出于安全考虑，斯库尔泰蒂和哥白尼派出代表去加强主教城堡的防御工作，尤其是利兹巴克的防御工作。同时他们也向格但斯克总督扬·巴林斯基提出要求，请他向利兹巴克提供大炮、火药和铅。两位代表——蒂德曼·吉斯和莱奥纳德·尼德尔霍夫来到利兹巴克，以神甫会的名义接管了主教城堡。神甫会的两位代表向市长提出要求，要求他接管所有主教城堡的防务，并向神甫会宣誓效忠。普勒克十分忠实波兰国王和波兰，在反十字骑士团的战争中曾因英勇保卫利兹巴克而获得荣誉。
耶日·普勒克毫不迟疑地把两位神甫事件报告给国王，并占领利兹巴克城堡一直到选出新主教，因为他想保护城堡免受外来的突然袭击，另外也因为他想把城堡交给国王齐格蒙特·斯塔雷所信任的新主教。
不久之后，神甫会的使臣前往克拉科夫向国王递交了弗龙堡神甫的名单，请国王选定四名神甫，以便神甫会从中选出一名主教，然后再请求教皇批准。1523年3月17日，齐格蒙特·斯塔雷接见了神甫会的使臣。4月4日，确定了主教的四名候选人，他们是：教长帕维尔·普沃托夫斯基、文物保护人莫里齐·费贝尔、副主教扬·斯库尔泰蒂和神甫蒂德曼·吉斯。吉斯当时正作为神甫会的使臣之一到国王身边。主教选举在4月14日进行，哥白尼参加了选举。结果得到国王支持的神甫莫里齐·费贝尔当选为主教。费贝尔的当选使十字骑士团十分不满。他们知道，新主教将和波兰密切合作，这无疑会使十字骑士团霸占瓦尔米亚的阴谋遭受严重挫折，甚至化为泡影。
瓦尔米亚主教莫里齐·费贝尔赢得波兰国王的信赖是有道理的。他出身于格但斯克的贵族家庭，是格但斯克市长的第10个儿子。16世纪初他在意大利留学，获得两个法学博士证书，一个是教会法博士，一个是世俗法博士。国王喜欢他，因为费贝尔家族对波兰国王是忠诚的，他的外甥扬·费贝尔甚至当了齐格蒙特·斯塔雷国王的私人秘书。
莫里齐·费贝尔主教没有辜负国王的信任，他和尼古拉·哥白尼一道努力，大大促进了战争创伤的医治和重建瓦尔米亚经济的工作。两个人一起在1525至1528年从事移民工作，百分之四十的移民是来自玛佐夫舍地区的波兰农民。在密切与波兰的关系方面，两个人都做出了显著的贡献。
哥白尼早在费贝尔未担任主教前许多年就同他很要好。哥白尼和费贝尔在对内对外政策上观点一致。在当选主教后，费贝尔不仅对波兰国王，也对瓦尔米亚神甫会进行了宣誓。在新主教获得教皇批准之前，主教区的行政管理权一直掌握在哥白尼手中。
哥白尼在卸任瓦尔米亚行政总管职务后，又两次当选为神甫会办公厅主任，一次是1523年，一次是1525年。他履行了自己的义务，并领导神甫会办公厅工作，编辑各种函件和监督神甫会的财务。他主持工作的这段时间刚好是同大首领及其办事人员发生冲突的时期。
冲突是由占领布拉涅沃的十字骑士团部队指挥官彼得·冯·多纳挑起的。在1523年夏，他洗劫了位于弗龙堡附近属于神甫会的克热村。神甫会和普鲁士各界向大首领临时代理人——桑比亚主教耶日·波伦茨提出交涉却无济于事。由于轻易取得了成功，多纳更加不可一世。1524年春他又对布拉涅沃附近几个属于瓦尔米亚神甫会的村庄提出领土要求。桑比亚主教在这个问题上采取暧昧立场，因此神甫们就去请示费贝尔主教，并请求正在格但斯克的波兰国王使臣给予帮助。