从司马迁被任命为中书令以后，我们几乎已看不到有关他的生平记载了。除了汉武帝继续进行的巡游活动，他可能仍然护驾随行以外，我们仅见的一项资料，大概就只有他五十五岁时写给朋友的一封信了。这封信写得荡气回肠，极为感人，千古以来为人们所传颂，是研究司马迁所不可或缺的资料。信中有关他受刑以后心情的描绘，以及舍弃引刀一快而自愿接受腐刑以求活的动机的表白，尤其可贵。
现代办报的人，讲“报人不上报”。司马迁写史本质上也有些像记者，大概也有点“史家不上史”的味道。关于他自己的事迹，在《史记》反而没有详细的记载，只能从一些蛛丝马迹中寻找行踪。这封信被称为《报任安（少卿）书》，部分内容在前面已引用多次，信录在《汉书·司马迁传》中，后来《昭明文选》也把它选了进去，唯字句间稍有不同，此处我们要了解的是写这封信的背景及他在信中所作的表白。
《报任安书》的背景就是巫蛊之祸。巫就是巫祝，自称能够与神相通、为人祈祷者。蛊的本意是蛊毒，造蛊的方法是把白虫放在一个器皿中，让它们自相残杀，最后战胜百虫独自存活下来的就是蛊。如果把蛊放在食物中，食之会使人发狂失志，所以引申为“惑”的意思，巫者以巫术害人也叫蛊，巫蛊之祸的巫蛊，指的就是这种意思。其方法是埋木偶祭祀，诅咒所恨的人，使被诅咒的人倒霉，所以蛊也指埋木偶。这种巫术由来很久了，因巫蛊被杀的事情时有所闻，而汉武帝时尤烈，因为汉武帝最信鬼神，方士神巫之流大行其道，巫蛊害人之术自然兴盛起来。
史上所称的巫盅之祸，是指发生在征和二年（公元前91年）的一次皇室悲剧。早在公元前130年，即司马迁十六岁那年，就曾经发生陈皇后（汉武帝姑母刘嫖的女儿，第一任皇后）因巫蛊被废的案件，被杀的有三百人。而征和二年这次，死者前后将近二十万人，被害的主要人物是戾太子和他的母亲卫子夫。
这个悲剧发生的原因有三：
第一，事件发生前三年（公元前94年）钩弋夫人生皇子弗陵，即汉武帝崩后继位的昭帝。因为怀孕期长达十四个月，而汉武帝听说尧也是十四个月才出生的，于是就命其诞生的地方为“尧母门”。这个举动使奸人敏感地觉得汉武帝极疼爱这个幼子，可能会传位给他，于是萌生了加害戾太子和卫皇后的念头。
第二，汉武帝经常给戾太子参与决事的“实习”机会，父子两人的性格、作风完全不同，汉武帝严苛而太子宽厚。因此，群臣凡主宽厚者多依附太子；而秉承汉武帝的意思、实际执法的大臣都诽谤太子。自从卫青去世后，卫后母子失去了有力的保障，那些反对太子的人士，纷纷起了加害太子之心。
第三，当时有一个专门为汉武帝监视贵戚近臣的特务，名字叫江充，极受汉武帝宠爱，被任命为直指绣衣使者，他与戾太子有矛盾。此时汉武帝已经六十多岁了，江充恐怕将来要是由戾太子继位，就会对他不利，所以时时等待机会要害死太子。
在这三种情况下，戾太子的处境实在是非常危险，只要一有疏忽，他都可能被害。不幸的是这个时候由于汉武帝仍然在求神仙，一些方士女巫齐聚在长安，都用巫术来迷惑众人。后宫本来就是个充满了争宠妒忌的地方，女巫们很自然地被引入宫中，替那些美人后妃为蛊诅咒。演变到后来，就常有人到汉武帝面前告密，说某某人诅咒皇帝。汉武帝大怒，杀了涉嫌的数百人，但也从此疑神疑鬼，有一次白天睡觉也梦见有数千个木人，持杖来攻击他，于是身体感觉不适，整天恍恍惚惚变得容易健忘。
那个特务江充敏锐地觉得这是加害太子千载难逢的好机会，于是向汉武帝说他的病完全是巫蛊作祟，汉武帝就派他为使者，专门惩治为蛊者。这种事情要嫁祸于人实在是太简单了，在谁家挖到木偶，谁家就是蛊者，反正根本没有方法鉴定究竟是否是涉嫌者所埋。因此，只要有办法把木偶埋到预定的地方，要害谁就可以害谁。狡猾的江充先到民间大搞特搞，杀了数万人，再回过头来，把箭头指向宫中。结果很“准确”地在太子宫中挖得大批的木偶，他说：“太子宫中的木偶特别多，又有帛书，所言皆不道，当奏闻皇上！”太子最初仍保持镇定，自以为根本没有加害父皇的理由，自信稍加解释就可以无罪。可是后来因为始终无法与在甘泉养病的汉武帝取得联系，太子觉得可疑，想亲自前往，又被江充逼得走投无路，最后只好听从少傅（太子的老师）石德的话，派人伪装为皇帝使者，搜捕江充，宣布汉武帝卧病甘泉，江充谋反而发兵，并亲自临斩江充。但汉武帝在甘泉误听江充同路人的报告，以为太子谋反了，于是令丞相发兵与太子交战，双方军队在城中混战五日，死伤了几万人，非常惨烈，结果太子被打败，最后与卫皇后都自杀了。