用最原始的工具来开垦土地和磨碎粮食。鱼、马铃薯和猪肉是岛上的主要食物，居民们栖身于清除掉树林的海岸上。圣卡尔洛斯是一个居住很分散的小村庄，村中房屋的四壁和屋顶都是用松木板构造而成的。
7月14日，“贝格尔”号离开了这个潮湿多雨的地方，向智利的主要海港瓦尔帕莱索驶去，7月23日到达该港，并停泊在那里。在离开火地岛和奇洛埃海岛之后，达尔文对瓦尔帕莱索的气候大为赞赏。其城市也很美，它坐落在一排特别鲜艳的红土壤大山丘的山麓旁，由一条长街组成。远处显现出山峦起伏的科迪勒拉山脉的轮廓和圆锥形的阿空加瓜火山。达尔文在这里遇见了老同学和老朋友理查德·科尔菲德，因此感到万分高兴，并且留在他家借宿。
1834年6月24日，达尔文在给亨斯洛的信中说：“在南方雾气弥漫的阴沉气候里长期航行之后，呼吸清新的干燥空气，享受美好的暖和天气，品尝有味的新鲜煎牛肉，乃是人生最大的幸福。”不难看出，在艰难的海上奔波之后，只要能够稍事休息一下，达尔文对此就已经感到心满意足了。他也对以前故乡、朋友和剑桥自由自在的生活非常怀念。
像以前一样，达尔文还是期待得到他的挚友、博物学问题方面的导师亨斯洛对他的收集工作给予有益的建议和批评。达尔文将所收集的全部收集物都给他寄去了。亨斯洛的住所成了这些收集物的“大本营”。但是，由于条件不是很便利，“贝格尔”号经常航行且难于事先知道停泊地点和时间，因此达尔文有时候一年的时间也收不到亨斯洛的回信，有时甚至会更长些。达尔文特别焦急地等待着亨斯洛对他在1832年8月从蒙得维的亚寄去的有关他的搜集物的一些询问的回信。亨斯洛是怎样看待达尔文的搜集物呢？亨斯洛会不会说他所收集的收集物太少了呢？而他却在大量研究地质学，并试图弄到圣地亚哥的每一种不同的岩石标本！有时他会尝试在炎热的太阳下搬来更多的岩石！而“当他一无所知的时候”，他该怎样在热带森林中对陌生的植物进行采选呢？他与其说关心所收集的动物形态标本的数量，不如说是关心把标本保存得更好些。标出并记下标本的自然形态和颜色，而不局限于采集的时间与地点，他这样做是否对呢？同年11月，当他把收集物连同一些珍贵的化石标本从布兰卡寄给亨斯洛后，他在给亨斯洛的信中写道：“我急于知道这些东西的处境，并急于听到对寄去的东西的数量和种类的各种评论。”
后来，达尔文提出的这些非常重要的问题在十八个月后才得到答复。亨斯洛在1833年5月15日写了回信，达尔文于1834年7月24日才收到，而且是在瓦尔帕莱索同亨斯洛于1833年12月15日发出的另一封信一起收到的。达尔文总是不大相信自己的能力。由于这么长时间没有收到回信，一切全靠自己处理，于是就想象，也可能是由于自己给亨斯洛所提供的资料非常有限，因此，在短时间内，亨斯洛是很难快速给出合理的答案的。
这一次，达尔文在瓦尔帕莱索一下就收到亨斯洛的两封信，此时达尔文兴奋不已！显然，亨斯洛对达尔文的收集物所给出的评语特别好，这使得达尔文的荣誉感达到了最高峰。当然，亨斯洛建议他把自己的收集物的复制品寄来。达尔文虽然意识到这个意见是正确的，但是他辩白说，他在海上经常患晕船病，只有在特别好的天气里才安然无恙，所以不能工作太久。他写信告诉亨斯洛说：“我的笔记篇幅已很大，四大开的纸我都写满了，有600小页左右；一半是地质学，另一半是对动物不完善的记录；对于动物，我照例是描绘那些泡在酒精中保存起来的标本中无法看到的部分或事实。”
和以前一样，达尔文在这封信中也同亨斯洛交换对动物的各种各样的看法。这些看法就是：关于他们以前未见过的长着摇晃的鸟头和迅速移动的长线状物的苔藓动物的类型，关于他们在热带潮湿土壤中发现的涂有鲜艳色彩的陆生真涡虫；关于他原来认为是水母，而实际上是一种结构极为复杂、“无法归入任何一个现存的目”的浮游动物科等等。这些情况是与地质考察、对自己考察的叙述、对未来的展望，以及对收集物包裹的命运的关心，杂乱无章地交替出现。达尔文给导师写信说：“我在这封信中向您表达了相当大一部分利己主义，但您会想起来，在博物学方面，我把您视为我的父亲，而儿子是要向父亲诉说自己的情况的……”