像过去一样，这次指控十字骑士团的文件也是由哥白尼起草的。波伦茨主教决定在布拉涅沃对这一案件进行审理。审判结果可想而知，对神甫会很不利。瓦尔米亚神甫们认为这次审判是不合法的，他们直接向波兰国王递交了指控书，这份指控书还是由哥白尼起草的，其中列举了骑士团破坏和平的种种罪行。国王命令十字骑士团把抢占的财产归还给神甫会。哥白尼在写给费贝尔主教的信中痛心地控诉了骑士团办事人员的倒行逆施，他深有感触地责问道：“用信件去反对那些制造既成事实的人又有什么用呢？”和多纳的冲突并未就此结束。同年5月，多纳扣留了骑马经过布拉涅沃弗龙堡神甫会的一位市长，并侮辱他，诬陷他从事间谍活动，把他从马上掀下来，并且殴打了他的仆人。无计可施的哥白尼写信把这件事报告给主教，并讲述了骑士团大首领的临时代理人支持多纳所作所为的情况。哥白尼把十字骑士团对有关冲突问题的解释称为“诽谤”。为了防御傲慢的十字骑士团的暴行，神甫会雇佣了30名士兵。在哥白尼所写的有关神甫会和多纳及其他骑士团人员冲突的信件中，贯穿着哥白尼对骑士团及其战争方式的强烈反感。哥白尼维护的不仅仅是神甫会的局部利益，也是波兰王国的利益，齐格蒙特·斯塔雷国王写给神甫会的信中肯定了这一点。国王在回信中对神甫会办公厅主任尼古拉·哥白尼的行动表示支持。
与表面现象相反，骑士团国家的内部形势是艰难的。首先是格伦瓦尔德战役的失败，接着又有和波兰“十三年”战争的失败，这摧毁了它的军事实力。经济也不景气，陈腐的国家结构，再加上马丁·路德改革运动的不断发展严重削弱了国家经济。虽然骑士团在德国皇宫积极开展外交活动，但德国因卷入了同意大利的战争，无力再向骑士团提供军事援助。在这种形势下，大首领根据马丁·路德的建议，决定取消骑士团国家，成立依附于波兰的世俗路德派公国，这样就可以享受世袭的公爵权利。这种想法得到骑士团部分领导人的支持，也得到波兰王宫中部分官员的支持。当时王宫中有些大臣曾提出把十字骑士团从普鲁士转移到波多利耶去的想法。1525年4月8日签订了波兰—普鲁士条约，几天后，阿尔布雷希特作为普鲁士公国的统治者，在克拉科夫市场上举行了向国王齐格蒙特·斯塔雷进贡的仪式。
此后的普鲁士王国被称为公国普鲁士。
克拉科夫条约是当时国际法中天主教国家承认新教国家的第一个条约。依当时的观点看，应该说这是波兰外交政策的一个不小的成绩，因为它标志着和十字骑士团的战争时期结束了，波兰北部边界的安全有了保证。
普鲁士公国的变化给哥白尼增加了不少工作。他必须把十字骑士团占领过的财产整顿好，一方面是恢复行政秩序，另一方面是恢复经济秩序。此外，哥白尼还和阿尔布雷希特大公的代表举行了会谈，讨论瓦尔米亚和普鲁士公国之间全面调整经济和社会关系问题。和邻国制定相应的正常关系准则，花费了哥白尼两年时间。1528年7月6日，这个准则得到批准和签署，哥白尼是签署人之一。1529年，哥白尼最后一次担任神甫会办公厅主任职务。和骑士团结束冲突这件事成了哥白尼生活中的一个转折时刻。保卫瓦尔米亚，抵御十字骑士团的侵略，领导瓦尔米亚经济发展和医治战争创伤，这段耗费哥白尼很多精力和心血的艰难时期终于宣告结束了。